摘要:

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摘要:先天性免疫系统作为宿主抵抗外来病原入侵的第一道防线，也是最迅速的防御系统。宿主先天性免疫系统中的模式识别受体识别入侵信号并激活炎症信号通路，诱导产生大量促炎性细胞因子，引起炎症反应。病毒感染是激活炎症反应的条件之一，诱导机体产生强烈的免疫应答，强大的炎症反应调控网络在宿主抗病毒过程中发挥关键作用，以维持机体的平衡。本文综述了病毒感染引起的炎症反应，重点介绍了宿主对炎症反应的调控网络，以及DNA和RNA病毒对炎症反应的调节机制，为病毒感染引起的免疫性疾病的治疗提供参考。

摘要:吡嗪酰胺(pyrazinamide，PZA)是重要的一线抗结核药物，与异烟肼、利福平和乙胺丁醇构成治疗方案的核心。因其疗效较好，被广泛应用于结核病的治疗过程。然而，近年来随着耐多药结核病的出现，PZA耐药导致部分患者治疗失败，因此常规开展PZA药物敏感性试验对于减少耐药性的发生显得极为重要。由于PZA在酸性条件下才能发挥作用，而结核分枝杆菌在酸性环境下生长不良，故PZA耐药性检测一直是临床中的难题。本文结合国内外最新研究进展，就结核分枝杆菌PZA耐药性检测方法的研究进行阐述，期望能为更有效地诊治结核病提供新思路。

摘要:1984年美国著名放线菌分类学家Labeda建立的糖丝菌属(Saccharothrix)，是典型的丝状稀有放线菌重要类群之一。糖丝菌的气生菌丝在孢子形成过程中通常呈现锯齿状形态，细胞壁含meso-二氨基庚二酸，磷酸类脂主要包括磷脂酰乙醇胺，优势甲基萘醌是MK-9(H₄)和MK-10(H₄)，基因组中16S rRNA基因的特异性诊断核苷酸序列为CAC (607–609)和GTG (617–619)。近年来基因组学研究证实，糖丝菌基因组中存在丰富的聚酮合成酶、非核糖体多肽合成酶等基因簇，具有生物合成化学结构新颖、生物活性多样的次生代谢物与酶产物的潜能，且研究证实糖丝菌能够代谢产生已知抗生素的衍生物或新骨架结构的抗生素，如二硫吡咯酮类、内酰胺类、蒽环类和氯霉素等新抗生素，在抗病毒、抑菌和抗肿瘤等方面具有巨大的医药价值。同时，糖丝菌也是工业酶制剂生产菌种资源的新成员，在酶制剂应用方面具有较强的开发潜力，其代谢产生的几丁质酶、纤维素酶等新型活性酶在现代农业以及轻工业等领域有着广泛应用。另外，糖丝菌凭借自身独特的遗传代谢多样性在土壤有机污染物降解和重金属污染修复中扮演着重要角色。结合近期本实验室发表的一株糖丝菌新种，查阅相关文献资料，本文从糖丝菌属的分类学典型特征、基因组学、次级代谢产物生物合成以及产酶应用开发进行了综述，以期为进一步挖掘糖丝菌的应用潜力提供理论基础。

摘要:胞外囊泡(extracellular vesicles，EVs)是自然界中细胞生命活动的产物，是一种包裹核酸、蛋白、脂类等分子的纳米级磷脂双分子层颗粒。近年来，越来越多的研究证实细菌可以分泌EVs作为抗生素和噬菌体的“诱饵”，从而发挥防御功能；此外，EVs还在传递毒力因子、细胞间通讯、介导基因水平转移、营养和电子传递、促进生物膜的形成中发挥重要作用。因此，EVs对生物个体和群体都具有十分重要的作用。本文综述了细菌EVs形成机制、提取及鉴定方法、影响EVs分泌的因素等，重点总结了EVs的生物学功能以及在环境科学领域的研究进展，为EVs的进一步研究提供参考。

摘要:蓝细菌对不同形态的汞具有很强的耐受和富集能力，能够改变环境中的汞浓度，影响汞的生物地球化学循环。同时，蓝细菌是生态系统中重要的初级生产者，经过蓝细菌富集的汞更容易进入食物链，影响人类健康。本文系统总结了蓝细菌对汞的耐受机制，主要包括：(1)在细胞壁外合成胶质鞘隔离汞；(2)通过与自身化合物结合钝化汞的毒性；(3)利用自身抗氧化机制修复汞对细胞的损伤；(4)利用自身酶转化汞的形态降低毒性；(5)与抗汞细菌共生抵御汞。基于此，本文展望了蓝细菌汞耐受机制的进一步研究方向，以及利用蓝细菌进行汞解毒和污染修复的前景。

摘要:幽门螺杆菌是(Helicobacter pylori，H. pylori)是导致人类多种胃肠疾病的主要病因，通过多种毒力因子导致各种疾病的发生和发展。鉴于目前幽门螺杆菌缺少商业化疫苗且多重耐药性问题日益严重，临床上对其根除效果不佳，因此，精准的检测技术是预防幽门螺杆菌感染的关键，也是评估感染后治疗效果的重要手段。幽门螺杆菌的检测方法主要包括尿素呼气试验、快速尿素酶试验、粪便抗原检测、血清学检查、内镜检查、组织学病理检查、聚合酶链式反应及细菌培养，每种方法在临床上皆存在优点与局限性。目前，对于幽门螺杆菌检测的“金标准”尚无统一定论，因此本文重点综述当前应用的幽门螺杆菌检测技术，分析其优点和局限性，并指明精准、快速且便捷的检测技术在流行病学调查等方面具备的优势，旨在为临床和研究提供科学的参考依据。

摘要:RNA干扰(RNA interference，RNAi)是一种保守的真核生物基因调控机制，它利用小的非编码RNA介导转录/转录后的基因沉默。虽然部分真菌丢失了RNAi系统，但随着对真菌RNAi机制研究的增加，越来越多的证据表明，真菌的RNAi系统不但参与维持基因组完整性，其在调节真菌生长发育、介导异染色质组装、促进着丝粒进化、调节真菌耐药性与毒力等方面也具有重要作用。本文主要对真菌中RNAi的生物学功能进行综述，以期为进一步深入研究真菌RNA干扰机制提供一定的理论与研究基础。

摘要:甲烷既是一种温室气体，也是一种潜在的能源物质，其源与汇的平衡对地球化学循环及工程应用均有重要意义。厌氧甲烷氧化(anaerobic oxidation of methane，AOM)过程是深海、湿地和农田等自然生境中重要的甲烷汇，在缓解温室气体排放方面发挥了巨大作用。AOM微生物的中枢代谢机制及其能量转化途径则是介导厌氧甲烷氧化耦合其他物质还原的关键所在。因此，本文从电子受体多样性的视角，主要分析了硫酸盐型，硝酸盐/亚硝酸盐型，金属还原型厌氧甲烷氧化微生物的生理生化过程及环境分布，并对近些年发现的新型厌氧甲烷氧化进行了梳理；重点总结了厌氧甲烷氧化微生物细胞内电子传递路径以及胞外电子传递方式；根据厌氧甲烷氧化微生物环境分布及反应特征，就其生态学意义及在污染治理与能源回收方面的潜在应用价值进行了展望。本综述以期深化对厌氧甲烷氧化过程的微生物学认知，并为其潜在的工程应用方向提供新的思路。

摘要:细菌耐药性是全球亟待解决的重要公共卫生问题之一，耐药病原菌对人类和动物健康构成极大威胁。交互敏感性、附带敏感性(collateral sensitivity)是指耐药细菌在进化过程中出现的对一类抗菌药物耐药，而对另一类或几类抗菌药物更加敏感的现象。利用交互敏感策略限制甚至逆转细菌耐药性以恢复其对抗菌药物的敏感性是细菌耐药性研究的热点。本文综述了细菌交互敏感的最新研究进展，主要从交互敏感性的概念、表型及机制研究等方面进行阐述，以期为防控和治疗耐药病原菌感染提供新思路。

摘要:真菌病害占作物病害种类的一半以上，病原真菌是目前已知种类最多的作物病原菌。从作物根际与/或体内分离筛选具有生防活性的微生物，并应用于病害的防控，是除作物品种改良与化学防治外的另一种高效的病害防控策略。【目的】本研究拟筛选并分离鉴定对重要作物病原真菌具有拮抗作用的甘蔗内生细菌，为开发生物防治作物真菌病害新策略提供理论依据。【方法】采用平板对峙法初步筛选对病原真菌具有拮抗能力的甘蔗叶片内生细菌，通过16S rRNA基因测序鉴定其种属；进一步检测候选拮抗内生细菌对甘蔗鞭孢堆黑粉菌(Sporisorium scitamineum)致病发育过程关键步骤：有性配合/菌丝生长、冬孢子萌发的抑制率，田间试验检测其对甘蔗鞭黑穗病的防治效果；检测候选拮抗内生细菌对稻梨孢菌(Pyricularia oryzae)附着胞形成、离体叶片及盆栽条件下叶片病斑形成的抑制作用。【结果】分离自甘蔗叶片的细菌菌株，编号为CGB15，经分子鉴定为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。CGB15菌株能有效抑制甘蔗鞭孢堆黑粉菌有性配合/菌丝生长，对峙培养条件下使真菌菌落呈现光滑；抑制冬孢子萌发，抑制率为(89.01±0.12)%。CGB15对甘蔗鞭黑穗病的田间相对防效达到48.65%。另一方面，CGB15发酵上清液显著抑制稻梨孢菌附着胞形成，抑制率为(93.55±1.11)%，且在离体叶片和盆栽水稻幼苗接种条件下均能抑制叶片病斑形成，推测CGB15能产生并分泌抑制稻梨孢菌细胞分化与致病性的活性物质。【结论】分离自甘蔗叶片的内生解淀粉芽孢杆菌CGB15对于甘蔗鞭黑穗病、稻瘟病的防控具有潜在应用价值。

摘要:苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis，Bt) LM1212菌株与典型的Bt菌株表型不同，可分化形成芽胞、形成细胞和晶体产生细胞。在LM1212菌株中，转录因子CpcR不仅参与了细胞分化过程，而且能够激活晶体蛋白基因cry35-like的启动子(P₃₅)。【目的】筛选cpcR同源基因，验证其生物学功能。【方法】本研究克隆了2个cpcR同源基因，来源于蜡样芽胞杆菌的cpcR-c1和来源于东洋芽胞杆菌的cpcR-t，将cpcR及其同源基因分别构建在pHT304-P₃₅-gfp、pHT304-P₃₅-lacZ报告载体上，获得的重组质粒转入无cpcR基因且无晶体蛋白基因的Bt HD73^–菌株中。利用激光共聚焦显微镜观察重组菌HD^–(cpcR-c1-P₃₅-gfp)和HD^–(cpcR-t-P₃₅-gfp)的细胞表型并进行芽胞计数实验。测定HD^–(cpcR-c1-P₃₅-lacZ)和HD^–(cpcR-t-P₃₅-lacZ)菌株的β-半乳糖苷酶活性。【结果】与对照菌株相比，HD^–(cpcR-c1-P₃₅-gfp)菌株和HD^–(cpcR-t-P₃₅-gfp)菌株的芽胞细胞数分别降低了80.79%和90.14%，晶体产生细胞比例分别提高了7倍和9倍，并且gfp基因在这2个菌株中均能表达。β-半乳糖苷酶活性检测结果显示，启动子P₃₅在HD^–(cpcR-c1-P₃₅-lacZ)菌株和HD^–(cpcR-t-P₃₅-lacZ)菌株中有较高的转录活性。【结论】cpcR同源基因cpcR-c1、cpcR-t也能够影响细胞分化，激活P₃₅的转录，且cpcR-c1对P₃₅的激活能力大于cpcR。

摘要:【目的】研究湿地修复后异龙湖中可培养酵母菌多样性及其与理化因子的相关性。【方法】对异龙湖湖水中可培养酵母菌进行DNA提取和测序，通过分析26S rRNA基因的D1/D2区域和形态以及生理生化特征对酵母菌进行鉴定，测定各个水样点的总有机碳(TOC)、总氮(TN)、总磷(TP)、总硬度(TH)和电导率(Cond)，运用R 4.0.5、Canoco 5软件来分析异龙湖湖水中可培养酵母菌多样性和与理化因子的相关性。【结果】从湿地修复后的异龙湖湖水中分离获得519株可培养酵母菌，鉴定为24个属42个种和1个潜在的新种，胶红酵母(Rhodotorula mucilaginosa)、皮肤皮状新丝孢酵母(Cutaneotrichosporon dermatis)以及产黑色素短梗霉(Aureobasidium melanogenum)是异龙湖中的优势种，分别分离到了320株(52.29%)、40株(7.71%)和37株(7.13%)。【结论】湿地修复后的异龙湖具有丰富的可培养酵母菌资源，其群落结构较湿地修复前有了明显的变化，湖区西北部的可培养酵母菌多样性要比湖区东南部丰富。TN与异龙湖中可培养酵母菌多样性呈现负相关关系，与优势类群呈正相关关系，是影响异龙湖中可培养酵母菌种群分布的主要理化因子。

摘要:【目的】从3种红树林植物根际沉积物中分离和鉴定放线菌，进行抑菌活性初筛获得目标菌株并研究其次级代谢产物。【方法】使用5种培养基对红树林植物根际沉积物放线菌进行分离，采用16S rRNA基因序列比对的方法研究沉积物中的放线菌多样性，结合抑菌活性筛选获得目标菌株后进行放大规模发酵和分离鉴定次级代谢产物，根据生物合成基因簇定位和分析对化合物的生物合成途径进行推导。【结果】从3种红树林植物根际沉积物中分离得到放线菌49株，包括链霉菌属(Streptomyces)31株、小单孢菌属(Micromonospora)14株、小双孢菌属(Microbispora)、链孢子囊菌属(Streptosporangium)、野野村氏菌属(Nonomuraea)和糖单孢菌属(Saccharomonospora)各1株。获得粗浸膏抑菌活性较好的菌株Streptomycessp.SCSIO 40067，从中分离鉴定了6个α-吡喃酮类化合物：germicidin A–C、germicidin I和isogermicidin A–B，并首次报道了germicidin A的晶体结构。从菌株SCSIO 40067基因组中定位到了germicidins的Ⅲ型聚酮合酶生物合成基因簇，结合文献对6个germicidins类化合物的生物合成途径进行了推导。【结论】湛江高桥红树林根际沉积物中的放线菌具有多样性，包含潜在的新物种和天然产物资源。菌株Streptomycessp. SCSIO 40067具有α-吡喃酮类化合物的生产潜力。上述研究为后续工作提供了良好的实验材料。

摘要:【目的】套索肽作为一类核糖体翻译后修饰肽(RiPPs)广泛分布于放线菌中，以其独特的修饰结构和多样的生理活性受到了广泛的关注。为了更好地研究未知的套索肽，期望开发基于链霉菌的无细胞转录翻译平台(下称“无细胞平台”)实现无细胞合成套索肽或其前体肽。【方法】首先尝试以不同的链霉菌构建无细胞合成平台，并以绿色荧光蛋白为报告蛋白对平台产率进行优化；在构建合适稳定的表达体系后，将包含有套索肽生物合成基因的质粒引入体系中以探索套索肽的无细胞合成。【结果】在对基于模式菌株Streptomyces lividans TK24的无细胞体系进行制备工艺、体系组分、反应条件等多个参数进行优化后，该体系最高能达到90µg/mL的荧光蛋白表达量；基于该体系成功表达了目标套索肽的前体肽，并通过融合SUMO标签增加前体肽在该体系中的稳定性。【结论】本研究成功构建了一类链霉菌无细胞平台，为丰富来源的基因表达提供了可能性。尽管该体系在对表达套索肽未知蛋白的适用性上仍有待进一步提升，但无细胞平台在天然产物的探索中将起到越来越重要的作用。

摘要:【目的】通过计算机辅助设计，理性提高羊布鲁氏菌7α-羟基类固醇脱氢酶的催化效率和稳定性，实现酶的高效稳定催化合成。【方法】通过同源建模、分子对接和蛋白-配体相互作用分析，理性设计关键位点的定向突变。结合酶学性质测定、酶促反应动力学分析和圆二色谱测定等实验，测定突变酶的催化功能和稳定性。【结果】与野生型7α-羟基类固醇脱氢酶相比，Met196Ile和Met196Val突变酶的酶活提高了8.33倍和7.41倍，k_cat/K_m值分别提高了4.93和4.37倍，T_m值分别提高了1.75℃和1.10℃。Met196Ile和Met196Val突变酶催化底物鹅去氧胆酸，合成产物7-氧代-石胆酸所需时间从野生型的8 h缩短为2 h，最高产率约为91%。通过全原子动力学模拟分析了均方根偏差、均方根波动以及蛋白-配体相互作用，阐明了催化性能提高的分子机制。Met196突变诱导的B环(残基Ala145−Pro157)和α7螺旋(残基Val249−Gly265)的刚性增强有利于提高蛋白的稳定性，底物与结合位点或活性位点(Tyr208、Lys212)相互作用力的增强有利于改善催化效率。【结论】本研究采用同源建模和定点突变改造7α-羟基类固醇脱氢酶的催化活力和稳定性，为工业上高效稳定催化合成7-氧代-石胆酸奠定了较坚实的基础，同时为类固醇脱氢酶的理性设计提供了理论指导。

摘要:【目的】构建用于比较黄曲霉(Aspergillus flavus，A. flavus)菌株之间致病力差异的小鼠感染模型，并利用该模型评价真菌病毒AfPV1对宿主A. flavus致病力的影响。【方法】用不同浓度环磷酰胺腹腔注射Institute of Cancer Research (ICR)小鼠，根据白细胞的数量判断小鼠免疫抑制程度；通过滴鼻和尾静脉两种感染方法接种不同浓度的A. flavus孢子量，统计14 d以内小鼠的死亡率，确定A. flavus最佳的孢子接种量；通过小鼠组织的菌落负荷量以及肺部组织的病理观察，确定A. flavus感染是否成功；最后利用该小鼠模型评价真菌病毒AfPV1对寄主A. flavus致病力的影响。【结果】腹腔注射环磷酰胺的浓度为250 mg/kg时，能够达到免疫抑制水平；小鼠组织真菌负荷和病理组织切片观察显示A. flavus成功感染接种的ICR小鼠组织；在滴鼻接种模型中，A. flavus的孢子接种量为40 μL (1×10⁶ CFU/mL)时比较合适评价A. flavus菌株之间的差异；在尾静脉接种的模型中，A. flavus的孢子接种量在50 μL (1×10⁶ CFU/mL)比较合适评价A. flavus菌株之间的差异；病毒AfPV1能够引起A. flavus的致病力下降，但是不影响A. flavus在小鼠肺部的定殖量。【结论】本研究构建的小鼠感染模型能够评价A. flavus菌株之间致病力的差异；真菌病毒AfPV1的感染降低了宿主A. flavus的致病力。

摘要:【目的】探究副溶血弧菌群体感应(quorum sensing，QS)系统核心调控子AphA和OpaR对mshH基因的转录调控。【方法】提取特定条件下副溶血弧菌野生株(wild-type，WT)和调控子基因突变株(ΔaphA和ΔopaR)的总RNA，采用实时定量PCR (quantitative real-time PCR，qPCR)研究AphA和OpaR对mshH基因的转录调控关系以及mshH基因的时相依赖性表达特性；将mshH启动子区DNA序列克隆入pHRP309质粒β-半乳糖苷酶基因的上游，构建LacZ重组质粒，并将其转入WT、ΔaphA和ΔopaR中，获得LacZ实验菌株，再通过LacZ报告基因融合实验研究AphA和OpaR对mshH基因的调控关系以及mshH基因的时相依赖性表达特性；PCR扩增mshH上游启动子区DNA序列，并纯化His-AphA和His-OpaR蛋白，通过凝胶阻滞实验(electrophoretic mobility shift assay，EMSA)和DNase I足迹实验，研究体外条件下His-AphA和His-OpaR对靶基因启动子区DNA片段是否具有直接的结合作用以及具体的结合位点。【结果】mshH基因的表达水平随着培养时间的延长而升高；低细菌密度时，AphA抑制mshH基因的转录，但His-AphA对mshH启动子区DNA序列没有结合活性；高细菌密度时，OpaR对mshH基因的转录具有激活作用，His-OpaR对位于mshH基因的翻译起始位点上游–160至–80 bp和–58至–19 bp之间的DNA序列具有结合活性。【结论】低细菌密度时，AphA可能是通过间接方式抑制mshH基因的转录；高细菌密度时，OpaR直接结合到mshH调控区DNA片段上，并激活其转录。

摘要:【目的】红杆菌科(Rhodobacteraceae)细菌为凡纳滨对虾肠道微生物的优势类群，在健康对虾肠道中具有较高的相对丰度，是指示对虾健康的关键类群，探究对虾肠道红杆菌科细菌定向富集和分离方法，可为对虾养殖益生菌菌剂的研发提供基础。【方法】利用16S rRNA基因高通量测序技术研究不同碳源添加对凡纳滨对虾肠道中红杆菌科细菌的富集作用，筛选对红杆菌科细菌有显著富集作用的碳源；利用纯培养技术从红杆菌科细菌富集的样品中定向分离红杆菌科细菌，并对其进行鉴定和遗传多样性分析。【结果】添加短链脂肪酸(乙酸、丙酸、丁酸、戊酸)和碳酸氢钠对红杆菌科细菌有显著富集作用，主要富集到Cribrihabitans、Tritonibacter、Rhodovulum、Ruegeria、Sagittula和Thalassobius属相关菌株；对红杆菌科细菌相对丰度最高的样品进行稀释涂布培养，共分离纯化出303株细菌，分属于2门12科，其中红杆菌科细菌为主导类群共119株，主要包括Tritonibacter (90株)、Phaeobacter (25株)、Sulfitobacter (1株)、Ruegeria (1株)、Roseovarius (1株)和Aliiroseovarius (1株)等6个属；分离的各属红杆菌科细菌占总分离菌株比例与高通量测序结果中红杆菌科各属细菌占比相似。【结论】本研究基于高通量测序技术探究了添加不同碳源连续传代培养对红杆菌科细菌富集的影响，筛选出了5种富集红杆菌科细菌的碳源，并定向分离获得119株红杆菌科细菌，构建了一种有效定向富集分离红杆菌科细菌的方法。

摘要:【目的】南海珊瑚共附生真菌Aspergillus sp.SCSIO 40435次级代谢产物分离鉴定及抑菌活性筛选。【方法】利用稀释涂布平板法分离珊瑚共附生真菌。采用单菌多代谢产物方法(one strain many compounds，OSMAC)对分离菌株进行化学多样性筛选，并采用滤纸片扩散法对真菌发酵产物进行抑菌活性分析。通过ITS测序鉴定活性菌株SCSIO 40435的分类地位，运用多种色谱手段从其粗提物中分离纯化单体化合物，并利用各种波谱手段(HRESIMS、1D和2D NMR、单晶X-ray衍射法等)确定化合物的结构。最后，采用微量肉汤稀释法对单体化合物的抑菌活性进行评估。【结果】从南海珊瑚样品中分离得到19株共附生真菌，结合化学多样性和抑菌活性分析，筛选出1株产物丰富且具有多种抑菌活性的菌株SCSIO 40435。利用ITS测序分析将其鉴定为曲霉属真菌(Aspergillus sp.)，进一步从其发酵产物中分离鉴定了4个对三联苯类化合物：dicandidusin A (1)、candidusin A (2)、terphenyllin (3)和4″-deoxyterphenyllin (4)，其中化合物1为一个对三联苯同源二聚体类新化合物。此外，首次对化合物4的单晶结构进行了报道。【结论】本研究表明，南海珊瑚中含有丰富的共附生真菌资源，且具有产生结构新颖的活性次级代谢产物的潜力，有望成为药物发现和开发的重要来源。

摘要:【目的】本研究旨在研究水貂肠炎病毒(mink enteritis virus，MEV)的基因组遗传进化特征。【方法】对采自山东境内水貂养殖场的109份水貂腹泻样品进行MEV的分离和鉴定，利用血凝和血凝抑制试验、多步生长曲线绘制以及蛋白的三级结构模拟等，对分离毒株生物学特性进行分析，通过重叠PCR对分离株进行全基因扩增，使用MegAlign进行序列同源性比对分析，利用DNAMAN V6对基因组5ʹ末端和3ʹ末端回文结构进行预测，应用MEGA V6进行遗传进化分析。【结果】共分离得到5株病毒，经电镜观察和间接免疫荧光试验鉴定为MEV毒株，分别命名为MUTQS-1-5，GenBank登录号分别为OK275645、OK275646、OK275647、OK275648和OK275649；各分离株5ʹ-和3ʹ-UTR分别由长回文序列组成，具有典型的细小病毒基因组末端的茎环样结构，NS1和VP2基因的推导氨基酸序列存在多个非同义突变位点，其中NS1蛋白的E/Q545V位氨基酸突变，以及VP2蛋白的F267Y、Y324I位氨基酸突变为首次在MEV上发现；生物学特性分析表明，上述突变并未明显改变病毒的血凝及血凝抑制效价、生长趋势和病毒粒子的空间构象。全基因序列系统发育进化树也显示，本次分离株处于同一分支上，与山东分离株SDNH亲缘关系最近。【结论】本研究报道了包含新型变异位点的MEV毒株的基因组特征，试验初步证实了新型变异位点的出现并未改变病毒的血凝性、抗原性以及在易感细胞内的增殖能力。以上研究结果为进一步开展病毒的流行病学与变异规律研究奠定了基础。

摘要:【目的】探索低浓度红霉素对猪链球菌蛋白表达、交叉耐药性与荚膜多糖的影响，为进一步研究饲料中低浓度抗生素促生长剂对环境中微生物的影响奠定基础。【方法】猪链球菌接触低浓度红霉素后，利用蛋白质组学iTRAQ技术，筛选关键差异表达蛋白。同时测定猪链球菌的交叉耐药性和荚膜多糖含量。【结果】共鉴定到差异表达蛋白181个，占总鉴定蛋白的12%，猪链球菌通过改变自身蛋白质组的表达量，以适应红霉素的选择性压力。多数差异表达蛋白参与催化和代谢过程，属于膜蛋白，其中13个ATP结合盒转运蛋白、3个核糖体蛋白、DNA回旋酶上调表达，8个荚膜多糖蛋白、DNA聚合酶Ⅳ下调表达。接触低浓度红霉素后，猪链球菌对多种抗生素出现交叉耐药性，消除红霉素后，药物敏感性恢复。接触低浓度红霉素后，荚膜多糖含量也未发生大幅度变化。【结论】猪链球菌为适应低浓度红霉素的选择性压力，大量表达多重耐药的主动外排泵，增加核糖体蛋白的表达量，降低荚膜多糖蛋白的表达量。

摘要:【目的】固氮菌和氨化细菌是氮循环产生生物有效氮的关键起始环节，直接影响了外来入侵植物的生长速度和扩散进程。然而，关于典型入侵植物薇甘菊根际可培养固氮菌和氨化细菌的研究尚未见报道，这在很大程度上制约了我们对薇甘菊根际高效的氮素转化机制的深刻理解。【方法】采用传统平板涂布培养法对野外采集的薇甘菊根际土壤中的可培养固氮菌和氨化细菌进行了分离鉴定，并进行了接种验证实验。【结果】结果表明，入侵植物薇甘菊根际土壤中的固氮菌和氨化细菌的菌群密度显著高于两个本地伴生植物(火炭母和鸡屎藤)，其固氮效率及有机氮矿化效率也优于2个本地种；系统发育分析表明：薇甘菊根际的固氮菌菌株归类于5个属，分别为伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)、肠杆菌属(Enterobacter)、植物杆菌属(Phytobacter)、新肠杆菌属(Kosakonia)和根瘤菌属(Rhizobium)；氨化细菌归类于7个属，分别为沙雷氏菌属(Serratia)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、博德特氏菌属(Bordetella)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)和金黄杆菌属(Chryseobacterium)；其中伯克霍尔德氏菌属与根瘤菌属是薇甘菊根际的优势固氮菌，沙雷氏菌属是薇甘菊根际的优势氨化细菌。此外，温室盆栽接种试验表明薇甘菊根际土壤的可培养固氮菌和氨化细菌对其幼苗生长具有显著的促进效应，其中根瘤菌属菌株YHAzMm-21和苍白杆菌属菌株YHAmMm-14的促生效果最佳，有望开发为微生物菌肥或工程微生物。【结论】薇甘菊根际可培养固氮菌和氨化细菌的菌群密度及其转化效率均优于本地种，并能促进自身生长。该研究明确了薇甘菊根际可培养菌群在氮循环中的贡献，并为筛选高效氮循环功能菌株提供了理想材料。

摘要:【目的】本研究以革兰氏阳性细菌解纤维素梭菌(Ruminiclostridium cellulolyticum)为研究对象，筛选作用于纤维小体编码基因簇cip-cel mRNA的核糖核酸内切酶。【方法】通过对预测的4个假定编码核糖核酸内切酶基因进行基因敲除、体内过表达、体外过表达和活性分析等方法，分析它们对cip-cel mRNA剪切位点的剪切能力。【结果】敲除rnc和rnj基因，对cip-cel mRNA剪切没有任何影响；体内过表达RNase时能够加速cip-cel mRNA的降解，而过表达RNase G时，则结果与野生型对照菌株无异；RNase G基因rng和RNase Y基因rny的体外活性鉴定分析，发现RNase G对体外转录的包含cip-cel mRNA剪切位点的RNA没有作用，而RNase Y能够对其进行剪切和降解。【结论】RNase Y是能够作用于cip-cel mRNA的核酸内切酶。该研究结果对理解革兰氏阳性细菌核糖核酸内切酶的作用机制，及其在转录后水平的调控基因差异表达等方面具有重大意义。

摘要:【目的】波罗的海希瓦氏菌是冷藏海产品中常见的腐败菌，通过全基因组测序和转录组测序，分析它们的规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR)系统和限制修饰(restricted modification，R-M)系统，为波罗的海希瓦氏菌的基础生物学研究和海产品中微生物的致腐机制提供理论基础。【方法】分析大黄鱼来源波罗的海希瓦氏菌SB-19株和W-3株的致腐能力，对W-3株的全基因组序列进行测序、组装和注释，结合已报道的SB-19株和27株希瓦氏菌的全基因组序列，采用比较基因组学方法探究它们的CRISPR和R-M系统的差异，进而对SB-19株和W-3株在不同生长时期进行转录组测序，以及两株菌内致腐相关基因的共进化分析。【结果】灭菌大黄鱼汁中产生挥发性盐基总氮和三甲胺值显示波罗的海希瓦氏菌SB-19株和W-3株分别为强致腐能力和弱致腐能力菌株；平均核苷酸一致性证实SB-19株和W-3株为波罗的海希瓦氏菌，但基于全基因组构建的系统发育树则发现二者之间存在遗传信息上的差异；SB-19株具有相对完善的CRISPR系统，而W-3株则有更丰富的R-M系统；转录组测序反映出SB-19株在对数期和平台期的生长阶段具有更为活跃的新陈代谢能力和环境适应能力；但是这2株细菌中与致腐相关基因在进化过程中较为保守。【结论】CRISPR系统和R-M系统为异养型的波罗的海希瓦氏菌提供了较好的异源遗传信息入侵屏障，在维持物种遗传稳定性方面发挥了重要作用，但不参与该菌致腐能力差异的进化过程

摘要:【目的】通过建立雌、雄性SD (Sprague-Dawley)大鼠模型，研究高脂饮食(high fat diet，HFD)对不同性别大鼠肠道菌群及室旁核(hypothalamic paraventricular nucleus，PVN)区小胶质细胞激活的影响。【方法】选取24只3周龄的SD大鼠，雌雄各半，随机分成雄性对照组(CM)、雌性对照组(CF)，雄性高脂组(HM)、雌性高脂组(HF)，共4组，每组6只。喂养至10周龄，收集大鼠新鲜粪便并提取细菌总基因组DNA，通过PCR扩增16S rDNA的V3+V4区域，进行高通量测序；采用气相色谱法分析大鼠盲肠内容物中短链脂肪酸(short chain fatty acids，SCFAs)含量；以real-time PCR技术分析PVN区小胶质细胞激活标记物CD11b和炎性细胞因子TNF-α、IL-6的mRNA相对表达水平。【结果】雌、雄高脂组分别与对照组相比，HM组大鼠肠道菌群总数及菌群多样性明显减少(P<0.05)，HF组大鼠肠道菌群丰度明显减少(P<0.05)。与CM组相比，HM组大鼠盲肠中乙酸含量显著下降(P<0.05)，且PVN区CD11b的mRNA相对表达水平显著升高(P<0.05)。【结论】高脂饮食可改变雌、雄大鼠的肠道菌群，导致其肠道菌群失调。然而，高脂饮食对肠道菌群与脑小胶质细胞的影响在不同性别间存在一定差异。研究表明，高脂饮食所致雄性大鼠肠道菌群的变化可能与脑小胶质细胞激活相关。

摘要:【目的】探索云南金铁锁根部可培养放线菌资源及筛选高抗病原菌活性菌株。【方法】以云南4个地方金铁锁的根为研究对象，采用不同温度预处理及14种分离培养基对其进行放线菌分离；选用74株内生放线菌菌株，以5种病原菌为指示菌，使用倒置法测定供试放线菌的抗菌活性。【结果】从金铁锁根部分离获得121株内生放线菌，基于16S rRNA基因序列比对和系统发育分析，将其归属于10个目、15个科和24个属，其中链霉菌(Streptomyces)为绝对优势菌群，其后依次为诺卡氏菌属(Nocardia)、小单孢菌属(Micromonospora)和分枝菌酸小杆菌属(Mycolicibacterium)。分离效果最好的培养基为D4(酵母粉0.3 g，干酪素0.3 g，葡萄糖0.3 g，骨粉0.3 g)；最优的预处理温度为80℃；74株内生放线菌中的37株对至少一种指示病原菌具有抑制活性，且活性强的主要类群为链霉菌属。【结论】金铁锁根部蕴藏着丰富的放线菌种质资源，且蕴含着具有产次级代谢产物能力的菌株，这将为后续的医药及农业生产提供了丰富的菌种资源，同时为其栽植、保护、开发及应用提供了一定的基础数据和理论依据。

摘要:【目的】为明确假单胞菌(Pseudomonas)浸种对盐胁迫下水稻根系内生菌群落多样性及结构的影响。【方法】提取宁粳61号根系内生细菌和内生真菌的总DNA后，利用高通量测序技术检测了水稻幼苗根系内生细菌的V5–V7高变区16S rRNA基因和内生真菌的ITS1–ITS2区ITS基因序列，分析了假单胞菌浸种处理对盐胁迫下水稻根系内生菌的微生态调控作用。【结果】结果表明，嗜碱假单胞菌(P. alcaliphila) Ej2浸种处理可以显著提高盐胁迫下水稻幼苗根系内生细菌和内生真菌群落的多样性、丰富度和均匀度，增加了内生菌门、纲、目、科、属和分类单元OTU (operational taxonomic units)(序列数≥5)的数量；增加内生细菌中拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)的丰度，增加率分别达45.97%和9.55%，降低了厚壁菌门(Firmicutes)丰度，降低率为12.22%；显著降低内生真菌中子囊菌门(Ascomycota)的丰度，降低率为17.96%，显著增加被孢霉门(Mortierellomycota)和油壶菌门(Olpidiomycota)的丰度，油壶菌门是假单胞菌浸种处理后的独有真菌门。嗜碱假单胞菌Ej2浸种增加了盐胁迫下水稻幼苗根系内生细菌中假单胞菌属、根瘤菌属(Allorhizobium)、黄杆菌属(Flavobacterium)和德沃斯氏菌属(Devosia)的丰度；降低了内生真菌中光黑壳属(Preussia)、裂壳属(Schizothecium)、镰孢菌(Fusarium)、曲霉属(Aspergillus)和Monosporascus的丰度，油壶菌属(Olpidium)是假单胞菌浸种处理后的独有真菌属；对内生细菌种水平的影响表现为增加了施氏假单胞菌(P. stutzeri)、嗜碱假单胞菌、未分类假单胞菌及根瘤菌(Rhizobium)、不能培养根瘤菌的丰度，降低了黄色氢噬菌(Hydrogenophaga flava)的丰度；对内生真菌种水平的影响包括降低了栖土光黑壳(P. terricola)、Neocosmospora rubicola、Gibberella intricans、帚状曲霉(A. penicillioides)及未分类镰刀菌的丰度。PICRUSt2功能预测分析表明，嗜碱假单胞菌Ej2浸种增加了盐胁迫下水稻幼苗根系参与各种代谢通路的内生细菌丰度；FUNGuild功能预测分析显示，增加了动物病原真菌代谢相关的真菌丰度、菌根真菌丰度和内生真菌的丰度，降低了粪便浮生菌、真菌浮生物和植物病原菌的丰度。【结论】假单胞菌浸种可以显著提高盐胁迫下水稻幼苗根系内生菌群落多样性、改变优势菌群结构和改善盐胁迫下水稻幼苗根系生长的微生态环境。

摘要:【目的】为进一步了解前纤维蛋白(profilin，PFN)在丝状真菌中的功能，本文以粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)为研究对象，进行了前纤维蛋白对其菌落生长和肌动蛋白(actin)聚合特性影响的探究。【方法】通过采用定点突变、同源重组、分生孢子过膜和PCR等技术，获得粗糙脉孢菌前纤维蛋白F78(F78A和F78D)和V113(V113E、V113R和V113W)的点突变体。利用平板生长法、竞争性生长管和显微镜观察检测表型变化，并结合多聚脯氨酸亲和层析纯化、荧光分光光度技术和高速共沉淀等技术分析点突变的前纤维蛋白对肌动蛋白聚合特性的影响。【结果】获得的粗糙脉孢菌前纤维蛋白点突变株F78A、F78D、V113E、V113R和V113W，与对照菌株ku70^RIP相比，突变株生长均明显减慢(P<0.05)，其中PFN (F78D)和PFN (V113W)的突变体在生长的12–48 h，菌落直径分别仅为对照的20.0%–75.7%和12.7%–39.2%。竞争性生长管分析表明，PFN (F78D)和PFN (V113W)突变株菌丝生长速度受到显著抑制，分生孢子形成的节律并未发生明显改变。将纯化获得的前纤维蛋白野生型及点突变株F78D和V113W蛋白进行肌动蛋白的成核研究发现，前纤维蛋白能抑制肌动蛋白自发的成核过程，并表现为浓度依赖效应；而点突变蛋白F78D和V113W抑制肌动蛋白自发成核的作用减弱；进一步对肌动蛋白聚合特性的研究发现：野生型的前纤维蛋白在0–5 mmol/L范围内可抑制肌动蛋白的聚合，且随浓度上升抑制作用进一步增强，致使上清中单体肌动蛋白含量最高可上升至82%左右；而5 mmol/L点突变蛋白F78D和V113W抑制肌动蛋白聚合的作用均明显减弱，分别使单体肌动蛋白的含量比对照下降12.0%(P<0.01)和30.7%(P<0.01)。【结论】本研究证实前纤维蛋白在粗糙脉孢菌中起着重要的作用，其F78和V113是重要的活性位点，对于调节肌动蛋白的聚合解聚过程和粗糙脉孢菌的生长发育具有重要作用。

摘要:【目的】本研究以根癌农杆菌C58为材料，鉴定其甲基趋化受体蛋白(methyl-accepting chemotaxis protein，MCP) MCP₁₉₁₂能够识别的配体，并研究该蛋白在调控根癌农杆菌趋化响应中的具体功能。【方法】通过异源表达MCP₁₉₁₂的配体结合结构域(ligand binding domain，LBD)，获得带有His标签的LBD蛋白(LBD₁₉₁₂)。利用基于荧光的热位移测定法(fluorescence-based thermal shift assay，TSA)筛选出LBD₁₉₁₂的潜在配体；通过等温滴定量热(isothermal titration calorimetry，ITC)，进一步确定筛选出的潜在配体，并测定LBD₁₉₁₂与配体结合之后的解离平衡常数K_D。利用基于同源重组的精准DNA片段删除方法，敲除根癌农杆菌C58中编码MCP₁₉₁₂的基因atu1912，获得MCP₁₉₁₂缺失突变体(ΔMCP₁₉₁₂)；以质粒回补的方法，获得ΔMCP₁₉₁₂回补株(ΔMCP₁₉₁₂C)。利用毛细管趋化测定法，测定根癌农杆菌及其突变体对筛选出来的MCP₁₉₁₂潜在配体的趋化响应，并最终确定MCP₁₉₁₂在调控根癌农杆菌C58趋化响应中的具体功能。【结果】通过TSA，筛选出5种能引起LBD₁₉₁₂的熔解温度(T_m)变化大于2℃的潜在配体(大于2℃意味着可能结合)，这5种潜在配体是丙酮酸、L-乳酸、丙酸、乙酸和乙醇酸。ITC实验进一步确定，只有丙酮酸和丙酸能与LBD₁₉₁₂特异性结合。丙酮酸与LBD₁₉₁₂的结合是放热过程，K_D为(17.0±0.9)μmol/L，而丙酸与LBD₁₉₁₂的结合是吸热过程，K_D为(31.5±5.4)μmol/L。毛细管趋化试验证实，根癌农杆菌C58能够被丙酮酸吸引和躲避丙酸，MCP₁₉₁₂的缺失，完全消除了根癌农杆菌对这两种物质的趋化响应，MCP₁₉₁₂的回补能够恢复其对这两种物质的趋化响应。【结论】化学受体MCP₁₉₁₂识别的配体是丙酸和丙酮酸，MCP₁₉₁₂介导C58对于丙酮酸的吸引趋化响应以及躲避丙酸的趋化响应。