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摘要:摘要:除了细胞质膜，革兰氏阴性细菌细胞还有一层组成细胞壁的外膜(Outer Membrane)。膜蛋白是外膜的主要组成成分之一，绝大多数外膜蛋白是由反向平行的β-折叠(β-Strands)通过相邻的氢键结合形成的β-桶状结构蛋白(β-Barrel Proteins)。这些蛋白既可作为通道蛋白、转运蛋白、酶、受体、毒力因子，也可作为结构蛋白发挥稳定外膜的重要作用，它们是否正确折叠并整合到外膜对革兰氏阴性细菌的生存至关重要。大多数外膜蛋白易于重组表达和体外重折叠(in vitro refolding)，并且折叠状态可通过多种方法测定，因此β-桶状结构外膜蛋白被当着模式蛋白来研究各类生物和非生物因子对膜蛋白折叠的影响，是膜蛋白研究的一大热点。本文将从β-桶状结构外膜蛋白体外折叠的研究方法和影响折叠的因素角度对近年相关研究进展进行综合述评，最后总结了外膜蛋白体外折叠模式，并结合作者的相关研究结果和观点对该领域的研究前景进行了展望。

摘要:摘要:近10 年来，一种与鼠伤寒沙门氏菌具有相似抗原的非典型沙门氏菌血清型1，4，［5］，12:i:-在全球多个国家检出率大幅度增加，目前已被列为引起人类沙门氏菌病的主要血清型之一。沙门氏菌1，4，［5］，12:i:-菌株具多重耐药特性，存在分别以质粒和染色体介导的两种主要的多重耐药菌株(西班牙株系和欧洲株系)。多个抗生素抗性基因(blaTEM、blaCTX-M-1、aac(3) -IV、aadA2、cmlA1、sul1、sul2、dfrA12、strA-strB、tet(A)和tet(B))在1，4，［5］，12:i:-耐药菌株中检出。遗传特征分析显示，沙门氏菌1，4，［5］，12:i:-与鼠伤寒沙门氏菌具有很高的遗传相似度，并且推测是由于多个独立的遗传事件的改变，导致鼠伤寒沙门氏菌变异而产生不同的1，4，［5］，12:i:-株系。对于沙门氏菌1，4，［5］，12:i:-，相关快速、准确检测方法的建立及致病、耐药机制研究将是今后的重要方向。

摘要:摘要:【目的】揭示天山乌鲁木齐河源一号冰川表面粉尘中蓝细菌多样性、群落结构及其系统发育，为科学评价冰川表面及相关环境中功能微生物的地球化学循环作用提供参考依据。【方法】采用两对蓝细菌16Sr RNA基因特异引物扩增并构建克隆文库，基于序列相似性归类OTU并统计多样性，代表OTU序列与NCBI、RDP数据库比对后构建系统发育树。【结果】天山一号冰川表面粉尘101个蓝细菌克隆序列基于97%的相似性被划分为12个OTU，shannon多样性指数为1.522，系统发育分析显示主要隶属于颤蓝细菌目 (Oscillatoriales)和色球蓝细菌目(Chroococcales)。Oscillatoriales包括席蓝细菌属(Phormidium)、微鞘蓝细菌属(Microcoleus)、伪鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena)和颤蓝细菌属(Oscillatoria)4个属，其中Phormidium占绝对优势，68个克隆序列划分为4个OTU，其它3个属的序列较少。Chroococcales仅有1个克隆，与亚球形管胞蓝细菌(Chamaesiphon subglobosus)亲缘关系很近。此外，发现一号冰川表面粉尘的速效磷、速效钾含量是冰川退缩前沿50 m－500 m距离土壤的2－5倍，硝态氮达到10－20倍，有机质含量达到3－9倍，显著高于冰川前沿环境。【结论】天山一号冰川表面粉尘蓝细菌的多样性指数相对较高，以隶属于Phormidium属的成员占绝对优势，对其生态学作用需进一步深入探究。

摘要:摘要:【目的】研究香蕉枯萎病菌4号生理小种中促分裂原活化蛋白激酶基因FoHog1的结构特点及其功能【方法】通过PCR和RT-PCR的方法获得了FoHog1基因序列并进行生物信息学分析，利用PEG介导的原生质体转化法得到了FoHog1基因缺失突变体，分析敲除突变体与野生型的生物学特性差异【结果】FoHog1基因编码一个含有357个氨基酸的蛋白，该蛋白在不同种镰刀菌中高度保守。通过对敲除突变体的研究发现，该基因缺失后菌丝密度下降，产孢量与菌丝干重明显降低，对乙酸钠和氯化铵的利用率下降，对温度、pH 及渗透压等外源胁迫更为敏感。通过致病力实验发现，基因敲除突变体的定殖能力有所降低【结论】尖孢镰刀菌古巴专化型4 号生理小种中FoHog1 基因参与调控菌丝生长、分生孢子生成、乙酸钠和氯化铵代谢、渗透压胁迫反应及致病相关过程。

摘要:摘要:【目的】活性氧类分子是机体有氧代谢的自然产物，可以引起氧化损伤，导致细胞DNA突变、蛋白质失活，是细菌耐药产生的原因之一。蚯蚓血红蛋白家族是能携带氧、可逆地结合氧的一类蛋白，在氧代谢过程中发挥重要作用，与活性氧类分子介导的细菌耐药相关。预测耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)MSMEG_3312是蚯蚓血红蛋白样蛋白，其功能可能与细菌抗药性有关。【方法】通过生物信息学预测耻垢分枝杆菌MSMEG_3312的结构特征。通过基因敲除、遗传互补和抗药性分析以及启动子表达测定等方法研究MSMEG_3312与耻垢分枝杆菌抗药的相关性。【结果】与野生菌株mc2155相比，msmeg_3312敲除菌株表现为抗大环内酯类抗生素，而且回补msmeg_3312部分丧失了这种耐药表型。此外，大环内酯类抗生素的胁迫在统计上显著下调msmeg_3312启动子的表达。另外，对作用于核糖体的其他药物，敲除菌株和野生菌株没有抗药性差异。【结论】生物信息学分析显示MSMEG_3312的氨基酸序列具有典型的蚯蚓血红蛋白保守的HHE结构域，预测其二级结构含有4个α-螺旋组成的典型蚯蚓血红蛋白结构。MSMEG_3312与耻垢分枝杆菌对大环内酯类抗生素的药物敏感性相关，其可能通过影响药物与核糖体50S亚基的作用来发挥功能。

摘要:摘要:【目的】阐明海洋真菌Aspergillus sp．SCSGAF 0076与细菌Bacillus sp．MNMCCE 001在平板上共培养时产生的主要抗菌物质和红色素的化学结构。【方法】在固体淀粉培养基上分别进行Aspergillus sp．SCSGAF 0076纯培养、以及SCSGAF 0076和Bacillus sp． MNMCCE 001共培养，培养3 d后分别对纯培养和共培养的培养基进行萃取浓缩得到浸膏，运用高效液相色谱分析比较纯培养和共培养所得浸膏的化学分成的差异，并采用抗菌活性追踪法，结合硅胶柱层析、凝胶柱层析和高效液相色谱等分离方法从共培养浸膏中分离纯化抗菌物质和红色素，运用波谱解析法鉴定化合物的结构。【结果】通过高效液相色谱分析发现，共培养与纯培养的主要次生代谢产物没明显差异，但抗菌物质和红色素的含量差别明显。从这两株菌共培养的发酵产物中分离鉴定了4个化合物，包括抗菌物质青霉酸(1)、青霉酸类似物5 (6) -dihydropenicillic acid(2)和9-chloro-8-hydroxy-8，9-deoxyasperlactone (3)、以及红色素viopurpurin (4)。【结论】初步阐明了Aspergillus sp． SCSGAF 0076与Bacillus sp．MNMCCE 001共培养时由Aspergillus sp．SCSGAF 0076产生的主要抗菌活性化合物是青霉酸，伴随明显增多的主要红色素是viopurpurin，二者产率均比Aspergillus sp．SCSGAF 0076 纯培养时高。

摘要:摘要:【目的】克隆小麦条锈菌钙调素依赖蛋白激酶基因Pscamk，并分析其在条锈菌侵染小麦过程中的表达特征及初步功能。【方法】基于本实验室已测序的小麦条锈菌基因组序列，利用RT-PCR方法，从小麦条锈菌生理小种CYR32中克隆Pscamk基因的cDNA序列，并利用网络数据库和生物信息学工具预测该基因编码蛋白的基本特征和保守结构;运用qRT-PCR技术分析Pscamk在不同发育及侵染阶段的表达水平，进一步通过钙调素依赖蛋白激酶(CaMK)的免疫抑制剂KN-93处理小麦条锈菌夏孢子，观察其萌发状况。【结果】 获得1个1620 bp的小麦条锈菌CaMK基因Pscamk;序列分析发现，Pscamk编码蛋白包含CaMK蛋白的保守结构域，并与小麦杆锈菌该类蛋白序列相似性最高。qRT-PCR分析表明，Pscamk在条锈菌侵染初期过程中的芽管发育、初生菌丝侵染及吸器形成时期呈显著上调表达，且在条锈菌接种6 h时表达量最高，为对照夏孢子的20.74倍。在专一性免疫抑制剂KN-93处理后，随着KN-93施加浓度的增加，条锈菌夏孢子萌发率逐渐降低，当浓度为1.4μmol/L时夏孢子萌发率为8.02%，仅为对照的12%。【讨论】推测Pscamk基因参 与了小麦条锈菌夏孢子萌发、芽管发育以及初期侵染结构的形成。本研究为进一步探索条锈菌细胞钙信号传导机理和致病机制奠定了基础。

摘要:摘要:【目的】AUR1编码的肌醇磷脂酰神经酰胺(IPC)合成酶是真菌鞘脂代谢的关键酶，在转录水平和翻译水平研究AUR1内含子对其基因表达的影响，以及AUR1内含子对相关致病因子的影响，为内含子调控基因表达的分子机制提供理论依据。【方法】实时定量PCR测定野生型灰葡萄孢菌(BcAUR1)和AUR1缺失115 bp内含子突变体(BcAUR1a)的mRNA表达量，高效液相层析测定IPC合成酶活性，分别采用辣根过氧化物酶法、邻苯三酚自氧化法、愈创木酚法和紫外分光光度法测定单位菌体的H2O2含量、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)的酶活力。【结果】突变体BcAUR1a的IPC合成酶基因cDNA测序结果表明，IPC合成酶无氨基酸突变。实时定量PCR和高效液相层析的结果表明BcAUR1a的AUR1基因mRNA表达量和IPC合成酶活力比野生型BcAUR1分别增加了50.2%和14.16%。短梗霉素A(AbA)显著刺激BcAUR1 H2O2、SOD、POD和CAT的分泌，但对BcAUR1a的这几种物质的分泌无显著影响。【结论】突变体BcAUR1a的AUR1基因在转录和翻译水平上表达上调，AbA显著增强野生型灰葡萄孢菌致病力，但对突变体影响较小。突变体产生了对AbA的抗性，推测AUR1基因内含子在AUR1基因表达调控中起转录抑制子的作用。

摘要:摘要:【目的】比较历史风干土壤与加水恢复培养土壤中氨氧化古菌AOA和细菌AOB的组成与数量差异，探究风干土壤用于后续微生物生理生态学研究的可能性;明确我国典型酸性森林土壤中，海洋类Group 1.1a是否为数量上占据优势的古菌AOA生态型。【方法】针对中国生态系统研究网络10个台站的典型森林土壤样品，围绕风干保存和加水培养两种处理，通过高通量测序土壤氨氧化古菌及细菌amoA标靶基因，分析氨氧化微生物群落组成的变化规律;利用实时荧光定量PCR和DGGE指纹图谱技术，研究森林土壤微生物 群落16S rRNA基因的数量变化规律，以及氨氧化细菌和古菌群落结构的差异。【结果】10个历史风干土壤加水培养28天后，土壤细菌和古菌数量均急剧增加，最高可达3230 倍和568倍;其中8个土壤中氨氧化古菌AOA明显增加，5个土壤中氨氧化细菌AOB表现出明显的增加趋势。然而，高通量测序和系统发育分析表明，历史风干土壤与加水恢复培养土壤中AOA和AOB的群落组成无明显变化。Group 1.1b是氨氧化古菌的优势类群，而氨氧化细菌的主要类群是Nitrosospira螺菌属。氨氧化古菌和细菌的比例与总氮浓度呈显 著正相关(r2=0.54，P＜0.05)，表明酸性条件下土壤矿化并提供铵态氮底物可能是古菌氨氧化的驱动机制。【结论】风干土壤加水恢复培养后，AOA和AOB的种群数量大多出现增加的趋势，但其物种组成未发生显著变化，表明风干保存的土壤样品可用于后续室内培养，开展微生物生理生态学研究。与已有的海洋AOA生态型主导酸性土壤氨氧化类群的报道不同，土壤Group 1.1b 是本研究森林土壤中的优势类群。

摘要:摘要:【目的】从健康人肠道微生物菌群中分离能将柚皮苷高效转化为柚皮素的特定细菌菌株，对分离得到的菌株进行菌种鉴定并研究菌株对柚皮苷转化特性，目的是为柚皮素的高效生物合成提供新细菌资源。【方法】取健康人新鲜粪样，在厌氧工作站内培养24 h 后进行梯度稀释并涂板，从板上挑取单菌落与底物柚皮苷进行厌氧培养，用高效液相色谱检测底物被转化情况。根据16S rDNA序列及相关生理生化特性分析，对所分离的柚皮苷转化菌进行菌种鉴定，并测定转化菌株对底物柚皮苷的转化动态和转化能力。【结果】从人肠道菌群中分离得到4株能将柚皮苷转化为柚皮素的细菌菌株，分别命名为AUH-JLD3、AUH-JLD7、AUHJLD104和AUH-JLD109。根据16S rDNA序列分析，结合形态学及相关生理生化特性等，将其分别鉴定为布劳特氏菌(Blautia sp． AUH-JLD3)、肠球菌(Enterococcus sp． AUH-JLD7)、拟杆菌(Bacteroides sp．AUHJLD104)和巴氏链球菌(Streptococcus pasteurianus subsp．AUH-JLD109)。转化动态研究结果表明，所分离的4株细菌菌株均能在12 h内将0.2 mmol/L底物柚皮苷转化为柚皮素;转化能力测定结果显示，菌株AUHJLD3、AUH-JLD7、AUH-JLD104及AUH-JLD109能够高效转化底物柚皮苷的最大浓度分别为0.2 mmol/L(平均转化率66.67%)、0.8 mmol/L(平均转化率86. 49%)、0.2 mmol/L(平均转化率73.68%)以及1.6 mmol/L(平均转化率93.20%)。【结论】本研究首次从人肠道菌群中分离得到4 株能将柚皮苷转化为柚皮素的细菌菌株，其中巴氏链球菌AUH-JLD109对底物柚皮苷转化能力最强。

摘要:摘要:【目的】从高产农田筛选高效溶磷微生物菌株，为溶磷微生物肥料开发提供高效菌种资源。【方法】利用菌株的形态学特性、培养特征和ITS rDNA序列分析方法进行菌株鉴定，结合液体培养和土壤培养方法研究菌株的溶磷能力，进而采用温室盆栽和田间小区试验，明确溶磷菌P83促进作物生长和提高作物产量的作用效果。【结果】溶磷菌株P83鉴定为斜卧青霉菌(Penicillium decumbens)。液体条件下培养10 d，菌株P83表现显著高效的溶磷能力，对Ca3(PO4)2(5g/L)的溶解效果，有效磷达956 mg/L，溶解率 为42.68%，对湖南永和磷矿粉的溶液效果，有效磷达到152.8 mg/L;将P83菌株分别接种于施用Ca3(PO4)2、Zn3(PO4)2和磷矿粉(RP)3种磷源的盆栽试验土壤中，结果显示，菌株P83对玉米植株促生效果比对照显著提高，玉米植株鲜重提高9.5%－89.2%、干重增加35%－231%，土壤有效磷提高2.1－40.5 mg/kg。田间小区玉米产量结果显示，溶磷菌P83增产效果最好(P=0.05)，玉米子粒产量达9.2t/hm2，比不接种菌剂的对照增加2.4t/hm2，增产率为35.3%。【结论】获得了一株溶解难溶磷的斜卧青霉菌P83，它能够活化多种难溶磷、显著增加土壤有效磷水平，对玉米生长和增加作物产量具有显著作用，是一株展现良好应用前景的高效溶磷菌种。

摘要:摘要:【目的】分析5只亚成体大熊猫肠道真菌的多样性。【方法】采用基于ITS基因的RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)方法，对肠道真菌总DNA进行ITS-RFLP分析，构建ITS克隆文库，然后用HhaI、HaeIII进行酶切指纹图谱分析，测序并绘制系统进化树。【结果】研究表明，5只亚成体大熊猫肠道真菌主要由Ascomycota (平均占46.24%)、Basidiomycota(平均占15.79%)2个门和一些未分类(平均占29.14%)、未培养(平均占8.83%)的真菌。其中，Ascomycota主要以Saccharomycetes(平均占63.74%)和Dothideomycetes(平均占35.91%)2个纲为主;Basidiomycota主要以Tremellomycetes(平均占65.80%)和Microbotryomycetes(平均占33.15%)2个纲为主。而这4 个纲分别则主要以Candida、Debaryomyces;Pleosporales、Myriangium;Cystofilobasidium、Trichosporon;Leucosporidium、Leucosporidiella八个菌属为主，各样品中所占比例不等。【结论】亚成体大熊猫肠道内存在一定比例的真菌菌群，且ITS-RFLP 技术能够很好地对其多样性进行分析。真菌的发现扩大了我们对大熊猫肠道微生物结构的了解，同时也有助于我们进一步研究真菌能否帮助大熊猫消化高纤维素食物。

摘要:摘要:【目的】比较敲除meq基因的马立克氏病毒(MDV)与标准疫苗株CVI988/Rispens对MDV超强毒GX0101攻毒的免疫保护作用。【方法】本实验将1日龄SPF鸡120只随机分成4 组，每组30只，分别饲养在正压过滤空气的SPF动物饲养隔离罩内。1日龄时，第1组鸡以2000PFU/只的剂量颈部皮下接种SC9-1;第2组鸡以2000PFU/只的剂量颈部皮下接种CVI988/Rispens;第3、4组为不免疫攻毒对照组。免疫接种后5 d后，第1、2、3组分别以2000PFU/只的剂量腹腔接种MDV GX0101。饲养至90日龄，记录死亡情况，对死亡鸡只剖检，并取疑似马立克特有病变脏器做病理切片。期间，检测不同免疫状态下病毒GX0101的增殖动态以及禽流感、新城疫灭活苗在鸡体诱导产生抗体的水平。对含有MDV母源抗体的海蓝褐鸡的试验方案与SPF鸡一致。【结果】SC9-1株免疫对感染MDV GX0101攻击SPF鸡、海兰褐鸡均提供100%的免疫保护作用;CVI988/Rispens对SPF鸡、海兰褐鸡分别提供86.7%、93%的免疫保护作用。未免疫SPF鸡攻毒组死亡率为53.3%，肿瘤率为16.7%;未免疫海兰褐鸡攻毒组死亡率为36.7%，肿瘤率为6.67%;相比，空白对照组鸡只没有任何病变及死亡。荧光定量结果显示，淋巴细胞和羽毛囊DNA中，SC9-1免疫组鸡体内GX0101的病毒拷贝数显著低于CVI988/Rispens免疫组。血凝抑制试验结果显示，SC9-1 免疫攻毒组鸡的产生的AIV、NDV抗体水平高于CVI988/Rispens免疫攻毒组。【结论】SC9-1株免疫无论在SPF鸡还是含有MDV母源抗体的海兰褐鸡均能提供比CVI988/Rispens 更好的免疫保护效果。

摘要:摘要:【目的】考察炭疽芽胞杆菌中规律成簇的间隔短回文序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR)位点多态性情况及基于CRISPR 位点多态性的分子分型方法是否在炭疽芽胞杆菌分型中适用。【方法】下载NCBI 数据库中6株炭疽芽胞杆菌基因组并截取其中CRISPR位点片段序列。根据炭疽芽胞杆菌内CRISPR位点信息，设计相关引物，以193株炭疽芽胞杆菌基因组为模板PCR扩增CRISPR位点片段，测序。本地Blast比对截取序列及测序结果，查看CRISPR位点在炭疽芽胞杆菌中的多态性情况，并比较炭疽芽胞杆菌与蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌内CRISPR位点情况。【结果】炭疽芽胞杆菌内CRISPR位点不存在多态性。【结论】基于CRISPR位点多态性的分子分型方法不适用于炭疽芽胞杆菌分型，但可以用于区分炭疽芽胞杆菌与蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌。

摘要:摘要:【目的】通过分子生态学手段筛选适合互营烃降解菌Syntrophus sp．生长的非烃碳源。【方法】利用实验室驯化获得的正十六烷烃降解产甲烷菌系M82为接种物，添加不同碳源(正十二烷二元酸、正十四烷二元酸、正十六烷烃、十六烷酸钠、乳酸钠和丙酸钠)传代培养，通过PCR-DGGE和qPCR技术研究不同碳源条件下Syntrophaceae科细菌的丰度与变化趋势;利用T-RFLP方法分析古菌群落结构。【结果】菌系M82可以利用多种脂肪酸生长并产生甲烷，但是细菌群落结构发生了变化，只在添加正十二烷二元酸和正十四烷二元酸的培养液中检测到了代表Syntrophaceae细菌的条带，并且每毫升菌液中Syntrophaceae细菌的log丰度分别达到7.4和7.6，比添加其它几种非烃碳源的实验组丰度高2－3个单位。古菌群落结构主要由乙酸营养型产甲烷古菌(Methanosaeta)和氢营养型产甲烷古菌(Methanoculleus)组成。【结论】Syntrophus sp．细菌可以利用正十二烷二元酸和正十四烷二元酸这两种非烃碳源生长，这为我们定向分离互营烃降解菌和研究起始烃降解机制和代谢机理提供了依据。

摘要:摘要:【目的】溃烂病是我国海水养殖及南方养殖斜带石斑鱼的常见严重病害之一。通过对患病的斜带石斑鱼病原菌的分离与鉴定，为检测其耐药性和控制石斑鱼在海水养殖中溃烂病的爆发和流行奠定基础。本文目的是研究斜带石斑鱼相关的病原菌的特性。【方法】从患病斜带石斑鱼肾脏、肝脏病灶组织，分离纯化得到病原菌，进行纯化培养、人工感染和回归感染、ATB细菌自动鉴定及药敏试验，并进行菌体常规形态特征、培养特性和生理生化反应指标测定。【结果】确定为溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)。两株典型菌株经人工感染和回归感染均显示自然发病症状。药敏试验表明，该菌具有较强的耐药性，在所检测的抗菌药物中，对青霉素等3类抗菌药物高度耐药，而对氯霉素等5类抗菌药物敏感。器官主要组织病理学变化为:肝细胞、肾小管细胞等变性、坏死，病变组织有炎性细胞浸润且呈变质性炎症。溶藻弧菌对机体的主要器官造成严重病理损伤。【结论】生理生化等结果均证实分离菌株是溶藻弧菌，而且产生多重耐药情况较为普遍，未来应加强对养殖海水中病原耐药性和斜带石斑鱼病原感染的监测。