摘要:

摘要:

摘要:

摘要:

摘要:摘要: 群感效应是细菌协调群体行为的一种外界信号传递机制，在细菌中普遍存在，参与细胞的多种生理过程；链霉菌中也存在群感效应，在抗生素等次生代谢产物的生物合成中起重要的调控作用，从自诱导信号分子的结构到信号传递机制都存在一定多样性，其中以A-因子为代表的γ-丁酸内酯类信号分子的作用机制研究最为深入。近几年在链霉菌中发现的PI-因子、M-因子以及一些特定的代谢产物则代表几类结构较新颖的信号分子，通过群感效应机制调控次生代谢过程；链霉菌中还发现胆固醇氧化酶、甘油等分子具有信号分子特征，不排除是通过群感效应来参与抗生素生物合成调控。本文主要就参与链霉菌次生代谢调控的几类群感效应系统的研究状况进行综述，重点阐明各类群感信号分子的结构和信号传递机制的不同，并对链霉菌群感效应的研究趋势以及在抗生素高产菌遗传育种中的应用前景进行了展望。

摘要:摘要：随着分子生物学、生物信息学和各种理化检测技术的发展，特别是人类基因组计划成功实施以来，基因组学研究取得了重大突破与进展。而包括转录组学、蛋白组学和代谢组学在内的后基因组学也相继出现，并被广泛应用在环境微生物学的各个研究领域。本文主要概述了当前基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学在污染环境生物修复研究中的最新研究进展，分析比较了各组学的优势与不足，同时结合本课题组的主要研究方向探讨了各生物组学在赤潮生消过程和有机污染物降解机理等研究中的应用。

摘要:摘要：布洛芬是苯丙酸类非甾体类抗炎药物的典型代表，属于重要的药物及个人护理品类物质。大量生产和广泛使用的布洛芬在为人类减轻病痛的同时，也带来诸多环境污染危害，已经成为重要潜在环境污染物之一。本文简要介绍布洛芬的使用情况和环境中布洛芬残留的潜在风险，重点总结布洛芬的微生物降解及降解机理研究，提出应当关注污水、脱水污泥、河流沉积物和湿地中布洛芬的微生物降解，强调开展布洛芬降解基因克隆和功能分析以及从分子水平阐明布洛芬降解机理研究的必要性及紧迫性。

摘要:摘要：【目的】为了解新疆断裂带含硫冷泉泉水中细菌群落结构的组成和物种多样性。【方法】采用免培养法直接从冷泉水中提取环境总DNA，采用细菌通用引物对泉水中细菌的16S rRNA基因进行PCR扩增，构建16S rRNA基因克隆文库。使用限制性内切酶Hae Ⅲ对随机挑选的阳性克隆子进行限制性片段长度多态性分析(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)，选出具有不同酶切图谱的序列进行测序、BLAST比对和构建16S rRNA基因系统发育树。【结果】共从细菌16S rRNA基因文库中筛选了228个阳性克隆，RFLP分型得到33个不同的操作分类单元 (Operational Taxonomic Unites, OTUs)，覆盖度 (Coverage C) 为92%。BLAST比对、RDP归类及系统发育分析将这33个OTUs归为：变形菌门 (Proteobacteria)、拟杆菌门 (Bacteroidetes) 和厚壁菌门 (Firmicutes)。变形菌门为绝对优势类群，占整个细菌克隆文库的98%,，其中20%左右的类群与硫化物代谢相关的光合自养和化能自养类群纯培养菌具有高的相似性 (>97%)。此外，还发现大量类群 (总文库的64%，其中57%为军团菌属Legionella spp., 类群)与GenBank中已存细菌16S rRNA基因相似性小于96%。【结论】新疆断裂带含硫冷泉泉水中细菌类群的多样性较低，但可能存在大量潜在细菌新种和新分类。另外，该泉水可能是潜在的新军团菌病传播源，因而可能对下游人畜健康存在潜在威胁。

摘要:摘要：【目的】 为了研究耐盐放线菌对高盐环境的适应机理。【方法】 用HPLC定量检测了极端耐盐、丝状产孢放线菌——白色普氏菌（Prauserella alba） YIM 90005T在不同盐浓度下胞内相容性溶质的种类和含量。【结果】 结果发现，四氢嘧啶和5-羟基四氢嘧啶是其主要的相容性溶质。在培养基NaCl浓度为10%时，四氢嘧啶在胞内累积浓度最大，为18.77 μg/mg干菌体重。之后随NaCl浓度的升高，胞内的四氢嘧啶含量逐渐减少，而5-羟基四氢嘧啶的含量逐渐增加，在该菌耐受的最高NaCl浓度下（24% w/v），胞内5-羟基四氢嘧啶含量达到最大值，为22.98 μg/mg干菌体重。设计兼并引物，利用染色体步移，克隆得到四氢嘧啶及5-羟基四氢嘧啶合成相关基因ectABCD。序列分析表明，ectABCD位于一个操纵子中。进一步对不同NaCl浓度培养条件下ectB,D的表达量进行定量分析，结果表明该基因簇表达量随着培养基中NaCl浓度的增加而增大。【结论】 研究结果证实5-羟基四氢嘧啶是P. alba YIM 90005T在极高盐浓度条件下起渗透调节及保护的相容性溶质。

摘要:摘要：【目的】益生菌粘附于肠道上皮细胞上是它的一种益生作用。本研究通过体内外实验，分析嗜酸乳杆菌NCFM对粘附相关基因的影响。【方法】利用GO (Gene Ontolog) 分类筛选Human Genome U133 Plus 2.0 Array基因表达谱芯片中的粘附相关基因，通过体外Caco-2细胞培养模型和体内小鼠粘附模型，采用Real-time PCR方法对粘附相关基因进行验证分析。【结果】经NCFM作用后，12个粘附相关基因呈上调表达。利用Real-time PCR验证，12个基因在体内和体外经嗜酸乳杆菌NCFM作用后亦均同样为上调表达，其中CCL2基因上调表达最为明显。【结论】经体内外研究表明，嗜酸乳杆菌NCFM粘附肠上皮细胞后能够引起宿主粘附相关基因出现特定表达变化，为今后深入揭示其粘附作用提供必要基础。

摘要:摘要：【目的】利用大肠杆菌BL21λDE3的表达系统，表达出有活性的鼠疫耶尔森氏菌（以下简称鼠疫菌）调控子蛋白H-NS，为进一步研究H-NS的转录调控奠定基础。【方法】 PCR扩增鼠疫菌201株hns基因的编码区，将其直接克隆入pET28a质粒中，再将pET28a-hns重组质粒转入大肠杆菌BL21λDE3菌株中，所得菌株经IPTG诱导后能表达出鼠疫菌His-H-NS蛋白；通过体外的凝胶迁移实验（EMSA）和DNaseⅠ足迹实验对His-H-NS蛋白与DNA的结合活性进行分析。【结果】成功表达出有活性的鼠疫菌His-H-NS蛋白，该蛋白对鼠疫菌pH6抗原基因（psaA、psaE）及rovA基因均有结合活性。【结论】鼠疫菌His-H-NS具有DNA结合活性，说明H-NS能调控鼠疫菌基因的转录。

摘要:摘要: 【目的】酵母表达外源糖蛋白时会对蛋白进行过度N-糖基化修饰，产生高甘露糖型糖链，影响蛋白的活性，其中α-1,6-甘露糖转移酶(och1p)在这一过程中起着关键作用。通过敲除毕赤酵母X-33的α-1,6甘露糖转移酶(och1p)基因，获得一个对糖蛋白进行低糖基化修饰的毕赤酵母表达系统。【方法】采用双交换同源重组敲除目的基因的方法，首先敲除赤酵母X-33的URA3基因，获得一个尿嘧啶营养缺陷型的X-33(ura3-)菌株；然后用URA3基因作为选择标记，敲除X-33(ura3-)的α-1,6甘露糖转移酶(och1p)基因，获得OCH1基因敲除的X-33(och1-)菌株。用X-33 (och1-)菌表达糖蛋白GM-CSF，分析GM-CSF蛋白糖链的变化。【结果】首次成功敲除了X-33的URA3和OCH1基因，与野生型相比，X-33(och1-)菌表达的GM-CSF蛋白过度糖基化修饰程度明显降低。【结论】X-33(och1-)菌株的构建提供了一个对蛋白低N-糖基化修饰的毕赤酵母表达系统，也为进一步的糖基化改造提供了良好的基础。

摘要:摘要【目的】构建融合基因原核表达载体pET-28a- cag4，并表达重组融合蛋白cag4，分析重组融合蛋白的酶活性，为新型抗生素（或是抗菌药物）的研发提供作用靶位。【方法】本研究利用PCR技术从幽门螺杆菌NCTC11637中克隆了cag4基因；经T-A克隆，酶切鉴定，构建了原核表达载体pET-28a- cag4；经测序鉴定正确后，转化进入大肠埃希菌 BL21(DE3)进行异源表达。利用IPTG体外诱导后，经SDS-PAGE和Western Bolt鉴定目的蛋白表达后，采用Ni2＋-NTA柱在变性条件下纯化目的蛋白，并对重组蛋白进行透析复性处理。将SDS煮沸法获得的溶壁微球菌肽聚糖掺入SDS-PAGE作为底物，进行酶谱分析。【结果】在大肠埃希菌 BL21(DE3)中获得高效表达的重组蛋白; 经SDS-PAGE和Western Bolt鉴定表达后，采用Ni2＋-NTA柱在变性条件下纯化，并进行透析复性处理。将SDS煮沸法获得的溶壁微球菌肽聚糖掺入SDS-PAGE作为底物，进行酶谱分析，表明目的蛋白具有明显的肽聚糖水解活性; 通过监测浊度下降速率，比较其在不同pH条件下活性的变化，即?A/（min?mg protein），结果表明，幽门螺杆菌cag4蛋白具有溶菌糖基转移酶活性。【结论】幽门螺杆菌cag4蛋白具有溶菌糖基转移酶活性。

摘要:摘要：【目的】为研究短链壬基酚聚氧乙烯醚脱氢酶（sNPEO-DH）的脱氢氧化机制（基因克隆于Ensifer sp. AS08），我们进行了以下实验。【方法】采用同源序列比对及同源建模的方法筛选出与其辅酶黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）异咯嗪基邻近的4个氨基酸残基。以定点突变方法分别构建了突变体，并进行了重组蛋白的表达纯化和酶活力测定。【结果】野生型和突变体的酶学动力学实验表明，突变体N90A和N509A对亲水性底物聚乙二醇（PEG1000）的相对活性分别降低为51%和89%，对疏水性底物sNPEO的活性分别降低为26%和40%，说明氨基酸残基N90和N509可能与底物的结合相关。突变体H465A的相对活性丧失了90%以上，突变体N507A完全丧失活性；瞬时“停-流”检测实验进一步证明N507A突变体阻断了底物向FAD传递质子的过程，突变体H465A阻断了对FAD还原形成的FADH2脱氢再生的过程。【结论】以上结果说明N507和H465为sNPEO脱氢酶活性中心中参与对底物氧化脱氢及FADH2脱氢再生进行下一次反应的催化位点。

摘要:摘要：【目的】阐明猪流行性腹泻病毒（PEDV）核衣壳蛋白与病毒感染细胞核仁成分B23.1蛋白的共定位特征。【方法】分别参照GenBank中PEDV CV777株的N基因序列(AF353511)和编码人细胞核仁蛋白B23.1基因序列(BC050628.1)，设计、合成扩增N基因和B23.1基因的引物，利用RT-PCR技术扩增了N基因和Vero E6细胞的B23.1基因的cDNA，分别克隆到真核表达载体pAcGFP1-C1和pDsRed2-N1，获得重组质粒pAcGFP1-C1/N和pDsRed2-N1/B23.1，共转染Vero E6 细胞。【结果】Western blots分析表明这些融合蛋白在转染的Vero E6细胞中表达；共聚焦显微镜技术分析表明在共转染Vero E6细胞中猪流行性腹泻病毒N蛋白与Vero E6细胞核磷蛋白B23.1发生共定位。【结论】为进一步鉴定PEDV N蛋白中核仁定位信号和N蛋白核仁定位机制提供可靠依据。

摘要:摘要：【目的】为了对1株从黄海沉积物中分离到的石油烃降解菌新种PY97S进行分类学鉴定。【方法】采用16S rRNA基因序列同源性分析、生理生化指标测定、抗生素抗性实验、DNA G+C含量测定、全细胞脂肪酸组成测定、碳源利用实验、呼吸醌测定以及DNA杂交实验等多种方法对该菌株进行鉴定，并通过降解实验测定其对烷烃的利用情况。【结果】菌株PY97S为海杆菌（Marinobacter），革兰氏阴性，接触酶阳性，氧化酶阳性，主要呼吸醌为Q-9。在GenBank中与其16S rRNA基因序列相似度最高的模式株为Marinobacter koreensis DD-M3T（96.93%），两者DNA-DNA同源性仅为46.7%。菌株PY97S的温度生长范围为15℃－35℃(最适为30℃)，NaCl浓度生长范围是0%－10%(最适为0%)，初始pH生长范围为pH 6.0－9.0（最适为初始pH7.0）。该菌株可以利用多种糖类和有机酸类的碳源，并对氨苄青霉素、氧哌嗪青霉素等多种抗生素敏感。其DNA G+C含量为48.2 mol%。其主要脂肪酸组成为2-methyl C15:0（29.97%）、C16:1ω7c（27.22%）、C12:0（22.22%）和C16:1ω9c（5.73%）。【结论】菌株PY97S是1株能够降解多种多环芳烃和烷烃的海洋石油烃降解菌新种，具有应用到溢油污染海洋环境生物修复的潜力。

摘要:摘要：【目的】为揭示海岸带微生物群落结构在人类活动影响下的分布差异及对环境因子变化的响应趋势，【方法】本实验采用t-RFLP和DGGE技术，对大连长山群岛不同功能类型海岸潮间带沉积物中的微生物群落结构特征进行比对和分析，并通过16S rRNA基因文库解析养殖污染站位的微生物群落结构特征。【结果】T-RFLP的t-RF分析显示，养殖污染严重站位的微生物丰度、香农指数和均匀度明显高于其它站位。通过对t-RFLP色谱峰和DGGE图谱聚类分析发现，处于旅游区的2个站位微生物群落结构相似度较高，养殖区随污染程度加重与旅游区的群落结构差异增大。对污染严重站位建立的克隆文库显示变形菌门（Proteobacteria）为优势菌群，其中γ-变形菌门是主要存在的亚门微生物。【结论】T-RFLP和DGGE技术从不同方面反映了环境中的微生物群落结构特征，研究结果表明养殖污染区的微生物群落结构发生明显变化，其影响大于地理隔离效应，污染严重区域的微生物群落中存在大量肠杆菌属，且多个物种与富营养化和赤潮相关联，如拟杆菌门和α-变形细菌红细菌目的细菌。

摘要:摘要：【目的】以亚硝酸盐还原酶基因(nirS)为分子标记，探讨富营养化湖泊武汉东湖沉积物中NirS类反硝化细菌群落的多样性及系统发育，并分析环境因子对群落分布的影响。【方法】在武汉东湖4个典型子湖郭郑湖、汤菱湖、团湖和庙湖采集沉积物样品，测定环境参数；提取沉积物中微生物群落基因组DNA，分别构建4个子湖的反硝化微生物的nirS基因文库，利用限制性片段长度的多态性分析（Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP）技术初步分群，确定各群的代表菌株并测定其nirS基因序列；利用DOTUR软件计算各群落多样性和丰富度指数，以Neighbor-Joining法构建供试菌与参比菌的系统发育树。【结果】环境参数测定结果表明东湖4个子湖中庙湖沉积物总氮(TN)和氨态氮 (NH4+-N)含量最高，团湖最低，郭郑湖沉积物中NO3-浓度最高。基于NirS序列的生物多样性和丰富度分析表明团湖生物多样性和丰富度指数最高而庙湖各项指数均较低。各子湖供试序列及其代表序列综合RFLP聚类分析表明，武汉东湖沉积物中NirS类反硝化微生物种群具有丰富的多样性。NJ系统发育分析表明东湖沉积物NirS类反硝化菌群可分成3个较大群体(群I－III)。群I占总群体的67.7%，广泛分布于不同的生态环境；来自郭郑湖代表菌的81%分布于群I，而庙湖的代表菌中65%分布于群II。比较分析发现来自于东湖和人工湿地两种生境的NirS群落间具有较高的相似性。【结论】武汉东湖淡水富营养型湖泊沉积物中亚硝酸还原酶基因(nirS)具有丰富的多样性。东湖沉积物中TN、NH4+和NO3-的浓度可能是影响NirS类反硝化微生物多样性和空间分布的重要因素之一。

摘要:摘要: 【目的】探讨江苏某羊场健康绵羊体内产志贺毒素大肠杆菌的带菌和流行情况，同时就分离株的致病力和对Vero细胞的毒性作用作了研究。【方法】基于本实验室已经建立的EHEC O157:H7 EDL933W株的stx1、stx2、eaeA、hlyA四个基因的多重PCR检测并配合选择性增菌、平板筛选等方法对STEC进行分离鉴定。【结果】在为期6个月的连续跟踪调查中，共分离到STEC菌株107株，分离率为19.4%（107/550）。分离株属于41种O血清型、62种O:H血清型，未定型(ONT)有22株，粗糙型（OR）1株。其中属于绵羊STEC的优势血清型有O5(2株)、O91(1株)、O103(1株)。本文分离的优势血清型为O93，stx2阳性菌株的分离率较stx1阳性菌株的分离率高，LD50测定结果表明分离株对小鼠致病力不高，受试的3个分离株均不能致小鼠死亡。对107株stx阳性分离株噬菌斑试验表明，71株阳性菌株携带噬菌体（66.3%，71/109）。受试分离株进行Vero细胞毒性试验，其中有一株菌株stx基因阳性但不能使Vero细胞产生病变。【结论】绵羊是STEC的天然宿主，可健康带菌。虽然STEC分离株对小鼠的致病力较弱，但不能排除其对人类安全的威胁。STEC携带志贺毒素基因并不意味着一定表达志贺毒素，需对志贺毒素的表达及调控机理做进一步的研究。

摘要:摘要: 【目的】建立牛肉中单增李斯特菌的热失活动力学模型。【方法】将接种了3种不同血清型的单增李斯特菌混合菌液的牛肉分别在55℃、57.5℃、60℃、63℃、66℃和70℃进行热处理，在不同温度条件下单增李斯特菌数从109CFU?g-1下降至103CFU?g-1，其热失活曲线用修正的Gompertz模型进行了拟合；利用线性模型对单增李斯特菌的相对失活率（μ）和所持续时间（M）的自然对数值与温度（55－70℃）进行拟合；通过在59℃和64℃对牛肉中单增李斯特菌热处理，对所建的模型进行了验证。【结果】建立了牛肉中单增李斯特菌热失活动力学的一级模型和二级模型，经验证其准确因子和偏差因子均在可接受范围内。【结论】本研究所建立的模型能较好的模拟不同温度（55－70℃）对牛肉中单增李斯特菌热失活的影响。

摘要:摘要【目的】 对葡激酶的T和B细胞抗原表位重叠的关键氨基酸Arg77和Glu80进行定点突变以降低葡激酶的免疫原性。【方法】基于Arg77和Glu80 的溶剂可及表面积设计葡激酶的突变体；突变体在大肠杆菌DH5? 中进行表达。经过三步层析法纯化后，分析突变体的纤溶活性和免疫原性。【结果】免疫学实验提示，葡激酶导致Th2免疫反应；Glu80突变为丙氨酸和丝氨酸减少了溶剂可及表面积，同时去除了部分T和B细胞抗原表位；Arg77突变为天冬酰胺、谷氨酰胺和赖氨酸仅去除了部分T细胞抗原表位；6个组合突变体中， Sak(R77Q/E80A)和Sak(R77Q/E80S)有效去除了部分B和T细胞抗原表位，降低了葡激酶的免疫原性；Sak(R77Q/E80A) and Sak(R77Q/E80S)的纤溶活性和催化效率与r-Sak相当。

摘要:摘要：【目的】将猪β防御素2成熟肽基因片段正确整合到酵母基因组染色体上，从而得到稳定的猪β防御素2成熟肽的毕赤酵母表达株。实现猪β防御素2成熟肽的表达。【方法】首先参考酵母偏爱密码子，设计3段引物序列，利用PCR技术扩增得到β防御2成熟肽基因，构建了重组质粒pPIC9k-GST-pBD-2和pPIC9k-pBD-2。将线性化的重组质粒电转化到毕赤酵母KM71细胞中。最后筛选得到酵母阳性克隆，通过不断调节表达条件，实现猪β防御素2成熟肽的表达。【结果】将GST-pBD-2基因序列和pBD-2基因序列分别成功整合到酵母KM71基因组中，重组毕赤酵母工程菌构建成功；重组酵母蛋白GST-pBD-2和PBD-2都成功获得了表达；PBD-2成熟肽表达上清对猪霍乱沙门氏菌弱毒株C500有一定的抑制作用。【结论】获得表达pBD-2成熟肽的酵母菌株，本实验是用真核细胞表达pBD-2成熟肽的一次探索，为后续大量表达pBD-2成熟肽方法的研究打下了基础。