摘要:

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摘要:TOR（target of rapamycin）是一类进化上保守的丝氨酸/苏氨酸（Ser/Thr）蛋白激酶，是真核细胞响应环境信号调控生长和代谢的关键因子。真菌TOR信号途径在营养、压力环境等刺激下，通过核糖体生物合成、营养物质摄入及代谢等过程调节维持胞内稳态。本文主要综述了酵母细胞TOR及TOR复合物的结构，以及近年来真菌TORC1蛋白在不同营养环境、压力等条件下对细胞生长与自噬、代谢以及胁迫生理响应等生命活动的调控机制进展及未来发展方向，为真菌TOR调控生长和代谢产物提供新思路。

摘要:RNA聚合酶Ⅱ最大亚基Rpb1的羧基端结构域（carboxyl-terminal repeat domain，CTD）是RNA聚合酶Ⅱ发挥转录延伸功能所必需的，对其执行精确的转录调节功能至关重要。酵母细胞周期蛋白依赖性激酶CTDK-I（carboxyl-terminal repeat domain kinase，CTDK-I）由CTK1、CTK2和CTK3组成，作用于RNA聚合酶Ⅱ羧基端结构域，动态磷酸化CTD的七肽重复序列（YSPTSPS）来调控转录和翻译。酵母中的特异性蛋白CTK3与特殊的细胞周期蛋白CTK2结合形成异二聚体，再与CTDK-I的催化亚基CTK1结合以调节其活性。CTK1作为细胞周期蛋白CDK（cyclin dependent kinase，CDK）的同源蛋白，其结构与功能的研究可拓展人们对CDK蛋白家族的认识；CTK2-CTK3复合物对CTK1调控机制的研究也可为细胞周期蛋白抑制剂的研发提供新的思路。本文简述了酵母CTDK-I的功能特点及其亚基的结构与功能以及亚基间的相互作用，并展望了CTDK-I复合物的研究前景。

摘要:表面活性素（Surfactin）是芽胞杆菌属（Bacillus sp.）代谢产生的脂肽类生物表面活性剂，是由非核糖体肽合成酶（NRPS）催化而得的一种次级代谢产物。由于surfactin具有稳定性好、可被降解、表面活性好等理化性质以及抑菌、抗肿瘤等生物活性，在医药、农业、食品、化妆品、石油开采等方面都具有很大的应用潜力。但是，天然菌株产率低、生产成本高等特点限制了surfactin的规模化应用。本文对surfactin的合成机理进行了简要阐述，并针对目前提升surfactin产量和改变结构组分的4种定向改造策略（启动子工程、强化外排分泌、改造NRPS结构域和脂肪酸链合成酶系）进行了综述，最后对surfactin的研究方向进行了展望。

摘要:在氨氧化微生物的相关研究中经常使用各类抑制剂，包括针对硝化作用的抑制剂和针对微生物生长的抑制剂。自发现氨氧化古菌以来，人们在氨氧化细菌抑制剂的基础上重新筛选和使用不同的抑制剂来满足氨氧化微生物研究的需求。抑制剂既可以加速氨氧化古菌的富集，也可以帮助研究者区分古菌与细菌对硝化作用的贡献以及它们自身合成代谢能力的差别。本文综述了各类抑制剂的使用浓度和抑制效果，包括双氰胺（DCD）、3，4-二甲基吡啶磷酸盐（DMPP）、丙烯基硫脲（ATU）等传统抑制剂，乙炔和辛炔等炔烃类抑制剂，一氧化氮清除剂以及抗生素等对氨氧化微生物的活性和生长有特异性或通用抑制能力的抑制剂。通过对氨氧化微生物抑制剂的归纳总结，可为氨氧化微生物研究过程中抑制剂的选择提供参考。

摘要:丝氨酸/苏氨酸激酶是蓝藻感知和转导外界刺激的重要元件，但至今蓝藻中很多丝氨酸/苏氨酸激酶的功能尚属未知。[目的]研究集胞藻PCC 6803中的丝氨酸/苏氨酸激酶SpkC是否参与对高温胁迫的响应。[方法]本研究采用同源重组的方法构建spkC基因完全敲除突变株，检测突变株与野生株在高温胁迫下的生长状况、色素组成，并对高温胁迫下叶绿素荧光参数差异进行分析，比较光合系统Ⅱ活性差异。此外，通过测定生长速率来判断高温胁迫后藻株的恢复情况。[结果]经过42℃高温胁迫后，与野生株相比，突变株ΔspkC生长减缓，光合色素（叶绿素、类胡萝卜素和藻胆色素）的含量降低；45℃高温胁迫下突变株ΔspkC的光合系统Ⅱ活性下降幅度更大；经过5 d 42℃高温处理后，突变株生长几乎停滞，存活率较野生株明显降低。[结论]集胞藻PCC 6803中spkC基因的缺失导致突变株对高温胁迫响应出现缺陷，提示丝氨酸/苏氨酸激酶SpkC参与响应高温胁迫。

摘要:[目的]揭示陕北花马盐湖沉积物原核微生物群落组成，并分析其潜在的耐盐功能基因。[方法]构建盐湖沉积物宏基因组16S rRNA文库和fosmid文库，利用Illumina HiSeq高通量测序及生物信息技术分析细菌古菌群落组成和耐盐菌株（5-5）外源宏基因组的潜在耐盐基因。[结果]获得18978条有效的16S rRNA序列，共5221个OTUs，包括23个门，155个属，其中广古菌门（Euryarchaeota）和变形菌门（Proteobacteria）为优势菌门，盐杆状菌属（Halorhabdus）、盐红菌属（Halorubrum）及假单胞菌属（Pseudomonas）等16个属为优势属，以及嗜盐单胞菌属（Halomonas）、冷弯菌属（Psychroflexus）及不动细菌属（Acinetobacter）等139个属为非优势属。从4126个fosmid文库菌株中筛选出37株耐盐菌株，其中菌株5-5、2E4和2F4对不同浓度的NaCl、CuSO₄、ZnSO₄及CdSO₄具有耐受性，从5-5的外源宏基因组序列中获得61个Unigene，其中12个Unigene的同源基因编码的蛋白质如无机焦磷酸酶、转座酶、亚碲酸钾抗性蛋白及钙调蛋白等广泛参与其他生物的耐盐逆境。[结论]盐湖沉积物中蕴藏着丰富多样的细菌古菌类群以及潜在耐盐功能基因资源。

摘要:[目的]了解水环境中磺胺嘧啶对异育银鲫肠道微生物组成及多样性的影响。[方法]异育银鲫分别暴露于0、1、100、10000μg/L的磺胺嘧啶水溶液中28 d，根据细菌16S rRNA的保守性设计引物，构建文库，进行高通量测序，最后进行数据分析。[结果]厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门是异育银鲫肠道中主要的细菌类群，经不同浓度磺胺嘧啶胁迫处理后，不仅弧菌、假单胞菌属和幽门螺杆菌属的数量显著减少，双歧杆菌、乳酸菌和芽孢杆菌的含量也下降。Venn图、稀释性曲线以及多样性指数分析结果表明，磺胺嘧啶胁迫处理后异育银鲫肠道微生物的多样性显著降低。[结论]磺胺嘧啶会使异育银鲫肠道微生物多样性显著降低，并且在抑制一些病原菌生长的同时对一些有益菌也产生了不良的影响。此结果为磺胺类药物的合理使用以及其对异育银鲫的健康生长和病害防控提供一定的理论支持。

摘要:[目的]氮污染已成为当今水体污染的一个重要因素，为了解滇池可培养好氧反硝化细菌的多样性，获得高效好氧反硝化细菌资源，为污染水体或浅层地下水的生物修复提供材料。[方法]采用富集培养方法从滇池沉积物和水体样品中分离好氧反硝化细菌，对好氧反硝化细菌的16S rRNA基因序列进行系统发育分析，并筛选其中的高效好氧反硝化细菌。[结果]分离出260株好氧反硝化菌，经16S rRNA基因序列分析，260株菌分属于2门13科14属的59个种。假单胞菌属（Pseudomonas）为优势细菌属，其次是不动杆菌属（Acinetobacter）、气单胞菌属（Aeromonas）和代尔夫特菌属（Delftia）。筛选到12株高效好氧反硝化细菌菌株，其中8株属于假单胞菌（Pseudomonas spp.），4株为不动杆菌（Acinetobacter spp.）。定量分析发现菌株N15-6-1的反硝化效果较好。对菌株N15-6-1的脱氮条件优化结果显示，在以蔗糖为碳源，温度为30–35℃、C/N=12、静止培养时，反硝化能力较强，其在48 h内硝态氮的去除率达到98.81%，总氮的去除率达96.27%。[结论]滇池存在着较丰富的可培养好氧反硝化细菌，好氧反硝化细菌的分离丰富了好氧反硝化菌的种类，其中的高效脱氮菌株为污染水体或浅层地下水的生物修复提供了初步的候选菌株。

摘要:[目的]茶树（Camellia sinensis）为多年生常绿木本植物，其叶片用于生产茶叶。本论文通过测定茶树叶际内生细菌的菌群组成，比较叶际内生菌与土壤菌群的异同，以鉴定选择性富集于茶树叶际的内生细菌。[方法]本研究采集湖北宜昌邓村茶树，对茶叶表面进行除菌处理，提取茶叶及其内生细菌的总基因组DNA，通过细菌16S核糖体RNA基因（16S rDNA）保守区引物799F和1193R扩增16S rDNA的V5–V7可变区序列，并通过Illumina二代测序平台对扩增子进行建库测序。[结果]茶叶内生菌群由变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和极少量的梭杆菌门（Fusobacteria）5个门，共百余属组成，其中，甲基杆菌属（Methylobacterium）、代尔夫特菌属（Delftia）、微杆菌属（Microbacterium）、红球菌属（Rhodococcus）、Aureimonas和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）等以较高丰度富集于叶片组织内部。约40%的茶叶叶际内生细菌也在相应的土壤中存在，表明其可能的土壤来源；非土壤来源的茶叶内生细菌达60%，如Aureimonas和Delftia等。[结论]本研究解析了茶树叶际内生细菌的群落组成与结构，分析了内生细菌的可能来源，为以叶际内生菌为靶标，改善茶叶品质、降解农药残留、防御茶叶病虫害的研究提供基础。

摘要:[目的]研究鸭源新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）M蛋白核定位信号（nuclear localization signal，NLS）突变对其毒力和复制能力的影响。[方法]利用鸭源NDV SS1株P基因和F基因上的AgeⅠ和Bstz17Ⅰ酶切位点，将overlap PCR方法获得的M蛋白NLS突变的片段替换到pNDV/SS1GFP中获得全长质粒pNDV/SS1GFP-M/NLSm。通过反向遗传学技术拯救M蛋白NLS突变体病毒，并对拯救的病毒进行血凝（hemagglutination，HA）试验、荧光试验和M基因测序鉴定。另外，对突变体病毒进行M蛋白的亚细胞定位观察，以及病毒的生物学特性、空斑形成能力和体外增殖能力测定。[结果]成功构建M蛋白NLS突变的全长质粒pNDV/SS1GFP-M/NLSm。细胞转染物接种鸡胚后的第1代尿囊液无HA效价，盲传3代才能检测到拯救病毒的HA效价。进一步的荧光试验和M基因测序确定拯救的病毒是突变体病毒rSS1GFP-M/NLSm。与亲本病毒rSS1GFP相比，突变体病毒M蛋白由细胞核定位变为细胞质定位。此外，突变体病毒的毒力、在鸡胚上的复制能力以及在细胞中的空斑形成能力显著降低，并且感染细胞后产生的细胞病变轻微，M蛋白和绿色荧光蛋白的表达量均降低，说明M蛋白NLS突变使病毒的体外增殖能力受到抑制。[结论]NLS突变导致的M蛋白细胞核定位功能丧失可明显降低鸭源NDV的毒力和复制能力。

摘要:[目的]研究膜联蛋白A1（Annexin A1，ANXA1）对I型干扰素（I-IFN）表达及口蹄疫病毒（FMDV）复制的影响。[方法]开展过表达及Knockdown实验，检测ANXA1对FMDV复制的影响。利用双荧光素酶报告系统检测ANXA1对ISRE和IFN-β启动子元件活化的影响。双荧光素酶报告系统鉴定ANXA1调控I-IFN通路活化靶分子。Western blotting检测ANXA1对干扰素调解因子3（IRF3）磷酸化的影响。Real-time PCR检测ANXA1对干扰素刺激基因（ISGs）的影响。[结果]过表达ANXA1显著抑制FMDV的复制；下调ANXA1表达促进FMDV复制（P<0.01或P<0.05）；ANXA1促I型干扰素通路活化，呈现剂量依赖性（P<0.01）。ANXA1显著增强IRF3的磷酸化，促进ISGs的表达（P<0.01或P<0.05）。[结论]ANXA1促进I-IFN表达，抑制FMDV的复制。

摘要:[目的]研究副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）和霍乱弧菌（Vibrio cholera，VC）混合生物被膜的形成过程。[方法]在4、8、12、24、36、48、60、72 h测定单独条件下VP、VC及其混合后生物被膜的形成情况，通过结晶紫染色法、平板菌落计数法、测定胞外多糖、胞外蛋白，通过荧光原位杂交（FISH）观察混合生物被膜形成。[结果]虽然形成的混合生物被膜量介于VC和VP之间，但混合生物被膜在形成过程中，成熟期后生物被膜量的变化较小，对环境的抗性增强。混合生物被膜中拥有更多的活菌，混合生物被膜形成过程中胞外蛋白和胞外多糖的变化体现出其可能在对抵御不适应环境中起重要作用，通过FISH可观察到不同时期生物被膜的变化过程。[结论]VC与VP共同形成生物被膜的过程中，混合生物被膜总量虽然减少，但混合生物被膜中拥有更多的活菌，这可能引起更大的危害。研究混合生物被膜形成过程中被膜的变化，可为有害生物被膜的控制提供基础。

摘要:[目的]研究紫草素抑制白色念珠菌的作用机制。[方法]通过微量稀释法测定紫草素对白色念珠菌的最低抑菌浓度（MIC）和最低杀菌浓度（MFC）；紫外分光光度法测定紫草素对白色念珠菌细胞膜渗透性的影响；扫描电镜观察紫草素对菌体形态的影响；激光共聚焦显微镜测定紫草素对白色念珠菌细胞内钙离子浓度的影响；卵黄平板培养基法检测紫草素对白色念珠菌的细胞膜磷脂酶活性的影响；RT-PCR检测紫草素对白色念珠菌PLB1和PLB2基因表达量的影响。[结果]紫草素对白色念珠菌有较强的抑制作用，其对白色念珠菌的MIC和MFC分别为16μg/mL和32μg/mL。紫草素能破坏白色念珠菌细胞膜的完整性，使细胞膜的通透性增加，导致细胞内DNA和RNA等大分子物质的泄漏和细胞内钙离子的流失。其中MIC的紫草素作用菌体16 h后，上清液中的DNA和RNA等大分子含量与对照组相比增加了117.32%（P<0.01）；细胞内的[Ca²⁺]降低了72.02%（P<0.01）。扫描电镜结果也证明了紫草素对白色念珠菌细胞膜的破坏作用。紫草素也能抑制白色念珠菌分泌磷脂酶，且呈浓度剂量依赖。其中，与对照组相比，MIC的紫草素能使白色念珠菌分泌磷脂酶的量下降56.3%（P<0.01）。RT-PCR结果显示，紫草素能抑制编码磷脂酶B的基因PLB1和PLB2的表达量，其中1/2 MIC的紫草素作用白色念珠菌16 h后，与对照组相比，PLB1和PLB2基因的相对表达量分别降低了56.4%和61.4%（P<0.01）。[结论]紫草素对白色念珠菌有较强的抑杀作用，其作用机制是通过破坏白色念珠菌细胞膜的完整性，增加菌体细胞膜的通透性，导致细胞内DNA和RNA等大分子的泄漏和细胞内[Ca²⁺]的流失，最终引起菌体的死亡。而紫草素对白色念珠菌磷脂酶分泌的抑制作用，致使其不能及时维护和修复由紫草素造成的细胞膜的破坏和损伤，也是导致菌体死亡的原因。

摘要:[目的]对酱油酱醪来源的嗜盐四联球菌进行分类，并比较菌株的生理特性。[方法]采用多位点序列分型和糖类代谢聚类分析相结合的方法对菌株进行分类，通过菌株对环境耐受性分析研究菌株的生理特性。[结果]酱醪来源的12株嗜盐四联球菌被分为两个类群，菌株所属类别与其分离的原生环境存在一定的关联性。嗜盐四联球菌C25、C33、C3、R55耐高盐及高糖能力均较强，菌株C1、R44和R23耐高盐能力较强。虽然嗜盐四联球菌普遍不耐酸，但是菌株C33和R44在酸性培养体系（pH 5.0）中仍能正常生长。较低的培养温度（15℃和25℃）对嗜盐四联球菌的生长有显著抑制。[结论]采用基因型与表型结合的方式成功将酱醪来源的嗜盐四联球菌归为2个类群，不同类群的菌株在耐高渗等生理特性上具有差异性。

摘要:[目的]从经过全基因组测序的链霉菌GXT6中克隆、表达一个编码糖基水解酶家族3的新β-葡萄糖苷酶基因，研究重组酶的酶学性质并进行相关葡萄糖耐受性的氨基酸残基的分子改造，提高其对葡萄糖的耐受性。[方法]根据链霉菌GXT6的全基因测序结果，对其中一个注释为糖基水解酶的基因设计引物，PCR扩增目的基因，以pSE380为表达载体构建重组质粒，转化至大肠杆菌中诱导表达；采用镍亲和层析技术纯化重组蛋白质，对目的蛋白质进行酶学性质研究；采用定点饱和突变的方法对重组酶进行相关氨基酸残基的分子改造。[结果]从链霉菌GXT6中克隆到一个编码糖基水解酶家族3的新β-葡萄糖苷酶基因，并在大肠杆菌中表达。酶学性质研究结果表明该β-葡萄糖苷酶的最适温度为40，最适pH为6.0，K_m值为（0.4712±0.0180）mmol/L，V_max值为（128.000±1.741）μmol/（min·mg），葡萄糖抑制常数K_i值为（1.8880±0.1307）mmol/L。该BGL3-GXT6能够水解黄豆苷、染料木苷、甜茶苷、虎杖苷、淫羊藿苷。还对BGL3-GXT6中与葡萄糖耐受性可能相关的氨基酸残基位点81-Trp和233-Trp进行了定点饱和突变，获得了25个具有酶活的突变酶并对其进行酶学性质研究。其中W233位点饱和突变后获得的突变酶的K_m和葡萄糖抑制常数K_i值与重组酶BGL3-GXT6相比均发生明显变化，葡萄糖耐受性有不同程度的提高，最高的提高了209倍。[结论]本研究获得的BGL3-GXT6对天然底物甜茶苷、黄豆苷、染料木苷、虎杖苷和淫羊藿苷具有水解功能，这些特性表明该β-葡萄糖苷酶在理论研究及在工业中有一定的应用价值。

摘要:[目的]研究传统药用植物烟草（Nicotiana tabacum L.）内生真菌的丰富度，揭示其种群多样性和群落结构，为烟草内生真菌资源的有效利用奠定基础。[方法]采用组织分离法进行烟草内生真菌的分离，通过形态学和分子生物学相结合的方法进行菌株分类鉴定，以香农多样性指数及相对分离频率反映内生真菌物种多样性及分布规律。[结果]从不同组织部位、不同生长时期、不同海拔样地的健康烟草中共分离获得539株内生真菌，根据rDNA-ITS系统发育分析鉴定为31属73种，香农多样性指数为2.78，曲霉属Aspergillus和镰孢属Fusarium为优势菌群，其相对分离频率分别为22.63%和12.99%。其分布规律表现为茎部内生真菌的多样性高于叶部和根部；随着生育期的延长，内生真菌多样性逐步增多；随着海拔高度升高，内生真菌的种类和数量呈现降低的趋势。[结论]烟草内生真菌具有丰富的生物多样性，其分布表现出组织、生长时期、海拔高度专化性。阐明内生真菌在烟草中的分布规律，可以为烟草内生真菌在农业生产领域的开发应用提供科学依据。

摘要:[目的]认识和了解硝尔库勒湖可培养放线菌的多样性、功能酶和抗细菌活性特点，为今后的开发和利用奠定基础。[方法]应用可培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析硝尔库勒盐湖沉积物中放线菌的多样性。常规方法检测样品成分因子，并筛选了嗜盐放线菌的蛋白酶、淀粉酶和酯酶活性；抑菌圈法检测放线菌新种的抗细菌活性。[结果]分离获得了51个OTUs，分属于24个不同的属，其中15个OTUs代表了放线菌新种；链霉菌属是优势菌属，占全部分离菌株数量的16.25%。硝尔库勒湖放线菌类群数量一定程度上受样品成分因子的协同影响。代表新种的菌株展示了良好的功能酶活性和抗细菌活性，其中代表链霉菌新种的菌株XHU5011不仅具有多种酶活性，而且具有强大的抗金黄葡萄球菌、耻垢分枝杆菌和荧光假单胞菌的能力，具有很好的开发潜能。[结论]硝尔库勒盐湖中存在丰富的可培养放线菌多样性，潜藏着大量的放线菌新资源，并且具有很好的功能酶和天然产物挖掘潜力。