摘要:[目的] 本研究旨在明确蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis，简称球囊菌）菌丝和孢子中环状RNA（circular RNA，circRNA）的数量、种类和表达谱差异，并探讨共有circRNA、特有circRNA和差异表达circRNA（differentially expressed circRNA，DEcircRNA）在菌丝与孢子中的潜在作用。[方法] 基于前期获得的球囊菌菌丝（AaM）和孢子（AaS）的高质量RNA-seq数据，利用find_circ软件预测circRNA。通过Venn分析筛选AaM和AaS的共有circRNA和特有circRNA。根据P ≤ 0.05且|log2 fold change|≥ 1的标准筛选AaMvs.AaS比较组的DEcircRNA。通过比对GO和KEGG数据库对circRNA的来源基因进行功能和通路注释。利用TargetFinder软件预测circRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的mRNA。采用Cytoscape软件对竞争性内源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）调控网络进行可视化。通过RT-qPCR对DEcircRNA进行验证。[结果] AaM和AaS中分别含有13210156和19011000条短序列读段（anchors reads），其中分别有6124922和11392886条能够比对上球囊菌参考基因组。在AaM和AaS中分别鉴定到1868个和2225个circRNA，二者共有的circRNA为1098个，AaM的特有circRNA为770个，AaS的特有circRNA为1127个。AaM和AaS的circRNA长度主要介于1000-2000 nt，基因间区circRNA为主要环化类型。AaMvs.AaS比较组包含456个上调circRNA和97个下调circRNA。共有circRNA的来源基因可注释到29个功能条目和14类通路；AaM的特有circRNA的来源基因可注释到31个功能和17类通路；AaS的特有circRNA的来源基因可注释到34个功能条目和16类通路；DEcircRNA的来源基因可注释到29个功能条目和40条通路。调控网络分析结果显示，36个共有circRNA靶向4个miRNA进而调控6个与内吞作用通路相关的靶mRNA；4（255）个AaM（AaS）的特有circRNA靶向2（2）个miRNA进而调控8（2）个次级代谢产物生物合成通路相关的靶mRNA；9个DEcircRNA靶向2个DEmiRNA进而调控3个MAPK信号通路相关的DEmRNA。RT-qPCR结果显示10个DEcircRNA的表达趋势与测序数据一致，证实了测序数据的可靠性。[结论] 球囊菌菌丝和孢子的共有circRNA、特有circRNA和DEcircRNA可能通过调控来源基因表达和充当ceRNA的方式调节球囊菌的物质和能量代谢、内吞作用、次级代谢产物生物合成和MAPK信号通路，进而影响球囊菌菌丝生长、孢子萌发和致病性。

摘要:[目的] 蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis，简称球囊菌）专性侵染蜜蜂幼虫而导致白垩病，危害蜜蜂健康和养蜂生产。本研究旨在探究中华蜜蜂（Apis cerana cerana，简称中蜂）6日龄幼虫响应球囊菌胁迫的环状RNA（circular RNA，circRNA）差异表达谱及差异表达circRNA（differentially expressed circRNA，DEcircRNA）在宿主胁迫应答中的潜在功能。[方法] 利用去除线性RNA的circRNA-seq技术对正常和球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道（AcCK和AcT）进行测序。利用find_circ软件鉴定circRNA，统计circRNA的长度和环化类型。根据|log2（Fold change）|≥1和P≤0.05的标准筛选DEcircRNA。将DEcircRNA的来源基因比对Gene ontology（GO）数据库和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）数据库，从而获得功能及通路（pathway）注释。随机挑选3个DEcircRNA进行RT-qPCR验证。[结果] AcCK和AcT的circRNA-seq分别得到76342570和68269362条原始读段（raw reads），经严格质控得到74524108和66974392条有效读段（clean reads），Q30分别为92.75%和94%，GC含量分别为54.31%和54.90%。比对上东方蜜蜂（Apis cerana）参考基因组的短序列读段（anchor reads）共计23648400条。AcCK和AcT中分别鉴定到805和702个circRNA，长度均介于201-1000 nt，数量最多的环化类型均为已注释外显子circRNA，但分布在不同长度、不同环化类型的circRNA数量存在差异。AcCK vs AcT比较组共有494个DEcircRNA，包括257个上调circRNA和237个下调circRNA；上调和下调幅度最大的circRNA分别为novel_circ_000123和novel_circ_000726。上述DEcircRNA的来源基因可注释到11条生物学进程相关条目，9条分子功能相关条目，9条细胞组分相关条目，以及73条通路。进一步分析发现，部分DEcircRNA的来源基因注释到7条细胞免疫通路和3条体液免疫通路。[结论] 中蜂6日龄幼虫响应球囊菌胁迫的过程中可能通过改变分布在不同长度和环化类型的circRNA数量，以及特异性表达一些circRNA和调节部分circRNA的表达量对病原产生应答；novel_circ_000027、novel_circ_000127、novel_circ_000312等DEcircRNA在宿主的胁迫应答过程中可能通过调控氧化磷酸化、细胞和体液免疫等通路发挥特殊作用。研究结果为深入理解中蜂幼虫对球囊菌的胁迫应答机制及二者的相互作用机制提供了新见解。