摘要:[目的] 洞穴被认为是黑暗、寡营养的极端环境，是研究深地生物圈的天然实验室。洞穴内部小生境丰富，不同洞穴水文条件和环境因子等差异大，尽管微生物群落在不同的洞穴中均显示出较强的生境特异性，但对不同相态（固相和液相）环境样本中微生物群落的环境驱动机制以及群落构建的生态学过程的认识却十分薄弱。为了回答上述科学问题。[方法] 本文选择了桂林地区典型的喀斯特洞穴罗汉肚洞，针对洞穴中不同生境（岩壁、沉积物、水潭积水、滴水和地下河河水）进行系统采样以及16S rRNA扩增子的高通量测序分析和理化参数的测试。[结果] 结果表明洞穴中不同生境微生物群落结构具有显著的生境特异性。岩壁样品以放线菌门（Actinobacteria）为优势类群，沉积物中的优势类群则为酸杆菌门（Acidobacteria），所有水样微生物群落均以g-变形菌纲（Gammaproteobacteria）为主。温度、风化指数以及SO42-浓度显著影响罗汉肚岩壁和沉积物等固相样本中微生物的群落结构，其中USCg和假单胞菌属（Pseudomonas）与温度呈正相关，假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）、土壤红色杆形菌（Solirubrobacter）和芽单胞菌属（Gemmatimonas）则与温度显著负相关。而滴水、水潭积水以及地下河河水等液相样本中微生物群落则与电导率（EC）和溶解氧（DO）的含量显著相关。细菌群落的共生网络具有明显的模块性，不同微生物类群间以正相关的合作关系为主，以共同抵抗洞穴中的极端条件。固相样本中群落构建确定性过程（48.75%）与随机性过程（51.25%）的贡献基本相等，但液相样本中微生物的群落构建则以随机过程占主导（64.76%）。[结论] 本研究结果首次揭示了洞穴微生物在不同相态样品中微生物群落的分布规律以及环境驱动机制、网络互作方式以及群落构建等生态学过程的差异，为深刻认识洞穴这一深地生物圈的微生物空间分布特征及微生物与环境之间以及不同微生物类群之间的相互作用提供了新的视角。