摘要:摘要：历史上，微生物学的发展曾经历了两个辉煌的黄金时代，也经历了其发展的低谷时期。近20年来，随着基因组学、结构生物学、生物信息学、PCR技术、高分率荧光显微镜及其它物理化学理论和技术等的应用，使微生物学的研究取得了一系列突破性进展，微生物学己走出其低谷，开始进入它的第三个黄金时代。本文就下列几个方面谈谈自已对当今微生学发展的机遇、挑战和趋势的一些认识，供读者参考：（1）历史上微生物学发展的两个黄金时代；（2）微生物学复兴的机遇和挑战；（3）当前微生物学发展的特点和趋势；（4）整合微生物学——第三个黄金时代的重要特征。

摘要:摘要：本文较为完整地综述了16S rRNA在细胞中的地位和作用、转录组成、其全长基因中可变区与保守区的位置、在不同种类中的拷贝数、二级结构，及其在群落研究过程中PCR扩增产生的16S rRNA的异常序列与解决方法；以期为更多的科研工作者提供可靠参考和借鉴，提高以16S rRNA为靶分子的群落研究结果的准确性和真实性。

摘要:摘要：全世界约三分之一的人口感染过结核分枝杆菌，其导致的结核病仍然是全球公共卫生的严重威胁。结核菌是典型的胞内致病菌。结核菌的致病性与其成功逃避和利用宿主免疫应答等密切相关。控制结核病需要深入了解致病菌和宿主之间的相互作用。不同的动物模型是揭示致病菌－宿主相互作用的关键。海分枝杆菌-斑马鱼模型是最近才得以发展并获得了不少新见解的研究系统之一。本文总结了该模型揭示的海分枝杆菌毒力因子Erp、Esx-1、pmiA 、Mel1和Mel2、KasB等，以及该模型的优缺点。这些结果为大动物模型研究和深入了解结核分枝杆菌感染人体的致病机理提供了线索。

摘要:摘要：【目的】从不同样本中分离筛选性能稳定的产冠菌素菌株。【方法】根据冠菌素引起植物叶片产生弥散性黄萎病、块茎膨大的特性，采集各种植物病叶、病枝及感病植物的土壤，采用穿刺法与系列稀释法分离筛选菌株；液相色谱测定菌株产生的冠菌素；在电子和光学显微镜下观察菌体形态；根据生理生化试验、（G+C）mol%含量、16S rDNA序列分析等对菌株进行鉴定；对分离提纯的发酵产物进行紫外、质谱和红外分析。【结果】菌株BBC933为革兰氏阴性菌，端生鞭毛，短杆状，无芽孢。在41℃下不生长，细胞内有聚β-羟基丁酸盐颗粒积累，没有精氨酸双水解酶和氧化酶，不能水解淀粉、明胶，不进行硝酸还原及反硝化作用，过氧化氢酶反应呈阳性。菌株的（G+C）mol%含量为67.2%，根据该菌株16S rDNA序列的同源性分析，构建系统发育树。【结论】菌株BCC933鉴定为洋葱伯克霍尔德氏菌（Burkholder cepacia），具有产冠菌素性能。国内外未曾见报道洋葱伯克霍尔德氏菌产冠菌素。

摘要:摘要：【目的】旨在构建一个用于基因插入失活，并同时可通过报告基因分析插入位点基因表达情况的质粒载体，并应用该质粒对黄色粘球菌MXAN1334基因功能和表达情况进行分析。【方法】通过PCR、酶切和连接等方法构建质粒载体pZCY11。从黄色粘球菌DK1622基因组上PCR扩增MXAN1334基因内部部分片段，插入载体pZCY11上lacZ基因的上游，构建重组质粒pZCY13，将其转入DK622菌株，获得MXAN1334基因插入失活突变株ZC16-18。【结果】基因功能和表达情况分析质粒载体pZCY11含有抗性标记基因aph、自杀性质粒复制子OriR6K和无启动子的报告基因lacZ。突变株ZC16-18在CTT软硬琼脂平板上菌落扩展结果显示，MXAN1334基因插入失活会造成黄色粘球菌S运动能力缺陷。通过X-gal检测突变株ZC16-18中β-半乳糖苷酶酶活，实验结果显示，含有X-gal的平板上培养的ZC16-18菌落呈现蓝色，表明MXAN1334基因能够表达；颜色呈现的时间分析结果显示，MXAN1334基因表达时间较早。【结论】构建的质粒载体pZCY11不仅能够对目的基因进行功能的分析，而且能够同时通过报告基因分析基因的表达情况，可简化粘球菌中基因功能及表达情况的研究。

摘要:摘要： NtcA是鱼腥蓝细菌中一种重要的氮代谢调控蛋白质，参与异形胞的分化。许多受NtcA调控的基因都至少有一个保守的NtcA结合位点GTA-N8-TAC。经生物信息学分析，鱼腥蓝细菌PCC 7120 基因alr1390可能的转录起始位点的上游有一个保守的NtcA结合位点GTA-TAG TTTTC-TAC。【目的】为了鉴定alr1390和NtcA之间的关系，【方法】采用实时定量反转录PCR实验（Real-time RT-PCR）和电泳迁移率实验（Electrophoretic mobility shift assays, EMSA）对alr1390和NtcA之间的关系进行了分析。【结果】Real-time RT-PCR结果显示，alr1390的转录水平在野生型鱼腥蓝细菌PCC 7120中缺氮诱导后和诱导前持平，而在ntcA突变体中缺氮诱导12h后呈现上调趋势。但是EMSA实验中没有检测到明显的NtcA和alr1390启动子区片段结合的滞后带，却观察到一条拖带。【结论】这说明alr1390受到NtcA的调控。

摘要:摘要：从猪粪堆肥中分离到一株编号为X3-3的可以在50℃高温生长的链霉菌菌株，该菌株含有一个约7 kb的环型质粒pTSC2。【目的】克隆、测序和分析pTSC2，以及鉴定质粒的复制方式。【方法】利用分段克隆和引物延伸获得pTSC2的全序列，利用多序列比对寻找复制元件rep、dso和 sso，利用中性转移和Southern杂交检测复制中间体。【结果】克隆和测序获得了全长为7516 bp的pTSC2序列，预测编码8种蛋白，其中4种蛋白与链霉菌滚环复制的质粒pIJ101中负责复制和接合转移的蛋白非常相似。pTSC2的复制元件rep、dso和 sso也与pIJ101的相似。克隆、转化变铅青链霉菌ZX7以及高温链霉菌2C证明了rep和dso为复制所必需元件。Southern杂交检测到pTSC2复制过程中积累了大量的单链DNA。【结论】高温链霉菌质粒pTSC2以滚环方式进行复制。这是首次在高温链霉菌中克隆和测序质粒，以及鉴定其复制方式。

摘要:摘要：纤溶酶原激活及水解抗菌肽利于致病菌侵袭及体内存活。【目的】 构建大肠杆菌K1致病株E44的ompT基因缺失突变株，证实E44外膜蛋白T（OmpT）体外激活纤溶酶原及水解抗菌肽鱼精蛋白的活性。【方法】采用基因同源重组技术敲除大肠杆菌K1株E44中的ompT基因，构建ompT缺失突变株；二步柱层析纯化E44外膜组分，S-2251发色底物法测定其纤溶酶原激活活性；考察野生株E44、ompT基因敲除株E44ompT及转化带有ompT 完整阅读框的质粒pUCT的E44ompT/pUCT三者对0.1 mg/mL阳离子抗菌肽鱼精蛋白的敏感程度。【结果】利用自杀性载体pCVD442和同源重组的原理构建E44的ompT基因敲除株E44ompT；纯化得到约37 kDa的E44外膜组分，S-2251发色底物法证实其具有纤溶酶原激活活性，纤溶酶原激活与膜组分的加入量呈一定量效关系；与野生株E44相比，ompT敲除株E44ompT对0.1 mg/mL鱼精蛋白敏感，转化入带有ompT完整序列的质粒pUCT有一定的回补作用，E44ompT部分恢复抗鱼精蛋白能力。【结论】外膜蛋白T在致病株E44中有表达，并具有激活纤溶酶原及水解鱼精蛋白的活性。

摘要:摘要：【目的】筛选产蛋白酶嗜碱菌并对其进行鉴定和特性分析。【方法】利用碱性脱脂牛奶培养基分离纯化产蛋白酶嗜碱菌，通过形态特征、生理生化、16S rRNA基因序列分析以及DNA–DNA杂交实验确定菌株的分类地位，利用酪蛋白水解法分析所产蛋白酶的pH和温度作用范围、稳定性和耐氧化剂能力。【结果】从我国西藏盐碱湖样品中分离到一株产碱性蛋白酶的菌株ZL223，该菌株为革兰氏阳性菌，最适生长温度为37 oC，最适生长pH 9.0，16S rRNA基因序列分析显示，菌株ZL223与假强芽孢杆菌Bacillus pseudofirmus OF4亲缘关系最近，16S rRNA基因序列相似性为98.6％，DNA–DNA杂交结果显示与B. pseudofirmus OF4同源性为86%。菌株ZL223产生的蛋白酶作用的最适pH为12.0，最适温度为40 oC。【结论】结合生理生化指标测定的结果，鉴定菌株为假强芽孢杆菌ZL223(B. pseudofirmus ZL223)。该菌株产生的碱性蛋白酶具有较高的pH适应性，值得进一步研究。

摘要:摘要：【目的】从近平滑假丝酵母 (Candida parapsilosis CCTCC M203011)基因组中钓取新型(S)-羰基还原酶基因 (scrⅡ)，对其生物转化手性醇的功能进行了验证。【方法】采用PCR的方法，从C. parapsilosis基因组中扩增出一段可能的羰基还原酶基因scrⅡ。以构建的重组菌Escherichia coli BL21/pET28a-scrⅡ为生物催化剂，2-羟基苯乙酮为底物进行催化反应，经HPLC分析，计算终产物的光学纯度和产率，确定了转化反应的最适温度和pH值。【结果】scrⅡ基因全长为840 bp，编码279个氨基酸，与已报道的(S)-羰基还原酶基因scr的一致性为85%。氨基酸序列分析表明SCRⅡ具有典型短链醇脱氢酶的功能域：辅酶结合区域Thr40-Gly41-(X)3-Gly45-X-Gly47和催化三联体结构Ser172-(X)n-Tyr187-(X)3-Lys191。在30℃，0.1 mmol/L IPTG的诱导下，(S)-羰基还原酶 (SCRⅡ) 在E. coli中过量表达。以10% (w/v)的重组菌为催化剂，高浓度（6 g/L) 2-羟基苯乙酮为底物，在最适反应温度35℃和pH5.5的条件下，转化产物(S)-苯基乙二醇的光学纯度高达99.1% e.e.，产率为89.6%。与(S)-羰基还原酶SCR相比较，底物浓度提高了一倍，产物的光学纯度和产率分别提高了10%和28%。【结论】采用分子克隆技术分离出新型羰基还原酶SCRⅡ的编码基因，该酶的发现为手性醇的高效制备奠定了坚实的研究基础。

摘要:摘要：【目的】 为探讨耕作和施加有机肥、化肥对黑土表层(0?30 cm)、中层(100?130 cm)及深层(200?230 cm)细菌群落结构的影响，【方法】应用DGGE技术对相应土层中细菌群落结构进行了解析。【结果】结果表明，与对照相比，耕作和施加有机肥、化肥对表层黑土细菌群落结构影响较大，二者差异度为4%；而对中层和深层细菌群落结构影响较小，二者差异度为2%。对于细菌群落结构的垂向变化，中层和深层中细菌群落结构的相似性远远高于同表层的相似性。【结论】可见，耕作和施加有机肥、化肥仅对黑土表层土壤(0?30 cm)具有一定的影响，而对100 cm以下土壤细菌群落影响较小，细菌群落随土壤深度不同的垂向变化要远高于土壤管理措施造成的影响。

摘要:摘要：【目的】通过分子方法检测近海污染环境优势种灰黄青霉，并为由此而推断污染程度做准备。【方法】根据 GeneBank 中青霉属不同种和相近属种的 ITS 序列差异和灰黄青霉特有的 IAO 序列，设计了污染区优势种灰黄青霉的特异性引物 AS1/RS4 和 IAO1/IAO2，建立相应的特异探针检测体系。通过 PCR 和套式 PCR 技术，分析比较两对特异序列检测灰黄青霉的差异。【结果】建立的分子检测体系可以排除其它近似或相关菌株干扰，从环境中扩增到目的基因片段。利用引物 AS1/RS4 作为核酸探针，通过套式 PCR菌株 DNA 的检测灵敏度可达到10 fg/μL，当仅有10个数量级分生孢子时即可检测出，从沉积物中检测灵敏度为102个数量级孢子/0.25 g。特异酶基因 IAO1/IAO2 检测灵敏度较前者稍低。【结论】利用特异序列作为探针检测污染环境优势种灰黄青霉的方法可行，在一定范围内，灰黄青霉的出现频率及数量对污染程度有较好的指示作用。

摘要:摘要：【目的】本世纪首次流感大流行的病原属于甲型H1N1流感病毒，在遗传特性和抗原等方面都有别于人群中流行多年的季节性H1N1流感病毒。为了深入了解病毒的遗传特性，跟踪病毒的演化趋势，及时发现具有流行病学意义的变异株，本研究对早期分离的甲型H1N1(2009)病毒的分子特性进行了详细分析。【方法】通过GenBank的流感资源中心下载相关毒株的基因组信息， 序列分析采用DNAStar软件包的EditSeq和MegAlign比较与病毒致病性和宿主特异性相关的氨基酸变化情况。以A/California/07/2009（H1N1）作为新甲型H1N1(2009)的代表株进行详细的分子特征分析。【结果】A/California/07/2009不具备高致病性流感病毒的分子特征；病毒编码的11个蛋白大部分保留有猪流感病毒的分子特征，同时也具有一些禽和人流感病毒的特征；PB1-F2在11aa,57aa和87aa后发生断裂，具有古典猪H1N1和人H1N1双重特点，这是甲型H1N1（2009）病毒一个特有的分子特征。【结论】首次详细分析了新甲型H1N1（2009）病毒的分子特征。随着病毒在人群中的进一步适应和持续存在，这些分子特征将发生变化，应该特别关注这些变化对病毒的传播力和致病性的影响。

摘要:摘要：【目的】本研究利用Asd+平衡致死系统构建表达巴氏杆菌毒素(Pasteurella multocida toxin, PMT)的重组猪霍乱沙门氏菌株，并对重组菌株的生物学特性进行比较研究。【方法和结果】通过基因克隆的方法构建表达PMT的重组质粒pYA-PmtC，再将其电转化减毒猪霍乱沙门氏菌C500的asd基因缺失株C501，构建口服活疫苗菌株C501(pYA-PmtC)。研究结果表明重组菌株C501(pYA-PmtC)的生化特性、血清型和生长速度与亲本菌株C500一致；在没有选择压力的条件下，C501(pYA-PmtC)能够稳定遗传重组质粒及其外源基因片段，并能稳定、高效、分泌性表达30.5 kDa的外源保护性抗原rPmtC。C501(pYA-PmtC)腹腔感染BALB/c小鼠的LD50为8.5×106 CFU，毒力稍低于C500（LD50为4.4×106 CFU）；口服接种C501(pYA-PmtC)和C500的所有仔猪未见任何发病症状，两者没有显著差别。【结论】本研究利用Asd+平衡致死系统的原理构建表达T+Pm保护性抗原重组猪霍乱沙门氏菌弱毒菌株C501(pYA-PmtC)，为进一步开发猪萎缩性鼻炎-副伤寒的双价基因工程疫苗奠定基础。

摘要:摘要【目的】 建立单纯疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）潜伏感染人神经母细胞瘤细胞株 SH-SY5Y及激活的细胞模型。 【方法】 分别加入20，40，60，80，100，120，140 μmol/L的阿昔洛韦（ACV），观察对SH-SY5Y细胞生物性状的影响；在ACV存在的情况下，分别将含有0.1、1、10、100 MOI的病毒液接种SH-SY5Y细胞，运用相差显微镜观察病毒对细胞的影响，确定潜伏的建立；分别用41℃、42℃、43℃、44℃、45℃加热0.5 h、1.0 h、1.5 h、2.0 h、2.5 h，观察加热时间及温度诱导HSV-2在SH-SY5Y细胞中激发的最适条件；加入25、50、75、100、125 μmol/L福斯高林(Forskolin)诱导病毒在细胞中激活，探讨诱导的最佳浓度；对HSV-2在SH-SY5Y细胞中的潜伏及激发进行验证并测序；运用相差显微镜观察病毒激活后细胞形态的变化。【结果】60 μmol/L ACV的存在最适合HSV-2在SH-SY5Y细胞中建立潜伏状态；1-10 MOI的感染量均能取得较好的病毒潜伏及激发效果；通过观察，病毒在SH-SY5Y细胞中最长可潜伏14 d；43℃，1.5 h及75 μmol/L Forskolin均为诱导病毒潜伏激发的最佳条件；相差显微镜观察病毒激发后细胞病变，从24 h到72 h，细胞变性、坏死的程度、数量随感染时间延长而增加；HSV-2 LAT、gG基因PCR扩增及电泳结果，证实病毒在细胞中的潜伏及激活。【结论】 初步在人神经母细胞瘤细胞株SH-SY5Y上建立了HSV-2潜伏感染及激活的细胞模型，为下一步研究HSV-2的潜伏与激发机理，了解HSV-2的致病机制打下基础。

摘要:摘要：【目的】研究混合感染的多种亚型禽流感病毒的纯化和鉴定方法。【方法】用鸡胚终点稀释法和鸡胚终点稀释法结合特异性血清中和法分别对2-3种已知亚型禽流感病毒的混合感染样品进行纯化，并对纯化结果用RT-PCR和血凝抑制试验进行鉴定。用建立的方法对214份禽流感病毒阳性样品进行了纯化和鉴定。【结果】用鸡胚终点稀释法对样品稀释、传代6-7次可使病毒达到纯化，但用鸡胚终点稀释法结合特异性血清中和法对样品稀释、传代4-5次即可达到病毒纯化。用RT-PCR和血凝抑制试验两种方法同时鉴定病毒的纯化效果，可明显提高准确性。用本方法从214份样品中纯化出涵盖13种亚型的禽流感病毒233株。【结论】鸡胚终点稀释法及其结合特异性血清中和法均能对禽流感病毒进行纯化，但是鸡胚终点稀释法结合特异性血清中和法更具有针对性，也更有效。另外，对纯化结果的鉴定需采取多种手段。

摘要:摘要：【目的】探索研究能很好显示被检测液态食品样品综合信息的电子舌是否也能很好的显示致病性弧菌液体培养物的综合信息，籍此探讨一类致病性弧菌的快速鉴定鉴别新技术。【方法】基于多频脉冲伏安法的智舌，结合主成分分析，对源自水产品的11种致病性弧菌进行区分鉴定研究，得到最佳电极阵列和频率段组合。【结果】结果显示，区分致病性弧菌效果好的电极和频率段分别是：钛电极的100 Hz、银电极的100 Hz和钨电极的1 Hz、10 Hz。钨电极的1 Hz频率段能够独立的把11种致病性弧菌在同一张主成分得分图上区分开；钛电极的100 Hz、银电极的100 Hz和钨电极的10 Hz两两组合也能把11种致病性弧菌主成分得分图上区分开。【结论】研究结果表明，智舌伏安法结合主成分分析法区分致病性弧菌是可行的，具有很大的持续研究价值，有望发展成一类很有发展优势的快速鉴定致病性弧菌乃至延伸至其他致病菌的新技术。

摘要:摘要：【目的】为了更加全面地分析我国传统固态发酵过程中微生物群落的多样性和演替情况，本文以镇江香醋固态发酵为例，对比研究了11种不同的总DNA提取法对醋醅中总DNA提取的影响。【方法】使用紫外分光光度计法和荧光定量PCR（Real time Quantitative PCR）测定了不同提取方法得到的醋醅样品总DNA的产量与纯度，采用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)法对固态发酵中细菌和真菌的多样性进行了分析。【结果】醋醅总DNA得率最高可达93.2±1.5 μg/ g干醅，细菌总数最高达到1.73×1013 copies?(g干醅)-1，真菌总数最高达到6.49×1012 copies?(g干醅)-1。不同的提取方法对DGGE结果有明显的影响，6种基于SDS裂解的方法所获得的条带较多。【结论】结果表明，液氮研磨+溶菌酶+SDS高盐抽提法（方法3）为最优的醋醅总DNA提取方法。

摘要:摘要 【目的】MTM1基因对于维持锰超氧化物歧化酶的活性和线粒体正常功能十分重要，MTM1基因的缺失会严重影响锰超氧化物歧化酶活性，并损伤线粒体功能，使酵母在非发酵培养基上不能生长。为加深对MTM1基因功能及其相关基因的研究，尝试利用转座子文库筛选MTM1基因缺失表型相关基因，寻找哪些位置的转座子插入能挽救MTM1基因缺失导致的生长缺陷。【方法】因MTM1基因的缺失造成的损伤不可逆，直接转入文库无法筛选得到MTM1 基因缺失表型相关基因，本研究利用外源MTM1基因菌株和mTn-lacZ/LEU2酿酒酵母转座子文库进行筛选，寻找能挽救mtm1突变体生长缺陷的转座子插入位点。【结果】发现转座子插入HSL1和TPS2 基因能挽救mtm1突变体的生长缺陷。【结论】我们的结果为深入了解MTM1基因的功能提供了线索。

摘要:摘要:【目的】研究热泉中的氨氧化菌对于理解全球氮循环作用至关重要，而人们对于热泉中环境条件对氨氧化菌丰度分布的影响还知之甚少。本研究旨在研究云南热泉中氨氧化菌的丰度以及热泉环境因子（例如：温度、氨浓度及pH等）对氨氧化菌丰度的影响。【方法】在所选取的热泉中，采集沉积物、菌席或泉华样品。使用RNA逆转录、定量聚合酶链式反应及荧光原位杂交等技术对样品中各微生物种群进行定量分析。【结果】所选取的热泉沉积物、菌席或泉华中微生物总量大约为108~109细胞/g。其中，氨氧化古菌（AOA）占样品中微生物总量的0.02~1.32%，而氨氧化细菌数量低于检测下限。地球化学参数和AOA相对丰度的相关性统计分析显示，氨氧化古菌相对丰度值与NH3 、NO2-、NO3-浓度和温度等具有统计学意义上的相关性，而其与Fe2+和及盐度无统计学意义上的相关性。【结论】在所调查的热泉中，氨氧化微生物种群主要由AOA组成，AOA在热泉中的氨氧化生物地球化学过程中起着重要作用。热泉中多个环境因子一起控制着AOA丰度在不同热泉中的分布特征，而某些环境因子，如盐度-和Fe2+浓度，可能不是控制AOA分布特征的关键因素。