摘要:

摘要:摘要：ClpX是热休克蛋白Hsp100蛋白家族的成员之一，在生物体中非常保守。Hsp100/ Clp 分子伴侣家族功能主要涉及到细胞对环境的压力耐受、胞内蛋白质的周转、DNA复制和基因表达等。结核分枝杆菌所导致的结核病仍然是全球人类健康的主要威胁。致病菌中的ClpX蛋白酶在基因的表达调控、致病性以及宿主免疫压力耐受中都具有非常重要的功能。本文总结了ClpX蛋白酶的结构、底物以及所调控的基因；分析了结核分枝杆菌ClpX蛋白酶的进化特征，并探讨了结核分枝杆菌ClpX蛋白酶可能的生理功能和在致病性中的重要作用。

摘要:摘要: 本文论述了当前鸡枞菌驯化栽培的两种模式即：以培养鸡枞菌为重心的腐生菌模式、以扩繁鸡枞菌共生白蚁为重心的原生态模式，并对其驯化栽培过程中所面临的问题及其可能的解决方案进行了阐述。

摘要:摘要：【目的】通过分析模块型聚酮合酶（polyketide synthase，PKS）的系统进化关系，阐明酮基合成酶（ketosynthase，KS）和酰基转移酶（acyltransferase，AT）序列与聚酮产物之间的关系，为放线菌天然产物的筛选提供指导。【方法】从PKSDB数据库的20个模块型PKS基因簇中调取所有KS（190个）和AT（195个）氨基酸序列，利用MEGA 4.0软件分别构建KS、AT、KS+AT 3种序列模式的系统发育树，并计算KS序列的簇内和簇间平均进化距离。设计了一对KS结构域的引物，通过PCR方法对20株活性放线菌分离菌株进行了筛选，测定了阳性菌株的KS序列，和已知的相关KS序列构建系统发育树，并对阳性菌株进行了发酵培养和代谢产物分析。【结果】放线菌来源的同一PKS的KS序列倾向于聚成一个进化枝，且按照其产物结构聚类；同一PKS的KS簇内平均进化距离小于0.300，不同PKS的KS簇间平均进化距离一般大于0.300。AT系统发育树按照其底物特异性聚成两个大的分枝；同一PKS的部分AT分别处于两个分枝，其余AT散在分布。KS+AT系统发育树则综合了KS树和AT树的拓扑结构特点。获得13株KS阳性分离菌株，它们的多数KS序列按照菌株分别聚类，其中4株菌的大部分KS各自聚成独特的簇，5株菌的大部分KS分别处在已知PKS进化枝内。从3株阳性菌中分离到预期的聚酮类产物。【结论】放线菌中KS的进化方式以垂直进化为主，而AT则以水平进化为主；KS序列与产物结构相关，且KS簇间平均进化距离可作为不同PKS的判定标准；相对于AT和KS+AT，KS系统发育组学分析更适用于指导放线菌聚酮类产物的筛选。

摘要:摘要：【目的】进一步揭示地中海富盐菌（Haloferax mediterranei）中聚羟基丁酸羟基戊酸酯[poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate)，PHBV]前体供应的途径并鉴定其中的关键基因。【方法】将细菌及其他古菌中已鉴定的与聚羟基脂肪酸酯前体（3-羟基脂酰-CoA）供应相关的酶与地中海富盐菌预测的全蛋白质组进行同源性比对，得到相似性比较高的5个基因，分别命名为：phaB1，phaB2，phaJ1，phaJ2和phaJ3。首先利用RT-PCR检测了5个基因在产PHBV的条件下的转录情况。然后利用同源重组双交换的方法，将5个基因分别或组合敲除，得到突变株：ΔphaB1，ΔphaB2，ΔphaJ1，ΔphaJ2，ΔphaJ3，ΔphaB1phaB2，ΔphaJ1phaJ2和ΔphaJ1phaJ2phaJ3。并在突变株ΔphaB1phaB2中分别互补phaB1和phaB2基因。【结果】无论是将3个phaJ基因单独敲除，还是组合敲除，对地中海富盐菌PHBV的积累都没有明显影响。单独敲除phaB1基因对PHBV的积累没有明显影响，单独敲除phaB2基因导致突变株PHBV产量明显下降，而且3-HV单体组分所占的摩尔比例也有所下降。 将phaB1和phaB2基因同时敲除后，得到的突变株不再产生PHBV。【结论】在地中海富盐菌中可能主要存在由乙酰-CoA和丙酰-CoA提供PHBV前体的途径，其中编码乙酰乙酰-CoA还原酶的两个基因即为phaB1和phaB2。

摘要:摘要：【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害，本研究旨在明确北京及河北地区枣疯病植原体的分类地位，为枣疯病在亚组水平上分类提供一定的参考依据。【方法】利用植原体通用引物fTufu/rTufu和rp(v)F1A/rp(v)R1A对北京和河北地区枣疯病植原体延伸因子tuf基因和核糖体蛋白基因(rp)进行PCR扩增并进行核苷酸序列测定及相似性分析。【结果】获得北京地区JWB-XFSZ株系、JWB-XFDO株系以及河北地区JWB-TXSZ株系的tuf基因片段均为824 bp；北京地区JWB-XFSZ株系的rp基因片段为1196 bp。经序列相似性比较表明：tuf基因与16SrV组的葡萄黄叶病（Flavescence dorée）相似性最高，为92.84%，而与已经公布的其它地区（陕西杨凌）的枣疯病植原体tuf基因相似性较低，为57.29%；关于rp基因，北京地区枣疯病JWB-XFSZ株系与16SrV组的枣疯病泰山株系（JWB-Taishan）以及大麻丛枝病植原体（HFWB）相似性最高，均为99.83%，与16SrV组的成员相似性均在96%以上。【结论】北京与河北地区枣疯病植原体具有较高的相似性，而在tuf基因水平上，与陕西地区枣疯病植原体具有较大的差异；本研究中北京与河北两地区枣疯病植原体归属于16SrV组。

摘要:摘要: 【目的】AsE246是我们首次报道的紫云英根瘤特异表达的非特异性转脂蛋白（nsLTP1: non specific lipid transfer protein 1）编码基因。本实验旨在筛选和鉴定与AsE246相互作用的宿主植物靶蛋白，并分析靶基因在共生和胁迫条件下的表达特征。【方法】利用酵母双杂交技术、小范围杂交技术及实时荧光定量PCR，筛选与AsE246的相互作用蛋白，并定量分析靶基因在结瘤与固氮过程中的时空表达特性。【结果】获取一个阳性克隆，其cDNA序列经Blast分析表明：候选靶蛋白是一个DnaJ-like蛋白，该蛋白相应基因命名为AsDJL1。AsE246与AsDJL1在酵母体内确实相互作用。AsDJL1在固氮根瘤中特异性增强表达，在NaCl胁迫下表达水平显著提高，在(NH4)2SO4胁迫下表达水平显著下降。【结论】本实验是筛选与LTP相互作用蛋白的首次报道。获得了直接的实验证据表明互作基因AsDJL1与AsE246具有高度相似的表达特征和功能，为深入研究二者的相互作用及其在共生固氮和应答环境胁迫中的调控机制，提供了一定的工作基础和理论依据。

摘要:摘要：[目的]研究污泥厌氧消化产挥发性脂肪酸（VFA）过程中的有机物碳流的转化机制，阐明乙酸累积机理。[方法]研究溴乙烷磺酸盐（BES）和氯仿（CHCl3）抑制模型下中间代谢产物和气体的累积，检测各产乙酸功能菌群数量，推断污泥产酸发酵过程中的有机物碳流方向和乙酸累积机理。[结果] BES模型乙酸浓度达27 mmol/L， fhs基因拷贝数比对照组高2-3倍，产氢产乙酸菌略有下降。CHCl3模型乙酸浓度达22 mmol/L， fhs基因拷贝数比BES组低一个数量级，产氢产乙酸菌下降明显。 [结论] BES特异性较高，除产甲烷菌外对其他厌氧产酸细菌没有影响，乙酸浓度增加并且其主要来源于水解发酵产酸以及同型产乙酸过程。氯仿除抑制产甲烷菌外，对同型乙酸菌和产氢产乙酸菌也有强烈的抑制作用。

摘要:摘要：【目的】为了优化L-色氨酸合成的前体供应，构建北京棒杆菌PD-67（Corynebacterium pekinense PD-67）磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶（EC:4.1.1.31，phosphoenolpyruvate carboxylase，PEPCx）基因ppc敲除的菌株，并研究ppc基因敲除对菌株生理特性的影响。【方法】运用PCR技术扩增ppc基因的上游和下游序列，构建带有目标基因内部缺失的基因整合载体。通过同源重组技术将C. pekinense PD-67的ppc基因敲除，构建ppc基因缺陷突变株C. pekinense PD-67-Δppc。通过摇瓶发酵研究突变株的生理特性，并测定突变株丙酮酸激酶和丙酮酸羧化酶的活性。【结果】PCR验证和PEPCx活性分析结果表明，筛选到ppc缺陷的突变株。摇瓶发酵结果表明，与出发菌株相比，突变株的生长速率下降，生物量降低20%，L-色氨酸积累降低62%，丙酮酸激酶活力提高，而丙酮酸羧化酶活力下降。【结论】C. pekinense PD-67的ppc基因敲除以后，对菌株的代谢影响较大。仅通过阻断PEPCx催化的回补途径，减少磷酸烯醇式丙酮酸的分支代谢，不能提高该菌株L-色氨酸的积累。

摘要:摘要：【目的】通过基因工程手段增加乳链菌肽（nisin）自身免疫基因nisI在nisin产生菌Lactococcus lactis NZ9800/pHJ201中的表达水平，增强该菌对nisin的抗性，从而达到提高nisin产量的目的。【方法】将带有强组成型启动子P59的免疫基因nisI克隆到nisin表达质粒pHJ201上，将重组质粒引入L. lactis NZ9800中，使nisI基因过量表达，得到重组菌株L. lactis NZ9800/pHMI，并比较该重组菌株与对照菌株L. lactis NZ9800/pHJ201的生长曲线、对nisin的抗性水平、抑菌活性及nisin产量的差异。【结果】nisI 的表达对重组菌的生长速度没有明显的影响，却能促使重组菌株对nisin的抗性水平提高25%、在发酵6h和8h时，nisin的产量分别提高32%和25%。【结论】增加乳链菌肽自身免疫基因nisI的表达可以提高产生菌对nisin的抗性，从而提高乳链菌肽产量。

摘要:摘要：【目的】本实验室保藏的一株异化硝酸盐还原菌（Pseudomonas alcaliphila MBR），其能够在好氧环境下以有机碳源为电子供体，把易溶解、高毒性亚硒酸钠还原成为红色单质硒,本文对该菌株还原亚硒酸盐的特征进行了研究。【结果】结果表明该菌株可以在pH为6-11环境中生长，对亚硒酸钠有较强抗性，其MIC（minimal inhibitory concentration）可高达50 mmol/L。在5天时间内，菌体以柠檬酸钠为电子供体，把2 mmol/L亚硒酸钠完全还原为红色单质硒并主要积累于胞外。硝酸盐和还原型谷胱甘肽对菌体还原亚硒酸钠具有促进作用，初步确定菌体对亚硒酸钠的还原是细胞膜或细胞质中的某些物质催化的结果。【结论】本项研究为应用Pseudomonas alcaliphila MBR于生物反应器提供了重要基础。

摘要:摘要：【目的】为得到枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）G87的抗菌蛋白，明确其蛋白理化特性。【方法】采用硫酸铵沉淀和柱层析法进行分离纯化。【结果】获得单一抗菌活性蛋白（峰6-2-1），此抗菌蛋白分子量为50.8 kDa，等电点为5.90。经初步分析，抗菌蛋白不含脂，而含有少量（0.62%）糖；其蛋白部分具有脯氨酸或羟脯氨酸，但不含芳香族氨基酸。抗菌蛋白在高温（≥60℃）和较碱（pH>8）环境下活性明显下降，但较抗紫外线、氯仿和胰蛋白酶、蛋白酶K、胃蛋白酶。【结论】枯草芽孢杆菌G87的抗菌蛋白为不含芳烃的糖蛋白，对高温和碱性条件敏感，而对蛋白酶类和紫外线等不敏感。

摘要:摘要：【目的】鉴定供试菌株的种属地位，了解菌株所具有的促进植物生长能力。【方法】运用nifH与16S rRNA基因序列对供试菌株进行遗传分析，采用钼锑抗比色法和乙炔还原法分别测定菌株的溶磷、固氮能力。通过接种试验验证菌株促进红树植物生长的能力。【结果】通过对菌株nifH与16S rRNA的同源性、系统发育树分析，HN011与需钠弧菌（Vibrio natriegens）的相似性最高, SZ7-1、SZ7-2与产酸克雷伯氏菌（Klebsiella oxytoca）的相似性最高。而SZ002在16S rRNA的系统发育分析中归属为类芽孢杆菌属（Paenibacillus sp.），却在nifH基因分析中与克雷伯氏属（Klebsiella sp.）的相似性最高。供试菌株都具有较强的溶磷能力和高固氮酶活性。接种后植株有较好的生长表现，部分接种植株在干重、全氮、全磷含量等方面较对照有显著地增加（P<0.05）。【结论】首次发现兼具溶磷-固氮两种能力的红树林植物促生菌，接种试验也表现菌株具有良好的促生能力，为红树林人工接种促生菌的应用提供了可靠的理论依据。

摘要:摘要：【目的】调查我国蜜蜂螺原体的种类，研究它们的基本生物学特性，初步确定其分类地位，为研究螺原体在自然界中的传播途径提供依据。【方法】螺原体的分离、培养方法，应用暗视野显微镜和透射电子显微镜观察螺原体形态，运用分子生物学方法（选16S rDNA、ITS、rpoB基因进行系统发育分析）和血清学方法（生长抑制试验、代谢抑制试验、菌体变形试验）研究螺原体分离菌株可能的分类地位。【结果】从健康的意蜂(Apis mellifera)体内分离到3株螺原体MF0903、MF0904、MF0905。3株螺原体都呈典型的螺旋状，但菌株MF0905的菌体短小，螺旋数较少；MF0903和MF0904菌落呈规则的圆形，MF0905菌落近圆形、较大；它们都能利用葡萄糖、D-果糖作为碳源，不能利用尿素；菌株MF0903、MF0904能强烈代谢精氨酸、不能利用蔗糖作为碳源，而MF0905不能代谢精氨酸、能利用蔗糖作为碳源；根据16S rDNA、ITS、rpoB基因序列构建系统发育树显示，分离菌株MF0903、MF0904与Spiroplasma melliferum 聚类较近，而MF0905与Spiroplasma. clarkii 聚类较近。生长抑制试验、代谢抑制试验、菌体变形试验结果均表明标准菌株Spiroplasma melliferum CH-1的抗血清对菌株MF0905没有抑制作用，而能抑制菌株MF0903和MF0904生长。【结论】分离菌株MF0903、MF0904属于Spiroplasma melliferum，而MF0905可能是Spiroplasma. clarkii，这表明我国蜜蜂中存在的螺原体不仅仅是Spiroplasma melliferum。

摘要:摘要：【目的】研究从7日龄到35日龄（断奶后两周）仔猪结肠中梭菌Ⅳ群（柔嫩梭菌群，Clostridium Leptum group）结构以及数量的变化，探究该菌群与结肠中丁酸浓度的关系。【方法】选取3窝新生仔猪，分别在7、14、21（断奶）、24和35日龄每窝随机屠宰1头，收集结肠内容物，利用气相色谱测定挥发性脂肪酸（Volatile fatty acid，VFA）；提取结肠内容物总细菌DNA，利用基于16S rRNA基因的变性梯度凝胶电泳（Denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE）和Real-time PCR技术定性、定量分析梭菌Ⅳ群。【结果】对仔猪结肠中梭菌Ⅳ群DGGE图谱进行相似性分析显示，7日龄仔猪样品归于一簇，数值达90％以上，而与其他日龄的样品间相似性较低，断奶前（21日龄）和断奶后3天菌群则没有显著变化。Real-time PCR定量分析显示，仔猪结肠总细菌拷贝数在断奶后3天显著降低，这趋势与结肠中的总挥发性脂肪酸和丁酸浓度变化相似，而梭菌Ⅳ群拷贝数变化则不显著。克隆和测序分析表明，仔猪结肠梭菌Ⅳ群中的优势菌为Faecalibacterium prausnitzii，Subdoligranulum variabile以及一些未培养细菌。【结论】7日龄至14日龄仔猪结肠中梭菌Ⅳ群发生改变，但断奶对其影响不大；该菌群和结肠丁酸浓度关系还需进一步研究。

摘要:摘要：【目的】通过构建大肠杆菌pqqL基因缺陷突变株，研究大肠杆菌pqqL基因的功能。【方法】首先通过PCR扩增得到pqqL基因和kan抗性基因，在体外构建线性打靶片段pqqL-kan-pqqL。然后通过Red同源重组敲除大肠杆菌的pqqL基因，构建大肠杆菌缺失突变体DH5α?pqqL。在此基础上通过DCIP法检测山梨糖脱氢酶活性来比较大肠杆菌突变株与亲本株中PQQ合成的情况。【结果】成功敲除了大肠杆菌的pqqL基因，DCIP法检测结果显示大肠杆菌pBCP162/DH5α?pqqL和pMD19T Simple-pqqABCDE/DH5α能够合成PQQ，而大肠杆菌pMD19T Simple-pqqABCDE /DH5α?pqqL不能合成PQQ。【结论】大肠杆菌pqqL基因和pqqF基因具有同样的功能。

摘要:摘要：【目的】鉴定一株来自于红海榄根际土壤并具有分泌抑菌活性代谢产物的真菌菌株F12，并从其发酵液乙酸乙酯浸膏中分离抑菌活性成分。【方法】通过形态学观察以及ITS序列分析方法对菌株F12进行鉴定；利用色谱技术分离发酵液乙酸乙酯浸膏中的次生代谢产物，根据化合物的质谱、氢谱、碳谱以及理化性质确定其结构，并检测它们对细菌生长的抑制作用。【结果】菌株F12被鉴定为Aspergillus awamori strain F12；从其发酵液乙酸乙酯浸膏中分离到3种化合物：1,4-二甲氧基苯（1）、大黄素（2）和3,6-二苯甲基哌嗪-2,5-二酮（3），其中化合物1属于在本属真菌中首次报道。化合物2对金黄色葡萄球菌和枯草芽孢杆菌的生长具有明显的抑制作用，最低抑菌浓度（MIC）分别为16ng/L和32ng/L，化合物1和3对上述菌株的生长无明显的抑制活性。【结论】首次发现从红海榄根际土壤中分离到的泡盛曲霉（Aspergillus awamori）菌株F12具有合成1,4-二甲氧基苯和大黄素的能力，其中后者对微生物的生长具有明显的抑制作用。

摘要:摘要：【目的】为了分析厦门近海原位海水中多环芳烃降解菌的多样性。【方法】将涂有菲的聚氯乙烯（PVC）板悬挂在厦门国际邮轮码头的海水中，进行菲降解菌的原位富集。利用变性梯度凝胶电泳（Denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE）和16S rRNA基因文库两种方法分析了在PVC板表面富集微生物的菌群结构。之后，在实验室模拟原位条件下，对PVC板表面富集的菲降解菌群进行进一步富集、分离和初步鉴定。【结果】PVC板在海水中浸没6 d后，16S rRNA基因文库分析表明，在涂菲的PVC板表面富集的菌群中解环菌属（Cycloclasticus）对应的克隆子占文库总克隆子的50%；在未涂菲的PVC板表面吸附的菌群中红杆菌科（Rhodobacteraceae）为优势菌，其对应的克隆子占文库总克隆子的47%；而解环菌属的克隆子只占文库总克隆子的2%。DGGE的分析结果也证明解环菌是菲原位富集降解菌群中的优势菌。实验室进一步富集后，从该菌群中分离鉴定出14株细菌，其中一株新鞘氨醇杆菌B14(Novosphingobium sp.B14)具有菲降解能力。但是，解环菌未能获得纯培养。【结论】菲原位富集发现，厦门近海水体中解环菌是多环芳烃的主要降解菌。

摘要:摘要：【目的】研究发现microRNAs（miRNAs）可以参与调控病毒在宿主细胞内感染和复制的过程。作者研究了两条miRNAs对H1N1型流感病毒在宿主细胞内复制的影响。【方法】构建miR26a和miR939的高效表达载体，并将这两种表达载体转入MDCK细胞中，24 h后用H1N1型流感病毒感染转染后的MDCK (Madin dardy canine kidney) 细胞，接种72 h后，检测流感病毒的复制情况，研究miR26a和miR939对H1N1型流感病毒在MDCK细胞内复制的影响。【结果】实验结果表明，miRNAs的表达载体可以在细胞内高效表达miRNAs，不同的miRNAs对流感病毒在MDCK细胞中复制的调控作用不同, miR26a可以有效抑制流感病毒在MDCK细胞中的复制，而miR939则促进流感病毒在MDCK细胞中的复制的作用。【结论】细胞内miRNAs可以调控H1N1型流感病毒在宿主细胞中的复制过程，本文首次报导miR26a和miR939在流感病毒复制过程中的调控作用。

摘要:摘要：【目的】 确立基于高通量酶联免疫（HTS-ELISA）筛选方法制备高亲和力抗黄曲霉毒素M1单克隆抗体的方法体系。【方法】 采用AFM1-BSA （Aflatoxin M1-bovine serum albumin）免疫Balb/C小鼠，利用HTS-ELISA方法筛选分泌抗黄曲霉毒素 M1单抗的杂交瘤细胞株，并分析抗体的特性。【结果】筛选到14株具有分泌高活性抗黄曲霉毒素M1单克隆抗体的杂交瘤细胞株，纯化的最佳抗体的亲和力为5.5×10-10 mol/L。与黄曲霉毒素M1及其结构类似物黄曲霉毒素M2、B1、B2、G1、G2以及其他物质脱氧雪腐镰刀菌烯醇和BSA的交叉反应率分别为100%、4.5%、21.5%、1.0%、16.6%、1.0%、0%、0%。间接竞争ELISA检测最低检测限可达0.01 μg/L，线性范围为0.1-10 μg/L，竞争性抑制抗体反应50%的抑制浓度IC50为0.82 μg/L，添加0.25-5 μg/L黄曲霉毒素的牛奶间接竞争ELISA检测回收率在60.3%-152.8之间。【结论】HTS-ELISA方法可以制备具有高亲和力的抗黄曲霉毒素M1单克隆抗体，可为黄曲霉毒素M1免疫检测体系的建立提供优质抗体材料。