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摘要:军团菌肺炎是一种由军团菌属引起的严重肺部感染，早期诊断对治疗和预后至关重要。实验室检测方法主要包括分离培养、抗原检测、核酸检测和血清学检测。分离培养是金标准，但灵敏度低，培养时间长；抗原检测操作简便快速，但特异性有待提高；核酸检测灵敏度高，但操作复杂、成本较高；血清学检测早期诊断价值有限。尿抗原检测是目前国际上广泛应用的早期诊断方法，但只能检测嗜肺军团菌Ⅰ型。多种新型核酸检测技术展现出良好的应用前景，例如数字PCR、等温扩增和二代测序技术。未来需要进一步研究开发更简便、快速、灵敏的检测方法，以提高军团菌肺炎的早期诊断率。

摘要:RNA病毒的暴发流行严重威胁人类健康。视黄酸诱导基因I (retinoic acid-inducible gene-I, RIG-I)样受体家族(RIG-I-like receptors, RLRs)信号通路在宿主抵抗病毒感染过程中发挥着重要作用。RLRs能够识别病毒入侵后产生的RNA，启动RLR信号通路的激活，从而对抗病毒感染。然而，RLR信号通路的异常激活会导致慢性炎症、免疫器官损伤以及自身免疫性疾病。为了防止RLR信号通路激活的紊乱，机体建立了完善的调节系统来稳定RLR信号通路。蛋白质甲基化修饰是一种重要的蛋白质翻译后修饰方式，在众多生物过程中发挥着重要作用。RLR信号通路分子的蛋白质甲基化修饰已被证明对机体调控RLR信号通路至关重要。因此，本文综述蛋白质甲基化修饰对RLR信号通路分子调控作用的研究进展，为宿主调控抗病毒RLR信号通路提供新的见解。

摘要:DNA甲基化是细菌进行表观遗传调控的重要方式，α变形菌利用受细胞周期调控的DNA甲基转移酶(cell cycle-regulated DNA methyltransferase, CcrM)对DNA进行甲基化。CcrM不含限制性内切酶功能单元，属于孤儿甲基转移酶。CcrM通过对序列中腺嘌呤进行甲基化影响DNA与蛋白质的相互作用，从而调节大量基因的表达，对α变形菌细胞周期等过程的调控至关重要。本文综述了CcrM的功能、结构及其表观调控机制，阐明了CcrM对DNA的识别、催化及活性调控的机理，总结了细胞周期全局性调控因子(global cell-cycle regulator, GcrA)利用CcrM的甲基化信号调节基因表达的机制，并展望了CcrM未来的潜在研究方向，为进一步深入研究细菌表观遗传调控机制提供了参考。

摘要:非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)是全球最常见的慢性肝病，其疾病进展过程复杂。肠道菌群(gut microbiota, GM)在NAFLD的发病过程中起着重要作用，肠-肝轴理论为理解GM与肝脏之间的关系奠定了理论基础。GM失调可导致免疫功能紊乱及炎症反应、肠道屏障受损和胰岛素抵抗等，从而促进NAFLD的发生与发展。此外，GM还可通过内毒素血症、短链脂肪酸代谢异常、胆汁酸和胆碱代谢异常等机制参与NAFLD的发生发展。基于GM靶向治疗NAFLD已成为当前的研究重点，包括粪便菌群移植、补充益生菌或益生元、使用中草药以及生活方式干预等。本综述主要关注GM失调状态下对NAFLD的影响，并探讨GM靶向治疗NAFLD的研究进展，为NAFLD的预防和治疗提供了最新的策略和靶点。

摘要:链霉菌是一类在植物病害生物防治中研究和应用极为广泛的生防菌。它广泛分布于土壤、海洋及植物内部，其自身及其产生的生物活性物质具有抗真菌、抗细菌、抗病毒、杀线虫、杀虫及除草等多重作用。链霉菌在作物病害生物防治中的作用机制主要包括拮抗、重寄生、诱导植物抗性、促进植物生长以及产生抗菌挥发性物质等。本文还介绍了已商品化的链霉菌生防菌剂。然而，与国外市场相比，我国目前已商品化的链霉菌生防菌剂数量相对较少。因此研发和推广链霉菌生防制剂对于进一步减少化学农药的使用以及推动农药绿色可持续发展具有重要意义。

摘要:嗜黏蛋白阿克曼氏菌(Akkermansia muciniphila, AKK)作为一种重要的肠道微生物，近年来在糖脂代谢及其调节机制方面引起了广泛关注。糖脂代谢紊乱是由多种因素引起的，表现为高血糖、血脂异常等问题，这种疾病不仅在全球范围内广泛流行，也在我国年轻人中越来越普遍，成为公共卫生的重要问题。因此，本综述从AKK的作用机制出发，系统阐述了AKK与糖脂代谢的相关研究进展，并分别从AKK对糖代谢和脂代谢的调节机制、药物增加AKK的丰度对糖脂代谢的影响，以及AKK的工程改造研究等方面进行综述。通过对现有文献的综合分析，为研究糖脂代谢紊乱及治疗相关疾病提供了有价值的参考和启示。

摘要:目的 探究不同食料对烟草甲体内真菌群落结构和多样性的影响，为基于微生物调控的仓储害虫绿色防控策略提供理论依据。方法 基于PacBio SMRT测序平台，采用内转录间隔区(internal transcribed spacer, ITS)全长扩增子测序技术对比分析人工饲料组(SL)、烟草驯化组(YC)和野生环境组(WF) 3组实验中烟草甲体内真菌的群落结构特征。运用传统培养方法分离可培养真菌，并通过荧光定量PCR技术定位核心共生菌Symbiotaphrina kochii的组织表达模式。结果 群落结构特征分析显示，SL组、YC组和WF组分别鉴定出35、32和15个操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)，3组共有的核心OTUs占比分别为31.43%、34.38%、73.33%。多样性分析结果表明，SL组的Sobs指数(29.00±1.13)显著高于YC组(16.17±2.30)和WF组(12.33±1.33) (P<0.001)。Symbiotaphrina是3组共有核心功能菌群，其相对丰度均超过81.000 0%。曲霉属(Aspergillus)和耐干霉属(Xeromyces)是SL组和YC组的特征菌属，而Symbiotaphrina buchneri和Symbiotaphrina microtheca则形成了YC组和WF组特异性进化支。通过传统真菌分离技术，成功分离出8株子囊菌门真菌，其中包括Symbiotaphrina (3株)、Talaromyces (3株)和Penicillium (2株) 3个属。组织特异性表达证实，S. kochii在菌胞体中的表达量(10.42±1.03)显著高于脂肪体(0.74±0.08)和中肠(0.31±0.01)组织(P<0.001)，证实其胞内定殖特性。结论 本研究揭示了食料类型通过“营养-菌群”互作网络调控烟草甲体内真菌群落的构建，证实了Symbiotaphrina属在宿主适应性进化中的关键作用，为构建基于微生物互作网络精准调控的害虫治理新技术提供了理论依据与关键靶标。

摘要:肠道微生物群落是调控动物健康的关键因素，其结构和功能可被发酵饲料显著影响。然而，目前缺乏跨物种比较研究，限制了对发酵饲料共性调控机制的理解。目的 整合多物种数据，解析发酵饲料对肠道菌群的跨物种调控规律，揭示功能优化的普遍性与宿主特异性机制。方法 整合猪、牛、鸡、鹅的464个肠道微生物组数据，分别采用α/β多样性、线性判别效应分析(linear discriminant analysis effect size, LEfSe)、BugBase及网络分析，评估发酵饲料组和对照组间的肠道微生物多样性、差异菌属、潜在致病性和互作关系。结果 发酵饲料显著降低了单胃动物(猪、鸡、鹅)肠道微生物的α多样性；不同动物肠道微生物群落的β多样性无显著变化，但发酵饲料组显著富集益生菌[如乳杆菌属(Lactobacillus)和粪杆菌属(Faecalibacterium)]，抑制了致病菌[如弯曲杆菌属(Campylobacter)、短螺菌属(Brachyspira)]，潜在致病性降低。网络分析显示发酵饲料组的连接度、网络密度提高，模块化降低，群落协同性增强。物种特异性分析表明，猪、牛、鸡分别富集了乳杆菌属(Lactobacillus)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、解黄酮菌属(Flavonifractor)等不同的益生菌，体现了宿主特异性响应。结论 发酵饲料通过共性响应优化结合物种特异性响应模式调控肠道菌群，选择性富集关键菌群以增强特定功能、降低致病性，为发酵饲料共性技术的开发提供理论依据。

摘要:口蹄疫(foot-and-mouth disease, FMD)是由口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus, FMDV)感染偶蹄动物引起的一种烈性动物传染病。FMDV是一种单股正链无囊膜RNA病毒，具有二十面体对称结构。FMDV入侵宿主后会引起宿主的先天性免疫和适应性免疫反应，而FMDV已经进化出多种途径来逃避免疫。FMDV的感染致病机制复杂，目前对于参与调控病毒感染复制的宿主因子的认知仍然非常有限。宿主线粒体通道蛋白(voltage dependent anion-selective channel 2, VDAC2)是一种线粒体通道蛋白，目前关于VDAC2对FMDV复制调控的具体机制尚不清楚。 目的 确证VDAC2与FMDV之间的调控作用，并揭示VDAC2抑制FMDV复制的分子机制。 方法 通过间接免疫荧光方法确定VDAC2在细胞内的定位；利用Western blotting以及荧光定量PCR方法检测FMDV对VDAC2蛋白水平和转录水平的影响；在BHK-21细胞上利用病毒滴度测定法检测过表达VDAC2对FMDV复制的影响；利用qPCR方法检测上调或下调VDAC2后FMDV感染对细胞内IL-1β、ISG15、OAS1、mtDNA和gDNA水平的影响。 结果 结果显示VDAC2亚细胞定位于细胞质中；FMDV感染可以降低VDAC2的表达；过表达VDAC2显著抑制FMDV的复制，并呈现剂量依赖关系；干扰VDAC2能够促进FMDV的复制；过表达VDAC2可增强FMDV诱导的IFN-Ⅰ反应；干扰VDAC2可抑制FMDV诱导的IFN-Ⅰ反应；过表达VDAC2可以促进mtDNA的释放。 结论 本研究表明FMDV感染可以下调VDAC2的转录与蛋白表达，而VDAC2可通过调节mtDNA的释放促进IL-1β、ISG15和OAS1等抗病毒因子的表达，从而发挥抗病毒作用。当FMDV入侵宿主细胞时，宿主细胞可以通过VDAC2增强IFN-Ⅰ反应，对病毒复制进行调控，发挥抗病毒作用。

摘要:目的 研究单增李斯特菌lmo2300基因在EGD-e株抗氧化应激和感染生物学特性中的作用。方法 以单增李斯特菌1/2a血清型EGD-e为亲本株，利用同源重组法构建lmo2300的缺失株和回补株，检测Δlmo2300在体外的生长、运动能力，对氧化环境的抵抗能力，还原酶活性，以及抗生素最小抑菌浓度；检验突变株感染细胞后的黏附、侵袭、增殖和细胞间迁移能力；使用荧光定量PCR技术检测lmo2300基因缺失后单增李斯特菌硫氧还蛋白相关基因和主要毒力基因的转录水平变化。结果 经PCR鉴定及测序证明缺失株Δlmo2300和回补株CΔlmo2300构建成功。lmo2300基因缺失后，单增李斯特菌的生长、运动和对抗生素的敏感性均无显著变化，黏附、侵袭和增殖能力也未受显著影响。Lmo2300具有还原酶活性，Δlmo2300中硫氧还蛋白基因lmo1903和grx转录水平显著升高，对H₂O₂、Diamide、CdCl₂和MnSO₄的氧化应激抵抗能力显著增强；且该菌细胞间迁移能力显著提高，Δlmo2300中与细胞间迁移相关的actA基因转录水平上调约8倍。结论 本研究表明lmo2300在细胞间迁移和抵抗氧化应激中发挥关键作用，这一发现对于深入理解单增李斯特菌的抗氧化应激和感染生物学机制具有重要意义。

摘要:棉花黄萎病是由大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)引起的一种重要的土传真菌病害，严重影响全球棉花产量。目的 探究棉花内生假单胞菌(Pseudomonas sp.) NWSUAF303对棉花黄萎病的防治作用及其作用机制，为棉花土传病害的生物防治提供新资源。方法 通过16S rRNA基因系统进化分析及生物学特性检测对该菌种进行分类鉴定；采用平板对峙法及对扣试验检测该菌株的抑菌谱；结合顶空固相微萃取气质联用(headspace solid-phase microextraction coupled with gas chromatography-mass spectrometry HS-SPME-GC-MS)技术分析该菌株分泌的挥发性有机化合物(volatile organic compounds, VOCs)；通过盆栽试验评估该菌株对棉花黄萎病的防治效果；基于RT-qPCR和酶活检测解析其抗棉花黄萎病的作用机制。结果 NWSUAF303菌株被鉴定为阿尔万德假单胞菌(Pseudomonas alvandae)，具有固氮、溶解有机磷和分泌吲哚乙酸等促生特性。该菌株的非挥发性代谢物对6种病原真菌具有抑制作用，而其VOCs对7种植物病原真菌具有显著的抑制效果，其中对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)的抑制率>95.00%，对大丽轮枝菌(V. dahliae) 592的抑制率达89.27%。该菌株的VOCs可显著下调大丽轮枝菌毒力基因VdPR1、Vdpf和VdGAL4的表达(P<0.05)。鉴定出2,3-丁二酮(2,3-butanedione)、2-壬醇(2-nonanol)和6-甲基-2-庚醇(6-methyl-2-heptanol) 3种关键抑菌VOCs，其中2,3-丁二酮对大丽轮枝菌的抑制作用为首次报道。盆栽试验显示该菌株对黄萎病的防治效果达54.40%，与多菌灵相当。机制研究表明，NWSUAF303菌株可激活水杨酸(salicylic acid, SA)和茉莉酸(jasmonic acid, JA)信号通路，显著上调棉花防御相关基因GhPAL、Gh4CL和GhCHI等的表达，并显著提高过氧化物酶(peroxidase, POD)、多酚氧化酶(polyphenol oxidase, PPO)和超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)等棉花防御酶的活性，从而增强植物的抗病能力。结论 本研究报道了P. alvandae NWSUAF303通过产生新型抑菌VOCs和激活SA/JA信号通路及防御酶协同增强棉花抗病性系统抗性双重机制防治黄萎病，兼具广谱抑菌和促生功能，为棉花黄萎病的绿色防控提供了优良菌种资源。

摘要:目的 探究植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum) DY6及其发酵豆粕对便秘小鼠的缓解作用及潜在机制，寻找一种绿色安全的生物饲料添加剂。方法 采用盐酸洛哌丁胺构建小鼠便秘模型，通过长期饲喂DY6发酵豆粕饲料和灌胃DY6菌液2种干预方式，以利那洛肽为阳性对照，系统评估发酵豆粕对便秘小鼠肠道功能、免疫因子、代谢产物及微生物群落的影响。结果 与便秘模型组相比，长期摄入DY6发酵豆粕饲料能显著提高粪便含水率、肠道蠕动能力(P<0.05)，改善结肠组织杯状细胞减少和淋巴细胞聚集现象，显著降低血清中肿瘤坏死因子-α (tumor necrosis factor-α, TNF-α)、白细胞介素-6 (interleukin-6, IL-6)和血管活性肠肽(vasoactive intestinal peptide, VIP)水平(P<0.05)，显著增加粪便中乙酸和丁酸含量(P<0.01)。属水平显著差异物种与便秘理化指标相关性分析显示，DY6发酵豆粕饲料显著增加的臭气杆菌属(Odoribacter)和布劳特氏菌属(Blautia)等益生菌与缓解便秘的指标呈正相关，显著降低的致病菌螺杆菌属(Helicobacter)和Colidextribacter与缓解便秘的指标呈负相关。结论 DY6发酵豆粕饲料通过调节肠道微生物及其代谢产物，调控肠腔内电解质平衡，抑制炎症相关信号通路，进而改善便秘症状，为开发具有防治动物便秘的功能性生物饲料添加剂提供了新的应用形式和理论依据。

摘要:目的 制备抗口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus, FMDV)分泌型IgA (secretory IgA, sIgA)抗体，为口蹄疫(foot-and-mouth disease, FMD)的综合防控提供新思路和前期基础。方法 以实验室前期筛选的一株抗O型和A型FMDV的IgG型中和抗体POA-8为模板，用猪IgA重链的恒定区基因(经密码子优化)替换IgG重链的相应区域，构建抗FMDV IgA抗体的重链真核表达质粒；同时分别构建含猪源J链和分泌片(secretory component, SC)的真核表达质粒，以及同时含IgA抗体的重链、轻链和J链基因的真核表达质粒。采用4质粒(重、轻、J和SC)或2质粒(重+轻+J和SC)分别瞬时共转染CHO-S悬浮细胞，进行抗FMDV sIgA抗体的组装表达。表达的sIgA抗体经纯化后，通过SDS-PAGE和Western blotting进行鉴定，并利用间接ELISA和微量病毒中和实验评价sIgA抗体与FMDV的结合活性和中和活性。结果 4质粒或2质粒共转染CHO-S细胞后均能成功组装表达抗FMDV的sIgA抗体，且sIgA抗体对O型和A型FMDV的结合能力及中和能力均强于IgG抗体。结论 本研究成功构建了抗FMDV sIgA抗体的表达系统，为未来FMD黏膜疫苗和抗病毒药物的开发奠定了基础。

摘要:目的 探究具核梭杆菌是否会促进肺癌的发展及其潜在机制。方法 通过细胞实验证实具核梭杆菌能促进肺癌细胞的增殖和转移；通过动物实验验证具核梭杆菌能促进肺癌的发展。对肺癌小鼠的肺泡灌洗液进行16S rRNA基因测序，以及对肺组织进行转录组测序，分析具核梭杆菌对肺癌小鼠肺部菌群的影响及肺组织相关通路的激活情况。结果 具核梭杆菌促进了肺癌上皮细胞A549的增殖和转移。在体内动物实验中，具核梭杆菌感染肺部后肺部结节数量增加，肺组织荧光强度增强。16S rRNA基因测序结果显示，感染小鼠肺部鼠杆状菌属(Muribaculum)、简单螺旋形菌属(Simplicispira)等富集。肺组织转录组结果显示，肺癌小鼠感染具核梭杆菌后激活了IL-17信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、金黄色葡萄球菌感染通路、TNF信号通路等与炎症或免疫相关的信号通路。结论 具核梭杆菌感染导致肺部微生物群紊乱，肺组织中多个与炎症和免疫相关的信号通路被激活，从而促进了小鼠肺癌的转移。

摘要:目的 通过毕赤酵母表面展示技术，利用SpyCatcher/SpyTag (SpyC/SpyT)生物偶联体系固定有机磷水解酶(organophosphorus hydrolase, OPH)，以解决OPH在实际应用中稳定性差和重复利用率低的问题，为有机磷农药污染的生物修复提供新方法。方法 在毕赤酵母表面展示“诱饵蛋白” SpyCatcher (SpyC)，通过增加拷贝数和优化培养条件提高展示效率。通过酶学性质分析评估固定化OPH的热稳定性、pH稳定性及重复使用性能，并考察其对基于SpyC/SpyT的特异性相互作用，将OPH-SpyTag (OPH-SpyT)高效展示于毕赤酵母表面。甲基对硫磷、乐果和毒死蜱 3种有机磷农药的水解效率。结果 毕赤酵母表面展示SpyC的效率超过(97.0±0.40)%，优化后湿细胞可结合绿色荧光蛋白(21.4±0.7) mg/g。成功将OPH展示于细胞表面，固定化OPH的热稳定性和pH稳定性显著提高，重复使用5次后仍保留50%以上的活力。在最适条件下，对100 mg/L甲基对硫磷、乐果和毒死蜱这3种有机磷农药的水解率分别达到(96.5±2.7)%、(79.5±2.3)%和(82.6±2.8)%，表明该方法对某些有机磷农药具有较高的水解效率。结论 SpyC/SpyT生物偶联体系的毕赤酵母表面展示技术可有效固定OPH，显著提升其稳定性和重复使用性能，为有机磷农药污染的生物修复提供了高效、绿色的新途径，也为毕赤酵母表面展示相关领域的研究提供了有力工具和方法。

摘要:守宫木具有较高的药用和食用价值，其生长过程受到多种病毒病害的危害，严重影响了守宫木的产量和质量。目前有关我国守宫木病毒病害研究的较少。目的 分离鉴定我国守宫木病毒病原。方法 分析本实验室前期守宫木叶片小RNA测序(small RNA sequencing, sRNA-seq)的数据；利用逆转录聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)对10种不同品种的守宫木叶片样品进行检测；以阳性样品S4叶片的总RNA为模板，结合RT-PCR、cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends, RACE)和Sanger测序技术获得曼陀罗黄脉病毒(datura yellow vein virus, DYVV)守宫木分离物(DYVV-sa)全基因组序列。结果 基于sRNA-seq的数据分析发现守宫木中存在DYVV，不同品种样本经RT-PCR检测显示S4和S12表现为DYVV阳性。以S4品种为模板，克隆获得DYVV-sa基因组全长序列，其大小为13 185 nt，可编码6个开放阅读框(open reading frames, ORFs)，与分离自黑叶苏珊的DYVV序列相似性高达95.8%-98.1%，同时系统发育分析显示DYVV-sa与DYVV亲缘关系最密切，因此确定DYVV-sa为DYVV的分离株。对DYVV-sa病毒来源的小干扰RNA (virus-derived small interfering RNA, vsiRNA)进行分析发现，DYVV-sa-vsiRNA大小以21 nt和22 nt为主，其中21 nt更为丰富；DYVV-sa-vsiRNA的5′端第一个核苷酸优先偏好U和C；来源于负链的vsiRNAs所占比例高于正链，并在整个病毒基因组中均有分布，局部区域形成热点。结论 本研究发现DYVV可侵染守宫木植株并克隆获得DYVV-sa分离株基因组全长序列，研究结果拓展了DYVV的天然寄主范围，为DYVV的多样性研究和进化分析提供了基础，同时为守宫木病毒病害的防治提供了理论依据。

摘要:蓝细菌(cyanobacteria)，俗称蓝藻，是水生生态系统中重要的初级生产者，也是常见的水华优势藻。噬藻体(cyanophage)，尤其是原噬藻体(prophage)是重要的浮游生态因子，影响蓝藻的进化和水生微生物群落结构。然而，有关原噬藻体的信息极为有限，迄今尚未有关于微囊藻(Microcystis)原噬藻体的研究报道。目的 探讨微囊藻的溶原性及其原噬藻体的基因组特征。方法 从NCBI数据库中下载了所有微囊藻基因组(共计354个)序列，利用PHASTER软件预测其携带的原噬藻体，并分析原噬藻体的携带率、基因组大小和G+C含量；通过毒力因子数据库(virulence factors of bacterial pathogens, VFDB)和综合抗生素研究数据库(comprehensive antibiotic resistance database, CARD)平台，分析完整型原噬藻体与疑似型原噬藻体中携带的耐药因子与毒力因子；综合运用生物信息学工具对完整型原噬藻体和疑似型原噬藻体进行基因功能注释和系统进化分析。选取含有完整型原噬藻体的水华微囊藻(Microcystis aeruginosa) FACHB-1326，用丝裂霉素C进行原噬藻体活化诱导，并采用点斑法进一步验证活化噬藻体的感染活性。结果 在全部354个微囊藻基因组中，98.3%的藻株被预测出携带原噬藻体或原噬藻体样片段；共发现完整型原噬藻体13个，疑似型原噬藻体5个，不完整型原噬藻体725个。将完整型原噬藻体和疑似型原噬藻体分别命名为WZ1-WZ13和YS1-YS5。在其基因组中均未发现耐药因子与毒力因子基因。蛋白谱发育树(phylogenomic tree)显示，这18株微囊藻原噬藻体与其他已知病毒的进化距离较远。生物信息学分析提示，YS5揭示了一个以往未知的新属；WZ2、WZ3、WZ4、WZ5、WZ6、WZ7、WZ9、WZ10、WZ11、WZ12与YS3共同揭示了一个以往未知的新科；WZ1与YS1共同揭示了一个新科；YS2、YS4、WZ8和WZ13则各自揭示了一个新科。FACHB-1344和FACHB-1326各被预测出一个完整型原噬藻体，试验表明丝裂霉素C可成功将其诱导活化。结论 溶原现象在微囊藻中普遍存在，微囊藻基因组中整合的原噬藻体代表了以往未知的病毒进化谱系。本研究拓宽了对浮游病毒的认知。

摘要:目的 研究dppC2基因在鼠疫耶尔森氏菌(鼠疫菌)巨噬细胞内生存中的作用。方法 采用自杀质粒同源重组法构建鼠疫菌201株的dppC2基因无痕敲除株(201-ΔdppC2)；通过巨噬细胞内生存实验、酸生存实验、过氧化氢生存实验、酶活测定、活性氧检测、细胞毒力测定和小鼠攻毒实验等，比较201-ΔdppC2与野生株(201-WT)的表型差异；利用转录组学分析和实时定量逆转录PCR (real-time quantitative reverse transcription PCR, RT-qPCR)分析201-ΔdppC2与201-WT的基因表达差异。结果 与201-WT相比，201-ΔdppC2在小鼠单核巨噬细胞RAW264.7和人单核细胞白血病细胞THP-1中的胞内生存率显著升高，酸生存率及过氧化氢生存率升高，耐酸基因hdeD以及过氧化物酶相关基因katA和katG的转录水平上调，过氧化氢酶和过氧化物酶的活力升高，细菌及其感染的巨噬细胞RAW264.7胞内活性氧水平降低；对HeLa细胞的毒性降低，但对小鼠的毒力无差异。结论 dppC2基因缺失后，鼠疫菌对酸性和过氧化氢环境的适应性提高，有利于鼠疫菌在巨噬细胞内的生存和复制。

摘要:6′-唾液酸乳糖(6′-sialyllactose, 6′-SL)是猪母乳寡糖中的重要组分，唾液酸(sialic acid, SIA)是唾液酸化乳寡糖的单体，它们均可调控人的结肠微生物结构。目前关于SIA和6′-SL在体外对仔猪结肠微生物的组成和发酵特性的影响鲜有报道。目的 探究SIA和6′-SL对哺乳仔猪结肠微生物组成及发酵特性的影响，为SIA和6′-SL调控哺乳仔猪肠道健康提供参考。方法 以3只哺乳仔猪的结肠混合食糜为微生物接种物，探究SIA和6′-SL对哺乳仔猪结肠微生物组成及发酵特性的影响。试验分为4组：无碳源(no carbon, NCB)、乳糖(lactose, LAC)、SIA和6′-SL，各组均为4个重复。结果 发酵至24 h时，6′-SL组的pH显著高于LAC组(P<0.05)；发酵至12 h和24 h时，SIA和6′-SL组的产气量均显著低于LAC组(P<0.05)；发酵至24 h时，SIA和6′-SL组的乙酸含量均显著高于LAC组(P<0.05)，丙酸和丁酸含量均显著低于LAC组(P<0.05)，显著提高了Chao1指数和ACE指数(P<0.05)；LAC组、SIA组和6′-SL组菌群的β多样性发生显著改变(P<0.05)；随着发酵时间延长，与LAC组相比，SIA组显著提高了芽孢杆菌门(Bacillota)、厌氧弧菌属(Anaerovibrio)和普氏栖粪杆菌属(Faecalibacterium)的相对丰度，降低了假单胞菌门(Pseudomonadota)、埃希氏菌-志贺氏菌(Escherichia-Shigella)、光冈菌属(Mitsuokella)和链球菌属(Streptococcus)的相对丰度(P<0.05)；6′-SL组显著提高了拟杆菌门(Bacteroidetes)普雷沃氏菌属Prevotella、拟杆菌属Bacteroides和罗氏菌属Roseburia，降低了假单胞菌门、芽孢杆菌门、巨单胞菌属(Megamonas)、埃希氏菌-志贺氏菌、光冈菌属和普雷沃氏菌科NK3B31组(Prevotellaceae_NK3B31_group)的相对丰度(P<0.05)。结论 6′-SL和SIA均可有效调控仔猪肠道菌群结构，6′-SL能提高拟杆菌门以及普雷沃氏菌属和拟杆菌属的相对丰度，而SIA能提高芽孢杆菌门以及厌氧弧菌属的相对丰度，且2种底物都明显促进仔猪结肠微生物发酵，提高短链脂肪酸(short chain fatty acids, SCFAs)产量，尤其是乙酸。

摘要:目的 探究阿魏酸对污叉丝孔菌漆酶活性的影响及其分子机制，为微生物降解芳香族化合物提供理论依据。方法 通过在合成培养基中添加不同浓度的阿魏酸，观察其对污叉丝孔菌生长和漆酶活性的影响；利用转录组和蛋白组技术分析阿魏酸诱导下漆酶的转录和蛋白表达水平变化；通过RNAi技术敲降lcc3基因，检测其对漆酶活性及降解多种芳香族化合物能力的影响；利用自建的基于高斯萤光素酶和Nano萤光素酶的双萤光素酶系统鉴定lcc3基因的核心启动子区。结果 适量添加阿魏酸可显著提高污叉丝孔菌的漆酶活性。转录组和蛋白组分析发现，lcc3基因在阿魏酸诱导下转录水平和表达水平均显著上调。lcc3基因敲降菌株的漆酶活性及降解多种芳香族化合物的活性均显著下降，证实lcc3是污叉丝孔菌降解芳香族化合物相关的漆酶活性的关键基因。此外，通过双萤光素酶系统成功鉴定出lcc3基因的核心启动子区。结论 本研究揭示了阿魏酸对污叉丝孔菌漆酶活性的诱导作用及其分子机制，证明lcc3基因是阿魏酸诱导的漆酶活性及降解芳香族化合物的关键基因。鉴定lcc3基因核心启动子区为进一步地基因表达调控研究提供了基础，并为微生物漆酶降解芳香族化合物的应用提供了理论支持。

摘要:目的 探讨硒代蛋氨酸(Se-Met)对猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus, PDCoV)感染小鼠肠道的氧化应激、肠道屏障损伤的保护作用及其潜在调节机制。 方法 40只雌性C57小鼠随机分为对照组、Se-Met组(0.3 mg/kg Se)、PDCoV组和Se-Met+PDCoV组(0.3 mg/kg Se)。饲养23 d后，PDCoV组和Se-Met+PDCoV组小鼠灌胃PDCoV HNZK-02-P5株300 μL (1×10 ⁶ TCID ₅₀)，其余2组小鼠灌胃等量的Dulbecco’s改良细胞培养基。观察所有小鼠的临床症状、食物摄取量和体重，直至28 d。接种病毒后5 d时，收集肠道组织，测定PDCoV滴度。采用苏木精-伊红染色监测肠道病理变化。检测氧化应激相关指标：丙二醛(malondialdehyde, MDA)、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)和谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidase, GSH-PX)。采用2′,7′-双乙酸二氯荧光素(2′,7′-dichlorofluorescein diacetate, DCFH-DA)探针测定空肠组织中活性氧(reactive oxygen species, ROS)水平。免疫荧光法分析小肠紧密连接蛋白(ZO-1和Occludin)的变化。采用RT-qPCR法分析炎症因子(TNF-α、IL-1β、IL-6和IL-10)、肠道紧密连接蛋白(ZO-1和Occludin)及Nrf2信号通路(Nrf2、HO-1和NQO1)相关基因的表达。Western blotting分析Nrf2信号通路相关基因的蛋白表达。 结果 体重、摄食量、病理检查及不同肠道组织病毒RNA滴度的结果证实Se-Met可以增加PDCoV感染小鼠的体重，降低肠道组织病毒滴度，并减轻PDCoV诱导的肠绒毛结构损伤。Se-Met通过降低IL-1β、IL-6和TNF-α的基因表达来减轻PDCoV诱导的肠道炎症。Se-Met通过增加ZO-1和Occludin的基因表达抑制PDCoV诱导的肠黏膜屏障损伤。Se-Met通过降低ROS和MDA水平，增加GSH-PX和SOD水平，改善了PDCoV诱导的肠道氧化应激。Se-Met通过激活Nrf2信号通路抑制PDCoV诱导的氧化应激。 结论 Se-Met可能通过激活Nrf2信号通路减轻PDCoV感染小鼠肠道损伤，为预防和治疗PDCoV感染提供了理论依据。

摘要:烟酰胺单核苷酸(nicotinamide mononucleotide, NMN)和烟酰胺核苷(nicotinamide riboside, NR)是氧化还原辅酶烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nicotinamide adenine dinucleotide, NAD)的2种前体物质，因其能够有效增加机体NAD浓度且无毒副作用而受到广泛关注。目的 联合代谢组学和16S rRNA基因测序技术，探讨饲喂NMN或NR对小鼠生长性能、肠道健康、肠道微生物群和代谢物的影响，并比较两者的功效。方法 将雄性C57小鼠随机分为对照组和2个试验组，试验组分别灌胃添加NMN或NR的饮用水，利用非靶向代谢组学技术和16S rRNA基因测序技术联合分析小鼠内源性代谢物和肠道菌群的变化，并通过PCR检测相关因子的表达。结果 与对照组相比，添加NMN或NR均可增加小鼠肠道微生物的丰富度和多样性，并改善微生物群的组成结构，其中添加NMN的效果更显著。与对照组相比，添加NMN和NR均可显著上调抗炎和抗氧化相关代谢物的水平；PCR检测结果表明，NMN和NR均可抑制促炎因子的表达。此外，添加NMN还可显著增加结肠杯状细胞的数量，从而增强肠道屏障功能。结论 饲喂NMN或NR可改善小鼠肠道微生物群结构，增加有益代谢物，并抑制促炎因子的表达。

摘要:人体肠道专性共栖细菌在维持微生态平衡方面发挥着关键作用，一般认为通过母乳喂养实现跨代垂直传递。然而，与双歧杆菌(Bifidobacterium)相比，拟杆菌(Bacteroides)作为人体专性共栖菌的代表，其在人群中的传递、扩散机制鲜有报道，且在家族成员中菌群的发生与跨代传递研究较少。目的 探究家族成员间拟杆菌的垂直传递及共发生模式，揭示人体肠道微生物组的构建机制，为肠道微生物健康干预和个性化调控提供理论基础。方法 采集中国新疆3-4代家族共50位家族成员的粪便样本，基于拟杆菌rpsD基因的高通量测序技术构建数据库，通过比对注释，在种水平和特征序列(amplicon sequence variant, ASV)水平上解析家族拟杆菌群落组成和多样性。结果 4个家族共注释拟杆菌16个种、3 704个ASVs，其中4个家族共有的ASVs数量为1 293。ASVs数量最多的5个种为脆弱拟杆菌(B. fragilis，653)、卵形拟杆菌(B. ovatus，619)、单形拟杆菌(B. uniformis，507)、粪拟杆菌(B. caccae，463)和芬氏拟杆菌(B. finegoldii，314)，这5个种也是相对丰度和发生率最高的。家族间拟杆菌菌群存在差异，以B. fragilis、B. uniformis和毛丝鼠粪拟杆菌(B. faecichinchillae)的差异最为显著。不同性别和年龄段家族成员的α多样性无显著差异(P>0.05)。基于Bray-Curtis距离的β多样性分析显示，性别与年龄组间差异不明显，但家族间差异显著(P=0.001)。基于Bray-Curtis距离和ASVs共有率分析表明，不同社会关系家族成员之间的拟杆菌群落组成相似度为母-子、兄弟姐妹对明显高于父-子、夫-妻和无亲缘关系成员。结论 拟杆菌的群落结构和多样性具有家族人群特征，家族间差异显著；依据社会关系分析，母子和兄弟姐妹间的菌群相似性最高，支持在菌株水平上的跨代垂直传递，未来需要采用菌株分离与宏基因组深度测序相结合的大数据方法进一步验证。

摘要:目的 利用廉价糖蜜替代葡萄糖作为碳源，在真菌灰盖鬼伞(Coprinopsis cinerea)中高效表达碱性真菌漆酶PIE5。方法 通过外源添加蔗糖酶GspInv或在C. cinerea中共表达GspInv分解糖蜜中的蔗糖；以漆酶活力为参考，优化菌株发酵条件。结果 以40 g/L糖蜜为碳源时，菌株CcPIE5-14表达漆酶活力为(11.9±1.2) U/mL，发酵液中蔗糖未被利用。添加外源蔗糖酶GspInv后，发酵液中的蔗糖被水解为果糖与葡萄糖，菌株CcPIE5-14在30 g/L糖蜜条件下漆酶活力最高，达到(14.8±0.7) U/mL。在CcPIE5-14中共表达GspInv获得菌株CcPIE5-14-GspInv-12，在mKjalke培养基中最高漆酶活性为(28.1±2.4) U/mL。利用糖蜜为碳源发酵制备漆酶时，共表达菌株CcPIE5-14-GspInv-12的最高漆酶活性为(20.1±2.7) U/mL，较出发菌株CcPIE5-14提高了2.24倍。发酵条件优化后，菌株CcPIE5-14-GspInv-12的最高漆酶活性为(44.6±2.6) U/mL，是优化前的2.22倍。结论 本研究成功构建了漆酶和蔗糖酶共表达菌株，菌株CcPIE5-14-GspInv-12能以廉价糖蜜为碳源高效表达碱性真菌漆酶PIE5。

摘要:UvrY是BarA/UvrY双组分系统的关键反应调节因子，在调控细菌毒力与环境适应性中起重要作用。 目的 探究UvrY对副溶血弧菌SH112株的生物学特性及致病性的调控作用。 方法 通过同源重组技术构建 uvrY基因缺失株(Δ uvrY)及其互补株(CΔ uvrY)，并采用生长曲线测定、运动能力(泳动和群集运动)、生物被膜形成、细菌竞争、HeLa细胞黏附能力与毒性实验，以及小鼠感染模型(组织载菌量和致死率分析)等多方面实验，系统比较野生株、缺失株和互补株的表型差异。 结果 与野生株相比，Δ uvrY菌株在指数生长后期表现出显著的生长缺陷；运动能力明显下降，其中泳动和群集运动分别降低了33%和70%，但生物被膜形成能力未受到显著影响。此外，Δ uvrY菌株对大肠杆菌的竞争抑制能力减弱，对HeLa细胞的黏附率降低了36.7%，细胞毒性下降了15.8%。小鼠感染实验进一步表明，Δ uvrY菌株的组织定殖能力显著降低，致病性减弱了75%。 结论 本研究揭示了UvrY通过调控副溶血弧菌的生长、运动性、竞争能力和宿主互作等过程在其致病机制中发挥关键作用，为深入理解BarA/UvrY双组分系统的调控网络提供了重要依据。

摘要:东北松嫩平原地区盐碱地分布广泛，是制约粮食产量的主要因素。植物内生菌可以促进植物生长，增强宿主植物的抗逆能力。前期试验发现，藿香(Agastache rugosa)具有强耐盐性。目的 从高盐胁迫下生长的藿香中分离、筛选耐盐碱内生细菌，进一步挖掘植物抗逆促生菌资源。方法 以在200 mmol/L NaCl条件下正常生长的藿香为材料，通过组织切块法分离内生细菌，采用平板法鉴定菌株的盐碱耐受性，并对其促生及抗菌能力进行评价。结果 从藿香幼苗的叶、茎、根中分离到内生细菌95株，其中20株可耐受15% NaCl，14株在pH 10.0条件下仍可生长。筛选出的优良耐盐菌株具有生长素(indole-3-acetic acid, IAA)合成、产铁载体及固氮等促生特性，18株对3种植物病原菌表现出拮抗活性。综合促生、耐盐及抑菌特性，经主成分分析筛选出YL-14、YS-35与YR-18菌株，分子生物学鉴定表明其均属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.)。在不同盐胁迫条件下，3种菌株处理均对藿香幼苗生长具有促进作用。在100 mmol/L盐胁迫下，YL-14、YS-35及YR-18菌株处理分别使藿香种子萌发率提高5.5%、8.5%和7.0%，根鲜重增加34.9%、124.0%和127.0%，而YS-35和YR-18分别促进主根伸长40.9%和49.5%。结论 本研究从藿香中分离筛选的内生细菌YL-14、YS-35及YR-18兼具优良的盐碱耐受性和促生特性，具备开发为抗逆促生菌剂的潜力，有望应用到其他作物中，为盐碱地的利用提供新的微生物资源。

摘要:目的 为了探究LPXTG基序锚定蛋白Lmo0130对单核增生李斯特氏菌EGD-e在感染致病中的影响，比较该菌EGD-e、lmo0130基因缺失株和回补株在生长、细胞和宿主感染等方面的差异。方法 构建单核增生李斯特氏菌lmo0130基因缺失株Δlmo0130和回补株CΔlmo0130，探究Lmo0130对单核增生李斯特氏菌的生长能力、细胞表面的细菌黏附与侵袭能力、细胞内的细菌增殖能力、细胞间的迁移能力，以及感染小鼠的存活能力和细菌定殖能力等方面的影响，从而阐明Lmo0130对单核增生李斯特氏菌在细胞和宿主感染中的作用。结果 LPXTG基序锚定蛋白Lmo0130有助于单核增生李斯特氏菌在细胞表面的黏附与侵袭、在细胞内的增殖、在感染小鼠组织中的定殖，并最终有助于在小鼠中的致病力，但对该菌的生长和胞间迁移能力无显著影响。结论 本研究阐明了Lmo0130在单核增生李斯特氏菌感染细胞和宿主中的作用。

摘要:目的 建立牛支原体(Mycoplasma bovis)、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida, P.m)和溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica, M.h)的三重qPCR检测方法，并开展规模化奶牛养殖场牛呼吸道疾病综合征(bovine respiratory disease complex, BRDC)的流行病学调查。方法 以实验室分离鉴定后纯化的菌株制备敏感性质控样品；选取国内主要流行株的保守基因，分别以牛支原体的uvrC基因、多杀性巴氏杆菌的Kmt1基因和溶血性曼氏杆菌的lktD基因作为靶标，建立多重探针和引物体系，优化反应体系参数，构建三重qPCR方法。验证该方法的敏感性、重复性和特异性，并与细菌分离鉴定方法进行符合率验证。利用该方法对1 252份临床疑似BRDC的样本进行病原学检测，分析病原的流行特征和时空分布特征。结果 三重qPCR方法的标准曲线R²值分别为0.998 6、0.994 6和0.998 6；牛支原体、多杀性巴氏杆菌和溶血性曼氏杆菌的最低检出量分别为2.50×10³、1.26×10³和7.50×10² CFU/mL。批内和批间变异系数均小于2%，仅3种菌的敏感性质控样品出现特异性扩增曲线。符合率试验结果显示，牛支原体、多杀性巴氏杆菌和溶血性曼氏杆菌与细菌分离鉴定方法的符合率分别为100.00%、98.40%和97.60%。流行病学调查显示，BRDC细菌性病原总阳性率为75.9% [95% confidence interval (CI), 73.4%-78.3%]，其中混合感染占比48.8%，冬季为高发期，北方地区阳性率显著高于南方(P<0.001)。结论 本研究建立的三重qPCR方法具有良好的特异性、稳定性和重复性，为我国BRDC主要病原的一步法检测提供了候选方案。本研究还分析了BRDC细菌病原的协同感染特征及地理-季节分布规律，为精准防控策略的制定提供了参考。

摘要:链霉菌种类繁多，以盛产抗生素而闻名，是极具研发价值的放线菌类群。然而，商业数据库中收录的链霉菌属菌种数量较少，这限制了基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)技术在链霉菌鉴定中的应用。目的 基于全基因组测序数据挖掘，建立链霉菌属菌种的MALDI-TOF MS数据库，并测试其准确性。方法 检索基因组数据库，提取已测序的链霉菌属菌种模式菌株的12种核糖体蛋白序列，并计算其理论MALDI质谱峰值，以这12个峰值的组合作为菌种鉴定依据建立数据库。收集模式菌株进行MALDI-TOF MS测试，将实测峰值与数据库中菌种的理论峰值进行比对，以测试建库方法及数据库比对结果的准确性。结果 建立了包含链霉菌属615个菌种的MALDI-TOF MS数据库。测试菌株的质谱均实现了与数据库中目标菌种的准确匹配。本研究还提出了基于数据库比对的菌种鉴定方法。结论 本研究建立的数据库为基于MALDI-TOF MS技术鉴定链霉菌奠定了基础。

摘要:目的 针对分离自江苏地区4个不同奶牛场的粪便和垫料样本中的旺兹沃思沙门菌进行耐药表型和基因组特征分析。方法 采用玻片凝集法复核血清型，K-B纸片扩散法检测耐药性；利用全基因组测序(whole-genome sequencing, WGS)结合生物信息学分析多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)类型、耐药基因和毒力基因特征，基于核心基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)数据构建系统发育树，分析分离株间的同源性及不同来源流行菌株间的进化关系。结果 7株分离株鉴定为旺兹沃思沙门菌，药敏试验结果显示其对14种抗生素均敏感。MLST均为ST1498，携带1个氨基糖苷类药物耐药基因aac(6')-Iaa和8类106个毒力基因。SNPs分析表明，有6株分离株的同源性较高，其中3株分离株的SNPs差异为0。结论 本研究从江苏省奶牛场中分离出罕见的ST1498型旺兹沃思沙门菌，该菌对测试的抗菌药物均未显示耐药性，携带1种耐药基因和多种毒力基因。发现同一奶牛场存在旺兹沃思沙门菌的克隆传播现象，提示应加强奶牛场中沙门菌的监测，以减轻潜在的流行病学风险。