摘要
鲍曼不动杆菌的耐药性和毒力与日俱增。研究表明,鲍曼不动杆菌中CRISPR-Cas系统的存在可以降低细菌的耐药性并减弱细菌毒力。然而,CRISPR-Cas系统中各组分对鲍曼不动杆菌的具体影响尚不明晰。
目的
探究CRISPR-Cas系统的组分在鲍曼不动杆菌中对细菌耐药性和毒力的调控作用。
方法
通过构建cas1基因鲍曼不动杆菌过表达株,并与之对应检测相应过表达株与原始菌株的细菌生长情况、血清抗性、细菌耐药性、生物膜形成能力、细菌感染小鼠模型小鼠的存活率等变化。
结果
使用纸片扩散法对临床常用的22种抗生素的耐药性进行检测,结果显示,过表达株AB26::cas1对6种抗生素的耐药性由耐药变为敏感。使用结晶紫染色法检测细菌生物膜形成能力,AB26::cas1株生物膜形成能力较AB26株降低。腹腔注射感染小鼠模型显示,相较于AB26株体内感染组小鼠,AB26::cas1株体内感染组小鼠未发生死亡。荧光定量PCR检测结果显示,大部分耐药/毒力基因mRNA的表达量下降。人血清与灭活血清孵育后进行存活性检测,野生株与过表达株的血清抗性差异无统计学意义。
结论
来源于AB43株的cas1基因对鲍曼不动杆菌的耐药性及生物膜形成能力具有抑制作用,同时细菌对小鼠的致病性也有抑制效果。
关键词
鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii, AB),也称鲍氏不动杆菌,是一种革兰阴性、非发酵型细菌,常引发医院获得性肺炎、泌尿系统感染乃至菌血症等严重疾病,尤其易感染重症监护病房(intensive care unit, ICU)内免疫力低下的危重病人,导致严重后
CRISPR-Cas系统是细菌的一种获得性免疫系统,广泛存在于40%的真细菌和90%的古细菌
鲍曼不动杆菌中主要存在的CRISPR-Cas系统是I型,其中I-Fb亚型分布最为广泛,该系统的特征蛋白为Cas1与Cas2-
为了探索AB43株CRISPR-Cas系统作为抑制剂在防控强耐药、高毒力菌株感染中的应用价值,本研究进一步探究其cas1基因过表达对同期收集的鲍曼不动杆菌多药耐药菌株及泛耐药菌株抗生素敏感性的影响,期望为鲍曼不动杆菌感染的精准防控提供新的靶点。
1 材料与方法
1.1 菌株和动物
鲍曼不动杆菌耐药株AB26、AB29均来自扬州大学临床医学院;BALB/c小鼠购自扬州大学比较医学中心。动物实验按照《实验动物护理和使用指南》提供的说明进行,扬州大学医学院动物管理委员会进行伦理审查(编号:YXYLL-2023-061)。
1.2 主要试剂和仪器
PCR引物合成及目的基因测序由生工生物工程(上海)股份有限公司完成;MiniBEST Universal RNA Extraction Kit、PrimeScript™ II 1st Strand cDNA Synthesis Kit、相关限制性核酸内切酶、pET-30a质粒、PCR及电泳试剂等,宝生物工程(大连)有限公司;抗生素药敏纸片、MH液体培养基和MH固体培养基,杭州滨和微生物试剂有限公司。
生物安全柜,ThermoFisher Scientific公司;恒温摇床,NBS公司;全自动凝胶成像分析仪,Syngene公司;核酸蛋白检测仪,奥林巴斯公司;PCR仪、电转仪与0.2 mm电击杯,Bio-Rad公司。
1.3 构建cas1基因过表达菌株
使用前期研究结果中对鲍曼不动杆菌AB43株测序结果中的cas1基因序
1.4 抗生素敏感性试验
参照2016年临床实验室标准化协
1.5 生物膜形成实验
制备1×1
1.6 血清抗性试验
参考文献[
1.7 小鼠感染
鲍曼不动杆菌菌血症模型造模,使用雄性6周龄BALB/c小鼠(约20 g)用于实验,每组小鼠数量为6只。小鼠腹腔注射7×1
1.8 耐药和毒力基因的差异表达检测
提取细菌总RNA,按照RNA提取试剂盒(TaKaRa公司)说明书进行操作,使用核酸蛋白检测仪检测浓度与质量,并通过凝胶电泳进行复核。利用PrimeScript™ II 1st Strand cDNA Synthesis Kit将总RNA反转录成单链cDNA,采用qPCR检测各耐药和毒力基因的差异表达。
1.9 数据分析
实验数据均以SPSS 20进行分析,使用t检验处理分析数据间差异性,其中P<0.05表示有统计学差异。
2 结果与分析
2.1 cas1基因抑制多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性
从前期实验研究中获得的鲍曼不动杆菌AB43菌株,具有完整的CRISPR-Cas系统。从AB43菌株中扩增出cas1基因,并将其与原核表达载体pET-30a进行连接,将构建好的重组载体分别导入多重耐药菌株AB26和广泛耐药菌株AB29中。PCR鉴定结果确认了重组菌的成功构建(

图1 鲍曼不动杆菌cas1基因过表达株构建的PCR鉴定
Figure 1 Identification of the cas1 over-expression strain of Acinetobacter baumannii by PCR. Lane M: DL5000 DNA Marker; Lane 1, 5: AB26, AB29::cas1; Lane 2, 6: AB26, AB29; Lane 3, 7: pET-30a-cas1; Lane 4, 8: H2O.

图2 cas1基因过表达后AB26、AB29株药物敏感性变化的纸片扩散法检测。1:头孢吡肟;2:头孢噻肟;3:头孢曲松;4:头孢他啶;5:哌拉西林;6:庆大霉素;7:妥布霉素;8:阿米卡星;9:环丙沙星;10:加替沙星;11:左氧氟沙星12:奈替米星;13:哌拉西林/他唑巴坦;14:氨苄西林/舒巴坦;15:磺胺异恶唑;16:替卡西林/棒酸;17:多黏菌素B;18:四环素;19:多西环素;20:亚胺培南;21:米诺环素;22:美罗培南。
Figure 2 Drug susceptibility variations of cas1 overexpressed AB26/29 strains detected by paper disk-agar diffusion assay. 1: Cefepime; 2: Cefotaxime; 3: Ceftriaxone; 4: Ceftazidime; 5: Piperacillin; 6: Gentamicin; 7: Tobramycin; 8: Amikacin; 9: Ciprofloxacin; 10: Gatifloxacin; 11: Levofloxacin; 12: Nertilmicin; 13: Piperacillin/Tazobactam; 14: Ampicillin/Sulbactam; 15: Sulfamethoxazole; 16: Ticarcillin/Baric acid; 17: Polymyxin B; 18: Tetracycline; 19: Doxycycline; 20: Imipenem; 21: Minocycline; 22: Meropenem.
抗生素Antibiotic | 抑菌圈Inhibition zone (mm) | 耐药性折点Antibiotic resistance | 药物敏感性Drug susceptibility | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
AB26 | AB26::cas1 | AB29 | AB29::cas1 | AB26 | AB26::cas1 | AB29 | AB29::cas1 | ||
广谱青霉素Broad-spectrum penicillin | |||||||||
哌拉西林Piperacillin | 0 | 18 | 0 | 0 | ≤17 | R | S | R | R |
磺胺类Sulphonamide antibiotics | |||||||||
磺胺异恶唑Sulfamethoxazole | 27 | 25 | 0 | 0 | ≤12 | S | S | R | R |
多黏菌素类Polymyxin antibiotics | |||||||||
多黏菌素B Polymyxin B | 18 | 17 | 17 | 18 | ≤14 | S | S | S | S |
碳青霉烯类 Carbapenem antibiotics | |||||||||
亚胺培南Imipenem | 18 | 38 | 17 | 18 | ≤18 | R | S | R | R |
美罗培南Meropenem | 11 | 29 | 12 | 11 | ≤14 | R | S | R | R |
四环素类Tetracycline antibiotics | |||||||||
四环素Tetracycline | 26 | 26 | 0 | 0 | ≤11 | S | S | R | R |
多西环素Doxycycline | 31 | 33 | 10 | 10 | ≤12 | S | S | R | R |
米诺环素Minocycline | 34 | 38 | 23 | 29 | ≤12 | S | S | S | S |
氟喹诺酮Fluoroquinolone antibiotics | |||||||||
环丙沙星Ciprofloxacin | 34 | 32 | 0 | 0 | ≤15 | S | S | R | R |
左氧氟沙星Levofloxacin | 32 | 34 | 11 | 11 | ≤13 | S | S | R | R |
加替沙星Gatifloxacin | 38 | 38 | 20 | 20 | ≤14 | S | S | S | S |
青霉素/β-内酰胺酶抑制剂复合物Penicillin/β-lactamase inhibitor complexes | |||||||||
哌拉西林/他唑巴坦Piperacillin/Tazobactam | 15 | 26 | 11 | 8 | ≤17 | R | S | R | R |
氨苄西林/舒巴坦Ampicillin/Sulbactam | 25 | 29 | 17 | 18 | ≤11 | S | S | S | S |
替卡西林/棒酸 Ticarcillin/Clavulanic acid | 0 | 26 | 0 | 0 | ≤14 | R | S | R | R |
氨基糖苷类Aminoglycoside antibiotics | |||||||||
阿米卡星Amikacin | 17 | 18 | 22 | 23 | ≤14 | S | S | S | S |
奈替米星Netilmicin | 25 | 23 | 18 | 19 | ≤12 | S | S | S | S |
庆大霉素Gentamicin | 21 | 20 | 11 | 12 | ≤12 | S | S | R | R |
妥布霉素Tobramycin | 23 | 23 | 25 | 28 | ≤12 | S | S | S | S |
头孢菌素类 Cephalosporin antibiotics | |||||||||
头孢吡肟Cefepime | 14 | 24 | 0 | 10 | ≤14 | R | S | R | R |
头孢噻肟Cefotaxime | 21 | 18 | 0 | 0 | ≤14 | S | S | R | R |
头孢曲松Ceftriaxone | 16 | 16 | 0 | 0 | ≤13 | S | S | R | R |
头孢他啶Ceftazidime | 18 | 17 | 0 | 0 | ≤14 | S | S | R | R |
S:敏感;R:耐药。
S: Susceptible, R: Resistant.
2.2 Cas1降低了鲍曼不动杆菌多重耐药株的生物膜形成水平
生物膜的形成与细菌的耐药性之间存在着紧密的联系。为了探究cas1过表达菌株耐药性下降是否与其生物膜形成能力的改变有关,采用了结晶紫染色法检测AB26和AB29野生株及其cas1重组株的生物膜形成能力。相较于野生株AB26,重组株AB26::cas1的生物膜形成能力
显著降低(

图3 cas1基因过表达菌株生物膜形成能力
Figure 3 Biofilm formation ability variations of the recombinant strains. **: P<0.01.
2.3 重组株血清抗性无变化
血清中含有补体系统等具有杀菌作用的物质,而细菌的抗血清杀伤能力是其毒力因子之一。为了研究cas1过表达菌株的血清抗性变化,将细菌与血清以1:9 (体积比)充分混合后,在37 ℃条件下进行孵育,并在0、1、2、3 h时分别计算正常血清(N)组与热灭活血清(H-N)组中细菌的存活量。在0 h时,野生株AB26和AB29与其重组株在N组与H-N组中初始菌量一致,原始菌液细菌含量相同。1、2和3 h孵育后,野生株与重组株,在N组与H-N组中的细菌数量无显著差异(

图4 野生株和重组株的血清抗性。A:各菌株0 h菌液细菌含量;B:各菌株1 h菌液细菌含量;C:各菌株2 h菌液细菌含量;D:各菌株3 h菌液细菌含量。
Figure 4 Serum resistance of the recombinant strains and wild strains. A: The bacterial content of each strain 0 h; B: The bacterial content of each strain 1 h; C: The bacterial content of each strain 2 h; D: The bacterial content of each strain 3 h.
2.4 AB26::cas1株小鼠致死率下降
与野生株相比,AB29::cas1并未表现出明显变化,但重组株AB26::cas1却展现出了对多种抗生素耐药性减低和生物膜形成能力下降。鉴于生物膜形成能力与细菌的体内侵袭力之间存在紧密的联系,进一步利用重组株AB26::cas1进行了小鼠感染实验。结果显示,在野生株AB26感染组中,小鼠在第12、14、16 h分别有1只死亡,到了第18 h则有2只死亡;然而,在重组株AB26::cas1感染组中,小鼠并未出现死亡情况(

图5 野生株和重组株感染小鼠的生存率
Figure 5 Survival rate in mice of the recombinant strain and wild strains.
2.5 AB26::cas1株耐药/毒力基因转录mRNA的变化
为了进一步研究重组株耐药性减低以及毒力减弱可能的分子机制,进行了qRT-PCR检测,分别以AB26和AB26::cas1菌株的cDNA为模
板进行实验。结果显示,与AB26株相比,AB26::cas1株中大部分耐药/毒力基因的表达水平均有所下降(

图6 实时荧光定量PCR检测耐药/毒力基因的相对表达量
Figure 6 qRT-PCR detection of resistance and virulence genes expressions. *: P<0.05; **: P<0.01; ***: P<0.001.
3 讨论
CRISPR-Cas系统对耐药性和毒力的调控展现出多样性和复杂性,不同种类的细菌,CRISPR-Cas系统对耐药性和毒力的影响存在差异。Shabbir
为了深入探究cas1基因在鲍曼不动杆菌耐药株防控中的潜在价值,我们成功地将cas1基因在多重耐药株AB26和广泛耐药株AB29中进行了过表达,并对比了重组株与野生株在药物敏感性、生物膜形成能力、血清抗性以及小鼠感染后生存率等方面的差异。研究结果显示,重组株AB26::cas1对多种抗生素的敏感性显著提升,生物膜形成能力明显减弱,且在小鼠感染模型中,其致病性也显著降低。这些变化可能与cas1基因过表达后,抑制了多种耐药/毒力基因的表达有关。我们未对cas1基因的过表达程度进行定量研究,本研究中表达cas1基因的质粒是常规原核表达载体pET-30a,这个载体是多拷贝质粒,对目的基因的表达量相对稳定和丰富。在未来研究中开展目的基因过表达水平与作用效果相关性的考察,可能会为细菌耐药性防治研究提供更完整的实验数据。细菌对碳青霉烯类、β内酰胺类、青霉素类、头孢类抗生素的耐药机制主要包括产生各种水解酶[碳青霉烯酶、AmpC酶、超广谱β内酰胺酶(extended-spectrum-β-lactamases, ESBL)];改变青霉素结合蛋白(penicillin binding proteins, PBPs);细胞膜渗透性发生变化;通过外排泵将药物泵出胞外;外膜孔蛋白(outer membrane pore protein, Omp)缺失;产生氨基糖苷类钝化酶以及靶位点的改变
本研究中发现,重组株的生物膜形成能力显著降低,提示可能是其耐药性变弱的原因,也可能是重组株细菌体内致病性减弱的机制。因此,希望通过小鼠菌血症模型进行体内的验证,比较重组株AB26::cas1与野生株AB26的毒力差异。研究结果表明,野生株AB26较重组株AB26::cas1感染小鼠的死亡率高、毒力强,与体外生物膜形成的结果相呼应。同时,使用荧光定量PCR对基因表达量进行检测,发现野生株中大部分基因(如adeA、adeB)的mRNA表达量较重组株AB26::cas1呈现倍数降低,提示cas1基因过表达可抑制多种耐药/毒力基因的表达,进而抑制细菌的耐药性和毒力。
综上所述,本研究不仅揭示了cas1基因在鲍曼不动杆菌多重耐药株中的潜在应用价值,还为细菌耐药性防治提供了新的研究思路和方向。CRISPR-Cas基因组件在多重耐药鲍曼不动杆菌防治中具有较强的潜在应用价
4 结论
本研究中使用本团队前期收集分离到的含有完整CRISPR-Cas系统的鲍曼不动杆菌AB43菌株,扩增并重组质粒后成功构建多重耐药菌株AB26及广泛耐药菌株AB29 cas1基因过表达菌株。
cas1基因多重耐药菌株过表达株对6类抗生素由耐药变为敏感,分别为广谱青霉素类、碳青霉烯类、头孢菌素类、青霉素/β-内酰胺酶抑制剂复合物类,以及生物膜形成能力减低,cas1基因对多重耐药菌株多种抗生素耐药性以及生物膜形成能力具有抑制作用。
cas1基因多重耐药菌株过表达株小鼠感染模型致死率下降,多种耐药/毒力基因的表达水平降低,cas1基因对多重耐药菌株通过抑制多种耐药/毒力基因的表达,从而抑制多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性和毒力。
作者贡献声明
张鹏宇:结果分析及论文撰写投稿;李金月:实验实施;郭停停:研究设计;包广宇:菌株收集;胡健:参与论文讨论;李国才:研究构思和设计。
利益冲突
公开声明
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