2007, 47(2):191-196.
摘要:从质粒pXZ10145和pUC19出发,构建了一个谷氨酸棒杆菌/大肠杆菌穿梭载体pAK6。pAK6的大小为5684bp,带有卡那霉素和氨苄青霉素抗性选择标记,以及多克隆位点。在pAK6基础上,构建了以氯霉素乙酰转移酶为报告基因的启动子探测载体pAKC6,pAKC6的大小为6474bp。采用鸟枪法,将经Sau3AI消化的谷氨酸棒杆菌基因组片段连入pAKC6;根据谷氨酸棒杆菌对氯霉素的抗性,从中分离出两个具有启动子功能的插入片段。通过测定报告基因氯霉素乙酰转移酶的活性,对两个启动子片段在谷氨酸棒杆菌中的强度进行了初步的判断;测序后,用启动子预测软件对其结构进行了预测,证实了启动子序列的存在。
2007, 47(2):191-196.
摘要:从质粒pXZ10145和pUC19出发,构建了一个谷氨酸棒杆菌/大肠杆菌穿梭载体pAK6。pAK6的大小为5684bp,带有卡那霉素和氨苄青霉素抗性选择标记,以及多克隆位点。在pAK6基础上,构建了以氯霉素乙酰转移酶为报告基因的启动子探测载体pAKC6,pAKC6的大小为6474bp。采用鸟枪法,将经Sau3AI消化的谷氨酸棒杆菌基因组片段连入pAKC6;根据谷氨酸棒杆菌对氯霉素的抗性,从中分离出两个具有启动子功能的插入片段。通过测定报告基因氯霉素乙酰转移酶的活性,对两个启动子片段在谷氨酸棒杆菌中的强度进行了初步的判断;测序后,用启动子预测软件对其结构进行了预测,证实了启动子序列的存在。
2007, 47(2):197-200.
摘要:将新城疫病毒ZJI株基因组cDNA全长分成7个片段,依次连接并克隆至TVT7R转录载体中,构建了含ZJI株全基因组cDNA的转录载体(pNDV/ZJI),pNDV/ZJI与3个辅助表达质粒pCI-NP、pCI-P和pCI-L共转染BSR-T7/5细胞,成功拯救出了具有感染性的新城疫病毒粒子。设计两对引物,经overlapPCR方法将该毒株F蛋白裂解位点的112、115和117位碱性氨基酸突变成弱毒株特征的非碱性氨基酸后,替换pNDV/ZJI上的对应序列,构建了转录载体pNDV/ZJIFM,将pNDV/ZJIFM与3个辅助表达质粒共转染BSR-T7/5细胞,成功拯救出了致弱的基因VIId型鹅源新城疫病毒NDV/ZJIFM,获救病毒的鸡胚最小致死剂量平均死亡时间(MDT)大于120h,同时该病毒的脑内接种致病指数(ICPI)为0.16,上述结果表明,获救病毒的毒力已被致弱,是一个较为理想的疫苗候选株。
2007, 47(2):197-200.
摘要:将新城疫病毒ZJI株基因组cDNA全长分成7个片段,依次连接并克隆至TVT7R转录载体中,构建了含ZJI株全基因组cDNA的转录载体(pNDV/ZJI),pNDV/ZJI与3个辅助表达质粒pCI-NP、pCI-P和pCI-L共转染BSR-T7/5细胞,成功拯救出了具有感染性的新城疫病毒粒子。设计两对引物,经overlapPCR方法将该毒株F蛋白裂解位点的112、115和117位碱性氨基酸突变成弱毒株特征的非碱性氨基酸后,替换pNDV/ZJI上的对应序列,构建了转录载体pNDV/ZJIFM,将pNDV/ZJIFM与3个辅助表达质粒共转染BSR-T7/5细胞,成功拯救出了致弱的基因VIId型鹅源新城疫病毒NDV/ZJIFM,获救病毒的鸡胚最小致死剂量平均死亡时间(MDT)大于120h,同时该病毒的脑内接种致病指数(ICPI)为0.16,上述结果表明,获救病毒的毒力已被致弱,是一个较为理想的疫苗候选株。
2007, 47(2):201-207.
摘要:为探明海口地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的耐药性和携带的葡萄球菌染色体mec盒(SCCmec)型别,对收集的1174株金黄色葡萄球菌用PBP2a检测法确证为MRSA有686株,用多重PCR对58株进行SCCmec分型测定,并用K-B琼脂扩散法和E-test法测定其对临床常用7类抗生素的代表性药物耐药性。结果在17株中又发现了7种新的SCCmec型别,其结构特点为:New3含A、F、H、M4个位点,New4型含F、H、M3个位点,New5含D、B、M3个位点,New6型含A、B、M3个位点,New7型含H、E、C、M4个位点,New8型含A、M两个位点,New9型含A、C、M3个位点;它们均与报道型别的结构特点存在明显差异;且携带新型的MRSA菌株,其分布特点及抗药性也与已报道的菌株存在差异:多分自门诊病人,且耐药性高,抗药谱较广,值得引起高度重视和关注。
2007, 47(2):201-207.
摘要:为探明海口地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的耐药性和携带的葡萄球菌染色体mec盒(SCCmec)型别,对收集的1174株金黄色葡萄球菌用PBP2a检测法确证为MRSA有686株,用多重PCR对58株进行SCCmec分型测定,并用K-B琼脂扩散法和E-test法测定其对临床常用7类抗生素的代表性药物耐药性。结果在17株中又发现了7种新的SCCmec型别,其结构特点为:New3含A、F、H、M4个位点,New4型含F、H、M3个位点,New5含D、B、M3个位点,New6型含A、B、M3个位点,New7型含H、E、C、M4个位点,New8型含A、M两个位点,New9型含A、C、M3个位点;它们均与报道型别的结构特点存在明显差异;且携带新型的MRSA菌株,其分布特点及抗药性也与已报道的菌株存在差异:多分自门诊病人,且耐药性高,抗药谱较广,值得引起高度重视和关注。
2007, 47(2):208-212.
摘要:根据黄单胞菌gacA基因的同源性设计简并引物,采用PCR方法从水稻条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xooc)中克隆了gacA同源基因,命名为gacAXooc。序列比较显示,该基因在黄单胞菌中是相对保守的。通过同源重组的方法,构建了gacAXooc的插入突变株。对0.1% Tryptone的趋化应答能力检测发现,gacA突变株的趋化能力明显降低,证明gacA与Xooc的趋化性相关。
2007, 47(2):208-212.
摘要:根据黄单胞菌gacA基因的同源性设计简并引物,采用PCR方法从水稻条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xooc)中克隆了gacA同源基因,命名为gacAXooc。序列比较显示,该基因在黄单胞菌中是相对保守的。通过同源重组的方法,构建了gacAXooc的插入突变株。对0.1% Tryptone的趋化应答能力检测发现,gacA突变株的趋化能力明显降低,证明gacA与Xooc的趋化性相关。
2007, 47(2):213-216.
摘要:采用未培养技术和脉冲场电泳技术直接从瘤胃微生物提取到大小在2Mb左右混合微生物DNA,经HindⅢ不完全酶切获得50~100kbDNA片段,将其连接在pCC1BAC载体上,转化E.coliEPI300,得到瘤胃微生物BAC文库,经对文库的鉴定分析,该文库的平均插入片段54.5kb,空载体率小于2%,库容837Mb,共保存15360个克隆。通过对该文库进行部分酶活性筛选,获得具有淀粉酶活性的克隆16个;纤维素酶活性的克隆26个,而且能降解纤维素的克隆中25个呈现多酶活性。这些结果表明该文库具有重要研究价值。
2007, 47(2):213-216.
摘要:采用未培养技术和脉冲场电泳技术直接从瘤胃微生物提取到大小在2Mb左右混合微生物DNA,经HindⅢ不完全酶切获得50~100kbDNA片段,将其连接在pCC1BAC载体上,转化E.coliEPI300,得到瘤胃微生物BAC文库,经对文库的鉴定分析,该文库的平均插入片段54.5kb,空载体率小于2%,库容837Mb,共保存15360个克隆。通过对该文库进行部分酶活性筛选,获得具有淀粉酶活性的克隆16个;纤维素酶活性的克隆26个,而且能降解纤维素的克隆中25个呈现多酶活性。这些结果表明该文库具有重要研究价值。
郑大胜 , Neil Crickmore , 蔡亚君 , 闫建平 , 袁志明
2007, 47(2):217-220.
摘要:在蚊幼虫生活水域里的离中不粘柄菌(Asticcacaulis excentricus,Ae)中已成功表达苏云金芽孢杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis subsp.israelensis,Bti)杀蚊蛋白基因cry11Aa的基础上,将另一Bti杀蚊蛋白基因cyt1Aa转化入Ae中表达。构建并转化了分别单独含有cyt1Aa基因、及同时含有cry11Aa基因的表达质粒pSODCyt20和pSODCryCyt20,蛋白免疫杂交检测相应的Ae重组子分别表达产生了Cyt1Aa和Cry11Aa蛋白。为了探究Ae(pSODCryCyt20)重组子不能表达cyt1Aa的原因,提取了重组子总RNA、并与同是革兰氏染色阴性的大肠杆菌的总RNA比较,结果显示两者RNA系统显著不同,推测Ae中多个外源基因的表达,可能要求每个基因必需一个启动子。
郑大胜 , Neil Crickmore , 蔡亚君 , 闫建平 , 袁志明
2007, 47(2):217-220.
摘要:在蚊幼虫生活水域里的离中不粘柄菌(Asticcacaulis excentricus,Ae)中已成功表达苏云金芽孢杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis subsp.israelensis,Bti)杀蚊蛋白基因cry11Aa的基础上,将另一Bti杀蚊蛋白基因cyt1Aa转化入Ae中表达。构建并转化了分别单独含有cyt1Aa基因、及同时含有cry11Aa基因的表达质粒pSODCyt20和pSODCryCyt20,蛋白免疫杂交检测相应的Ae重组子分别表达产生了Cyt1Aa和Cry11Aa蛋白。为了探究Ae(pSODCryCyt20)重组子不能表达cyt1Aa的原因,提取了重组子总RNA、并与同是革兰氏染色阴性的大肠杆菌的总RNA比较,结果显示两者RNA系统显著不同,推测Ae中多个外源基因的表达,可能要求每个基因必需一个启动子。
2007, 47(2):221-227.
摘要:从江苏省部分地区收集了117个沙门氏菌分离株,其中食物源和人源菌株分别有81株和36株。16种抗生素敏感性试验表明,有111个分离株对2种或2种以上的抗生素有耐药性,人源沙门氏菌分离株的抗生素耐药率比食物源的高,单一抗生素以链霉素耐药率(92.3%,108/117)最高。对5种或5种以上抗生素耐药的分离株有59株(50.4%),其中对特定六种抗生素:氨苄青霉素、氯霉素、链霉素、磺胺、四环素和卡那霉素耐药(ACSSuTK,R型)的菌株有12株。设计18对耐药基因和I类整合子保守区的引物,对36株有不同来源和耐药特征的多重耐药菌株进行耐药基因和I类整合子的检测,PCR扩增结果与抗生素敏感性表型一致。有30株细菌携带有I类整合子,大小为0.3、0.6、1.0、1.2和1.6kb,其中1.6kb(aadA5-dfr17)大小的整合子在25株细菌中分布(24/36)。接合试验表明,氨苄青霉素、氯霉素、链霉素、甲氧苄氨嘧啶和四环素的耐药特性是由接合性质粒携带。结果显示,耐药基因多数由I类整合子和质粒携带,可以通过接合试验发生转移,可移动的DNA成分可能在耐药特性的转移和分布中起到重要作用。
2007, 47(2):221-227.
摘要:从江苏省部分地区收集了117个沙门氏菌分离株,其中食物源和人源菌株分别有81株和36株。16种抗生素敏感性试验表明,有111个分离株对2种或2种以上的抗生素有耐药性,人源沙门氏菌分离株的抗生素耐药率比食物源的高,单一抗生素以链霉素耐药率(92.3%,108/117)最高。对5种或5种以上抗生素耐药的分离株有59株(50.4%),其中对特定六种抗生素:氨苄青霉素、氯霉素、链霉素、磺胺、四环素和卡那霉素耐药(ACSSuTK,R型)的菌株有12株。设计18对耐药基因和I类整合子保守区的引物,对36株有不同来源和耐药特征的多重耐药菌株进行耐药基因和I类整合子的检测,PCR扩增结果与抗生素敏感性表型一致。有30株细菌携带有I类整合子,大小为0.3、0.6、1.0、1.2和1.6kb,其中1.6kb(aadA5-dfr17)大小的整合子在25株细菌中分布(24/36)。接合试验表明,氨苄青霉素、氯霉素、链霉素、甲氧苄氨嘧啶和四环素的耐药特性是由接合性质粒携带。结果显示,耐药基因多数由I类整合子和质粒携带,可以通过接合试验发生转移,可移动的DNA成分可能在耐药特性的转移和分布中起到重要作用。
2007, 47(2):228-234.
摘要:从不同海域的海水、海泥和海洋生物中分离海洋细菌,利用琼脂扩散法和MTT法对细菌培养液的乙酸乙酯提取物进行了抗菌和细胞毒活性筛选,并对具有细胞毒活性的细菌菌株进行了16SrRNA系统发生学分析和多聚酮合酶(PKSⅠ型)、非核糖体肽合成酶(NRPS)的筛选。结果显示,在分离到的346株海洋细菌中,42株细菌具有抗菌活性,12株具有细胞毒活性。对12株具有细胞毒活性的细菌菌株进行了16SrRNA系统发生学分析,它们分别属于Agrobacterium,Pseudoalteromons,Bacillus,Paracoccus,Rheinheimera,Aerococcus,Exiguobacterium和Alteromonas8个属。对这12株具有细胞毒活性的细菌菌株进行进一步的PKS和NRPS筛选,得到了4株含有PKSⅠ型的KS结构域或NPRS的A结构域的海洋细菌,为从聚酮和非核糖体肽等生物合成途径去深入研究其次生代谢产物提供了基因学的证据。
2007, 47(2):228-234.
摘要:从不同海域的海水、海泥和海洋生物中分离海洋细菌,利用琼脂扩散法和MTT法对细菌培养液的乙酸乙酯提取物进行了抗菌和细胞毒活性筛选,并对具有细胞毒活性的细菌菌株进行了16SrRNA系统发生学分析和多聚酮合酶(PKSⅠ型)、非核糖体肽合成酶(NRPS)的筛选。结果显示,在分离到的346株海洋细菌中,42株细菌具有抗菌活性,12株具有细胞毒活性。对12株具有细胞毒活性的细菌菌株进行了16SrRNA系统发生学分析,它们分别属于Agrobacterium,Pseudoalteromons,Bacillus,Paracoccus,Rheinheimera,Aerococcus,Exiguobacterium和Alteromonas8个属。对这12株具有细胞毒活性的细菌菌株进行进一步的PKS和NRPS筛选,得到了4株含有PKSⅠ型的KS结构域或NPRS的A结构域的海洋细菌,为从聚酮和非核糖体肽等生物合成途径去深入研究其次生代谢产物提供了基因学的证据。
2007, 47(2):235-239.
摘要:建立了用于检测大肠杆菌(Escherichia coli)ATCC25922的acrA基因mRNA表达水平的定量竞争性RT-PCR(QC-RT-PCR)体系。PCR合成目标片段的突变型片段(321bp)作为内标准模板(Internal standard,IS),与目标片段一致的片段(389bp)作为目标模板(Target standard,TS),优化两种模板共扩增体系;梯度稀释IS与等量大肠杆菌cDNA样本共扩增,扫描电泳条带,软件分析数据。结果表明,引物设计合适,以IS和TS为模板实现共扩增,产物(321bp和389bp)通过1.5%琼脂糖凝胶电泳有效分离;梯度稀释IS与cDNA共扩增产物出现亮度梯度电泳条带;获得一元回归曲线y=-0.345+0.097x(相关系数r=0.959,标准差s=0.05997)。该研究成功构建内标准模板,优化的共扩增PCR体系实现了对大肠杆菌ATCC25922中acrA基因mRNA表达水平的检测,具有简便、高效、敏感度高等优点。
2007, 47(2):235-239.
摘要:建立了用于检测大肠杆菌(Escherichia coli)ATCC25922的acrA基因mRNA表达水平的定量竞争性RT-PCR(QC-RT-PCR)体系。PCR合成目标片段的突变型片段(321bp)作为内标准模板(Internal standard,IS),与目标片段一致的片段(389bp)作为目标模板(Target standard,TS),优化两种模板共扩增体系;梯度稀释IS与等量大肠杆菌cDNA样本共扩增,扫描电泳条带,软件分析数据。结果表明,引物设计合适,以IS和TS为模板实现共扩增,产物(321bp和389bp)通过1.5%琼脂糖凝胶电泳有效分离;梯度稀释IS与cDNA共扩增产物出现亮度梯度电泳条带;获得一元回归曲线y=-0.345+0.097x(相关系数r=0.959,标准差s=0.05997)。该研究成功构建内标准模板,优化的共扩增PCR体系实现了对大肠杆菌ATCC25922中acrA基因mRNA表达水平的检测,具有简便、高效、敏感度高等优点。
2007, 47(2):240-243.
摘要:应用细菌学常规方法和分子生物学检测方法对绵羊种布鲁氏菌非典型株019进行分类研究。利用高变8聚核苷酸DNA指纹技术(HOOF-Prints)对绵羊种布鲁氏菌019株可变数目重复片段(VNTR)的8个位点进行PCR扩增和序列测定,将测定结果与GenBank数据库比较分析,应用DNAMAN进行同源性分析,并构建系统进化树。结果表明,绵羊种布鲁氏菌019株和绵羊种布鲁氏菌参考株63/290的亲缘关系高于绵羊种布鲁氏菌019株与其他参考株的亲缘关系,该结论与细菌学常规鉴定结果一致。应用HOOF-Prints技术可以对绵羊种布鲁氏菌非典型株019进行鉴定,该技术有望弥补传统分类方法的不足。
2007, 47(2):240-243.
摘要:应用细菌学常规方法和分子生物学检测方法对绵羊种布鲁氏菌非典型株019进行分类研究。利用高变8聚核苷酸DNA指纹技术(HOOF-Prints)对绵羊种布鲁氏菌019株可变数目重复片段(VNTR)的8个位点进行PCR扩增和序列测定,将测定结果与GenBank数据库比较分析,应用DNAMAN进行同源性分析,并构建系统进化树。结果表明,绵羊种布鲁氏菌019株和绵羊种布鲁氏菌参考株63/290的亲缘关系高于绵羊种布鲁氏菌019株与其他参考株的亲缘关系,该结论与细菌学常规鉴定结果一致。应用HOOF-Prints技术可以对绵羊种布鲁氏菌非典型株019进行鉴定,该技术有望弥补传统分类方法的不足。
2007, 47(2):244-248.
摘要:植物乳杆菌ZS2058是从泡菜中筛选到一株具有转化共轭亚油酸能力的乳酸菌。该菌株在MRS培养基中经0.5mg/mL的亚油酸诱导培养后,所获得的菌体细胞具有较强的转化能力。文中就植物乳杆菌ZS2058水洗细胞在磷酸盐缓冲液体系中生物转化共轭亚油酸进行了深入研究。在非厌氧条件下,植物乳杆菌ZS2058在亚油酸浓度为1mg/mL,湿细胞质量浓度约为150mg/mL,120r/min、37℃的条件下反应24h后,能将亚油酸转化为共轭亚油酸和羟基脂肪酸,其中c9,t11-CLA占所产生的CLA总量的96.4%,产量可高达312.4μg/mL,说明该菌株有很强的专一性。随着反应进一步进行,反应至36h时,c9,t11-CLA含量逐渐减少,伴随着大量羟基脂肪酸的产生;并且,以CLA(c9,t11-CLA和t10,c12-CLA的混合样品)为底物进行反应时,c9,t11-CLA被转化为羟基脂肪酸。由此可知,c9,t11-CLA可能是该菌株生物转化LA过程中的一个中间产物。
2007, 47(2):244-248.
摘要:植物乳杆菌ZS2058是从泡菜中筛选到一株具有转化共轭亚油酸能力的乳酸菌。该菌株在MRS培养基中经0.5mg/mL的亚油酸诱导培养后,所获得的菌体细胞具有较强的转化能力。文中就植物乳杆菌ZS2058水洗细胞在磷酸盐缓冲液体系中生物转化共轭亚油酸进行了深入研究。在非厌氧条件下,植物乳杆菌ZS2058在亚油酸浓度为1mg/mL,湿细胞质量浓度约为150mg/mL,120r/min、37℃的条件下反应24h后,能将亚油酸转化为共轭亚油酸和羟基脂肪酸,其中c9,t11-CLA占所产生的CLA总量的96.4%,产量可高达312.4μg/mL,说明该菌株有很强的专一性。随着反应进一步进行,反应至36h时,c9,t11-CLA含量逐渐减少,伴随着大量羟基脂肪酸的产生;并且,以CLA(c9,t11-CLA和t10,c12-CLA的混合样品)为底物进行反应时,c9,t11-CLA被转化为羟基脂肪酸。由此可知,c9,t11-CLA可能是该菌株生物转化LA过程中的一个中间产物。
2007, 47(2):249-253.
摘要:应用途径分析方法分析了在拟稳态时黄色短杆菌(Brevibacterium flavum)TK0303由葡萄糖发酵生产L-亮氨酸的代谢途径,确定了L-亮氨酸合成的最佳途径和最大理论产率。通过比较途径分析所获得的反应模型,确定了丙酮酸和乙酰辅酶A是L-亮氨酸合成途径的关键节点。在此基础上改变外界环境因子,强化L-亮氨酸生物合成途径中丙酮酸和乙酰辅酶A两个关键节点的代谢流,以期进一步提高L-亮氨酸产率。结果表明,经过谷氨酸以及醋酸铵的调节,代谢途径流量发生显著变化,L-亮氨酸产量有明显提高。
2007, 47(2):249-253.
摘要:应用途径分析方法分析了在拟稳态时黄色短杆菌(Brevibacterium flavum)TK0303由葡萄糖发酵生产L-亮氨酸的代谢途径,确定了L-亮氨酸合成的最佳途径和最大理论产率。通过比较途径分析所获得的反应模型,确定了丙酮酸和乙酰辅酶A是L-亮氨酸合成途径的关键节点。在此基础上改变外界环境因子,强化L-亮氨酸生物合成途径中丙酮酸和乙酰辅酶A两个关键节点的代谢流,以期进一步提高L-亮氨酸产率。结果表明,经过谷氨酸以及醋酸铵的调节,代谢途径流量发生显著变化,L-亮氨酸产量有明显提高。
2007, 47(2):254-259.
摘要:在革兰氏阴性菌中,全局性调控因子QscR参与菌群传感调节系统,调节多种毒素因子、次生代谢产物、稳定期基因以及参与生物膜形成的基因的表达,它通过与靶基因DNA启动子的调节元件结合,调节基因转录。假单胞菌株(Pseudomonas sp.)M-18是促进植物生长的根际细菌,能同时分泌藤黄绿菌素(pyoluterion,Plt)和吩嗪-1-羧酸(phenazine-1-carboxylicacid,PCA)。运用同源重组技术,构建了假单胞菌(Pseudomonas sp.)M-18株的qscR突变菌株M-18Q。比较野生株M-18和突变株M-18Q生物合成PCA和Plt的产量,在28℃恒温条件下,在PPM和KMB培养基中M-18Q菌株合成PCA的量分别约为野生型M-18菌株的4~6倍和3~5倍,分别达到480μg/mL和140μg/mL。在PPM培养基中,野生株M-18和突变株M-18Q几乎都没有Plt的合成,而在KMB培养基中,突变菌株和野生型M-18合成Plt的量基本一致。反式互补实验表明,在qscR突变株M-18Q中,PCA生物合成受到抑制而Plt的生物合成却不受影响。phzA基因是吩嗪合成基因簇中第一个基因,phzA‘_’lacZ翻译融合实验表明,qscR基因产物通过抑制PCA合成基因簇的表达,实施负调控作用。结果表明qscR基因是作为一个全局调控基因区别性地调控PCA和Plt的物合成。
2007, 47(2):254-259.
摘要:在革兰氏阴性菌中,全局性调控因子QscR参与菌群传感调节系统,调节多种毒素因子、次生代谢产物、稳定期基因以及参与生物膜形成的基因的表达,它通过与靶基因DNA启动子的调节元件结合,调节基因转录。假单胞菌株(Pseudomonas sp.)M-18是促进植物生长的根际细菌,能同时分泌藤黄绿菌素(pyoluterion,Plt)和吩嗪-1-羧酸(phenazine-1-carboxylicacid,PCA)。运用同源重组技术,构建了假单胞菌(Pseudomonas sp.)M-18株的qscR突变菌株M-18Q。比较野生株M-18和突变株M-18Q生物合成PCA和Plt的产量,在28℃恒温条件下,在PPM和KMB培养基中M-18Q菌株合成PCA的量分别约为野生型M-18菌株的4~6倍和3~5倍,分别达到480μg/mL和140μg/mL。在PPM培养基中,野生株M-18和突变株M-18Q几乎都没有Plt的合成,而在KMB培养基中,突变菌株和野生型M-18合成Plt的量基本一致。反式互补实验表明,在qscR突变株M-18Q中,PCA生物合成受到抑制而Plt的生物合成却不受影响。phzA基因是吩嗪合成基因簇中第一个基因,phzA‘_’lacZ翻译融合实验表明,qscR基因产物通过抑制PCA合成基因簇的表达,实施负调控作用。结果表明qscR基因是作为一个全局调控基因区别性地调控PCA和Plt的物合成。
2007, 47(2):260-264.
摘要:以凝胶层析纯化的植物乳杆菌素作用单核细胞增生李斯特氏菌,结果表明该细菌素可以导致能量化的敏感细胞胞内K+、无机磷离子、乳酸脱氢酶、紫外吸收物质和ATP发生不同程度的泄漏,相应地破坏了膜Δψ和部分ΔpH,引起PMF的耗散,结果导致细胞的死亡。综合所测指标,可以推测植物乳杆菌素L-1对单增李斯特氏菌的作用目标主要是细胞膜,通过形成非选择性孔洞使得选择性离子和小分子生命物质外泄,从而打破原有平衡,最终引起细胞的衰亡。
2007, 47(2):260-264.
摘要:以凝胶层析纯化的植物乳杆菌素作用单核细胞增生李斯特氏菌,结果表明该细菌素可以导致能量化的敏感细胞胞内K+、无机磷离子、乳酸脱氢酶、紫外吸收物质和ATP发生不同程度的泄漏,相应地破坏了膜Δψ和部分ΔpH,引起PMF的耗散,结果导致细胞的死亡。综合所测指标,可以推测植物乳杆菌素L-1对单增李斯特氏菌的作用目标主要是细胞膜,通过形成非选择性孔洞使得选择性离子和小分子生命物质外泄,从而打破原有平衡,最终引起细胞的衰亡。
2007, 47(2):265-269.
摘要:用低能N+离子束注入转谷氨酰胺酶产生菌氟氏链霉菌后,通过试验,初步确定了注入的效应曲线,获得了一系列突变菌株。提取原始菌株和突变菌株的DNA,采用PCR反应分段扩增出转谷氨酰胺酶基因进行单链构象多态性分析(SSCP),并将特异性条带克隆测序进行基因突变型的鉴定,分析离子束注入引起链霉菌基因的基因突变类型及特点。结果显示:碱基变异的类型包括转换、颠换和缺失。在检测到的24个碱基突变中,主要是碱基的置换(87.5%),碱基缺失的比例比较小(12.5%)。在碱基置换中,转换的频率(58.3%)高于颠换的频率(29.2%)。转换主要以C→T,A→G为主,颠换以G→T,C→G为主。此外构成DNA的4种碱基均可以被离子束辐照诱发变异,其中胞嘧啶发生突变的频率较高。
2007, 47(2):265-269.
摘要:用低能N+离子束注入转谷氨酰胺酶产生菌氟氏链霉菌后,通过试验,初步确定了注入的效应曲线,获得了一系列突变菌株。提取原始菌株和突变菌株的DNA,采用PCR反应分段扩增出转谷氨酰胺酶基因进行单链构象多态性分析(SSCP),并将特异性条带克隆测序进行基因突变型的鉴定,分析离子束注入引起链霉菌基因的基因突变类型及特点。结果显示:碱基变异的类型包括转换、颠换和缺失。在检测到的24个碱基突变中,主要是碱基的置换(87.5%),碱基缺失的比例比较小(12.5%)。在碱基置换中,转换的频率(58.3%)高于颠换的频率(29.2%)。转换主要以C→T,A→G为主,颠换以G→T,C→G为主。此外构成DNA的4种碱基均可以被离子束辐照诱发变异,其中胞嘧啶发生突变的频率较高。
2007, 47(2):270-273.
摘要:利用选择性培养基筛选大肠杆菌自然突变菌株,经噬菌体P1转导和蛋白质互补试验,发现一株突变体(LCH001)的突变基因发生在编码RNA聚合酶β′亚基的rpoC基因上,经DNA序列分析,发现突变位点发生在第3406个碱基上,由G变成了T,导致编码的氨基酸由甘氨酸(GGT)变成半胱氨酸(TGT)。体内转录试验表明该突变RNA聚合酶转录严谨型启动子控制基因的活性显著降低,其β-半乳糖苷酶的活性是野生型菌株的18%,而转录非严谨型启动子控制基因的活性显著提高,其β-半乳糖苷酶的活性约是野生型菌株的5倍。研究结果对探讨RNA聚合酶结构与功能的关系以及RNA聚合酶在细菌严谨反应过程中的作用具有重要意义。
2007, 47(2):270-273.
摘要:利用选择性培养基筛选大肠杆菌自然突变菌株,经噬菌体P1转导和蛋白质互补试验,发现一株突变体(LCH001)的突变基因发生在编码RNA聚合酶β′亚基的rpoC基因上,经DNA序列分析,发现突变位点发生在第3406个碱基上,由G变成了T,导致编码的氨基酸由甘氨酸(GGT)变成半胱氨酸(TGT)。体内转录试验表明该突变RNA聚合酶转录严谨型启动子控制基因的活性显著降低,其β-半乳糖苷酶的活性是野生型菌株的18%,而转录非严谨型启动子控制基因的活性显著提高,其β-半乳糖苷酶的活性约是野生型菌株的5倍。研究结果对探讨RNA聚合酶结构与功能的关系以及RNA聚合酶在细菌严谨反应过程中的作用具有重要意义。
2007, 47(2):274-279.
摘要:通过PCR扩增克隆到酵母菌甾醇C-22去饱和酶基因(ERG5)的编码序列及其终止子序列,以大肠杆菌-酿酒酵母穿梭质粒YEp352为载体,以磷酸甘油酸激酶基因PGK1启动子为上游调控元件构建了酵母菌表达质粒pYPE5。以铜离子螯合蛋白基因CUP1替换ERG5基因内部序列获得ERG5破坏菌株YSE5,其中麦角甾醇的合成被阻断,而积累了甾醇中间体Ergosta-5,7-dien-3β-ol。表达质粒pYPE5转化破坏菌株后使细胞恢复了合成麦角甾醇的能力。说明表达质粒上的ERG5基因得到了功能性的表达。将表达质粒pYPE5转化酿酒酵母单倍体菌株YS58,通过营养缺陷互补筛选到重组菌株YS58(pYPE5)。对重组菌株、破坏菌株和互补菌株细胞甾醇组分和含量进行测定,发现重组菌株和互补菌株的麦角甾醇和总甾醇含量明显低于对照菌YS58(YEp352)。测定不同培养时间细胞的麦角甾醇含量,发现重组菌株的麦角甾醇含量始终低于对照菌YS58(YEp352)。可见,ERG5在酵母中的高表达导致细胞麦角甾醇含量降低。
2007, 47(2):274-279.
摘要:通过PCR扩增克隆到酵母菌甾醇C-22去饱和酶基因(ERG5)的编码序列及其终止子序列,以大肠杆菌-酿酒酵母穿梭质粒YEp352为载体,以磷酸甘油酸激酶基因PGK1启动子为上游调控元件构建了酵母菌表达质粒pYPE5。以铜离子螯合蛋白基因CUP1替换ERG5基因内部序列获得ERG5破坏菌株YSE5,其中麦角甾醇的合成被阻断,而积累了甾醇中间体Ergosta-5,7-dien-3β-ol。表达质粒pYPE5转化破坏菌株后使细胞恢复了合成麦角甾醇的能力。说明表达质粒上的ERG5基因得到了功能性的表达。将表达质粒pYPE5转化酿酒酵母单倍体菌株YS58,通过营养缺陷互补筛选到重组菌株YS58(pYPE5)。对重组菌株、破坏菌株和互补菌株细胞甾醇组分和含量进行测定,发现重组菌株和互补菌株的麦角甾醇和总甾醇含量明显低于对照菌YS58(YEp352)。测定不同培养时间细胞的麦角甾醇含量,发现重组菌株的麦角甾醇含量始终低于对照菌YS58(YEp352)。可见,ERG5在酵母中的高表达导致细胞麦角甾醇含量降低。
2007, 47(2):280-284.
摘要:根据已发表的植酸酶基因和甘露聚糖酶基因序列设计并合成引物,应用PCR技术,分别以土曲霉总DNA和质粒pHBM1201为模板,扩增出均不含假定信号肽序列的植酸酶基因phyA和甘露聚糖酶基因man,将它们各自克隆到毕赤酵母表达载体pHBM907C上,分别得到重组质粒pHBM907C-phyA和pHBM907C-man。将质粒pHBM907C-phyA上由乙醇氧化酶(AOX1)启动子和终止子引导表达、酿酒酵母α信号肽序列引导分泌的phyA表达盒式结构插入到质粒pHBM907C-man中,构成双基因表达分泌质粒pHBM907C-phyA-man。pHBM907C-phyA-man经SalⅠ酶切线性后转化毕赤酵母(Pichiapastoris)GS115,获得了同时分泌表达植酸酶和甘露聚糖酶的双功能酵母工程菌。研究了该酵母工程菌所分泌表达的重组植酸酶和甘露聚糖酶的相关酶学性质,并进行了双功能酵母工程菌的稳定性测试。
2007, 47(2):280-284.
摘要:根据已发表的植酸酶基因和甘露聚糖酶基因序列设计并合成引物,应用PCR技术,分别以土曲霉总DNA和质粒pHBM1201为模板,扩增出均不含假定信号肽序列的植酸酶基因phyA和甘露聚糖酶基因man,将它们各自克隆到毕赤酵母表达载体pHBM907C上,分别得到重组质粒pHBM907C-phyA和pHBM907C-man。将质粒pHBM907C-phyA上由乙醇氧化酶(AOX1)启动子和终止子引导表达、酿酒酵母α信号肽序列引导分泌的phyA表达盒式结构插入到质粒pHBM907C-man中,构成双基因表达分泌质粒pHBM907C-phyA-man。pHBM907C-phyA-man经SalⅠ酶切线性后转化毕赤酵母(Pichiapastoris)GS115,获得了同时分泌表达植酸酶和甘露聚糖酶的双功能酵母工程菌。研究了该酵母工程菌所分泌表达的重组植酸酶和甘露聚糖酶的相关酶学性质,并进行了双功能酵母工程菌的稳定性测试。
2007, 47(2):285-289.
摘要:采用免培养的rpoB和16S rDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对3种山羊(波尔山羊,内蒙古绒山羊,四川南江黄羊)瘤胃细菌优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示rpoBDGGE图谱中条带数目少于16S rDNA图谱,并且条带分离效果明显,更有利于分析瘤胃细菌群落组成。从两种DGGE图谱中均可以发现3种山羊瘤胃细菌具有一定的相似性,种内个体间相似性明显高于种间相似性,这说明寄主品种是影响瘤胃细菌种群构成的一个重要因素。同时进行了部分优势细菌16S rDNA基因V6-V8区序列的系统发育分析。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有4条克隆的序列与基因库最相似菌的相似性大于97%,余下的克隆序列相似性在89%~96%之间,其中13条序列的与之相似性最高的序列均来自于未被鉴定的瘤胃细菌。
2007, 47(2):285-289.
摘要:采用免培养的rpoB和16S rDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对3种山羊(波尔山羊,内蒙古绒山羊,四川南江黄羊)瘤胃细菌优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示rpoBDGGE图谱中条带数目少于16S rDNA图谱,并且条带分离效果明显,更有利于分析瘤胃细菌群落组成。从两种DGGE图谱中均可以发现3种山羊瘤胃细菌具有一定的相似性,种内个体间相似性明显高于种间相似性,这说明寄主品种是影响瘤胃细菌种群构成的一个重要因素。同时进行了部分优势细菌16S rDNA基因V6-V8区序列的系统发育分析。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有4条克隆的序列与基因库最相似菌的相似性大于97%,余下的克隆序列相似性在89%~96%之间,其中13条序列的与之相似性最高的序列均来自于未被鉴定的瘤胃细菌。
2007, 47(2):290-294.
摘要:应用T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)技术分析和比较了胜利油田单12区块的一口注水井(S12-zhu)和三口采油井(S12-4、S12-5和S12-19)的油藏微生物多样性。基于T-RFLP图谱的多样性指数表明注入水样品具有更丰富的细菌和古菌多样性。相似性指数表明,样品间细菌群落结构的相似性介于22.4%~30.8%之间,古菌群落结构的相似性介于20.8%~34.5%之间。查询RDP数据库推测这4个油藏样品所共有的优势微生物可能为Pseudomonas属,Marinobacter属和产甲烷微生物。T-RFLP技术能方便快捷的分析微生物多样性,其在油藏微生物多样性研究上的应用可以为MEOR提供有用的信息。
2007, 47(2):290-294.
摘要:应用T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)技术分析和比较了胜利油田单12区块的一口注水井(S12-zhu)和三口采油井(S12-4、S12-5和S12-19)的油藏微生物多样性。基于T-RFLP图谱的多样性指数表明注入水样品具有更丰富的细菌和古菌多样性。相似性指数表明,样品间细菌群落结构的相似性介于22.4%~30.8%之间,古菌群落结构的相似性介于20.8%~34.5%之间。查询RDP数据库推测这4个油藏样品所共有的优势微生物可能为Pseudomonas属,Marinobacter属和产甲烷微生物。T-RFLP技术能方便快捷的分析微生物多样性,其在油藏微生物多样性研究上的应用可以为MEOR提供有用的信息。
2007, 47(2):295-300.
摘要:应用PCR-DGGE和rRNA分析法研究了昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性。样品的细菌DGGE分析得到27条带,古菌得到18条带。样品与纯培养得到的19个属菌株的DGGE图谱对比分析发现,细菌18个属菌株,只有1个属菌株与样品中的1条带迁移位置都不一致;古菌1个属的菌株不与样品中任何条带迁移位置一致。表明纯培养所得菌株并非该环境中的优势类群。同时,建立了样品细菌和古菌的16S rDNA克隆文库,从中分别挑取36个细菌克隆和20个古菌克隆进行ARDRA分析。细菌可分为10个OTUs,其中3个OTUs是优势类群,分别占38.9%,25.0%,16.7%,其余7个OTUs各含有1个克隆。古菌分为8个OTUs,没有明显的优势类群。每个OTU的代表克隆16S rDNA序列分析表明,细菌分属3大类群:α-Proteobacteria,γ-Proteobacteria和Actinobacteria,以Pseudomonas属菌为优势,含有其它岩盐沉积中没有发现的Actinobacteria。古菌主要是Halorubrum属、Haloterrigena属菌和未培养古菌。本研究表明,昆明盐矿古老岩盐沉积具有较丰富的原核生物,但在原核生物物种组成和丰度上,免培养与此前的纯培养研究结果存在一定差异。因此,结合使用两类方法才能较全面地认识高盐极端环境微生物的多样性。
2007, 47(2):295-300.
摘要:应用PCR-DGGE和rRNA分析法研究了昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性。样品的细菌DGGE分析得到27条带,古菌得到18条带。样品与纯培养得到的19个属菌株的DGGE图谱对比分析发现,细菌18个属菌株,只有1个属菌株与样品中的1条带迁移位置都不一致;古菌1个属的菌株不与样品中任何条带迁移位置一致。表明纯培养所得菌株并非该环境中的优势类群。同时,建立了样品细菌和古菌的16S rDNA克隆文库,从中分别挑取36个细菌克隆和20个古菌克隆进行ARDRA分析。细菌可分为10个OTUs,其中3个OTUs是优势类群,分别占38.9%,25.0%,16.7%,其余7个OTUs各含有1个克隆。古菌分为8个OTUs,没有明显的优势类群。每个OTU的代表克隆16S rDNA序列分析表明,细菌分属3大类群:α-Proteobacteria,γ-Proteobacteria和Actinobacteria,以Pseudomonas属菌为优势,含有其它岩盐沉积中没有发现的Actinobacteria。古菌主要是Halorubrum属、Haloterrigena属菌和未培养古菌。本研究表明,昆明盐矿古老岩盐沉积具有较丰富的原核生物,但在原核生物物种组成和丰度上,免培养与此前的纯培养研究结果存在一定差异。因此,结合使用两类方法才能较全面地认识高盐极端环境微生物的多样性。
2007, 47(2):301-306.
摘要:反应器的群落结构分析有助于对工业装置的故障原因进行诊断。为了解决某焦化废水处理装置硝化功能低下的故障,构建了一套相似的实验室装置作为参照系统,该装置的硝化功能良好。通过工业装置和实验室装置好氧池生物膜16SrDNA克隆文库的比较,分析了它们之间硝化菌群的组成差异。实验室装置克隆文库的构成说明Nitrosomonas europaea-Nitrosoccus mobilis类群和Nitrospira属Ⅰ亚区系分别是该工艺条件下优势的氨氧化菌和亚硝酸氧化菌,但工业装置的克隆文库中却没有找到任何与硝化菌序列相近的克隆,这说明工业装置中硝化菌的多度较低。进一步使用Taqman荧光探针实时定量PCR测定了样品中Nitrospira属的多度,实验室装置中Nitrospira属16S rDNA的拷贝数达到3.4×106个/微克基因组DNA,而工业装置的测定值不到实验室装置的1/300。这些试验结果都表明工业装置好氧池微生物群落中缺少适当的硝化菌群是造成其硝化能力低下的重要原因。提高菌群中Nitrosomonas属和Nitrospira属的多度是解决工业装置硝化能力低下的关键。
2007, 47(2):301-306.
摘要:反应器的群落结构分析有助于对工业装置的故障原因进行诊断。为了解决某焦化废水处理装置硝化功能低下的故障,构建了一套相似的实验室装置作为参照系统,该装置的硝化功能良好。通过工业装置和实验室装置好氧池生物膜16SrDNA克隆文库的比较,分析了它们之间硝化菌群的组成差异。实验室装置克隆文库的构成说明Nitrosomonas europaea-Nitrosoccus mobilis类群和Nitrospira属Ⅰ亚区系分别是该工艺条件下优势的氨氧化菌和亚硝酸氧化菌,但工业装置的克隆文库中却没有找到任何与硝化菌序列相近的克隆,这说明工业装置中硝化菌的多度较低。进一步使用Taqman荧光探针实时定量PCR测定了样品中Nitrospira属的多度,实验室装置中Nitrospira属16S rDNA的拷贝数达到3.4×106个/微克基因组DNA,而工业装置的测定值不到实验室装置的1/300。这些试验结果都表明工业装置好氧池微生物群落中缺少适当的硝化菌群是造成其硝化能力低下的重要原因。提高菌群中Nitrosomonas属和Nitrospira属的多度是解决工业装置硝化能力低下的关键。
2007, 47(2):307-312.
摘要:应用竞争性定量PCR(QC-PCR)技术,对石化废水处理系统中投加的高效芳烃降解菌株Rhodococcus ruber Em1数量变化趋势及其作用进行了分析。持续5个月从处理系统中不定期采集活性污泥样品,进行Em1菌株定量测定和处理系统的效果分析。结果表明,基于16S rRNA基因的特异引物具菌种水平的特异性,用其扩增污泥总DNA,并对产物克隆测序,所扩增的产物中62.2%为Em1菌株16S rRNA基因片段。检测得到活性污泥样品中含Em1菌株数量范围为3.4×105~4.3×108CFU/g,表明所投加的高效降解菌在处理系统中长期稳定存活并繁殖;Em1菌量与COD去除量之间的相关性系数(R2)高达0.89,表明Em1菌量与系统的处理效果具有明显的正相关性。这些结果说明,投加的Em1菌株在高浓度多环芳烃等污染物存在的条件和复杂菌群环境中,仍能长期稳定地存活并繁殖,在废水处理系统中发挥重要的作用。
2007, 47(2):307-312.
摘要:应用竞争性定量PCR(QC-PCR)技术,对石化废水处理系统中投加的高效芳烃降解菌株Rhodococcus ruber Em1数量变化趋势及其作用进行了分析。持续5个月从处理系统中不定期采集活性污泥样品,进行Em1菌株定量测定和处理系统的效果分析。结果表明,基于16S rRNA基因的特异引物具菌种水平的特异性,用其扩增污泥总DNA,并对产物克隆测序,所扩增的产物中62.2%为Em1菌株16S rRNA基因片段。检测得到活性污泥样品中含Em1菌株数量范围为3.4×105~4.3×108CFU/g,表明所投加的高效降解菌在处理系统中长期稳定存活并繁殖;Em1菌量与COD去除量之间的相关性系数(R2)高达0.89,表明Em1菌量与系统的处理效果具有明显的正相关性。这些结果说明,投加的Em1菌株在高浓度多环芳烃等污染物存在的条件和复杂菌群环境中,仍能长期稳定地存活并繁殖,在废水处理系统中发挥重要的作用。
2007, 47(2):313-318.
摘要:为了揭示有机污染物对环境真细菌组成和多样性的影响,应用末端限制性片段长度多态性(tRFLP)和16S rDNA文库技术并结合水质分析方法,比较分析了松花江流域内受不同程度有机污染的4个水体及其沉积物中真细菌的群落结构。tRFLP分析表明各水体及底泥均呈现较为复杂的群落结构模式,不同底泥群落形成的末端限制性片段(TRF)图谱具有很高的相似性,但随着污染程度的加强,部分类群明显富集,而且在水样组和泥样组内,群落结构的相似性同水质相似性是一致的,主成分分析(PCA)显示水样和泥样中的真细菌TRF形成不同的群。16SrDNA文库分析表明松花江哈尔滨段底泥中真细菌分布于10个门,Proteobacteria门占优势,达群落总数的21.92%(β-Proteobacteria亚门占10.96%),而有机染污物严重超标的生活污水排污道底泥中的微生物多样性较低,分布于7个门,Proteobacteria门为优势群,占群落的47.37%(α-Proteobacteria亚门占21.05%,δ/ε-Proteobacteria亚门占15.79%)。该研究表明向水体中长期排放高浓度有机物能使系统中微生物群落多样性降低,与污染物降解相关的功能微生物类群明显富集。
2007, 47(2):313-318.
摘要:为了揭示有机污染物对环境真细菌组成和多样性的影响,应用末端限制性片段长度多态性(tRFLP)和16S rDNA文库技术并结合水质分析方法,比较分析了松花江流域内受不同程度有机污染的4个水体及其沉积物中真细菌的群落结构。tRFLP分析表明各水体及底泥均呈现较为复杂的群落结构模式,不同底泥群落形成的末端限制性片段(TRF)图谱具有很高的相似性,但随着污染程度的加强,部分类群明显富集,而且在水样组和泥样组内,群落结构的相似性同水质相似性是一致的,主成分分析(PCA)显示水样和泥样中的真细菌TRF形成不同的群。16SrDNA文库分析表明松花江哈尔滨段底泥中真细菌分布于10个门,Proteobacteria门占优势,达群落总数的21.92%(β-Proteobacteria亚门占10.96%),而有机染污物严重超标的生活污水排污道底泥中的微生物多样性较低,分布于7个门,Proteobacteria门为优势群,占群落的47.37%(α-Proteobacteria亚门占21.05%,δ/ε-Proteobacteria亚门占15.79%)。该研究表明向水体中长期排放高浓度有机物能使系统中微生物群落多样性降低,与污染物降解相关的功能微生物类群明显富集。
2007, 47(2):319-323.
摘要:自主转运蛋白(V型分泌系统)的β结构域已被证明可以将异源性多肽展示在细菌表面。运用DNA重组技术优化构建V型分泌系统MisL并在菌体表面展示F18大肠杆菌黏附素FedF及其受体结合域FedF1。含重组质粒pnirBMisL-fedF或pnirBMisL-fedF1大肠杆菌(E.coli)DH5α经厌氧诱导后,分别与兔抗F18ab菌毛FedF亚单位单因子血清和F18大肠杆菌黏附素受体易感性仔猪的小肠上皮细胞做玻板凝集试验和体外黏附试验,结果表明上述两株诱导表达重组菌与FedF抗血清发生明显的凝集反应,且能较好地黏附于F18大肠杆菌黏附素受体易感性仔猪小肠上皮细胞。而菌体表面展示F18大肠杆菌黏附素FedF突变体FedF(M)(黏附素受体结合域第88和89位组氨酸残基双突变为丙氨酸)的重组菌则失去上述凝集和黏附特性。以上试验结果说明,F18大肠杆菌黏附素FedF及其受体结合域FedF1在大肠杆菌表面得到了功能性表达,并进一步证明了位于FedF受体结合域内第88和89位组氨酸残基对FedF受体结合域的形成至关重要。
2007, 47(2):319-323.
摘要:自主转运蛋白(V型分泌系统)的β结构域已被证明可以将异源性多肽展示在细菌表面。运用DNA重组技术优化构建V型分泌系统MisL并在菌体表面展示F18大肠杆菌黏附素FedF及其受体结合域FedF1。含重组质粒pnirBMisL-fedF或pnirBMisL-fedF1大肠杆菌(E.coli)DH5α经厌氧诱导后,分别与兔抗F18ab菌毛FedF亚单位单因子血清和F18大肠杆菌黏附素受体易感性仔猪的小肠上皮细胞做玻板凝集试验和体外黏附试验,结果表明上述两株诱导表达重组菌与FedF抗血清发生明显的凝集反应,且能较好地黏附于F18大肠杆菌黏附素受体易感性仔猪小肠上皮细胞。而菌体表面展示F18大肠杆菌黏附素FedF突变体FedF(M)(黏附素受体结合域第88和89位组氨酸残基双突变为丙氨酸)的重组菌则失去上述凝集和黏附特性。以上试验结果说明,F18大肠杆菌黏附素FedF及其受体结合域FedF1在大肠杆菌表面得到了功能性表达,并进一步证明了位于FedF受体结合域内第88和89位组氨酸残基对FedF受体结合域的形成至关重要。
2007, 47(2):324-328.
摘要:S1基因是传染性支气管炎病毒(IBV)的主要保护性抗原基因,应用RT-PCR技术特异地扩增嗜肾型传染性支气管炎病毒X株的S1基因,经序列分析证实为S1基因,将其连接到含有人结核分枝杆菌启动子hsp70基因和堪萨斯分枝杆菌α信号肽基因的表达载体pRR3上,从而构建了大肠杆菌-分枝杆菌穿梭表达质粒pR-α-S1,再电转化至BCG中,形成重组菌株rBCG-S1。热激后S1蛋白在耻垢分枝杆菌M.smegmatis mc2 155中高效表达,并且通过ELISA和Western blot检测能够被抗IBVS1蛋白的单克隆抗体识别。将106CFU的重组菌株rBCG-S1皮下注射免疫6周龄的SPF鸡,动物保护试验结果表明重组菌株rBCG-S1对鸡具有一定的免疫保护效果,能够保护SPF鸡抵抗IBVX毒株强毒攻击。血凝抑制试验表明血凝抑制抗体滴度能够显著增加。构建的重组菌株为今后开发新型鸡传染性支气管炎基因工程弱毒疫苗奠定了基础。
2007, 47(2):324-328.
摘要:S1基因是传染性支气管炎病毒(IBV)的主要保护性抗原基因,应用RT-PCR技术特异地扩增嗜肾型传染性支气管炎病毒X株的S1基因,经序列分析证实为S1基因,将其连接到含有人结核分枝杆菌启动子hsp70基因和堪萨斯分枝杆菌α信号肽基因的表达载体pRR3上,从而构建了大肠杆菌-分枝杆菌穿梭表达质粒pR-α-S1,再电转化至BCG中,形成重组菌株rBCG-S1。热激后S1蛋白在耻垢分枝杆菌M.smegmatis mc2 155中高效表达,并且通过ELISA和Western blot检测能够被抗IBVS1蛋白的单克隆抗体识别。将106CFU的重组菌株rBCG-S1皮下注射免疫6周龄的SPF鸡,动物保护试验结果表明重组菌株rBCG-S1对鸡具有一定的免疫保护效果,能够保护SPF鸡抵抗IBVX毒株强毒攻击。血凝抑制试验表明血凝抑制抗体滴度能够显著增加。构建的重组菌株为今后开发新型鸡传染性支气管炎基因工程弱毒疫苗奠定了基础。
2007, 47(2):329-334.
摘要:为了确定问号钩端螺旋体(简称钩体)属特异性OmpL1s抗原膜定位及其自然抗体应答情况和抗体类型,为OmpL1s用于研制通用性钩体基因工程疫苗及检测试剂盒抗原提供依据。采用显微镜凝集试验(MAT)检测四川地区156份钩体病人血清标本。用PCR和核苷酸序列分析,了解中国流行的钩体主要血清群ompL1基因型。采用常规基因工程技术构建ompL1/1和ompL1/2主要基因型原核表达系统,Ni-NTA亲和层析法提纯目的重组表达产物rOmpL1/1和rOmpL1/2。采用胶体金免疫电镜技术,对OmpL1s进行膜定位。建立了基于rOmpL1s的ELISAs,检测钩体病人血清中特异性抗体水平及其类型。试验结果表明,黄疸出血群钩体仍然是四川地区最主要的优势钩体血清群。中国流行的钩体主要血清群ompL1基因可有ompL1/1和ompL1/2两个基因型,两者核苷酸和氨基酸序列相似性之间有较明显的差异。OmpL1s是位于钩体外膜表面的蛋白分子。不同稀释度的156例钩体病人血清标本中,rOmpL1/1和rOmpL1/2特异性IgM阳性率分别为67.9%~79.5%和75.0%~75.6%,特异性IgG阳性率分别为71.8%~79.5%和75.0%~76.9%。上述试验结果提示,OmpLls是位于钩体表面属特异性蛋白抗原。自然感染钩体时,rOmpL1/1和rOmpL1/2可作为研制通用性钩体基因工程疫苗和检测试剂盒的候选抗原。
2007, 47(2):329-334.
摘要:为了确定问号钩端螺旋体(简称钩体)属特异性OmpL1s抗原膜定位及其自然抗体应答情况和抗体类型,为OmpL1s用于研制通用性钩体基因工程疫苗及检测试剂盒抗原提供依据。采用显微镜凝集试验(MAT)检测四川地区156份钩体病人血清标本。用PCR和核苷酸序列分析,了解中国流行的钩体主要血清群ompL1基因型。采用常规基因工程技术构建ompL1/1和ompL1/2主要基因型原核表达系统,Ni-NTA亲和层析法提纯目的重组表达产物rOmpL1/1和rOmpL1/2。采用胶体金免疫电镜技术,对OmpL1s进行膜定位。建立了基于rOmpL1s的ELISAs,检测钩体病人血清中特异性抗体水平及其类型。试验结果表明,黄疸出血群钩体仍然是四川地区最主要的优势钩体血清群。中国流行的钩体主要血清群ompL1基因可有ompL1/1和ompL1/2两个基因型,两者核苷酸和氨基酸序列相似性之间有较明显的差异。OmpL1s是位于钩体外膜表面的蛋白分子。不同稀释度的156例钩体病人血清标本中,rOmpL1/1和rOmpL1/2特异性IgM阳性率分别为67.9%~79.5%和75.0%~75.6%,特异性IgG阳性率分别为71.8%~79.5%和75.0%~76.9%。上述试验结果提示,OmpLls是位于钩体表面属特异性蛋白抗原。自然感染钩体时,rOmpL1/1和rOmpL1/2可作为研制通用性钩体基因工程疫苗和检测试剂盒的候选抗原。
2007, 47(2):335-339.
摘要:为研制一种预防犬科动物狂犬病的新型疫苗,将含有狂犬病毒ERA株糖蛋白基因(Rabies glycoprotein,Rgp)表达盒的穿梭质粒pVAXΔE3Rgp中的Rgp表达盒克隆入犬2型腺病毒(Canine adenovirus type2,CAV2)骨架质粒pPoly2-CAV2中,获得重组质粒pPoly2-CAV2-ΔE3-Rgp,释放其基因组,转染MDCK细胞系,获得E3缺失区(Deletion of early protein3,ΔE3)含有Rgp表达盒的重组病毒CAV2-ΔE3-Rgp。该重组病毒能在MDCK细胞上产生典型的腺病毒细胞病变。通过酶切、PCR、基因测序,表明该重组病毒含有完整的Rgp表达盒。通过RT-PCR、Western blot等检测,表明该重组病毒能够表达Rgp抗原。用该重组病毒免疫犬,3次免疫后,可以诱导犬产生特异的抗CAV2HI抗体,其效价超过1∶256和抗狂犬病病毒(Rabies virus,RV)中和抗体,其效价超过0.50IU/mL。试验结果表明,获得的重组病毒免疫犬后,能够产生抗狂犬病毒和腺病毒的高效价保护性抗体,是一种有潜力的犬科动物狂犬病毒腺病毒二联疫苗候选株。
2007, 47(2):335-339.
摘要:为研制一种预防犬科动物狂犬病的新型疫苗,将含有狂犬病毒ERA株糖蛋白基因(Rabies glycoprotein,Rgp)表达盒的穿梭质粒pVAXΔE3Rgp中的Rgp表达盒克隆入犬2型腺病毒(Canine adenovirus type2,CAV2)骨架质粒pPoly2-CAV2中,获得重组质粒pPoly2-CAV2-ΔE3-Rgp,释放其基因组,转染MDCK细胞系,获得E3缺失区(Deletion of early protein3,ΔE3)含有Rgp表达盒的重组病毒CAV2-ΔE3-Rgp。该重组病毒能在MDCK细胞上产生典型的腺病毒细胞病变。通过酶切、PCR、基因测序,表明该重组病毒含有完整的Rgp表达盒。通过RT-PCR、Western blot等检测,表明该重组病毒能够表达Rgp抗原。用该重组病毒免疫犬,3次免疫后,可以诱导犬产生特异的抗CAV2HI抗体,其效价超过1∶256和抗狂犬病病毒(Rabies virus,RV)中和抗体,其效价超过0.50IU/mL。试验结果表明,获得的重组病毒免疫犬后,能够产生抗狂犬病毒和腺病毒的高效价保护性抗体,是一种有潜力的犬科动物狂犬病毒腺病毒二联疫苗候选株。
2007, 47(2):340-344.
摘要:根据猪传染性胃肠炎病毒纤突(S)蛋白的全基因序列及表达载体质粒的基因融合特点,设计一对引物,进行PCR扩增,获得含有TGEVS基因4个主要抗原位点的约2000bp的目的片段,将其与分泌表达的载体质粒pNZ8112进行连接,通过电击转化进入宿主菌乳酸乳球菌NZ9000细胞内,在乳链菌肽(Nisin)的诱导下进行表达,通过SDS-PAGE和Western blot分析,表明TGEVS蛋白在乳酸乳球菌中获得表达,所表达的TGEVS蛋白具有与TGE病毒一样的抗原特异性。间接免疫荧光试验表明重组菌表达蛋白定位于菌体表面。将表达TGEVS蛋白的重组乳酸乳球菌及空质粒菌株分别口服免疫BALB/c小鼠,收集粪便样品进行抗体检测,结果表明分泌型的重组菌pNZ8112-Sa/NZ9000免疫小鼠能够产生明显的抗TGEVsIgA抗体。
2007, 47(2):340-344.
摘要:根据猪传染性胃肠炎病毒纤突(S)蛋白的全基因序列及表达载体质粒的基因融合特点,设计一对引物,进行PCR扩增,获得含有TGEVS基因4个主要抗原位点的约2000bp的目的片段,将其与分泌表达的载体质粒pNZ8112进行连接,通过电击转化进入宿主菌乳酸乳球菌NZ9000细胞内,在乳链菌肽(Nisin)的诱导下进行表达,通过SDS-PAGE和Western blot分析,表明TGEVS蛋白在乳酸乳球菌中获得表达,所表达的TGEVS蛋白具有与TGE病毒一样的抗原特异性。间接免疫荧光试验表明重组菌表达蛋白定位于菌体表面。将表达TGEVS蛋白的重组乳酸乳球菌及空质粒菌株分别口服免疫BALB/c小鼠,收集粪便样品进行抗体检测,结果表明分泌型的重组菌pNZ8112-Sa/NZ9000免疫小鼠能够产生明显的抗TGEVsIgA抗体。
2007, 47(2):345-349.
摘要:为探讨共表达猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcinerep roductive and respiratory syndrome Virus,PRRSV)保护性抗原基因的重组改良型痘苗病毒安卡拉株(Modified Vaccinia Virus Ankala,MVA)的免疫效力,将PRRSVNJ-a株ORF4、ORF5和ORF6基因插入转移载体pⅡLR中,获得了三基因共表达的转移载体pⅡLR-ORF5/ORF6/ORF4,通过同源重组的方法获得重组病毒rMVA-GP5/M/GP4。以lacZ为报告基因进行噬斑筛选和重组病毒纯化后,PCR方法证明ORF4、ORF5和ORF6成功的插入MVA基因组中;经Western blot检测与间接免疫荧光试验证实,重组病毒感染细胞能正确表达PRRSVGP4、GP5与M蛋白。用rMVA-GP5/M/GP4免疫6周龄Babl/C小鼠,首免后3周可检测到特异性PRRSV中和抗体,8周后中和抗体效价可达25,并能继续维持4周;淋巴细胞增殖试验结果表明,重组病毒免疫小鼠产生强烈的特异性细胞增殖反应。上述研究结果表明rMVA-GP5/M/GP4具有良好的免疫原性,可作为预防PRRS的候选疫苗进一步研究。
2007, 47(2):345-349.
摘要:为探讨共表达猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcinerep roductive and respiratory syndrome Virus,PRRSV)保护性抗原基因的重组改良型痘苗病毒安卡拉株(Modified Vaccinia Virus Ankala,MVA)的免疫效力,将PRRSVNJ-a株ORF4、ORF5和ORF6基因插入转移载体pⅡLR中,获得了三基因共表达的转移载体pⅡLR-ORF5/ORF6/ORF4,通过同源重组的方法获得重组病毒rMVA-GP5/M/GP4。以lacZ为报告基因进行噬斑筛选和重组病毒纯化后,PCR方法证明ORF4、ORF5和ORF6成功的插入MVA基因组中;经Western blot检测与间接免疫荧光试验证实,重组病毒感染细胞能正确表达PRRSVGP4、GP5与M蛋白。用rMVA-GP5/M/GP4免疫6周龄Babl/C小鼠,首免后3周可检测到特异性PRRSV中和抗体,8周后中和抗体效价可达25,并能继续维持4周;淋巴细胞增殖试验结果表明,重组病毒免疫小鼠产生强烈的特异性细胞增殖反应。上述研究结果表明rMVA-GP5/M/GP4具有良好的免疫原性,可作为预防PRRS的候选疫苗进一步研究。
2007, 47(2):350-354.
摘要:从云南省腾冲热泉酸性泥土样品中分离得到一株好氧嗜酸异养细菌Teng-A。菌株Teng-A细胞大小0.6~0.8μm×1.0~1.5μm,单生或成链状排列,革兰氏染色反应为阴性,有周生鞭毛,不产芽孢,该菌适宜的生长温度为29~33℃、pH为3.0~4.0,可以利用许多有机物生长,但不能利用Fe(Ⅱ)、S、Na2S2O3、K2S4O6等为能源生长。菌株Teng-A基因组DNA的(G+C)mol%为69.6mol%,其16S rRNA基因与Acidiphilium属菌种的16S rRNA基因的最高相似性大于99%。根据形态学、生理生化特点及系统发育分析表明,菌株Teng-A是Acidiphilium属的一个新成员,崭定名为Acidiphilium sp. strain Teng-A。厌氧条件下,菌株Teng-A可以葡萄糖或H2为电子供体,将Fe(Ⅲ)还原为Fe(Ⅱ),还原速率分别为11.56mg/L·day与15.34mg/L·day。菌株Teng-A与Acidithiobacillus ferrooxidans LJ-1和Leptospirilum ferriphilum LJ-2共同培养,前3d Fe2+氧化速度分别为0.44g/L·day和0.41g/L·day,比LJ-1(0.64g/L·day)和LJ-2 (0.60g/L·day)单独培养时氧化Fe(Ⅱ)的速率稍慢,但当培养时间超过5d时,Fe(Ⅱ)最终被全部氧化,并且发现在共培养时,Fe(Ⅱ) 氧化生成的沉淀物的形态不同于At. ferrooxidans和L. ferriphilum单独培养时产生的沉淀物的形态。最后讨论了Acidiphilium对生物浸矿和生物成矿作用的影响。
2007, 47(2):350-354.
摘要:从云南省腾冲热泉酸性泥土样品中分离得到一株好氧嗜酸异养细菌Teng-A。菌株Teng-A细胞大小0.6~0.8μm×1.0~1.5μm,单生或成链状排列,革兰氏染色反应为阴性,有周生鞭毛,不产芽孢,该菌适宜的生长温度为29~33℃、pH为3.0~4.0,可以利用许多有机物生长,但不能利用Fe(Ⅱ)、S、Na2S2O3、K2S4O6等为能源生长。菌株Teng-A基因组DNA的(G+C)mol%为69.6mol%,其16S rRNA基因与Acidiphilium属菌种的16S rRNA基因的最高相似性大于99%。根据形态学、生理生化特点及系统发育分析表明,菌株Teng-A是Acidiphilium属的一个新成员,崭定名为Acidiphilium sp. strain Teng-A。厌氧条件下,菌株Teng-A可以葡萄糖或H2为电子供体,将Fe(Ⅲ)还原为Fe(Ⅱ),还原速率分别为11.56mg/L·day与15.34mg/L·day。菌株Teng-A与Acidithiobacillus ferrooxidans LJ-1和Leptospirilum ferriphilum LJ-2共同培养,前3d Fe2+氧化速度分别为0.44g/L·day和0.41g/L·day,比LJ-1(0.64g/L·day)和LJ-2 (0.60g/L·day)单独培养时氧化Fe(Ⅱ)的速率稍慢,但当培养时间超过5d时,Fe(Ⅱ)最终被全部氧化,并且发现在共培养时,Fe(Ⅱ) 氧化生成的沉淀物的形态不同于At. ferrooxidans和L. ferriphilum单独培养时产生的沉淀物的形态。最后讨论了Acidiphilium对生物浸矿和生物成矿作用的影响。
2007, 47(2):355-358.
摘要:利用N酰基高丝氨酸内酯(N-acyl-homoserine lactone,简称AHL)为唯一碳源和能源,筛选得到一株能够降解AHL的菌株R1。常规鉴定和18S rDNA序列分析表明,菌株R1属于红冬孢酵母菌(Rhodosporidium toruloides),定名为R.toruloidesR1。结果显示R.toruloidesR1能利用所测试的3种AHL作为唯一碳源和能源生长,具有降解AHL的能力,其对AHL依赖型胡萝卜欧文氏软腐病菌(Erwinia carotovora subsp.carotovora)的致病有一定的抑制作用。
2007, 47(2):355-358.
摘要:利用N酰基高丝氨酸内酯(N-acyl-homoserine lactone,简称AHL)为唯一碳源和能源,筛选得到一株能够降解AHL的菌株R1。常规鉴定和18S rDNA序列分析表明,菌株R1属于红冬孢酵母菌(Rhodosporidium toruloides),定名为R.toruloidesR1。结果显示R.toruloidesR1能利用所测试的3种AHL作为唯一碳源和能源生长,具有降解AHL的能力,其对AHL依赖型胡萝卜欧文氏软腐病菌(Erwinia carotovora subsp.carotovora)的致病有一定的抑制作用。
2007, 47(2):359-362.
摘要:采用26S rRNA基因D1/D2区系统发育分析的方法对CICC(中国工业微生物菌种保藏管理中心)保藏的15株白地霉(Geotrichum candidum)菌种进行复核鉴定。系统发育分析结果表明15株白地霉属于地霉属的成员,且形成两个系统发育分支,系统发育上最接近Galactomyces geotrichum NRRLY-17569T,与其同源性为96.3%~98.3%。15株白地霉26S rRNA基因D1/D2区序列显著不同于地霉属的模式种及其它种,可能代表地霉属的两个新种,但这一结论尚需进一步的实验去证实。
2007, 47(2):359-362.
摘要:采用26S rRNA基因D1/D2区系统发育分析的方法对CICC(中国工业微生物菌种保藏管理中心)保藏的15株白地霉(Geotrichum candidum)菌种进行复核鉴定。系统发育分析结果表明15株白地霉属于地霉属的成员,且形成两个系统发育分支,系统发育上最接近Galactomyces geotrichum NRRLY-17569T,与其同源性为96.3%~98.3%。15株白地霉26S rRNA基因D1/D2区序列显著不同于地霉属的模式种及其它种,可能代表地霉属的两个新种,但这一结论尚需进一步的实验去证实。
2007, 47(2):363-365.
摘要:从南极深海底泥中筛选得到一株中度嗜盐菌Halomonas sp.Nj223,利用PCR技术,以该菌株基因组为模板,扩增出ectC基因。将目的基因的PCR扩增产物克隆至表达载体pET-his。经酶切、PCR鉴定、测序验证结果表明,目的基因插入的位置、大小和读码框均正确,表达载体构建成功。经SDS-PAGE分析,出现预期大小的目的蛋白条带。分离纯化复性的ectoine合成酶后测定其酶活力,在体外验证了ectoine的部分生物合成途径。进一步分析了pH和温度对酶活的影响发现,该酶最适pH为8.0,最适温度为25℃。
2007, 47(2):363-365.
摘要:从南极深海底泥中筛选得到一株中度嗜盐菌Halomonas sp.Nj223,利用PCR技术,以该菌株基因组为模板,扩增出ectC基因。将目的基因的PCR扩增产物克隆至表达载体pET-his。经酶切、PCR鉴定、测序验证结果表明,目的基因插入的位置、大小和读码框均正确,表达载体构建成功。经SDS-PAGE分析,出现预期大小的目的蛋白条带。分离纯化复性的ectoine合成酶后测定其酶活力,在体外验证了ectoine的部分生物合成途径。进一步分析了pH和温度对酶活的影响发现,该酶最适pH为8.0,最适温度为25℃。
2007, 47(2):366-369.
摘要:白念珠菌(Candida albicans)是一种重要条件致病菌,近年来引起人们的关注,大量的研究由此展开。对环境的改变积极做出应答是白念珠菌致病的重要条件。外界环境尤其是pH的变化影响着白念珠菌的形态和毒力。RIM101途经是真菌中一种保守的信号转导途径,白念珠菌也存在RIM101途经,并且该途径至少部分地控制着细胞对pH的应答。这里主要综述了近年来有关白念珠菌RIM101途径、pH应答及两者相互关系的研究。
2007, 47(2):366-369.
摘要:白念珠菌(Candida albicans)是一种重要条件致病菌,近年来引起人们的关注,大量的研究由此展开。对环境的改变积极做出应答是白念珠菌致病的重要条件。外界环境尤其是pH的变化影响着白念珠菌的形态和毒力。RIM101途经是真菌中一种保守的信号转导途径,白念珠菌也存在RIM101途经,并且该途径至少部分地控制着细胞对pH的应答。这里主要综述了近年来有关白念珠菌RIM101途径、pH应答及两者相互关系的研究。
2007, 47(2):370-373.
摘要:重复序列几乎存在于所有生物的基因组中。"肠道细菌基因间重复序列"(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌的一类基因间重复序列,也称为"基因间重复单位"(Intergenic Repetitive Unit,IRU)。ERIC(IRU)首先在大肠杆菌(Escherichia coli)中发现,后来又在多种其他细菌中发现。ERIC(IRU)长127bp,有的还有插入序列。绝大多数ERIC(IRU)都可以转录,mRNA形成茎环结构。ERIC(IRU)局限于基因组可转录区,即多顺反子操纵子基因间区域,或开放阅读框架上、下游非翻译区。ERIC(IRU)很可能调节侧翼基因(flanking gene)的表达。ERIC(IRU)高度保守,可能其变异受到自然选择压力的限制或它本身就可能是"自私的DNA"(selfish DNA)。Versalovic等建立起ERIC-PCR,它可以有效地同时平行分析不同生态系统的结构差异以及动态监测同一生态系统微生物群落结构的变化。近年来这一技术逐渐运用到对动物肠道菌群的研究上。
2007, 47(2):370-373.
摘要:重复序列几乎存在于所有生物的基因组中。"肠道细菌基因间重复序列"(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌的一类基因间重复序列,也称为"基因间重复单位"(Intergenic Repetitive Unit,IRU)。ERIC(IRU)首先在大肠杆菌(Escherichia coli)中发现,后来又在多种其他细菌中发现。ERIC(IRU)长127bp,有的还有插入序列。绝大多数ERIC(IRU)都可以转录,mRNA形成茎环结构。ERIC(IRU)局限于基因组可转录区,即多顺反子操纵子基因间区域,或开放阅读框架上、下游非翻译区。ERIC(IRU)很可能调节侧翼基因(flanking gene)的表达。ERIC(IRU)高度保守,可能其变异受到自然选择压力的限制或它本身就可能是"自私的DNA"(selfish DNA)。Versalovic等建立起ERIC-PCR,它可以有效地同时平行分析不同生态系统的结构差异以及动态监测同一生态系统微生物群落结构的变化。近年来这一技术逐渐运用到对动物肠道菌群的研究上。
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