家蚕浓核病毒DNV-3（中国株）的VD2基因组序列分析

摘要:

浓核病毒BmDNV3（中国株）基因组中含有两种不同的单链线形DNA 分子（VD1，VD2）。该病毒的VD2被分离、纯化、克隆到pUC119载体上，并完成了VD2全基因组序列的测定。序列分析显示：VD2全基因组长为6022个核苷酸，末端拥有524个核苷酸反向重复序列（ITRs）。VD2基因组正链含有2个大的开放阅读框，负链含有1个小的开放阅读框。计算机分析推测该基因组正链上开放阅读框(ORF1) 及负链上开放阅读框（ORF3）主要编码病毒的非结构蛋白，而正链上开放阅读框(ORF2)主要编码病毒的结构蛋白。比较BmDNV3 VD2和BmDNV2 (Yamanashi isolate) VD2基因组全序列，两者同源性达97.7%，并且有132个碱基的替代、11个碱基的删除和2个碱基插入。研究结果显示BmDNV3 VD2和BmDNV2 VD2有很近的亲缘关系，但也发生一定的变异，这为更好地理解浓核病毒种类的多样性，也为研究家蚕浓核病毒进化提供了有益的线索。

Abstract: