黄瓜花叶病毒山东株(CMV\|SD)RNA2全长cDNA克隆的构建及全序列分析

摘要:

分别利用5’RACE和3’RACE确定了CMV\|SD RNA2的5’和 3’末端序列，在此基础上，利用RTPCR得到了RNA2的5’端一半的cDNA克隆pC25和3’端一 半的cDNA克隆pC23,并通过拼接构建了RNA2全长cDNA克隆pC2F。通过对pC25和pC23进行序列 测定，得到了RNA2的全序列。序列分析结果表明CMVSD RNA2由3048nt组成，其中存在2个 部分重叠的阅读框ORF1(79～2652nt)和ORF2(2414～2746nt)，分别编码858aa的2a蛋白和111 aa的2b蛋白，并在2a蛋白的序列中发现了动植物病毒复制酶所特有的两个保守序列。该株系 RNA2核苷酸序列与分属CMV I亚组的Fny株系和II亚组的Q株系RNA2的核苷酸序列同源性分别 为917%和756%；2a蛋白的氨基酸序列同源性分别为938%和677%，2b蛋白的氨基酸序 列同源性分别为830%和513%。同源性比较的结果表明SD株系属于CMV I亚组。

Abstract: