摘要:

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摘要:反刍动物瘤胃中栖息着丰富多样的微生物，其在瘤胃内氨生成过程中发挥了重要的作用。微生物介导的氨基酸脱氨基作用和非蛋白氮水解作用是瘤胃内氨生成的主要途径。微生物介导了瘤胃内氨的生成，同时瘤胃内产生的氨也会反馈影响微生物菌群结构及瘤胃上皮功能，进而影响瘤胃发酵及宿主健康。本文主要综述了瘤胃微生物在介导氨生成中的作用和氨对瘤胃消化及瘤胃上皮功能的影响，以期对后续研究有所启发。

摘要:蛋白甲基化修饰是翻译后修饰的主要方式之一，越来越多的报道证实古菌中存在这类蛋白修饰。目前古菌中一些甲基转移酶已经鉴定出来，但对其作用机制还不太清楚。本文对目前古菌中已经发现的蛋白质甲基转移酶和甲基化修饰可能的作用进行了总结。古菌中蛋白的甲基化修饰能够提高蛋白稳定性、影响侧链构象变化及与其他分子的相互作用，涉及DNA损伤修复和应激反应等途径。最后，本文对今后古菌中蛋白甲基化修饰的研究方向进行了展望。

摘要:拟孢囊菌属（Kibdelosporangium）是一个经典的丝状放线菌类群。自Shearer等于1986年建立该属以来，不断有新的菌株从不同生境中被纯培养分离得到，目前已有效发表8个种、2个亚种。拟孢囊菌属作为稀有放线菌属，是获得新型抗生素类次生代谢产物的重要资源。本文结合我们分离到的一株该属菌株的功能研究、基因组分析和相关文献资料，系统综述了拟孢囊菌属放线菌的建立、分类学特征、属内种的分布、活性次级代谢产物的发现以及其他功能应用和开发前景，以期为该属其他新分离菌株的分类鉴定、新颖次级代谢产物的发现、功能基因资源的挖掘与开发提供借鉴。

摘要:病毒通过与靶细胞表面的特异性受体结合，进而吸附、入侵靶细胞，劫持细胞的复制机器完成自身的复制周期。细胞受体作为病毒入侵宿主的门户，细胞受体的结构与功能及其介导病毒入侵的机制一直是病毒学研究的热点之一。对细胞受体的研究有助于了解病毒的致病机制并为病毒性疾病的防控提供科学依据。近年来，利用功能缺失性基因组学筛选病毒功能性受体的进展极大地拓展了人类对病毒入侵机制的认识和理解。目前，应用较为广泛的病毒功能性受体筛选策略包括RNA干扰技术、利用单倍体细胞系随机插入逆转录病毒致突变技术以及基于CRISPR/Cas9系统的新型编辑技术。本文系统介绍并比较了这三种病毒功能性受体筛选新策略，同时对其应用及优缺点进行了归纳总结，可为相关研究者提供一定的参考。

摘要:小菌素是由肠道菌分泌的一类小分子抑菌肽，分子量小于10 kDa，由细菌质粒或基因组上相关基因簇编码，小菌素的抑菌谱较窄，仅对肠道菌中部分亲缘较近的菌种发挥有效的抑菌效应。编码小菌素的基因簇一般包括几个部分：前体基因，自身免疫基因，分泌基因，转录后修饰基因。与很多微生物通过非核糖体途径分泌抑菌物质不同，小菌素前体通过核糖体途径分泌。目前已发现的小菌素有15种，它们的结构和抑菌机制具有多样性。

摘要:[目的]阐明霍乱弧菌ToxR蛋白功能调控的分子机制。[方法]利用巯基捕获（thiol-trapping）的方法分析DsbA蛋白对ToxR周质空间结构域半胱氨酸残基的氧化作用；采用定点突变的方法构建ToxR半胱氨酸突变株（ToxR_C236/293S）；利用荧光素酶基因作为报告基因分析ToxR野生型（ToxR_wt）和半胱氨酸突变体（ToxR_C236/293S）诱导下游基因表达的活性；通过细菌双杂交系统分析ToxR_wt和ToxR_C236/293S蛋白之间、ToxR与ToxS之间以及ToxS之间的相互作用。[结果]ToxR周质空间结构域半胱氨酸残基确实可以被DsbA蛋白氧化，且当ToxR与ToxS共表达时，ToxR诱导ctxAB转录表达的活性显著增强，且在dsbA基因缺失突变株中ToxR诱导ctxAB转录表达的活性更高；成功构建株霍乱弧菌ToxR半胱氨酸突变株（ToxR_C236/293S），在没有ToxS存在的条件下，ToxR_C236/293S诱导毒力基因表达的活性与ToxR_wt相当；细菌双杂交系统分析发现当ToxR与ToxS共转录表达时，ToxS极大增强ToxR蛋白之间的互作；在dsbA基因缺失突变株中，ToxS之间的相互作用显著增强。[结论]ToxR蛋白本身的氧还状态对其诱导毒力基因表达的活性没有影响；ToxS通过增强ToxR形成二聚体的能力从而增强其诱导毒力基因的表达，而DsbA对ToxS蛋白之间的相互作用具有抑制作用，DsbA通过影响ToxS的蛋白互作从而影响ToxR蛋白的功能。本文为进一步阐明霍乱弧菌毒力基因表达调控的分子机制提供重要的理论依据。

摘要:[目的]本试验以源自呼伦贝尔地区的优势蜱种草原革蜱为材料，从其体内分离得到可疑细菌，应用常规方法和分子生物学方法对该菌株进行分离及鉴定，并对其致病性进行探索，为内蒙古地区蜱虫生物多样性和环境相关性研究奠定了基础。[方法]首先，通过形态学观察，生理生化试验、药物敏感试验以及16S rRNA序列分析，并构建系统发育树，确定该菌株的分类地位；其次对昆明小鼠进行致病性实验。[结果]该菌株革兰氏染色呈G⁺杆菌，在高盐培养基（5% NaCl）和pH为9的碱性培养基中生长良好；该菌对不同糖类发酵能力非常有限，只利用部分糖类（如西蒙氏枸橼酸盐试验结果为阳性）产气，但是不产酸；对个别化学药（如环丙沙星）和多数抗生素（如复方新诺明、庆大霉素、红霉素及头孢噻肟等）显示为敏感，而对抗生素卡那霉素和阿莫西林表现为耐药性；经16S rRNA基因序列和系统发育树分析发现，该菌株与GenBank数据库中已注册的多株Oceanobacillus oncorhynchi的同源性为99%以上；该菌在血平板溶血试验中呈现出不完全α溶血，而感染昆明小鼠，观察7 d无明显致病性。[结论]本试验首次分离鉴定了一株蜱源性O.oncorhynchi，并对上述菌株重新命名为O.oncorhynchi IMH，并在GenBank中进行注册（LC213016.1），更加丰富了GenBank中相关数据。

摘要:[目的]DNA磷硫酰化修饰是DNA骨架上非桥接的氧原子以序列选择性和R-构型被硫取代的一种新型DNA修饰。目前，磷硫酰化修饰在多种细菌、古生菌以及人类致病菌中多有发现，但其分子调控机制尚不清楚。为了全面解析磷硫酰化修饰的调控机制，本文选择荧光假单胞菌Pf0-1为研究对象，开展了其DNA磷硫酰化修饰的调控机制研究。[方法]首先，构建了spfB基因缺失和回补菌株，使用碘能特异性断裂磷硫酰化修饰DNA的方法，研究了该基因缺失对修饰表型的影响。利用cDNA在相邻同方向的基因间隔区进行PCR，确定了磷硫酰化修饰基因簇spfBCDE内的共转录单元。通过荧光定量RT-PCR，分析了spfB基因缺失突变株中磷硫酰化修饰基因的转录量。利用异源表达并纯化得到的重组蛋白SpfB进行了体外功能研究。通过EMSA实验，验证了SpfB蛋白具有与spfB启动子序列结合活性。通过DNase I footprinting实验，精确定位了SpfB蛋白与DNA结合序列。[结果]spfB基因的缺失加剧了磷硫酰化修饰DNA断裂所致电泳条带弥散的表型，spfB基因的回补能够恢复该表型，证明spfB基因负调控磷硫酰化修饰。鉴定了spf基因簇中只含有1个共转录单元，且该共转录单元在△spfB突变株中转录水平明显上升。通过EMSA和DNase I footprint实验，检测了SpfB蛋白与磷硫酰化修饰基因spfBCDE的启动子区域5'-TGTTTGT-3'相结合。[结论]SpfB作为转录调控因子负调控磷硫酰化修饰基因spfBCDE的表达，为解析磷硫酰化修饰的调控机制和全面理解基因组上的部分修饰特征奠定了基础。

摘要:[目的]本研究探讨了HOG1MAPK在亚砷酸钠诱导酵母细胞凋亡中的作用。[方法]以酵母野生株BY4741及其HOG1突变株（ΔHOG1）为材料，研究了亚砷酸钠对酵母细胞生长、相对存活率和氧化损伤的影响，并采用流式细胞术检测了亚砷酸钠胁迫下酵母细胞凋亡率、ROS水平和线粒体膜电位的变化。[结果]亚砷酸钠可抑制酵母细胞生长，诱导细胞凋亡。在相同处理组中，ΔHOG1对亚砷酸钠更为敏感，表现为细胞存活率降低，凋亡率升高。在亚砷酸钠胁迫过程中，ΔHOG1胞内ROS水平和MDA含量显著高于野生株BY4741，而线粒体膜电位显著低于野生株。[结论]HOG1 MAPK可能通过影响胞内ROS水平和线粒体膜电位的变化调控亚砷酸钠诱导的酵母细胞凋亡。

摘要:[目的]为挖掘优良促生菌（PGPR）菌株，分析和定位功能基因，发现其科学价值和工业化开发，为农业生产服务。[方法]以Bacillus mycoides Gnyt1菌株为材料，采用二代和三代测序技术相结合的研究体系，对菌株进行全基因组测序研究，分析菌株核基因组可能存在的功能基因和菌株分泌铁载体相关的基因。[结果]本研究基因组序列拼接后总长度为5597907 bp，GC百分含量为35.57%，该菌株中与铁载体分泌相关的基因共9条，其中2条基因主要存在于Porphyrin metabolism途径，与细胞内铁的运输代谢有关。[结论]通过全基因组测序，最终确定了与铁载体分泌相关的功能基因为GYT1和GYT2，为下一步基因功能验证奠定了基础。

摘要:[目的]茶尺蠖是茶园中的重要害虫。研究茶尺蠖寄主食物-肠道菌群-茶尺蠖生长发育三者之间的关系对于茶尺蠖的防治具有重要的理论指导价值。[方法]分析不添加茶叶因子的纯人工饲料和茶树鲜叶对茶尺蠖幼虫的存活影响；用高通量测序技术分析不同饲料饲喂的茶尺蠖幼虫的肠道菌群异同。[结果]取食人工饲料的幼虫死亡率远远高于取食茶树鲜叶的幼虫；取食人工饲料的幼虫肠道细菌多样性和丰富度高于取食茶树鲜叶的幼虫；茶尺蠖幼虫肠道中存在很多促进宿主生长的细菌。[结论]饲料类型影响茶尺蠖幼虫的存活；饲料类型影响茶尺蠖幼虫肠道菌群结构。

摘要:尖孢镰刀菌古巴专化型4号小种（Fusarium oxysporum f.sp. cubense race 4，Foc4）是香蕉枯萎病的强致病性病原菌。Foc4在侵染香蕉植株早期必须面对寄主的活性氧迸发。[目的]了解Foc4应对外源氧化胁迫的分子机制。[方法]利用Illumina 2500 RNA-Seq测序平台分析了经外源氧化胁迫（H₂O₂）处理的Foc4与对照在转录组水平的基因表达差异。[结果]在外源氧化胁迫条件下，Foc4的生长受到抑制。转录组测序获得了超过2千万条clean reads。进一步的差异基因表达分析以差异倍数FC（fold change）≥ 2且FDA值≤ 0.001为选择标准，发现496个基因表达上调，298个基因表达下调。GO功能富集分析显示，429个基因比对到GO功能分析数据库，在这些差异表达基因中，许多与代谢过程、生物调节、细胞过程和刺激应答有关。KEGG通路富集分析显示，有141个表达差异显著基因比对到KEGG中的50条代谢途径。其中，主要是各类氨基酸代谢途径、脂肪酸代谢途径。同时也包括与抗氧化胁迫直接相关的代谢途径，包括DNA的损伤修复、类胡萝卜素的生物合成、过氧化物酶体、谷胱甘肽代谢等。[结论]这些结果暗示，为了在强氧化胁迫环境下生存，Foc4细胞从包括直接应对氧化胁迫的信号调控途径在内的物质代谢和能量代谢均发生改变以应对环境变化的胁迫。

摘要:[目的]构建一株含3A非结构蛋白104-115位氨基酸缺失的口蹄疫A型标记病毒，分析其生物学特性和发展标记疫苗的潜力。[方法]采用融合PCR技术，在当前流行毒株A/Sea-97/CHA/2014全长感染性克隆pQAHN中引入3A 104-115位氨基酸的缺失，构建全长重组质粒。全长质粒经Not I线化后转染表达T7 RNA聚合酶的稳定细胞系，拯救标记病毒。RT-PCR、序列分析、间接免疫荧光和Western blotting鉴定标记病毒。噬斑表型和一步生长曲线分析标记病毒的生物学特性，并用实验室开发的针对3A优势表位（AEKNPLE）的阻断ELISA方法分析其区分亲本和标记病毒感染的动物。[结果]成功拯救到一株含3A 104-115位氨基酸缺失的口蹄疫A型标记病毒，3A表位的缺失没有影响标记病毒的噬斑表型和一步生长曲线。3A单抗阻断ELISA可以明显区分标记病毒和亲本病毒感染的动物。[结论]本研究构建的3A蛋白104-115位氨基酸缺失的标记病毒可以作为发展口蹄疫鉴别诊断疫苗的候选毒株，用于我国未来口蹄疫A型的有效防控。

摘要:[目的]通过对影响乳白耙齿菌F17（Irpex lacteus）降解共存菲、蒽因素的研究，比较共存的菲和蒽降解性能的不同，并结合降解中间产物的分析，初步探讨其降解途径。[方法]采用GC-MS测定菲和蒽的浓度，并通过质谱图分析降解产物。[结果]共存的菲和蒽在初始浓度均为5 mg/L时生物降解率较高，分别为93%和85%以上。乳白耙齿菌F17在pH 3.0-8.0能较好地降解共存的菲，在pH 4.0-8.0范围内可较好地降解共存的蒽。菲的生物降解过程对低温的适应性比共存的蒽要好，共存体系的最适降解温度是30℃。在酶的作用下，蒽转化成邻苯二甲酸，菲转化为邻苯二甲酸或邻苯二酚。[结论]实验结果表明，当菲和蒽共存时，不同条件下乳白耙齿菌F17对菲的降解效果均比蒽要好，而且菲的总降解速率比蒽要快，作为同分异构体的菲和蒽，由于3个苯环位置的不同而表现出降解性能和降解途径上的差异性。

摘要:[目的]从健康尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）肠道中筛选一株对罗非鱼源无乳链球菌等病原菌具有拮抗功能的益生菌。[方法]取健康尼罗罗非鱼肠道，匀浆后进行10倍系列梯度稀释，然后涂布BHI平板，培养1-2 d，挑取单克隆菌落。采用点种法初步筛选对罗非鱼源无乳链球菌有拮抗作用的菌株，选取其中一株拮抗效果较好的菌株LF01，通过形态学、生理生化特征以及分子生物学分析，对LF01菌株进行鉴定。然后对LF01菌株的生长特性、水解淀粉和酪蛋白能力、药物敏感特性、抗菌谱和生物安全性进行测定和分析。[结果]根据菌落形态和生长时间的差异，从健康尼罗罗非鱼肠道中筛选出64株细菌，通过拮抗试验筛选出6株具有明显拮抗效果的菌株，其中LF01菌株的拮抗效果最好。根据LF01的形态、生理生化特征和gyrA基因的进化分析，确定该菌株为贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis）。LF01菌株的最适生长温度为30℃，最适pH值为7，最适盐度为5‰，而且该菌株具有水解淀粉和酪蛋白的功能。药敏试验结果显示，LF01菌株对多数抗生素敏感，仅对杆菌肽耐药。拮抗试验结果显示LF01株对无乳链球菌、海豚链球菌、迟缓爱德华氏菌、鮰爱德华氏菌、嗜水气单胞菌、舒氏气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌、鰤鱼诺卡氏菌等病原菌均具有拮抗作用，其中对鰤鱼诺卡氏菌的拮抗作用最强，平均抑菌圈直径达28.3 mm。生物安全试验表明，LF01菌株对尼罗罗非鱼、斑马鱼（Danio rerio）和乌鳢（Channa argus）等3种鱼均无致病性，具有良好的安全性。[结论]本研究筛选了一株贝莱斯芽孢杆菌LF01株，该菌的生物安全性良好，而且可拮抗常见的水产病原菌，具有防控多种水产经济动物疾病的潜力，应用前景十分广阔。

摘要:[目的]构建一套用于酿酒酵母基因功能研究的质粒。该套质粒结合pUG系列和pFA6a系列的优点，同时采用同尾酶实现蛋白表位标签的串联插入。[方法]利用PCR技术分别克隆pUG系列质粒的loxP位点、pFA6a质粒多酶切位点和ADH1终止子模块；通过重组连接各片段，构建pCLHN-TRP和pCLHN-URA质粒。在此基础上利用同尾酶实现多种蛋白表位标签的单个或串联重复插入，获得一系列蛋白表位标记质粒。最后，以ATG1、COX4和NHX1为例验证本质粒系列的性能。[结果]在本项工作中，我们共构建2种基因敲除用质粒和17种表位标记用质粒（涵盖1-8 FLAG、1-12 V5、3-9 HA、2-8 MYC、GFP和mCherry）。在几个靶基因上的应用证实了本套质粒的实用性。尤其值得指出的是，通过组合采用不同重复度的串联表位标签，在同一张膜上同时检测表达差异极大的不同蛋白而不使高表达蛋白信号饱和成为可能。[结论]本文所构建的pCLHN质粒系列是对现有酵母质粒工具的有益补充。

摘要:[目的]采后柑橘极易受指状青霉（Penicillium digitatum）侵染而发生严重的绿霉病腐烂，生物防治因具有安全、有效、环保等特点近年来备受关注。论文旨在研究荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）ZX对采后柑橘绿霉病的防治效果，揭示P.fluorescens ZX对P.digitatum可能存在的作用机制。[方法]以"北碚447"锦橙果实为试材，先分别接种20 μL拮抗菌培养液、滤液（培养液离心后，上清经0.22 μm滤膜过滤）、菌悬液（培养液离心后，菌体用无菌水反复洗涤并用无菌水重悬）和热杀死液（培养液高温高压灭菌），2 h后接种20 μL P.digitatum孢子悬浮液（1×10⁴ spores/mL），所有果实于20℃、90%相对湿度环境下恒温恒湿培养8 d后，测定果实的发病率和病斑直径；制备柑橘皮培养基，进行平板抑菌试验，探索P.fluorescens ZX对P.digitatum孢子发芽情况的影响；采用两板对扣法和生物熏蒸法研究P.fluorescens ZX挥发性次级代谢产物的抑菌作用；利用插入式细胞培养皿等分析P.fluorescens ZX和P.digitatum之间竞争的营养物质；同时，测定P.fluorescens ZX的生长曲线，利用结晶紫染色法评估P.fluorescens ZX的生物膜形成能力。[结果]P.fluorescens ZX不同处理液之间对采后锦橙绿霉病的作用效果差异显著，菌悬液抑菌效果最好，经菌悬液处理的果实，发病率和病斑直径分别仅为40.83%和1.78 cm；不论是在柑橘皮固体培养基上对峙培养还是在液体培养基中混合培养，菌悬液和原液的作用效果较好，固体平板上，相对抑制率达到了35%-45%，液体培养基中，P.digitatum孢子12 h后的发芽率不超过27%；P.fluorescens ZX产生的挥发性物质具有抑菌作用，经P.fluorescens ZX熏蒸处理的锦橙果实，发病率和病斑直径都显著降低；营养竞争试验结果表明，P.fluorescens ZX能更快速有效地消耗柑橘皮培养基中的营养，并和P.digitatum竞争葡萄糖、果糖、蔗糖、天冬氨酸、苏氨酸、丝氨酸、亮氨酸、精氨酸和脯氨酸等营养物质；同时，P.fluorescens ZX生命力强，培养4 h后即进入对数生长期，约24 h后形成成熟的生物膜。[结论]P.fluorescens ZX可能通过抑制P.digitatum孢子发芽、营养与空间竞争、形成生物膜、产生抑菌物质等方式抑制P.digitatum的生长繁殖，有效防治采后锦橙绿霉病。

摘要:[目的]分生孢子色素是真菌细胞壁的重要成分，对真菌的生长发育极为重要，并有助于真菌抵御各种环境胁迫。本研究鉴定了黄曲霉分生孢子色素合成基因，并研究了分生孢子色素对黄曲霉生长发育及其对抗紫外照射和侵染能力的影响。[方法]通过已知真菌孢子色素合成基因蛋白序列同源比对确定了黄曲霉分生孢子色素合成基因及其所在的基因簇，利用同源重组策略对目标基因进行敲除，获得了该色素合成基因缺失的突变菌株，并研究该基因敲除后对表型、产孢、菌核形成、黄曲霉毒素产生、抗紫外照射和侵染性等影响。[结果]与野生型菌株相比，黄曲霉pks1基因缺失菌株的分生孢子颜色变为白色，生长速度、孢子产量、菌核形成和黄曲霉毒素B₁的产生均没有显著性变化，但该基因的缺失导致孢子对紫外线照射的抵御能力明显减弱，降低了黄曲霉对玉米和花生种子的侵染能力。[结论]pks1（AFLA_006170）基因是黄曲霉分生孢子色素合成的关键基因，影响黄曲霉分生孢子对紫外线照射等不利环境因子的抵抗能力和对粮食种子的侵染能力。