摘要
目的
植物根际富集有大量微生物,植物根系-根际微生物之间的相互作用显著影响了植物的生长和健康。摆竹(Indosasa acutiligulata)是重要的经济竹种。挖掘摆竹根际土壤功能细菌,明确合成群落对竹类植物生长的影响,旨在为竹类植物功能菌株资源的开发利用提供新的途径和思路,对精准提升森林质量、保障森林“四库”功能具有重要理论意义和实践价值。
方法
以湖南省九嶷山国家级自然保护区的摆竹根际土壤为研究对象,采用稀释培养法分离细菌,利用最大似然法基于16S rRNA基因序列构建系统发育树;依托功能筛选平板和特异性颜色变化进行功能评价,筛选出效果良好且相互不拮抗的菌株进行复合,最后通过回接试验检测合成群落对毛竹(Phyllostachys edulis)幼苗生长的影响。
结果
共分离获得70株根际细菌,隶属于4门21科35属;假单胞菌门(Pseudomonadota)为优势门,伯克霍尔德氏菌科(Burkholderiaceae)为优势菌科。对这70株细菌进行功能评价发现,30株具有产吲哚乙酸(indole-3-acetic acid, IAA)功能,16株具有产铁载体功能。在兼具2种功能的细菌中,可溶解无机磷和矿化有机磷的菌株各有4株,另有3株具有解钾功能。菌株TR5、TN6、TN26不仅兼具产IAA和产铁载体的能力,还具备无机磷溶解和有机磷矿化的能力。基于生理生化指标测定及16S rRNA基因序列比对,结果表明它们分别为吡咯素伯克霍尔德氏菌(Burkholderia pyrrocinia)、沼泽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia paludis)和克斯腾伯斯副伯克霍尔德氏菌(Paraburkholderia kirstenboschensis)。通过回接试验发现,由菌株TR5、TN6、TN26复合形成的菌液FH能够显著促进毛竹幼苗根和叶片的伸长,以及毛竹幼苗竹鞭的生长。
结论
摆竹根际土壤中功能细菌资源丰富,本研究筛选获得了多株具有产IAA、产铁载体、溶磷和解钾功能的菌株,且回接试验表明,合成群落FH对毛竹幼苗生长具有显著的促进作用。
摆竹(Indosasa acutiligulata),隶属于禾本科(Gramineae)大节竹属(Indosasa)。摆竹整竿适宜作为木材应用,且竹笋鲜美可食,是湖南南部和广西北部等地的主要经济竹
在植物的整个生长周期中,土壤、植物和微生物之间存在着紧密的联
合成群落(synthetic microbial communities, SynComs)是近年来兴起的研究方向,主要基于合成生物学和微生物生态学理论,人为地将2种或多种具有不同分类和遗传特征或功能特性的微生物进行组
目前,众多研究学者已对竹类植物的根际微生物组开展了大量研究,解析了毛竹、撑篙竹(Bambusa pervariabilis)以及桂竹(Phyllostachys bambusoides)等竹种根际细菌群落结构和功
鉴于此,本研究以湖南省永州市宁远县九嶷山国家级自然保护区摆竹根际土壤为研究对象,采用培养组学的方法进行菌株的分离和鉴定,并筛选具有潜在植物促生功能的菌株;进一步基于功能评价结果以及功能互补原则构建合成群落,通过回接试验考察合成群落对竹类植物生长的影响,旨在为竹类植物功能菌株资源的开发利用提供新的途径和思路,同时也对精准提升森林质量、保障森林“四库”功能提供理论意义和实践价值。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 植物材料
细菌分离试验所用土壤样品为摆竹(In. acutiligulata)根际土壤,采集自我国湖南省永州市宁远县九嶷山国家级自然保护区(海拔1 210 m,25°23′49″N,111°58′48″E)。供试验的幼苗为毛竹(Ph. edulis)实生苗,种子采集自广西壮族自治区桂林市灵川县(110°07′-110°47′E, 25°04′-25°48′N),由广西林业科学研究院提供。
1.1.2 主要试剂
螯合树脂Chelex-100、三羟甲基氨基甲烷(Tris)、乙二胺四乙酸(ethylene diamine tetraacetic acid, EDTA)、聚乙二醇辛基苯基醚(TritonX-100)、75%乙醇、次氯酸钠、丙三醇、Salkowski比色液和铬天青S定性定量所需试剂均为国产分析纯;Taq PCR Master Mix购自BoMED公司;细菌基因组DNA提取试剂盒(离心柱型)购自Tiangen公司;细菌革兰氏染色试剂盒购自Solarbio公司;API ZYM、API 20NE和API 50CH试纸盒购自BioMérieux公司。
1.1.3 培养基
R2A培养基、NA培养基、无机磷筛选培养基、有机磷筛选培养基均购自Hopebio公司。铬天青S定性培养基按照荣良燕
1.2 摆竹根际土壤可培养细菌的分离与纯化
取1.0 g五点混样法获得的根际土壤,通过超声波分散土壤团聚体,悬浮于9 mL无菌水中制成土壤匀浆。将样品匀浆用无菌水进行10倍梯度稀释至1
1.3 摆竹根际土壤可培养细菌的分子鉴定
参照试剂盒说明书提取细菌DNA,并通过NanoDrop (ThermoFisher Scientific公司)和琼脂糖凝胶电泳检测DNA的质量和浓度,检测合格的DNA作为模板进行16S rRNA基因序列的PCR扩增。细菌16S rRNA基因序列扩增采用通用引物27F和1492
1.4 菌株功能评价试验
菌株的功能评价参照前期研究方法进
1.5 功能菌株的表型鉴定
对筛选获得的多功能且具有应用潜力的菌株进行菌落和菌株形态学观察。参考文献[
1.6 平板对峙试验
将供试菌株挑入相应液体培养基中制备成OD600为1.0的悬浊液;分次吸取5 μL菌液,点接于固体培养基上,使待测菌株对应形成“V”字形两边;通过观察菌落形态,明确菌株间是否存在拮抗作用。
1.7 毛竹幼苗接种试验
挑取TR5、TN6、TN26单菌落于相应液体培养基中,置于摇床30 ℃、150 r/min培养2-3 d;4 ℃、8 000 r/min离心10 min收集菌体,使用无菌水对收集的菌体重悬,并调整OD600为0.5;将使用无菌水重悬后的3株菌菌液等比例混合构建合成群落FH。挑选长势相近的毛竹幼苗60盆,对接种前的毛竹幼苗进行株高和叶长的测定。处理组(FH)将配制好的菌液均匀地浇灌到幼苗根系附近,每盆浇灌约50 mL;对照组(CK)浇灌无菌水50 mL,每组30盆处理。每隔3 d补充1次水分,置于中国林业科学研究院温室培养[培养条件:30 ℃ (光)/25 ℃ (暗),湿度为65%]。处理60 d时,随机选取每个处理15株幼苗测量株高和叶长,并观察毛竹幼苗的竹鞭生长情况,以此考察合成群落FH的促生功能。
1.8 数据处理
使用R Studio和GraphPad Prism 8进行数据处理和图表绘
2 结果与分析
2.1 摆竹根际土壤可培养细菌的分离鉴定与系统发育树的构建
本研究从摆竹根际土壤中共分离得到70株细菌。基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树,菌株间的系统发育关系如

图1 摆竹根际土壤可培养细菌系统发育树及产IAA、产铁载体功能评价。图中最外圈代表不同门水平菌株数量,内圈代表不同科水平数量。
Figure 1 Phylogenetic tree of cultivable rhizosphere soil bacteria of Indosasa acutiligulata and functional evaluation of IAA-production and siderophore-synthesis. The outermost circle represents the number of strains at the phylum level, and the inner circle represents the number of strains at the family level.
2.2 摆竹根际土壤可培养功能细菌的筛选
对所分离出的70株摆竹根际土壤可培养细菌进行产IAA和产铁载体功能的初步筛选,结果如
进一步对产IAA、铁载体能力较强以及兼具2种功能的菌株进行功能挖掘,利用平板检测法对菌株的溶磷和解钾功能进行定性检测,结果如
样品编号 Sample | 相似菌株 Top-hit taxon | 相似性 Similarity(%) | 无机磷溶解能力 Inorganic phosphorus solubility | 有机磷矿化能力 Organic phosphate solubility | 解钾能力 Potassium-dissolving ability |
---|---|---|---|---|---|
TR4 | Dyella terrae | 99.15 | - | - | - |
TR5 | Burkholderia pyrrocinia | 99.87 | 1.90±0.15 | 2.67±0.42 | - |
TR8 | Paraburkholderia acidiphila | 98.85 | - | - | - |
TR9 | Dyella amyloliquefaciens | 99.29 | - | - | - |
TN5 | Paraburkholderia azotifigens | 98.94 | - | - | + |
TN6 | Burkholderia paludis | 99.78 | 1.25±0.22 | 2.33±0.17 | - |
TN7 | Kitasatospora kifunensis | 99.78 | - | - | + |
TN22 | Microbacterium dextranolyticum | 99.61 | - | - | - |
TN26 | Paraburkholderia kirstenboschensis | 98.94 | 1.70±0.29 | 3.23±0.24 | - |
TN35 | Paenibacillus uliginis | 99.58 | - | 1.70±0.21 | + |
2MLWN | Bacillus siamensis | 99.93 | 1.27±0.16 | - | - |
2BKWN | Kocuria oceani | 99.68 | - | - | - |
3BKWN | Jeotgalicoccus marinus | 99.93 | - | - | - |
+:该菌株解钾能力为阳性;-:该菌株未检测出相应功能。
+: The strain had a positive ability of potassium-dissolving; -: The function was not detected in the strain.
2.3 功能菌株的表型鉴定
功能评价结果表明,菌株TR5、TN6和TN26不仅具备产IAA和铁载体的能力,同时还具有无机磷溶解和有机磷矿化的功能。通过16S rRNA基因序列比对发现,这3株功能细菌均隶属于伯克霍尔德氏菌科。因此,本研究对3株细菌进行了表型及生理生化特征的鉴定,为进一步构建合成群落以及回接植物材料考察其促生功能提供数据支持。
菌株TR5、TN6和TN26的菌落形态描述、生长最适温度、pH和NaCl浓度等信息见
Characteristic | TR5 | TN6 | TN26 |
---|---|---|---|
Phenotype | |||
Colony color | Yellow | Yellow white | Yellow white |
Colony morphology | Round, smooth | Round, smooth | Round, smooth |
Cell length | 1.0-2.0 μm | 1.6-2.1 μm | 2.1-2.5 μm |
Cell width | 0.6-0.9 μm | 0.6-0.8 μm | 0.6-0.8 μm |
Gram staining | - | - | - |
Optimal temperature (℃) | 28 | 28 | 28 |
Optimal NaCl (%) | 0.0 | 0.0 | 0.5 |
Optimal pH | 7.0 | 7.0 | 7.0 |
Enzymatic activity | |||
Esculin hydrolysis | - | + | - |
Glucosylation | - | + | - |
Nitrate reduction | + | - | - |
Assimilation | |||
2-keto-gluconate | + | - | - |
5-keto-gluconate | + | - | - |
Amygdalin | + | - | - |
Arabinose | + | - | + |
d-gentiobiose | + | - | - |
d-lactose | - | + | - |
d-maltose | - | + | - |
Erythritol | - | + | - |
l-rhamnose | - | - | + |
Mannitol | + | - | + |
Mannose | + | - | + |
N-acetylglucosamine | + | - | + |
Xylitol | + | - | - |
+:反应结果为阳性;-:反应结果为阴性。
+: Positive reaction result; -: Negative reaction result.
研究结果表明,菌株TR5、TN6和TN26分别与模式菌株吡咯素伯克霍尔德氏菌(B. pyrrocinia) LMG 1419
2.4 平板对峙试验
菌株TR5、TN6、TN26的平板拮抗试验结果如

图2 菌株TR5、TN6、TN26的平板拮抗试验。A:菌株TR5和TN26;B:菌株TN6和菌株TR5;C:菌株TN26和菌株TN6。
Figure 2 Antagonism test of strains TR5, TN6, and TN26 on the medium. A: Strains TR5 and TN26. B: Strains TN6 and TR5. C: Strains TN26 and TN6.
2.5 合成群落的促生作用
将菌株TR5、TN6、TN26的菌悬液按等比例混合后,构建了合成群落FH,并通过回接试验考察了合成群落FH对毛竹幼苗生长的影响。总体来看,接种合成群落60 d后的毛竹幼苗株高更高,根系更发达。通过测量发现,接种合成群落的毛竹幼苗叶片长度为(11.70±0.98) cm,与接种前相比增长了65.96%;株高为(47.90±5.02) cm,增长了119.70%,而对照组CK仅增长了19.35%和14.47%。统计结果表明,FH处理组的毛竹幼苗株高和叶片长度均显著高于对照组CK (P<0.05),且株高增长量呈极显著差异(P<0.01) (

图3 接种合成群落FH 60 d后毛竹幼苗的生长情况。*:差异显著(P<0.05);**:差异极显著(P<0.01)。
Figure 3 Growth 60 days condition of Phyllostachys edulis seedlings after inoculation with SynComs FH. *: Significant difference (P<0.05); **: Highly significant difference (P<0.01).
进一步观察发现,施加合成群落FH的处理组中,30盆幼苗中有12盆出现了竹鞭(

图4 接种合成群落FH 60 d后毛竹幼苗的发鞭情况。图中红色箭头所指为毛竹盆栽幼苗的竹鞭。
Figure 4 The rhizome 60 days growth condition of Phyllostachys edulis seedlings after inoculation with SynComs FH. The red arrows pointed to the rhizome of the Phyllostachys edulis seedlings.
3 讨论与结论
据国家林业局统计,我国竹产业产值已接近3 200亿元,并且计划到2025年使竹产业产值超过7 000亿元。特别是2023年提出的“以竹代塑”倡议,为竹产业发展新局面提供了方向和路径。因此,推动竹资源“量”和“质”的提升,实现竹产业提质增效,已成为当前竹产业发展的核心目标。2021年,申建波
近年来,许多专家学者对毛
在获得可培养细菌的基础上,本研究进一步挖掘了具有产IAA、铁载体、无机磷溶解、有机磷矿化和解钾功能的菌株。共筛选获得37株功能细菌,分属于芽孢杆菌科、伯克霍尔德氏菌科、罗河杆菌科和微球菌科等。目前对于这些菌科功能评价和促生机制的研究已较为深入,尤其是具有极大潜力的芽孢杆菌(Bacillus)。芽孢杆菌被验证具有多种功能,作为自然界中已发现的最具耐受性的菌株之一,常被用于制作菌剂或菌肥,广泛应用于生物防治、植物生长促进和土壤改良等领
值得注意的是,本研究还筛选获得了10株具有潜在植物促生功能的伯克霍尔德氏菌科细菌。前期研究结果表明,伯克霍尔德氏菌科(Burkholderiaceae)中的一些类群也具有植物促生功能,并且这些类群的促生功能能够适应多种生境,应用范围广泛,是化学肥料的优质替代
微生物组在促进动植物生长等方面发挥着重要作用。近年来,合成群落概念的引入使微生物组的研究更加简单、高效,促进了理论向实际应用的转化,已成为未来研究及应用的新趋
在进行促生效果评价的过程中,本研究仅采用了叶长和株高2个指标。在后续研究中,将利用更多形态和生理生化指标进行综合评估。同时,本研究仅挖掘了具有产IAA、产铁载体、溶磷和解钾功能的菌株,而对于本次未验证出功能的菌株,其存在的生态意义同样值得深入探讨。另外,竹鞭是竹类植物生长与繁殖的重要器官,对于合成群落FH促进发鞭的分子机制还有待于深入研究。考虑到摆竹无实生苗,本研究利用毛竹实生苗进行回接试验。在后续研究中,将以摆竹鞭生苗为研究对象,通过回接试验系统评价合成群落对摆竹生长的影响,并深入解析其机制;同时,通过扩增子测序、宏基因组学分析以及人工智能学习等方法,构建更丰富稳定、科学高效的跨界微生物合成群落。
作者贡献声明
杨芾:研究设计、数据收集和分析,撰写初稿;岳晋军:提供研究所需的关键资源和材料,并对研究结果进行验证;袁金玲:参与实验设计,进行了实验室工作,并协助数据分析;孙启武:文献综述,并对研究方法论提供了关键建议;刘蕾:研究构思与设计,参与数据解读,对论文的最终修订提供了重要反馈。
致谢
特别感谢李潞滨研究员在论文撰写过程中提供的深刻讨论和建设性反馈。
利益冲突
作者声明不存在任何可能会影响本文所报告工作的已知经济利益或个人关系。
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