摘要:摘要:长链非编码RNA(Long non-coding RNA，lncRNA)是长度大于200个核苷酸的不具有编码蛋白质能力的RNA分子。长链非编码RNA一度被认为是转录“噪音”。然而，近年来大量的实验证据表明长链非编码RNA通过表观遗传修饰与转录调控、转录后加工、翻译调控等多种机制，在细胞生命活动中发挥重要作用。lncRNA的异常表达和调控往往与肿瘤发生、宿主抗病原微生物感染的天然免疫应答密切相关，本文就这些方面研究进展进行综述。

摘要:摘要:长期暴露于自然环境中的文物容易遭受到微生物的侵袭，而近年来报道的假诺卡氏菌属微生物在原址壁画和岩画表面的存在和富集现象具有一定的共性，并且会对这类文物造成危害。本文结合国内外研究进展对此进行综述，并对原址保护壁画和岩画所处环境与假诺卡氏菌属微生物的生长条件、营养需求之间的关联进行分析，为文物特别是壁画和岩画类文物的保护工作提供新的依据和思路。

摘要:摘要:丛枝菌根真菌(Arbuscular Mycorrhizal Fungi，AMF)与大多数陆生植物互利共生具有广泛的生理生态学意义，而这一生态学功能背后的共生机制我们知之甚少。已探明AM形成前宿主植物根分泌的独脚金内酯促进AMF菌丝分支，分泌的角质单体促进AMF 在宿主根中定植;同时，菌根真菌的分支菌丝释放出脂质几丁糖(lipochitooligosaccharides，LCOs)和短链几丁质寡聚物(short-chain chitin oligomers，COs)信号分子诱导宿主基因表达、侧根发育以及形成Ca2+振荡，它们相互作用共同促进AM形成。在能同时形成菌根和根瘤的蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)和日本百脉根(Lotus corniculatus)植物中，根瘤共生体形成过程所需的若干基因与菌根形成所需的基因有关。这些研究成果为全面揭示菌根共生体发生过程的信号转导奠定了基础。本文对目前国内外宿主植物与AM真菌之间的信号物质及其功能、相关基因及其调控功能等进行了综述，旨在为AM真菌共生早期的信号交流研究提供有价值的参考。

摘要:摘要:【目的】从蛹虫草线粒体DNA中寻找适于遗传多样性研究的分子标记。【方法】通过PCR扩增和序列分析，比较了20个蛹虫草菌株在12个线粒体DNA片段和3个细胞核DNA片段上的序列变异。【结果】蛹虫草在线粒体DNA上的变异水平高于核DNA，主要表现为线粒体基因内含子的插入缺失多样性和较多的碱基变异位点。不同线粒体DNA片段的变异水平也有差异，而且内含子蛋白比外显子编码的蛋白质更易发生氨基酸的改变。增加使用的分子标记数目，其所揭示的遗传多样性程度也在逐渐提高。【结论】我们依 次推荐nad3-cox2、cox2-nad5、cox2、cox3、cob和cox1这6个线粒体DNA位点用于今后蛹虫草遗传多样性或群体遗传结构的分析。

摘要:摘要:【目的】利用一株溶藻细菌BS01分泌的杀藻化合物(二异丁氧基苯基)胺作用于赤潮藻———塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)，研究该化合物对塔玛亚历山大藻的作用效果及可能的作用机制。【方法】利用10和20μg/mL的杀藻化合物处理塔玛亚历山大藻，观察藻细胞的响应。【结果】研究发现，利用20μg/mL的杀藻化合物处理藻，24 h后杀藻率达到84.1%，此时细胞内叶绿素a的含量仅为对照的58.5%。而当对藻细胞最大光化学效率(Fv/Fm)进行测定时发现，20 μg/mL的浓度处理24 h后，最大光化学效率相比于对照细胞降低了55.5%，这说明藻细胞的光合作用过程受到抑制。细胞内部的活性氧(ROS)水平在处理0.5 h后即开始增高，并导致细胞内部的脂质过氧化，使细胞内丙二醛(MDA)的含量上升。藻细胞的抗氧化酶如超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)的活性也有不同程度的增高，以清除细胞内部的活性氧。利用透射电镜观察发现，20 μg/mL的浓度处理24 h后，细胞内重要的细胞结构解体，细胞严重空泡化，显示出细胞死亡的特征。【结论】杀藻化合物(二异丁氧基苯基)胺能够通过引起藻细胞内部氧化损伤的方式引起藻细胞的死亡，同时该化合物仅针对少数几种藻类具有杀藻效果，因此该杀藻化合物在赤潮的治理方面具有较好的应用前景。

摘要:摘要:【目的】细菌中过氧化物/过氧化氢酶KatG参与活性氧(ROS)的解毒过程，从而防止其对细菌生长伤害，本文研究根瘤菌中katG基因的抗氧化功能对豌豆根瘤菌3841生长及共生固氮的影响。【方法】通过基因敲除、遗传互补和对菌株的抗氧化和共生能力分析，系统地探究了根瘤菌中katG基因的功能。【结果】katG基因突变不影响菌株在自生培养条件下生长状况，但H2O2短时间处理导致突变株的存活率显著下降。实时荧光定量RT-PCR结果显示，H2O2不能诱导豌豆根瘤菌3841katG基因的表达。进一步研究发现突变体中katG基因缺失能显著提高抗氧化基因ohrB的表达，而降低grxC基因的表达。植物盆栽实验发现，katG突变虽然对根瘤菌共生固氮能力和竞争结瘤能力均无影响，但katG在类菌体中表达显著下调。同时，katG突变显著影响了根瘤菌在植物根圈中的定殖能力。【结论】研究表明katG虽对豌豆根瘤菌自生和共生固氮无明显影响，但在抗氧化和根圈定殖中起重要作用，外源H2O2对katG的表达无诱导作用，但katG调节ohrB和grxC等抗氧化基因的表达，从而在抗氧化和共生中发挥作用。

摘要:摘要:【目的】研究不同碳源，特别是联苯条件下红球菌的细胞转录应答，以挖掘与多氯联苯(PCBs)转运、代谢及其调控相关的基因，为进一步全面理解PCB微生物降解的分子机制奠定基础。【方法】以一株多氯联苯降解菌红球菌(Rhodococcus sp.R04)为材料，分别提取不同碳源(乙醇、葡萄糖和联苯)培养条件下菌体的总RNA，反转录合成cDNA。采用高通量测序法分别对这三种样品进行转录组测序，分析测序数据得出全基因组表达模式，并对不同条件下的基因表达进行差示分析，进而对联苯代谢网络和红球菌中其他基因的转录调节和代谢应答反应做出相关性分析。Q-RT-PCR分析不同碳源培养条件下的基因表达情况。【结果】测序结果表明，与葡萄糖和乙醇相比，联苯培养条件下明显上调(log2 Ratio 1)基因个数分别为375和332个。与葡萄糖相比，联苯培养条件下，相关基因上调表达量与Q-RT-PCR实验结果基本一致。功能分类获得细胞组分、分子功能和生物学过程三大类别160多个细小分支的差示表达基因，部分基因参与联苯代谢转录调控、联苯转运、抗氧化应激反应以及信号传导通路系统等多种生理过程。参与联苯上游代谢途径的众多同工酶基因中，只有bphC2和bphD1在联苯中大量上调表达，其余同工酶在联苯中基本量不变或下调表达。转录组注释及差示分析推测，红球菌R04中苯甲酸的代谢主要是通过儿茶酚邻位途径、间位途径以及原儿茶酸途径三条代谢途径完成。【结论】与葡萄糖和乙醇相比，红球菌R04在联苯培养条件下基因表达差异明显，这为我们进一步解析多氯联苯代谢特征和代谢调控提供理论依据。

摘要:摘要:【目的】研究红色红曲菌(Monascus ruber) M7中控制红曲色素合成的聚酮合酶基因(pksPT)的功能。【方法】对M7 中pksPT进行了生物信息学分析;借助农杆菌介导的红曲菌转化技术敲除M7中pksPT，获得pksPT缺失突变体(ΔpksPT)，比较M7和ΔpksPT菌落形态、产孢能力、生长速度、色素和桔霉素产量的差异。【结果】pksPT全长8687 bp，编码蛋白含有2690个氨基酸，属于非还原Ⅲ型聚酮合酶，包括β-酮酯酰基合成酶(KS)、酰基载体蛋白(ACP)、酰基转移酶(AT)和甲基转移酶(ME)四种结构域，组合形式为KS-AT-ACPACP-ME。ΔpksPT的分析结果显示，pksPT的敲除不影响其产分生孢子和闭囊壳的能力;ΔpksPT不能产生任何一种红曲色素;其生长速度明显快于野生菌株M7;桔霉素产量较M7 提高了2.8倍。【结论】pksPT是M7中控制红曲色素合成的关键基因，红曲色素的合成显著影响红曲菌产桔霉素能力和生长速度。

摘要:摘要:【目的】验证大丽轮枝菌分泌途径中一个膜泡运输蛋白VdSec22的功能，为防治棉花黄萎病提供潜在的生物靶点。【方法】利用“正负双向筛选法”的方法，构建大丽轮枝菌VdSec22蛋白编码基因缺失的突变体菌株ΔQF。通过农杆菌介导的转化，将其编码基因VdSec22重新导入ΔQF构建了功能回补菌株CΔQF。以野生型菌株为对照，检测上述菌株分泌胞外蛋白(果胶酶、纤维素酶和毒素蛋白)的能力;采用蘸根接种的方法，检测上述菌株对棉花致病性的差异。同时通过定量PCR检测内质网分子伴侣表达量的方法，推断突变体菌株ΔQF中是否发生了内质网应激反应。【结果】成功构建了基因敲除突变体ΔQF和功能回补菌株CΔQF。突变体菌株ΔQF的果胶酶、纤维素酶、毒素蛋白的分泌能力和对棉花的致病性均较野生型减弱，并且产生了内质网应激反应。重新导入VdSec22基因可弥补突变体菌株ΔQF的上述缺陷。【结论】VdSec22是大丽轮枝菌的一个重要分泌途径蛋白，在大丽轮枝菌诸多胞外致病蛋白的分泌和棉花致病性中起重要作用。VdSec22可作为防治棉花黄萎病的潜在生物靶点。

摘要:摘要:【目的】从污水处理系统中富集培养氨氧化古菌，鉴定其系统发育地位，进行初步的形态观察以及生长和代谢特性研究。【方法】使用添加抗生素的自养培养基，通过连续传代的方法富集培养氨氧化古菌，使用多种分子生物学方法检验富集纯度和古菌单一性，鉴定其系统发育地位;通过扫描电镜观察菌体基本形态;利用生长和代谢曲线计算相关性质参数。【结果】氨氧化古菌HJ-2b富集培养成功，在体系中的纯度达到93%;经16S rRNA基因鉴定属于亚硝化球菌(Nitrososphaera)属，与Nitrososphaera sp. JG1 相似度为100%，但功能基因amoA的相似度仅为72%;HJ-2b细胞呈杆状，其最大比增长速率为0.43 d－1，最大比氨氧化速率为3.9 fmol/(cell·d)。【结论】HJ-2b富集物来源于污水处理系统，对于研究氨氧化古菌在该系统中的存在条件及其在污水脱氮方面的贡献有重要意义。

摘要:摘要:【目的】以渭北旱作苹果园4种覆盖模式为研究对象，探索了不同覆盖措施对土壤细菌群落结构及多样性的影响。【方法】应用变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合克隆和测序的方法，分析和比较了不同地表覆盖措施及苹果生育期土壤细菌的群落结构及组成。【结果】不同覆盖模式下土壤细菌群落结构和多样性存在显著差异，细菌优势种群及其数量受覆盖措施和苹果生育期的共同影响:幼果期和膨大期，生草覆盖和秸秆覆盖显著提高了土壤细菌多样性和丰富度，地膜覆盖细菌多样性和丰富度较对照有所提高但未达到显著水平;成熟期对照的细菌多样性达到峰值(2.78)且与其他处理差异显著，这可能是因为土壤中r-策略生存的细菌在该时期得到迅速生长和繁殖的缘故。聚类分析和除趋势对应分析结果显示，细菌群落结构差异与苹果生育期相关，同时受覆盖措施影响，其中生草覆盖与秸秆覆盖土壤样品多聚为一簇，而地膜覆盖与对照相似度较高，说明生草和秸秆覆盖处理土壤细菌群落结构变化比较显著。代表性序列(共22条)测序分析显示，果园土壤细菌的优势菌群为Proteobacteria(10条)和Bacteroidetes(5条)，另外Acidobacteria、Firmicutes、Actinobacteria 等也被检测出。其中有些条带只在特定时期某个处理中表现出优势，如Fusobacterium sp.只在幼果期秸秆覆盖处理出现，有些条带则为各处理共有只是亮度有所不同，如Flavobacterium sp.，然而这些共有或者特异性条带所代表的细菌类群在土壤中的生态功能及其生理生化特征有待进一步明确。【结论】植物地表覆盖(生草/秸秆)能够显著改变土壤细菌群落结构，提高土壤细菌多样性和丰富度，具有土壤优化效应，而地膜覆盖在本研究中与对照无显著差异。

摘要:摘要:【目的】为了研究秦岭辛家山林区云杉外生菌根真菌多样性状况。【方法】通过野外调查结合形态学和分子生物学鉴定方法。【结果】与秦岭辛家山林区云杉共生的外生菌根真菌有37 种不同的类型，包括1种子囊菌、34种担子菌和2 种未知种，分属于10科14属，其中丝伞盖属(Inocybe sp.)是优势类群，厌味红菇(Russula nauseosa)是优势种，蜡伞属(Hygrophorus sp.)、丝伞盖属1 (Inocybe sp.1)、柔膜菌属(Helotiaceae sp.)、Tomentella coerulea、Lactarius deterrimus是常见种，其他31种是少见种。【结论】云杉外生菌根真菌群落优势种的数量较多，而种类相对却较少;少见种的数量较少，而种类相对却较多;对于西部生态系统极度退化干旱区，鉴定出一些少见种进一步的开发和利用具有非常重要的现实意义。

摘要:摘要:【目的】基础PCR的各种分子技术已广泛地应用于丛枝菌根真菌(AMF)的群落研究。为探讨不同PCR引物对丛枝菌根真菌群落的特异性差异扩增。【方法】本研究选取4对AMF特异性引物(NS31-AM1，AML1-AML2，NS31-AML2和SSUmCf-LSUmBr)，通过PCR、克隆及测序技术对AMF的多样性及群落结构进行了分析比较。【结果】不同引物对AMF的扩增特异性及覆盖度均有显著性差异，且不同引物得到的AMF群落结构也存在显著性差异。SSUmCf-LSUmBr的扩增特异性及覆盖度最高，NS31-AML2和NS31-AM1次之，而AML1-AML2则相对较差。【结论】NS31-AML2的扩增区段能很好地与越来越被认可的AMF VT分类数据库(http://maarjam.botany.ut.ee)相匹配，且扩增片段长度也适合于目前的高通量测序技术。基于此，本文推荐NS31-AML2为AMF群落研究中的首选引物。

摘要:摘要:【目的】探讨氟化物对家蚕肠道微生物菌群的影响，开发具有潜在应用价值的益生菌以提高家蚕对氟化物的抗性。【方法】PCR扩增家蚕肠道内细菌16S rRNA基因并构建克隆文库;用核糖体DNA限制性分析(Amplified ribosomal DNA restriction analysis，ARDRA)方法对克隆子进行分型。从家蚕T6和734肠道样品中共获得14种分类操作单元(Operational taxonomic unit，OTUs)，以16S rRNA基因为基础构建系统发育树进行分析。再经巢式PCR-DGGE技术检测家蚕肠道内优势菌群的变化。【结果】结果表明:家蚕氟中毒后肠道内肠球菌属Enterococcus和芽孢杆菌属Bacillus细菌菌群减少，而葡萄球菌属Staphylococcus的细菌增多。【结论】氟化物能通过改变家蚕肠道内细菌的多样性和比例，从而破坏家蚕肠道微生物菌群平衡，且对家蚕734的影响作用大于T6。

摘要:摘要:【目的】探究垂体瘤转化基因1对乙型肝炎病毒复制的影响。【方法】通过酶联免疫吸附反应、实时定量PCR、双荧光报告系统检测、免疫印迹分析，研究垂体瘤转化基因1对乙型肝炎病毒的复制影响及其机制。【结果】发现垂体瘤转化基因1 促进乙型肝炎病毒复制，是通过降低P53的水平，削弱P53对HBV增强子I和II的抑制作用实现的。【结论】垂体瘤转化基因1通过抑制P53，促进乙型肝炎病毒的复制。

摘要:摘要:【目的】为构建鼠伤寒沙门菌环化腺苷酸合成酶缺失株平衡致死系统，并对其生物学特性进行检测。【方法】以鼠伤寒沙门菌SL1344Δcya株为亲本株，利用重组自杀性质粒(pREΔasd)介导的同源重组技术，经两步法缺失并筛选asd基因缺失株(SL1344Δcya Δasd)。将含asd基因且无抗性的pYA3493质粒电转化至缺失株SL1344ΔcyaΔasd，构建重组菌株SL1344ΔcyaΔasd (pYA3493)。【结果】试验结果表明，重组菌株SL1344ΔcyaΔasd(pYA3493)生化特性和生长速度与参考株SL1344相比差异较大，与亲本株SL1344Δcya基本一致，SL1344ΔcyaΔasd(pYA3493)失去了利用麦芽糖、乳糖、山梨醇等碳源的能力，也不能分解H2 S、半乳糖和鼠李糖，但仍保留了利用葡萄糖的能力。对1日龄雏鸡攻毒试验表明，SL1344ΔcyaΔasd(pYA3493)毒力较参考株SL1344降低了约104倍。免疫保护试验显示，1日龄雏鸡免疫SL1344ΔcyaΔasd(pYA3493)后第17天，利用鼠伤寒沙门菌参考株攻毒，保护率为62.5%。【结论】鼠伤寒沙门菌SL1344株环化腺苷酸合成酶缺失株平衡致死系统构建成功，且具有较好的免疫保护性，为深入研究以鼠伤寒沙门菌为载体的口服疫苗奠定基础。

摘要:摘要:【目的】研究鲍曼不动杆菌持留菌的特征，分析鲍曼不动杆菌Ⅱ型毒素-抗毒素(TA)系统的多样性及分布，探讨TA系统与持留菌形成的潜在关联。【方法】采用分属于6 大类中的6种不同抗生素分别筛选的方法分离并定量鲍曼不动杆菌的持留菌;应用PSI-BLAST及TBLASTN程序分析721株鲍曼不动杆菌中的Ⅱ型TA系统;通过聚合酶链式反应(PCR)方法检测44株临床多重耐药(MDR)的鲍曼不动杆菌中5个Ⅱ型TA系统的分布。【结果】我们发现不同抗生素处理得到的鲍曼不动杆菌持留菌的数量并不相同;对多数抗生素而言，浓度越高，得到的持留菌数量越少;处于生长平台期的菌株中相比对数期含有更多的持留菌;多粘菌素B及妥布霉素均具有杀灭部分持留菌的能力;鲍曼不动杆菌所有菌株中均含有Ⅱ型TA系统，HTH/GNAT类型在菌株中分布最为广泛;所有700余株鲍曼不动杆菌基因组中共含有15个潜在的Ⅱ型TA系统;三类普遍存在于已知基因组中的明确功能的Ⅱ型TA系统在临床多重耐药菌株中同样分布广泛，且HigB/HigA的表达量在标准株的持留菌中显著增高。【结论】鲍曼不动杆菌的持留菌水平与菌株的生长状态、抗生素的种类及浓度密切相关。Ⅱ型TA系统在鲍曼不动杆菌已知基因组和临床多重耐药菌株中普遍存在，其中，HTH/GNAT、GP49/Cro(HigB/HigA)及DUF497/COG3514三种类型的Ⅱ型TA系统可能在鲍曼不动杆菌持留菌的形成中扮演重要角色。