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摘要:有关卫生间马桶冲水行为可能产生的微生物气溶胶扩散与病原微生物传播的情况一直受到广泛关注，相关研究或报道时有出现。本文意在总结与马桶冲水行为产生的生物气溶胶相关的研究及进展，讨论马桶冲水行为、开关马桶盖冲水行为以及马桶表面等因素在病毒、细菌及寄生虫等病原微生物通过生物气溶胶进行传播的过程中起到的作用。此外，本文还探讨了与马桶相关的微生物气溶胶的产生可能为人体健康带来的潜在健康风险，并就公众健康防护以及未来研究方向提出建议。

摘要:除最小的甘氨酸外，所有的氨基酸（amino acid，AA）都有手性，以D-氨基酸（DAA）或L-氨基酸（LAA）形式存在。DAA广泛存在于各类生物中，尤其是细菌。DAA虽没有参与蛋白质合成，但DAA尤其是非典型DAA在细菌生理中具有很多特殊功能。在结构性能方面，DAA是细菌细胞壁肽聚糖的重要组分，并参与组成某些非核糖体合成途径产生的生物多肽，少数细菌能产生含有D-Glu的γ-聚谷氨酸。对细胞个体而言，DAA能调节细菌表面电荷和自溶素活性，抑制细菌芽胞萌发，调节稳定期细胞壁的重塑及调节病原菌的毒力等。对细菌群落而言，DAA对生物膜的解聚和细菌生态也具有调控作用。此外，某些DAA还能直接作为营养支持某些细菌的生长，而有的DAA则具有抑菌作用。本文主要综述了DAA在细菌生理过程中发挥多项功能的研究进展。

摘要:[目的]解析江苏洋河酒厂浓香型白酒窖内发酵过程酒醅微生物群落结构，建立酒醅微生物与主要有机酸合成的关联性。[方法]通过宏基因组测序获得白酒发酵过程中微生物群落结构变化规律，利用主成分分析和偏最小二乘回归分析寻找酒醅中影响主要有机酸合成的关键微生物。[结果]根据微生物组成结构变化和有机酸合成变化规律，可将白酒窖内发酵分为两个时期（0-14 d和15-60 d）。其中窖内发酵0-15 d与主要有机酸合成相关的微生物数量显著高于15-60 d的。窖内发酵过程与主要有机酸合成相关的微生物包括7个菌属，分别为乳杆菌属（Lactobacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、酵母属（Saccharomyces）、Naumovozyma、伊萨酵母属（Issatchenkia）、嗜冷芽孢杆菌属（Psychrobacillus）和根霉属（Rhizopus）。[结论]本研究识别了白酒窖内发酵过程中与主要有机酸合成相关的核心和关键微生物，可为阐明白酒窖内发酵产酸机理和保障白酒品质的稳定性奠定研究基础和理论依据。

摘要:[目的]研究香菇（Lentinula edodes） HMG-box转录因子LELCRP1（Lentinula edodes lignocellulase genes regulation protein 1）在木质纤维素降解相关酶基因表达中的功能与作用。[方法]通过double-joint及同源重组方法构建lelcrp1基因RNAi载体，采用根癌农杆菌介导转化的方法转入香菇异核菌株W1菌丝中，筛选得到RNAi转化子，通过Southern杂交检测插入片段在菌株W1基因组中的拷贝数量。采用荧光定量PCR检测RNAi转化子木质纤维素降解酶基因表达水平变化，并在含有3.5 μg/mL潮霉素的MYG平板上测定RNAi转化子的菌丝生长速度。[结果]获得了4个lelcrp1基因表达水平与出发菌株W1相比显著下调6-7倍的RNAi转化子。Southern杂交结果显示，lelcrp1基因RNAi片段已成功整合至香菇菌株W1基因组内，并以单拷贝形式存在。对其中2个RNAi转化子的26个木质纤维素降解酶基因表达水平进行分析，发现其中9个纤维素酶基因、1个半纤维素酶基因、2个辅助酶AA9基因和1个锰过氧化物酶基因的表达水平均表现出明显的下调。平板生长试验表明，RNAi转化子菌丝生长速度均显著慢于出发菌株W1。[结论]通过RNAi技术成功抑制了香菇异核菌株中lelcrp1基因表达水平，并导致部分纤维素及木质素酶基因表达水平相应下调，首次发现HMG-box结构域的转录因子能调控木质纤维素降解相关酶基因表达。

摘要:[目的]菌糠的营养素含量齐全，但纤维素含量过高是阻碍其饲料化利用的主要因素。故本研究筛选适合于发酵杏鲍菇菌糠的微生物菌株，以改善其饲用品质。[方法]首先，本研究采用纤维素-刚果红、苯胺蓝和MRS-Ca （De Man，Rogosa，Sharpe-Ca）筛选培养基，结合纤维素、木质素酶活力及抑菌活性的测定，从EM （effective microorganisms）原液发酵的杏鲍菇菌糠中分离筛选具有较强纤维素、木质素降解能力及抑菌能力的细菌/真菌。通过细菌16S rRNA和真菌18S rDNA基因序列分析确定菌株所属种属。其次，将筛选出的菌株菌液等体积混合制成复合菌剂用于固态发酵杏鲍菇菌糠。测定不同发酵时长菌糠营养成分含量以确定最佳发酵时间，并与相同工艺条件下EM原液发酵的杏鲍菇菌糠进行饲用品质比较。[结果]筛选并鉴定得到纤维素酶活性较高的特基拉芽孢杆菌（Bacillus tequilensis）菌株P11、发酵毕赤酵母（Pichia fermentans）菌株R8和马克斯克鲁维应变酵母（Kluyveromyces marxianus）菌株MU5；木质素酶活性较高的解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum）菌株MU7；抑菌活性较高的类肠膜魏斯氏菌（Weissella paramesenteroides）菌株R4和乳酸片球菌（Pediococcus acidilactici）菌株R9。使用以上菌株复合发酵杏鲍菇菌糠7 d后，各项指标达到稳定。与EM原液发酵的杏鲍菇菌糠相比，复合菌剂发酵杏鲍菇菌糠的NDF和ADF分别显著降低了19.6%和21.44%（P<0.05）；CP （crude protein）、CA （crude ash）和EE （ether extract）含量分别显著提高了10.44%、5.26%和123.53%（P<0.05）。[结论]本研究筛选得到的芽孢杆菌、酵母菌和乳酸菌优势菌株复合后用于发酵杏鲍菇菌糠可以很好地改善其饲用品质，效果优于生产中常用市售EM原液。

摘要:[目的]微生物资源由于其对于生命科学基础研究和生物经济的重要价值，一直是全球生物技术竞争的战略重点。中国目前已经成为在生命科学研究领域最有影响力的国家之一，每年发表的论文数量居全球第二位。通过微生物资源的保藏和利用的分析能够一定程度反映我国微生物研究的整体状况和进展，并进一步反映生命科学研究和生物产业的发展趋势。[方法]本文通过分析我国微生物资源保藏、文献、专利等数据，阐述了我国微生物资源的保藏和利用现状，并同相关国家进行了比较，基于此分析，为我国微生物资源挖掘与利用提供战略方向和建议。[结论]近年来，我国建立了微生物资源国家平台，每年发表论文数量居全球第二位，申请和授权专利数量居全球第一位，充分反映了我国微生物资源研究及其在生物产业的应用现状。我国正在形成一个微生物资源保藏、研究和应用的完整体系，为我国乃至全球的生物经济的发展提供支撑。

摘要:[目的]分析真菌群落结构和多样性随着一号冰川退缩前沿年代序列的变化，揭示真菌群落的演替轨迹及环境因子对群落组成的影响。[方法]采用宏基因组学研究方法，结合生物信息学和统计学分析技术，对取自一号冰川末端表面冰尘，底部和前沿14个样品进行总DNA的提取，ITS基因的扩增并使用Illumina Miseq平台测序，通过相关生物地理化学特性综合分析在不同年代序列下真菌群落结构及其演替规律。[结果]经测序，筛选和质控分析获得185103条raw reads，占78.3%的非单序列在97%的相似度聚类分析共得到300个操作分类单元（OTU），共划分为6个门：子囊菌门（Ascomycota，52.7%）、担子菌门（Basidiomycota，16.9%）、壶菌门（Chytridiomycota，15.1%）、接合菌门（Zygomycota，2.4%）和球囊菌门（Glomeromycota，1.2%）。从演替初期到后期阶段虽然子囊菌的序列数逐渐下降而担子菌出现缓慢上升趋势，但子囊菌随着土壤年代序列的增加始终为优势类群，壶菌在冰川底部和前沿基层普遍存在且丰度仅次于子囊菌和担子菌。我们在缺乏植被的最新退缩基层发现依靠自养型宿主存活的活体营养菌，如Taphrinomycetes、Urediniomycetes和Ustilaginomycetes。从冰川底部和前沿基层检测到丰度较高的酵母菌，而粪生真菌（coprophilous fungi）仅仅出现在冰川前沿基层，共23个操作分类单元。球囊菌仅在前沿部分样品中存在，有着十分狭小的生态位分布。[结论]一号冰川前沿随着年代序列的增加真菌群落存在明显的演替轨迹和多样性的显著变化，不同生态位真菌类群组成的相似性较低且都存在明显的指示性真菌类群。

摘要:[目的]利用植物内生拮抗菌防治植物病害是一种有效的生物防治手段。本研究从健康桑树中分离筛选桑椹菌核病拮抗性内生细菌，为桑椹菌核病生物防治提供优良菌种。[方法]用组织分离培养釆法及抑菌圈法分离、筛选桑椹菌核病拮抗性内生细菌；根据菌体形态、培养特征、生理生化特性及基于16S rDNA序列的系统发育分析，对抑菌活性显著且稳定的菌株进行菌种鉴定；进而利用菌丝生长速率法检测活性发酵液的抑菌谱与热稳定性，并通过单因素及正交试验优化该菌株产生抑菌活性物质的发酵条件。[结果]从健康桑树中共分离获得55株内生细菌，其中XP-27菌株对核盘菌PZ-2的抑菌活性稳定且拮抗效果明显；XP-27菌株形态、培养特征、生理生化特性与芽孢杆菌属相符，基于16S rDNA序列的系统发育分析结果显示该菌株与多株甲基营养型芽孢杆菌（Bacillus methylotrophicus）的亲缘关系最近，且处于系统发育树的同一分枝，故将XP-27菌株鉴定为甲基营养型芽孢杆菌，命名为B.methylotrophicus XP-27；抑菌谱与热稳定性实验结果表明XP-27菌株对灰霉菌SWU5、腐霉菌SWU3等10种常见植物病原菌具不同程度的抑制作用，且其发酵滤液热稳定性强；发酵条件优化结果表明该菌株最佳培养基配方与培养条件为：牛肉膏1.00%，淀粉1.50%，K₂HPO₄ 0.05%，MgSO₄·7H₂O 0.10%，初始pH值为8.0，培养温度为30℃，接种量为7%，发酵时间为120 h。[结论]筛选获得的桑树内生细菌B.methylotrophicus XP-27对桑椹菌核病病原菌核盘菌PZ-2具有显著拮抗作用，可作为开发桑椹菌核病生防制剂的候选菌株。

摘要:[目的]挖掘新颖的低温α-淀粉酶基因资源，并对其适冷机制进行分析，可以加深我们对低温酶的认识并为酶分子改良提供科学依据。[方法]根据嗜热子囊菌（Thermoascus crustaceus） JCM12803全基因组序列信息，利用PCR的方法获得一个α-淀粉酶基因Tcamy，将其插入至表达载体pPIC9后，在巴斯德毕赤酵母（Pichia pastoris） GS115中异源表达，测定其酶学性质。同时采用氨基酸序列分析和同源建模的方法获得其三维结构，分别从蛋白序列-结构-功能层面上研究其适冷机制。[结果]TcAmy是一个典型的低温α-淀粉酶，最适温度35℃，在0℃下保持有27%的活性。序列和结构分析表明该酶N-糖基化修饰程度低，Arg和Pro含量低而Gly含量高且二硫键和离子键较少。[结论]本研究获得了一个低温α-淀粉酶，低N-糖基化以及特殊的氨基酸组成和蛋白分子内作用力是其适应低温的根本原因。

摘要:[目的]在同尺度下比较我国滇西北高寒草地土壤（GS）及其退化土壤（DGS）中细菌和真菌群落，研究植被退化对高寒草地土壤微生物群落的影响，并探索其环境驱动因子。[方法]分别以16S rRNA基因和ITS基因作为细菌和真菌分子生态学分析的靶标基因，采用定量PCR法测定基因数量来表征微生物群落丰度，采用Illumina Hiseq测序及生物信息学分析研究土壤微生物群落组成和群落结构。[结果]草地退化后，土壤pH值显著上升0.65个单位，土壤水分、总有机碳、可溶性氮含量和C/N比分别显著下降了18.4%、67.5%、47.2%和71.2%；草地退化显著降低了土壤细菌和真菌群落丰度，降低幅度分别为92.4%和94.9%；草地退化没有影响土壤细菌和真菌群落α-多样性，但显著改变了细菌和真菌群落β-多样性（群落结构）；草地退化改变了土壤细菌和真菌在OTU水平上的物种组成，土壤真菌OTU种类变化更为显著；草地退化没有影响土壤细菌在门水平上的群落组成，但改变了细菌在纲水平上的群落组成（如Acidimicrobiia、Betaproteobacteria、Chloroplast等）；草地退化没有影响土壤真菌在门水平和纲水平上的群落组成。[结论]本研究发现植被退化后滇西北高寒草地土壤质量显著降低，寄居在土壤中的微生物群落丰度也显著降低、微生物群落结构明显改变。

摘要:[目的]细菌耐药机制是个复杂的机制，系统生物学是系统性揭示耐药机制的有力研究手段。我们课题组前期研究结果显示，蚯蚓血红蛋白样蛋白msmeg_3312基因敲除后能够增加耻垢分枝杆菌对红霉素的耐药性，本文系统研究MSMEG_3312参与红霉素耐药性形成的机制。[方法]首先纯化MSMEG_3312蛋白，利用光谱及圆二色谱描述MSMEG-3312蛋白。利用定量蛋白质组学的方法比较分析敲除菌株Δmsmeg_3312与野生型菌株mc² 155蛋白表达的差异，并通过qRT-PCR进行验证。利用红霉素ELASA试剂盒测定Δmsmeg_3312与mc² 155的胞内药物浓度。[结果]光谱及圆二色谱分析确定MSMEG_3312是蚯蚓血红蛋白样蛋白。定量蛋白质组学分析发现，红霉素未处理的条件下，相比于野生型菌株mc² 155，敲除菌株Δmsmeg_3312有包括3种转运蛋白在内的8种蛋白表达水平上调，14种蛋白表达下调；而红霉素处理后，Δmsmeg_3312中有448种蛋白差异表达，其中有11种转运蛋白表达上调，26种蛋白与氨基酸合成通路相关。胞内药物浓度检测显示敲除菌株Δmsmeg_3312的胞内红霉素浓度显著低于野生型菌株。[结论]蚯蚓血红蛋白样蛋白MSMEG_3312调控改变了细菌对红霉素药物处理的反应网络，其介导的红霉素耐药是一种集合抗生素耐受机制。

摘要:[目的]分析辣椒疫霉中RXLR型效应子PcAvh2的序列多态性，研究该效应子在辣椒疫霉生长发育和侵染阶段的转录特征及其生物学功能。[方法]本研究通过高保真扩增，分析2个烟草疫霉、1个恶疫霉和31个辣椒疫霉菌株的PcAvh2序列；提取辣椒疫霉菌丝、游动孢子囊、游动孢子、萌发休止孢和7个侵染时间点（1.5、3、6、12、24、36、72 h）的本氏烟根部总RNA，利用RT-qPCR分析PcAvh2的转录表达水平；利用PVX瞬时表达系统，分析PcAvh2是否抑制6种效应子（BAX、INF1、PsojNIP、PsCRN63、PsAvh241、R3a/Avr3a）激发的植物免疫反应；利用CaCl₂-PEG介导的原生质体稳定转化技术，沉默PcAvh2基因，分析辣椒疫霉致病力的变化。[结果]PcAvh2为典型的RXLR效应子，在辣椒疫霉群体中该效应子具有10个等位基因，而且烟草疫霉和恶疫霉中也存在该效应子。该基因在辣椒疫霉的侵染阶段上调表达，它能够抑制6种效应子激发的植物免疫反应，进一步研究发现基因沉默导致辣椒疫霉的致病力显著下降。[结论]RXLR型效应子PcAvh2是辣椒疫霉中一个重要的侵染致病因子。

摘要:[目的]为详细了解水稻不同组织内生细菌群落多样性。[方法]对宁粳43号内生细菌的总DNA提取后，采用高通量测序技术对水稻内生细菌的16S rRNA基因进行了序列测定，分析了水稻不同组织部位内生细菌群落结构特征。[结果]叶部共获得内生细菌OTUs 610个，茎部411个，根部174个。物种分类显示，叶部内生细菌种类隶属于22门40纲103目198科399属，其中优势类群是红球菌属（Rhodococcus）和乳酸杆菌属（Lactobacillus），它们的相对丰度分别为21.00%和9.19%；茎部内生细菌种类隶属于19门31纲85目169科306属，其中优势类群是红球菌属和罗尔斯通菌属（Ralstonia），它们的相对丰度分别为19.25%和13.52%；根部内生细菌种类隶属于9门19纲44目82科140属，其中优势类群是肠杆菌属（Enterobacter）和埃希氏杆菌属（Escherichia），它们的相对丰度分别为81.13%和10.89%。根茎叶中相同的OTU有78个，放线菌门（Actinobacteria）与大多数细菌具有相关性。根系内生细菌中具有调控各种代谢网络功能的物种丰度高于茎部和叶部。[结论]不同水稻组织内生细菌具有丰富的群落多样性，其中叶部的内生细菌物种最丰富，根系参与各种代谢调控的细菌丰度最高，各个组织部位的优势菌属各不相同，变形菌门是最重要的水稻内生细菌。

摘要:[目的]研究bagremycin产生菌链霉菌Tü4128中编码酪氨酸酶样铜酶的bagZH基因的功能。[方法]基于同源重组技术敲除bagZH基因，利用HPLC和LC-ESI-MS分析其次级代谢产物谱。在E.coli BL21（DE3）中异源表达BagH并分离纯化，分别以邻氨基酚和3，4-AHBA为底物，利用LC-ESI-MS分析BagH催化产物。[结果]HPLC显示，bagZH基因敲除突变株的bagremycin产量显著降低，回补bagZH基因表达盒后bagremycin产量有所上调。LC-ESI-MS分析bagZH基因敲除突变株的次级代谢产物谱，结果显示，保留时间为3.18 min的新产物分子量为286.32 g/mol，与推测的3，4-AHBA在体内酯化合成的产物分子量吻合。体外生化分析显示，BagH能将邻氨基酚的邻位氨基氧化为亚硝基（保护基团）。[结论]本文首次鉴定了bagZH基因编码的酪氨酸酶样铜酶参与bagremycin生物合成。BagH负责将3，4-AHBA的邻位氨基氧化为亚硝基（保护基团）避免自身酯化，待与反式对香豆酸衍生物缩合后，再由胞内的还原酶将保护性亚硝基还原为氨基，最终合成bagremycin A和bagremycin B。我们的研究结果为bagremycin作用机制的深入研究以及高产菌株的理性设计与改造提供了基础和参考。

摘要:[目的]本研究旨在对引起犊牛呼吸道综合征的多杀性巴氏杆菌进行分离鉴定，分析其亲缘关系和毒力基因的分布情况。[方法]收集2017年8月至2018年4月疑似患有犊牛呼吸道综合征的病牛鼻拭子进行细菌分离培养，对菌落形态和染色疑似巴氏杆菌的菌株进行16S rRNA测序和血清型鉴定，选择巴氏杆菌7类23种毒力基因，筛查临床分离株的毒力基因的分布。[结果]从8个省份的237份病料中分离出31株多杀性巴氏杆菌，分离率为13.1%。16S rRNA测序分析表明31株A型多杀性巴氏杆菌属于同一亚群，其序列同源性与中国分离株HB01以及国外分离株USDA-ARS-USMARC-60712、USDA-ARS-USMARC-60214、ATCC 43137以及36950亲缘关系较近。对分离出的31株A型多杀性巴氏杆菌的7类共23种毒力基因鉴定，结果显示31株多杀性巴氏杆菌所携带的毒力因子大多分布在17-19个，且集中度较高。[结论]A型多杀性巴氏杆菌为犊牛呼吸道综合症的主要流行血清型，通过对多杀性巴氏杆菌的临床分离株进化树和毒力基因分析，内蒙古、黑龙江、新疆、山西以及河北的7株分离株进化来源于同一分支，且均缺失毒力基因tadD和hgbA及携带毒力基因hsf-1，提示着其亲缘关系可能与其携带的特定毒力基因存在一定相关性。该研究为犊牛呼吸道综合征的病原学调查和多杀性巴氏杆菌流行病学调查提供了参考数据。

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