摘要
目的
玫瑰杆菌类群在海洋生态系统的物质循环和能量流动过程中发挥着重要的生态功能,但其环境响应及其群落构建机制随时间尺度的动态变化尚不明确。本文基于青岛近岸海域连续采集的60周海水样品,对玫瑰杆菌自由生活和颗粒附着类群的全年动态变化及其环境响应与群落构建机制进行了研究。
方法
基于青岛近岸表层海水时间序列样品的16S rRNA基因扩增子测序,分析近岸海水中不同生活方式玫瑰杆菌类群的多样性年周期变化,并探究其与多种环境因子的相关性和群落构建机制。
结果
在近岸表层海水中,玫瑰杆菌类群在总细菌古菌中的相对丰度呈现明显的季节性波动(2.64%-34.10%),在冬、春季节显著高于夏、秋季节。根据其时间分布规律,可将玫瑰杆菌类群划分为夏秋型、冬春型以及暴发增长型。自由生活玫瑰杆菌类群的季节性规律更强,而颗粒附着类群表现出更高的多样性。温度、无机氮、无机磷等是影响玫瑰杆菌多样性的主要环境因素,且对颗粒附着类群变化的解释度(16.82%)高于自由生活类群(9.06%)。在群落构建方面,确定性过程对颗粒附着玫瑰杆菌类群的影响更大,说明环境变化对颗粒附着玫瑰杆菌类群的影响更明显。
结论
本文从精细时间尺度探讨了玫瑰杆菌类群的动态变化及其环境驱动机制,揭示了其季节性分布规律,为深入理解这一重要海洋细菌类群的时空动态及其生态功能提供了重要的科学依据。
玫瑰杆菌类群是α-变形菌纲的一个重要分
作为海洋微生物群落的重要组成部分,玫瑰杆菌类群因其多样的生态功能和广泛的环境适应性而受到关注。该类群具有多种代谢活性,能够参与多种重要的生物地球化学循
近岸海域作为陆地与海洋之间的过渡区域,是人类活动与海洋资源相互作用最为显著的区域,也是地球上生产力最高的生态系统之一,在调节气候和维护生态平衡方面发挥着不可替代的作用。近岸海域不仅支持了多样化的微生物群落,还参与多种生物地球化学循环的核心环节,对全球碳、氮、硫和磷等重要元素的循环和转化具有重要作
近年来,随着高通量测序和多组学技术的发展,人们对玫瑰杆菌类群的生物多样性、生态功能及其对环境变化的响应有了更深入的理解。目前,人们已对玫瑰杆菌类群的全球分布及其功能作用进行了大量研究,特别是对其在碳、硫和氮循环中的作用进行了深入探
时间序列研究的空缺限制了人们对玫瑰杆菌类群在生态系统长期动态中的作用及其对环境响应的深入认识,缺乏高精度的时间序列数据来揭示其种群细节性的动态变化过程。环境因子如温度、营养盐浓度的周间变化相较于月份、年份维度能够更精确地展现玫瑰杆菌类群对环境变化的响应模式,但目前尚缺乏在周间尺度上的系统研究。为弥补这一空缺,本研究采用高精度时间序列采样方法,通过周间采样策略捕捉玫瑰杆菌类群在短时间尺度上的动态变化,结合多种数据分析方法,详细分析了玫瑰杆菌类群在特定生态环境中的群落多样性、种群动态及其与环境因子的相互作用。这种方法不仅能够揭示玫瑰杆菌类群在生态系统中潜在的短期响应机制,还能为深入理解其长期的动态变化提供重要线索。
1 材料与方法
1.1 样品来源与环境因子测定
本研究的海水样品于2020年7月24日至2021年9月10日期间(60周)采集自青岛近岸海域3个不同站位,具体采样地点为第二浴 场(36°04′34″N,120°36′57″E)、五四广 场(36°05′41″N,120°31′63″E)和栈桥 (36°04′48″N,120°34′56″E),采样地点距离海岸约500 m,具体采样方法参见Zhang
1.2 海水样品DNA的提取与高通量测序
分别取3 μm与0.22 μm滤膜,用于提取颗粒附着和自由生活微生物的DNA。样品DNA的提取使用DNeas
1.3 原始数据处理
原始测序数据通过QIIME 2平
1.4 数据分析
对不同时间和不同粒径样品的ASV进行统计分析,通过R语言软件包“vegan”计算Chao1指
使用R语言软件包“vegan”,基于Bray-Curtis距离度量对微生物群落进行非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling, NMDS),以探究组间群落组成的差异性。为了评估环境因子对玫瑰杆菌类群结构的影响,对类群进行了典型相关分析(canonical correlation analysis, CCA),并结合Envfit检验(999次置换)量化环境因子对群落动态变化的影响。利用R软件包“linkET”分别计算了2种生活方式的玫瑰杆菌属水平类群相对丰度与温度、溶解氧、Chl a、SiO
采用基于整体群落零模型的方
2 结果与分析
2.1 玫瑰杆菌类群的α多样性
基于16S rRNA基因扩增子测序结果,在358个海水样品(第4周2020年8月12日五四广场站位的样品因特殊原因未能采集)的35 905个ASV中共注释筛选到896个玫瑰杆菌类群ASV。与自由生活的玫瑰杆菌类群相比,颗粒附着类群在3个站点中共有ASV的比例更低,表明颗粒附着类群的空间差异性更强。自由生活与颗粒附着类群间的共有ASV,约占自由生活ASV的60%,而仅占颗粒附着ASV的20%。玫瑰杆菌类群的FL类群和PA类群的香农(Shannon)指数和物种丰富度(Chao1)指数(

图1 玫瑰杆菌α多样性指数的时间动态变化。A:香农指数;B:Chao1指数。FL:自由生活类群;PA:颗粒附着类群。
Figure 1 The temporal variation in the alpha diversity index of the Roseobacter clade. A: Shannon index; B: Chao1 index. FL: Free-living communities; PA: Particle-associated communities.
2.2 玫瑰杆菌类群的β多样性
非度量多维尺度分析(NMDS)结果显示,FL与PA玫瑰杆菌类群被分为明显的两簇(ANOSIM,

图2 玫瑰杆菌类群的β多样性分析(ASV水平)。A:全部玫瑰杆菌类群;B:FL类群;C:PA类群。虚线椭圆表示中心点周围95%的置信区间;三角形和圆圈分别代表PA类群和FL类群的ASV。
Figure 2 NMDS analysis of Roseobacter communities. A: Overall sample; B: FL sample; C: PA sample. The dashed ellipse represents the 95% confidence interval around the center point; Triangles and circles denote ASV from the PA and FL communities, respectively, with colors indicating samples from different collection months.
2.3 玫瑰杆菌类群的结构变化
在近岸表层海水中,玫瑰杆菌FL类群和PA类群在总细菌古菌中的相对丰度存在差异,且二者均呈现季节性变化。FL类群中,玫瑰杆菌类群的相对丰度更高,平均约为12%;而PA类群中平均仅占约6%。在FL类群中,玫瑰杆菌类群的相对丰度在冬、春季(12月至次年4月)较高,最高可达整体微生物类群的约30% (

图3 玫瑰杆菌类群结构和相对丰度变化。A:玫瑰杆菌自由生活类群;B:玫瑰杆菌颗粒附着类群。
Figure 3 Changes in community structure and abundance of Roseobacter. A: Roseobacter FL communities; B: Roseobacter PA communities.
通过进一步的聚类分析,对玫瑰杆菌类群的自由生活和颗粒附着类群进行时间分布模式探究。根据内部不同属细菌的聚类结果,将整体玫瑰杆菌类群分为4种时间分布模式:春冬季优势型(FL-Cluster I和PA-Cluster I),包括海洋浮游菌属、淀粉杆菌属、副球菌属(Paracoccus)以及亚硫酸盐杆菌属等;夏秋季优势型(FL-Cluster II和PA-Cluster IV),包括ASV22543、HIMB11以及淤泥棒菌属(Limibaculum)等;全年低丰度型(FL-Cluster IV和PA-Cluster II);以及以ASV3607、ASV28818、海生杆菌属、近沈氏菌属(Cognatishimia)、简纳西氏菌属(Jannaschia)等为代表的暴发式增长型(FL-Cluster III和PA-Cluster III) (

图4 玫瑰杆菌自由生活类群(A)和颗粒附着类群(B)的时间分布模式的聚类分析。FL和PA类群聚类成4簇,丰度随时间模式变化。
Figure 4 Hierarchical cluster analysis of temporal distribution patterns of Roseobacter FL community (A) and PA community (B). FL and PA groups were clustered into four clusters, and the microbial community abundance changed with time patterns.
2.4 驱动玫瑰杆菌类群变化的环境因子
本研究进一步分析了玫瑰杆菌类群对温度、盐度、pH、DOC、无机营养盐(NO

图5 环境因子相关性分析与检验。A:时间模式下FL类群的CCA分析;B:时间模式下PA类群的CCA分析;C:环境因子对FL类群的影响程度;D:环境因子对PA类群的影响程度。
Figure 5 Correlation analysis and testing of environmental factors. A: CCA analysis of FL communities; B: CCA analysis of PA communities; C: The influence of environmental factors on FL communities; D: The influence of environmental factors on PA communities.
通过选取丰度较高的属与环境因子进行斯皮尔曼相关性分析,发现不同玫瑰杆菌类群与环境因子的相关性存在明显差异(

图6 玫瑰杆菌主要类群与环境因子相关性分析
Figure 6 Spearman correlation analysis of major groups of Roseobacter and environmental factors. A: FL; B: PA. The correlation between FL and PA communities at the genus level and environmental factors was calculated.
2.5 玫瑰杆菌的群落构建机制
进一步结合ASV间的系统发育关系,计算了不同样品间的βNTI值(

图7 玫瑰杆菌FL类群和PA类群的群落构建分析。A:FL与PA类群的βNTI值;B:FL和PA类群的聚集过程。
Figure 7 Analysis of community construction of FL and PA taxa of Roseobacter. A: The patterns of βNTI for the FL and PA; B: The assembly processes of bacterial community in FL and PA.
3 讨论
3.1 玫瑰杆菌类群的季节性变化
目前已有一些研究对近岸微生物群落的时间序列变化进行了探讨,揭示了总细菌古菌FL和PA群落在时间尺度上的差异性和环境驱动因素。Zhang
另一项研究发现,玫瑰杆菌类群的丰度倾向于在冬季和春季达到峰值,此时海水环境中的各类营养盐的浓度较低,但初级生产力较高,藻类浮游植物处于快速生长的阶段。相比之下,在浮游植物快速繁殖期间,玫瑰杆菌具有更高的代谢活性,这与单菌株水平的研究一
青岛近岸的时间序列样品也印证了这一点,玫瑰杆菌2种不同生活方式的类群都呈现出显著的季节性模式,即在冬季的1月初至春季 5月末期有着较高的相对丰度,而在除夏季暴发期(7-8月)以外的其他时期保持相对较低的丰度。玫瑰杆菌类群的FL类群具有更高的相对丰度,其在2月中旬和藻类暴发时期的7月下旬最高占据整个FL类群的33%,而PA类群在春季丰富时期最高占到总PA类群的14%。
许多研究比较了不同水生环境中的颗粒附着和自由生活群落,发现自由生活的细菌群落通常丰度更高,但颗粒附着群落的组成更为丰
除了观察到丰度的季节性变化以外,玫瑰杆菌类群的群落结构也存在着主导群体的快速交替现象。对于FL类群来说,冬春季的群落由海洋浮游菌属、淀粉杆菌属、亚硫酸盐杆菌属和居海鞘菌属主导,从12月最后一周开始出现急剧上升的趋势,直至7月初期下降到极低水平,表明这些属可能偏向于通过利用浮游植物生长所产生的多种营养物质来维持较高的丰度,但随着夏季的到来,温度升高和浮游植物的生物量降低,FL类群的丰度迅速下降。在7-12月时期,类群主要由ASV22543、HIMB11组成,表明这类属在夏秋季节时通过利用浮游植物残体和其他有机物质来维持生长,从而在该时期内占据了较高的丰度。相比之下,PA类群的组成变化较为复杂,且其丰度的变化不像FL类群那样剧烈。副球菌属在全年度均有分布,并且其丰度较为稳定,始终占据较高的相对丰度。PA类群的其他组成类群,如ASV22543、HIMB11、海洋浮游菌属、亚硫酸盐杆菌属等在各自的主导时期内与FL类群的组成变化较为相似,但其丰度变化不如FL类群剧烈。PA类群的丰度波动可能与其较为复杂的群落结构和对环境变化的适应性有关,表明这些类群适应不同营养条件和环境波动的能力更强。值得注意的是,Simon
3.2 环境因素对玫瑰杆菌的影响
已有研究表明,异养细菌的生长和活动因浮游植物暴发期间有机物和营养物质供应增加而增
对于不同优势时期的属来说,拥有相似丰度变化类型的属对于营养盐的偏好也是相似的。冬春季优势型的属对于DOC呈正相关(P<0.05),对DO呈显著正相关(P<0.001),而对于各类营养盐(DIN、DIP、SiO
CCA分析和零模型群落构建结果也表明,环境因素对于PA类群起到了相对更大的影响,PA类群的物种由于受到了更强烈的生态环境因素变化的影响,物种适应不同环境的程度更为明显,但由于与PA类群物种对特定附着颗粒的依赖性较强,因此空间分布受限较为明显。相比之下,FL类群物种竞争较为均衡且由不同季节时期的优势类群主导,群落结构趋向均质化使得对环境变化的反应程度更为剧烈。二者都表现出较高的随机性过程,这可能说明在青岛近岸海域受到季节性变化的多样性和区域环境的一致性,使得生态选择压力较为均衡,生态选择压力相对较弱,群落的组装过程不再由单一的环境选择因素主导,而更多受到随机过程和生态过程的影响。对于暴发式增长型的类群,如海生杆菌属、近沈氏菌属等,温度显然不是制约其生长繁殖的关键因素。Lucas
4 总结
本研究表明,玫瑰杆菌类群在近岸生态系统中具有显著的季节性变化,其丰度与环境因子(尤其是温度和营养盐浓度)的动态变化密切相关。在冬春季节,玫瑰杆菌类群的丰度较高,受益于浮游植物快速生长过程中释放的大量溶解有机碳,为其提供了充足的营养物质。在夏秋季节,部分物种通过利用浮游植物暴发期间大量释放的营养物质、代谢底物和浮游植物残体,在短时间内出现暴发增长的现象。FL类群表现出更强的季节性规律,而PA类群具有更高的多样性,并且对环境变化的响应程度更为显著。在群落构建方面,PA类群受到确定性过程的更大影响,说明其对环境变化更为敏感。本研究基于精细时间尺度的动态分析,为深入理解玫瑰杆菌类群的时空分布特征及其环境驱动机制提供了重要的科学依据,也为进一步理解玫瑰杆菌在近岸海洋生态系统中的生态功能及其潜在作用提供了重要的参考。
作者贡献声明
赵孝良:数据收集和处理、论文撰写及修改;张钰琳:实验操作、数据收集、论文修改;刘振刚:部分数据处理;张晓华:研究构思和命题;张蕴慧:研究结构设计、论文修改。
利益冲突
作者声明不存在任何可能会影响本文所报告工作的已知经济利益或个人关系。
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