摘要:以《伯杰氏系统细菌学手册》第1卷(1984年)等为主要依据,对从江苏省黄海盐场晒盐池分离到的H_5菌株进行了鉴定。结果表明,H_5菌株符合盐单胞菌属(Halomonas)的特征。但该菌株的形态、生理生化特性及DNA中G十C mol％等又不同于该属中的已知种。同时,H_5菌株与该属中的相关种——伸长盐单胞菌(Halomonas elongata ATCC 33173)的DNA杂交率为44.7％。因而将H_5菌株鉴定为盐单胞菌属的一个新种,命名为黄海盐单胞菌(Halomonas huanghaiensis sP. Nov.),且H_5菌株作为模式株。

摘要:【目的】探究Fe3O4纳米颗粒(Fe3O4 nanoparticles,Fe3O4 NPs)与坎帕尼亚盐单胞菌(Halomonas campaniensis) XH26共培养后的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)，明确Fe3O4 NPs促进XH26胞内四氢嘧啶积聚量增长的分子机制。【方法】设置空白组(C,0 g/L)、低浓度组(L,0.01 g/L)、中浓度组(M,0.10 g/L)和高浓度组(H,0.50 g/L)的Fe3O4 NPs与菌株XH26共培养。采用Illumina Hiseq 300PE进行转录组测序，探究菌株不同浓度组的DEGs，并采用RT-qPCR验证关键的DEGs。【结果】与空白C组相比，M组四氢嘧啶的积累量提高了55.67%(708.87 mg/L)，M组和H组的亚铁离子和抗氧化能力显著升高，而H组的羟基自由基含量高于M组。转录组学分析显示，M组中与菌株XH26胞内代谢相关的DEGs富集于精/脯氨酸代谢(13个)、氮代谢通路(11个)、硫代谢通路(10个)，主要功能与四氢嘧啶合成通路(11个)、电子传递途径(7个)及抗氧化酶系(5个)相关。RT-qPCR验证了四氢嘧啶合成代谢关键基因lysC、asd和基因簇ectABC，精氨酸(arginine,Arg)代谢通路基因astA/B/D/E以及尿素循环基因argE/H的表达趋势，与RNA-seq测序结果相一致。【结论】四氢嘧啶是细菌细胞和生物大分子重要的稳定保护剂。Fe3O4 NPs胁迫下菌株XH26胞内的活性氧(reactive oxygen species,ROS)增多，且影响胞内的氨基酸和氮代谢过程。菌株XH26通过提升抗氧化能力，增加胞内的四氢嘧啶积聚量，以应对Fe3O4 NPs的胁迫作用。

摘要:盐渍化是世界性的土壤问题，植物促生根际细菌（plant growth-promoting rhizobacteria，PGPR）在盐碱地改良和促进植物生长方面具有独特优势。柽柳是典型的盐生植物，筛选其根际微生物并研究其促生效果与促生机制，以此开发微生物菌肥，具有重要的应用价值。【目的】筛选耐盐碱植物柽柳的根际微生物，对其基本特性、耐盐碱能力、促生功能及促生效果进行评估。【方法】从新疆巴楚境内野生柽柳根际土壤中筛选出一株耐盐碱细菌菌株Bachu 26；通过形态学观察、生理生化特性测定和16S rRNA基因序列分析，对该菌株进行鉴定；利用不同盐浓度（0%–20%）和不同pH （7.0–13.0），对菌株Bachu 26的耐盐耐碱能力进行测定；采用多种功能鉴定培养基测定其促生功能，并对生长素吲哚乙酸（indole-3-acetic acid，IAA）进行定量测定；通过二分格培养皿实验验证菌株产生挥发性酸性物质的能力；在普通培养皿上将拟南芥幼苗与菌株Bachu 26共培养，分析菌株对拟南芥幼苗的促生作用；在二分格培养皿上将拟南芥与Bachu 26隔离培养，分析菌株产生的挥发性酸性物质对拟南芥幼苗的促生作用；用盆栽法分析该菌株对玉米幼苗的促生作用。【结果】菌株Bachu 26为盐单胞菌属（Halomonas），将其命名为Halomonas sp.Bachu 26，该菌株生长最高耐受盐浓度达20%，耐受的最高pH值为11.0。菌株Bachu 26具有溶解有机磷、固氮、产1-氨基环丙烷-1-羧酸脱氨酶（1-aminocyclopropane-1-carboxylicacid deaminase，ACC）、IAA和挥发性酸性物质的能力，其中IAA产量可达45.885 6 mg/L。菌株Bachu 26可显著提高拟南芥幼苗在盐碱胁迫条件下的鲜重、侧根数、主根长和叶片数；盆栽实验中可显著提高玉米在盐碱胁迫下的地上鲜重、地下鲜重和株高。【结论】新分离Bachu 26具有显著的耐盐碱促生效果，为后期盐碱地的改良和耐盐碱促生微生物肥料的开发提供了材料和理论支持，同时可以促进对盐单胞菌的应用和基础研究。

摘要:【目的】为了精准地判定产铁载体嗜盐新菌株JSM 104105在盐单胞菌科(Halomonadaceae)[t1] 中的系统发育地位。【方法】采用基于16S rRNA基因、DNA促旋酶B亚基基因(DNA gyrase B subunit gene, gyrB)和核糖核酸聚合酶σ因子RpoD基因(RNA polymerase sigma factor RpoD gene, rpoD)序列的多位点序列分析方法(multilocus sequence analysis, MLSA)，对菌株JSM 104105的系统发育地位进行初步分析；采用比较基因组学分析(comparative genomics analysis)，分析该菌株与其系统发育关系密切的典型菌株之间的GC含量、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)和数字DNA-DNA杂交值(digital DNA-DNA hybridization, dDDH)，并进行基因组系统发育学分析(phylogenomic analysis)，更准确地判定菌株JSM 104105在盐单胞菌科中的系统发育地位。【结果】MLSA分析结果表明，无论是单基因序列分析，还是多基因串联序列分析，对盐单胞菌科各分类单元以及菌株JSM 104105的系统发育地位都能提供较为一致的结果。分析表明，菌株JSM 104105归属于盐单胞菌科盐单胞菌属(Halomonas)，与该属的Halomonas gudaonensis、Halomonas azerbaijanica和Halomonas lysinitropha的系统发育关系较密切，它们在系统进化树上形成稳定亚簇(subcluster)，其中菌株JSM 104105占据稳定的独立进化分支。尽管它们之间的16S rRNA基因序列相似性较高，为97.3%-98.9%，但菌株JSM 104105很难归属于其中任何已知物种。比较基因组学分析结果确认了这一判断。菌株JSM 104105与系统发育关系密切的H. gudaonensis CGMCC 1.16133T、H. azerbaijanica TBZ202T和H. lysinitropha 3(2)T的ANI值(78.9%-91.6%)和dDDH值(22.1%-43.7%)，均显著低于界定原核生物物种的阈值(ANI，95%-96%；dDDH≥70%)。基因组系统发育分析结果表明，菌株JSM 104105明确构成盐单胞菌属独立的亚分支(subclade)。【结论】从分子系统发育学视角精准地判定产铁载体嗜盐细菌JSM 104105归属于盐单胞菌科盐单胞菌属，与该属的已知物种H. gudaonensis、H. azerbaijanica和H. lysinitropha的系统发育关系最密切，但不能归属于该属的已知种，应该代表了一个新的基因种(genospecies)。

摘要:野生型坎帕尼亚盐单胞菌(Halomonas campaniensis)经9轮紫外循环诱变，获得1株高产四氢嘧啶(ectoine)的突变菌株G9-72，关于菌株差异表达基因、蛋白质以及四氢嘧啶产量暴发的分子机制有待深入探讨。目的 探讨野生菌株XH26和突变菌株G9-72的差异表达基因或蛋白质(differential expression genes/proteins, DEGs/DEPs)，并关联分析四氢嘧啶高效积聚的分子响应机制。方法 在无盐和1.5 mol/L NaCl条件下培养菌株XH26和G9-72，利用Illumina HiSeq高通量测序和定量质谱蛋白组学技术分析菌株转录组-蛋白质组学的差异变化，并采用逆转录定量PCR对显著DEGs的表达进行验证。结果 转录组学筛选出11条氨基酸代谢通路(涉及44个DEGs)与四氢嘧啶合成代谢相关；蛋白组学筛选出10条氨基酸代谢通路(涉及50个DEPs)与四氢嘧啶合成代谢相关。转录-蛋白关联分析筛选出15个显著DEGs，其中7个基因(ectB、betB、betA、asd、doeD、doeC、gabD)在2个组学中表达上调；4个基因(ItaE、gdhA、gabT、acnB)在2个组学中表达下调；3个基因(gltD、atoB、narG)在转录组学中下调，而在蛋白组学中表达上调；基因narK在转录组学中表达上调，但在蛋白组学中未检测到表达。RT-qPCR验证结果与RNA-seq测序分析一致。结论 突变菌株四氢嘧啶的积聚量暴发与代谢通路的关键基因有关(合成基因asd和ectB，分解基因doeD和doeC)，与代谢通路上游的参与基因间接相关(betB、betA、ItaE、gltD、gadA和acnB)，以及四氢嘧啶的生物合成与Ala/Asp/Glu/His代谢途径(gabD、gdhA、gabT、atoB)和氮源代谢(narK和narG)高度关联。

摘要:摘要:【目的】确定一株分离自海水的异养硝化-好氧反硝化菌的系统发育地位并探索其脱氮特性和机理，以期为解释异养硝化-好氧反硝化机理以及改进海水养殖及废水的生物脱氮工艺提供理论依据。【方法】通过形态观察、生理生化实验和16S rRNA 基因序列分析，鉴定该菌株;通过测定菌株在不同无机氮源降解测试液中的生长和脱氮效率，分析其异养硝化和好氧反硝化性能。【结果】经鉴定该菌株属于盐单胞菌属(Halomonas);最适生长条件为盐度3%、pH 8.5、温度28℃、碳氮比10:1，在盐度为15% 的培养液中仍能生长;可以同时去除氨氮、亚硝酸氮和硝酸氮，24 h 时对NH+4－N、NO－2－N、和NO－3－N的去除率可分别达到98.29%、99.07%、96.48%，3种形态无机氮同时存在时，会优先利用NH+4－N，且总无机氮去除率较单一存在时更高，说明该菌株可实现同步硝化反硝化。【结论】该分离自海水的异养硝化-好氧反硝化菌属于盐单胞菌属(Halomonas) ，在高盐环境中仍能生长，同时具有高效的异养硝化和好氧反硝化能力，能够独立完成脱氮的全部过程。

摘要:利用紫外诱变获得的一株高产四氢嘧啶(ectoine)的突变型坎帕尼亚盐单胞菌(Halomonas campaniensis) G9-72，其突变位点、分子变异和高产四氢嘧啶的机制未知。【目的】 探讨野生型菌株XH26与突变菌株G9-72的突变位点与分子遗传变异机制，明确四氢嘧啶积聚量暴发的可能原因。【方法】 采用PacBio Sequel II平台进行全基因组测序，分析突变菌株的突变基因位点，结合氨基酸代谢通路分析突变基因与四氢嘧啶合成代谢的关联性，并进行RT-PCR验证。【结果】 全基因组测序结果显示野生菌株XH26的基因组4.11 Mb，编码基因3 927个。突变菌株G9-72的基因组存在35个突变位点，包括18个单核苷酸多态性突变、14个插入突变和3个缺失突变。代谢通路的关联分析显示：突变基因argF、coaBC和livH分别编码鸟氨酸氨甲酰基转移酶(NCBI数据库蛋白ArgF相似度100.00%)、磷酸泛酰半胱氨酸脱羧酶(蛋白CoaBC相似度99.28%)和支链氨基酸ABC转运体渗透酶(与蛋白LivH相似度96.27%)，分别参与延胡索酸、柠檬酸的合成以及增加支链氨基酸的吸收转运。上游代谢物的流量增加可能是突变菌株四氢嘧啶积聚量暴发的关键原因。RT-PCR验证四氢嘧啶代谢通路相关的20个基因，转录表达水平与预期分析相一致。【结论】 突变基因argF、coaBC和livH的过表达增强四氢嘧啶合成的代谢流，与突变菌株四氢嘧啶积聚量的暴发有关，此为后续突变菌株酶分子的反应机制研究和发酵生产提供参考依据。

摘要:【目的】探究盐适应条件下坎帕尼亚盐单胞菌（Halomonas campaniensis）的差异基因表达水平，挖掘四氢嘧啶（ectoine）合成代谢相关联的差异基因。【方法】设置无盐组NS（0 mol/L NaCl）、中盐组MS（1.5 mol/L NaCl）和高盐组HS（2.5 mol/L NaCl），培养H. campaniensis XH26菌株，利用Illumina HiSeq测序进行转录组学分析，筛选四氢嘧啶合成代谢关联的差异基因，并进行qRT-PCR验证。【结果】菌株XH26胞内四氢嘧啶的积累量与盐度变化密切相关，1.5 mol/L NaCl时积聚量最大为419.2 mg/L。转录组测序（n=3/组）能定位到基因组测序序列的数量统计为87.24%-95.87%，共注释操纵子748个（涉及2 182个基因），转录起始-终止位点941个，预测新转录本456个，上调基因385个和下调基因326个（涉及245个KEGG通路）。组间NS vs MS分析表明，合成基因ectABC和lysC表达上调以促进四氢嘧啶生成，关联基因gltB、gltD、davT、hisD、alh-9、betA、acnB、pckA以及gadA表达上调，参与四氢嘧啶合成关联通路的上游调控。比较组MS vs HS分析表明，基因ectA、acnB、pckA、gadA和gdhA表达下调致使四氢嘧啶产量减少。qRT-PCR验证结果与组学测序的表达趋势相一致。【结论】四氢嘧啶生物合成与Asp（或天冬氨酸半缩醛）、上游氨基酸代谢网络（Asn、Glu、Gln和His）以及三羧酸循环（琥珀酸、延胡索酸和草酰乙酸）密切相关，此为后续四氢嘧啶合成途径的优化和代谢通路的整合设计提供重要的参考依据。