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何湘 , 刘大伟 , 孙忠科 , 王芳 , 姜铮 , 赵红庆 , 陈宣男 , 黄留玉 , 袁静

2008, 48(11):1451-1458.

[摘要](18921) [HTML](0) [PDF 717.24 K](3258)

摘要:
摘要：【目的】以本实验室前期构建的长双歧杆菌NCC2705菌株蛋白质参考图谱为基础，研究长双歧杆菌发酵乳糖和葡萄糖的比较蛋白质组学。【方法】采用ImageMaster 2D Elite Platnum Version 5.0 比较分析3倍以上蛋白差异点；利用MALDI-TOF进行差异蛋白鉴定, 每个蛋白质点的肽指纹图谱在长双歧杆菌NCC2705菌株的蛋白质数据库用Mascot进行检索；采用Pro-Q磷酸化试剂进行磷酸化蛋白的染色。【结果】鉴定到31个蛋白表达发生显著变化，在乳糖发酵中14 个蛋白上调17个蛋白下调。这些蛋白为亲水性酸性蛋白，它们基因的CAI值均在0.5以上，主要包括糖代谢相关蛋白、应激蛋白、转录和翻译相关蛋白，还有一些未知功能的蛋白。此外，有两个蛋白：转醛缩酶（BL0715，transaldolase，tal）L3蛋白点和丙酮酸激酶（BL0988, pyruvate kinase, pyk）G9蛋白点发生了磷酸化作用。【结论】长双歧杆菌NCC2705在乳糖中生长快于葡萄糖，它们的降解途径是相同的；转醛缩酶和丙酮酸激酶发生了翻译后修饰作用，推测转醛缩酶在43T和47S发生了磷酸化，而丙酮酸激酶在65S发生了磷酸化。

2 稳定性同位素核酸探针技术DNA-SIP 原理与应用

贾仲君

2011, 51(12):1585-1594.

[摘要](5137) [HTML](0) [PDF 738.15 K](7422)

摘要:
摘要:稳定性同位素核酸探针技术DNA-SIP(Stable isotope probing)，是将复杂环境中微生物物种组成及其生理功能耦合分析的有力工具。微生物的体积在μm 尺度，因此，自然环境中微生物群落在μm 尺度下生理过程的发生、发展，其新陈代谢物质在环境中累积与消减的动力学变化规律，形成了微生物生理生态过程，决定了不同尺度下生态系统物质和能量的良性循环。利用稳定性同位素示踪复杂环境中微生物基因组DNA，实现了单一微生物生理过程研究向微生物群落生理生态研究的转变，能在更高更复杂的整体水平上定向发掘重要微生物资源，推动微生物生理生态学和生物技术开发应用。本文重点探讨了DNA-SIP 的技术原理、主要技术瓶颈及对策，初步展望了DNA-SIP 为基础的环境微生物基因组学发展趋势。

3 高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用

秦楠 , 栗东芳 , 杨瑞馥

2011, 51(4):445-457.

[摘要](5066) [HTML](0) [PDF 1.14 M](5858)

摘要:
摘要：20世纪70年代发明的核酸测序技术为基因组学及其相关学科的发展做出了巨大贡献，本世纪初发展的以Illumina公司的Solexa，ABI公司的SOLiD，和Roche公司的454技术为代表的高通量测序技术又为基因组学的发展注入了新活力。本文在阐述这些技术的基础上，着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用。

4 丝状真菌红褐肉座菌（Hypocrea jecorina）纤维素酶基因的转录调控研究进展

辛琪 , 徐金涛 , 汪天虹 , 刘巍峰 , 陈冠军

2010, 50(11):1431-1437.

[摘要](4778) [HTML](0) [PDF 709.24 K](2160)

摘要:
摘要：红褐肉座菌（Hypocrea jecorina, 即Trichoderma reesei的有性型）是工业上重要的纤维素酶生产菌株，也是用于研究纤维素酶和半纤维素酶基因转录调控机制的模式菌株。在诱导物存在的条件下，H. jecorina可以迅速启动这些糖苷水解酶基因的转录表达，但不同的诱导物对纤维素酶和半纤维素酶基因的诱导表达模式存在一定差异。目前对不溶性诱导物如结晶纤维素如何诱导这些基因的起始转录问题有三种假设；并且已发现某些参与调控纤维素酶基因转录的正调控因子(Xyr1、Ace2、Hap2/3/5)和负调控因子(Ace1、Cre1)，这些调控因子可在纤维素酶基因启动子上结合且彼此间可能发生相互作用。本文系统综述了红褐肉座菌纤维素酶基因转录表达调控中的关键因素及其相互作用的相关研究进展。

5 RIG-I样受体与RNA病毒识别

秦成峰 , 秦鄂德

2008, 48(10):1418-1423.

[摘要](3833) [HTML](0) [PDF 454.70 K](2586)

摘要:
RIG-I样受体（RIG-I like receptors，RLR）是一类新发现的模式识别受体，能够识别细胞质中的病毒RNA，通过RLR级联信号诱导干扰素和促炎症细胞因子的产生，对抗病毒天然免疫的建立起着非常重要的作用。RLR信号通路既受宿主的严格调控，也能够作为病毒逃避宿主干扰素反应的靶点。本文重点讨论了RLR及其在RNA病毒识别和抗病毒天然免疫中的作用。

6 在基于BAC的EB病毒基因组中引入突变

卢建红 , 唐运莲 , 周鸣 , 武明花 , 欧阳珏 , 高建明 , 张荔茗 , 李丹 , 陈琼 , 熊炜 , 李小玲 , 唐珂 , 李桂源

2008, 48(3):385-390.

[摘要](3471) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](3010)

摘要:
为了在Epstein-Barr病毒(EBV)172kb的基因组中引入突变以研究基因功能, 建立了一种简单有效的基因操作方法。在载体pcDNA3.1(+)上操作, 将两端含有重组蛋白FLP识别位点(FRT)的卡那霉素筛选标记基因(kan)与鼻咽癌(NPC)来源的、包含LMP1基因全长ORF的gDNA“无缝”连接(无外源序列插入)。连接后的kan-LMP1线性DNA片段经转化、由λ噬菌体中redαβγ系统介导在E.coli中发生同源重组(ET克隆), 用kan-LMP1替代了BAC-EBV(p2089)中相应的LMP1基因区域, 然后经过重组蛋白FLP对FRT-kan-FRT特异性的识别, 切除了引入的kan基因, 留下一个69bp的FRT“疤痕”。通过抗性筛选和对菌液进行PCR扩增可以鉴定突变子。这种经改进并程序化的方法, 也适应于引入其它突变或在其它BAC-疱疹病毒基因组中引入突变。

7 单菌多次级代谢产物方法及其在微生物代谢产物研究中的应用

韦洪娟 , 林贞建 , 李德海 , 顾谦群 , 朱天骄

2010, 50(6):701-709.

[摘要](3193) [HTML](0) [PDF 1.07 M](3285)

摘要:
摘要：微生物次级代谢产物的结构多样性赋予其广泛的生物活性，是药物先导化合物的重要来源。然而传统单一的培养方法，使微生物中大量的代谢途径不能被表达，以至于许多代谢产物不能产生。因此，运用各种技术和方法激活这些沉默途径，获得结构多样的代谢产物已成为目前关注的热点。一株菌多种次级代谢产物（One strain many compounds, OSMAC）策略作为一种简便有效的研究手段，已成功应用于该领域的研究。本文综述了OSMAC策略中常用的研究手段（包括改变培养状态、混合培养及添加酶抑制剂等），以及OSMAC与基因组扫描技术相结合的研究进展，并介绍了本研究室利用此方法对高产细胞松弛素的海洋来源真菌曲丽穗霉（Spicaria elegans KLA03）进行研究的部分结果。

8 植物根际促生菌的筛选及鉴定

康贻军 , 程洁 , 梅丽娟 , 殷士学

2010, 50(7):853-861.

[摘要](3177) [HTML](0) [PDF 1.15 M](2332)

摘要:
摘要：【目的】植物根际促生菌(PGPR)和植物的互作关系往往不稳定，PGPR菌群有可能提高菌株对野外环境的适应性。为此，本文根据PGPR促生机制的多样性，从不同植物根际土壤进行了PGPR的筛选及鉴定。【方法】首先，按照固氮、解磷、解钾、拮抗6种常见病原真菌，同时能在植物根际定殖为基本初筛标准，然后在实验室条件下测定初筛菌株的多项促生能力(PGP)，最后通过生理生化试验和16S rRNA基因序列分析对所筛菌株进行鉴定。【结果】从江苏扬州、盐城等地土壤样品筛选出14株PGPR，具有体外抑菌、产NH3、产IAA

9 高通量测序和DGGE分析土壤微生物群落的技术评价

夏围围 , 贾仲君

2014, 54(12):1489-1499. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.12.012

[摘要](3079) [HTML](0) [PDF 1.48 M](7172)

摘要:
摘要:【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE)指纹图谱技术，评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤，以16S rRNA基因为标靶，通过高通量测序和DGGE技术分析土壤微生物群落的组成、丰度和多样性，比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性。【结果】在不同的微生物分类水平，高通量测序草地土壤检测到22门，54纲，60目，131科，350属;而DGGE仅检测到6门，9纲，8目，10科，10属，表明DGGE显著低估了土壤微生物的群落组成。森林土壤也得到了类似规律，高通量测序的检测灵敏度是DGGE的3.8、6.7、6.4、19.2及39.4倍。进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度，发现分类水平越低，高通量测序与DGGE的结果差异越大，尤其在科和属的水平上差异最大。以高通量测序结果为标准，DGGE明显高估了土壤中大多数微生物类群的相对丰度，最高可达2000倍。两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林土壤，但DGGE多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果。【结论】高通量测序能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构，而DGGE仅能够反映有限的优势微生物类群，在很大程度上极可能低估土壤微生物的物种组成并高估其丰度。

10 一个新的古菌类群———奇古菌门(Thaumarchaeota)

张丽梅 , 贺纪正

2012, 52(4):411-421.

[摘要](3005) [HTML](0) [PDF 204.47 K](7332)

摘要:
摘要: 基于16S rRNA 基因的系统发育关系，古菌域( Archaea ) 被分为两个主要类群: 广古菌门(Euryarchaeota) 和泉古菌门(Crenarchaeota)。近20 年来，微生物分子生态学技术的快速发展和应用显示，在中温环境中广泛存在着大量的未培养古菌，而且它们可能在自然界重要元素(N、C) 的生物地球化学循环中发挥着重要作用。最初，这些未培养古菌因在16S rRNA 基因系统发育上与泉古菌关系较密切而被称作中温泉古菌( non-thermophilic Crenarchaeota)。而近年来，对更多新发现的中温古菌核糖体RNA 基因序列和其它分子标记物进行的分析均不支持中温泉古菌由嗜热泉古菌进化而来的假设，而揭示其可能代表古菌域中一个独立的系统发育分支。基因组学、生理生态特征等分析也显示中温泉古菌与泉古菌具有明显不同的特征。因而专家建议将这些古菌( 中温泉古菌) 划分为一个新的门，成为古菌域的第三个主要类群—Thaumarchaeota( 意译为奇古菌门)。这一新古菌门提出后得到其他研究证据的支持和认可。本文对目前已知的奇古菌门的分类地位演化、基因组学、多样性和生理代谢特征等作一简要综述。

11 砷的微生物转化及其在环境与医学应用中的研究进展

张旭 , 于秀敏 , 谢亲建 , 李红玉

2008, 48(3):408-412.

[摘要](2903) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](3937)

摘要:
砷广泛分布于自然界中, 近年来砷污染及砷中毒事件在全球范围内的频繁发生, 严重威胁着全球上千万人口的健康。砷的迁移与转化等地球化学行为的研究对探明环境中砷的来源以及砷污染整治的方法至关重要。越来越多的研究表明, 自然界中的微生物广泛参与了砷的地球化学循环, 在砷的迁移与转化过程中起到关键作用。综述了近年来砷的微生物转化及其相关酶类与编码基因等的研究进展, 同时结合作者的工作分析与展望了砷的微生物转化在环境与医学中的应用前景。

12 大肠杆菌外膜蛋白ompW基因敲除菌的构建及其对两种抗生素的敏感性

吴贤斌 , 邹海杰 , 田丽花 , 潘建义 , 赵辅昆

2012, 52(8):1021-1026.

[摘要](2874) [HTML](0) [PDF 1.25 M](2732)

摘要:
摘要:探讨大肠杆菌ompW基因敲除后，硫酸新霉素和氨苄青霉素对敲除菌最低抑菌浓度(MIC)和生存率的影响，进而分析OmpW 的功能。【方法】运用Red 重组技术将大肠杆菌K12 染色体上基因ompW 敲除，构建缺陷株ΔompW。然后分别测定硫酸新霉素和氨苄青霉素对正常菌和ΔompW 菌的最小抑菌浓度(MIC)及次抑菌浓度(1/2 MIC)下K12 和ΔompW 菌的生存率。【结果】经PCR 鉴定和通过提取膜蛋白进行western blot分析表明，成功获得ompW 敲除菌。抗生素分析表明，K12 菌对硫酸新霉素的MIC 为8.0μg/mL，生存率为98.0%;ΔompW菌对新霉素的MIC为1.7μg/mL，而其生存率仅为39.0%。而k12对氨苄新霉素的MIC为16.0μg/mL，ΔompW为3.3μg/mL;1/2MIC下K12生存率为70.4%，而ΔompW 为30.3%。【结论】ompW基因缺陷株对两抗生素的敏感性大大增强，表明ompW 在细菌抗性方面起着关键作用。

13 过量表达NADH氧化酶加速光滑球拟酵母合成丙酮酸

董志姚 , 李秀芬 , 刘立明 , 堵国成 , 陈坚

2008, 48(8):1061-1066.

[摘要](2834) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](2498)

摘要:
【目的】进一步提高光滑球拟酵母(Torulopsis glabrata)发酵生产丙酮酸的生产强度。【方法】将来源于乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)中编码形成水的NADH氧化酶noxE基因过量表达于丙酮酸工业生产菌株T. glabrata CCTCC M202019中，获得了一株NADH氧化酶活性为34.8 U/mg 蛋白的重组菌T. glabrata-PDnoxE。【结果】与出发菌株T. glabrata CCTCC M202019相比，细胞浓度、葡萄糖消耗速率和丙酮酸生产强度分别提高了168%、44.9%和12%，发酵进行到36 h葡萄糖消耗完毕。补加50 g/L葡萄糖继续发酵20 h，则使丙酮酸浓度提高到67.2 g/L。葡萄糖消耗速度和丙酮酸生产强度增加的原因在于形成水的NADH氧化酶过量表达，导致NADH和ATP含量分别降低了18.1%和15.8%，而NAD+增加了11.1%。【结论】增加细胞内NAD+含量能有效地提高酵母细胞葡萄糖的代谢速度及目标代谢产物的生产强度。

14 细菌CRISPR-Cas系统的研究进展

胡丽 , 陈实

2017, 57(11):1643-1652. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20170162

[摘要](2680) [HTML](821) [PDF 1.20 M](4023)

摘要:
获得性免疫长期以来被视为真核生物所独有，而CRISPR-Cas系统的发现则打破了这一定论。它是广泛存在于细菌和古菌中的一种获得性免疫系统，通过捕获整合初次感染的外源核酸片段，在Cas蛋白与crRNA（CRISPR RNAs）的共同作用下抵御相同核酸的再次入侵，以保护宿主免受侵扰。近些年，CRISPR-Cas系统得到广泛的关注和研究。本文主要从细菌微生物角度，对系统分类、作用机制及原核领域应用等取得重要突破的研究进行扼要阐述，为CRISPR-Cas系统的深入探究和应用拓展提供有价值的参考信息。

15 土壤微生物总DNA的提取和纯化

张瑞福曹慧崔中利李顺鹏樊奔

2003, 43(2).

[摘要](2663) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](7015)

摘要:
本文建立了从土壤中提取总DNA的方法，并通过改进使适合于对革兰氏阳性菌的提取。用9种性质不同的土壤进行验证，均提取到了DNA，每克干土的DNA提取量从3.30μg～13.41μg，通过透析袋回收进行纯化，纯化回收率达到65.34%，纯化后的土壤DNA可以直接扩增出16S rDNA。9种土壤的提取率从60.51%～93.45%，可以从每g干土添加362个菌体的土壤中扩增到目的条带。

16 细胞自噬对乙肝病毒感染细胞干扰素表达的影响

倪扬笑 , 时迎娣 , 张迎秋 , 杨怀义

2012, 52(11):1385-1391.

[摘要](2657) [HTML](0) [PDF 1.18 M](3114)

摘要:
摘要:【目的】细胞自噬(Autophagy)是真核细胞用于清除胞内聚集物、损伤细胞器而维持其稳态平衡的一种溶酶体降解途径。细胞自噬不仅在细胞生长发育、成熟、分化等过程中起重要作用，且与病毒感染、细胞免疫密切相关。通过研究细胞自噬对乙肝病毒感染的I 型干扰素的影响，为进一步阐明乙肝病毒感染对机体天然免疫反应研究奠定基础。【方法】通过siRNA 干扰Beclin1 和Atg7 表达，检测自噬小体形成，Real-TimePCR检测干扰素因子表达，分析了细胞自噬对乙肝病毒感染细胞中干扰素形成的影响。【结果】干扰Beclin1和Atg7均可抑制细胞自噬发生，抑制细胞自噬可降低干扰素因子的表达，而对细胞活力和细胞凋亡无明显影响。【结论】抑制细胞自噬，可降低HBV 感染细胞中IFNβ 和IFI27 的表达，这在一定程度上意味着，HBV诱导的自噬具有增强感染细胞天然免疫反应的作用。

17 木质素芳香族化合物降解菌Sphingobium sp. SYK-6的研究进展

张晓琰 , 彭学 , 政井英司

2014, 54(8):854-867. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.08.002

[摘要](2645) [HTML](0) [PDF 702.16 K](2589)

摘要:
摘要:木质素是木质的主要成分之一，在自然界中，高分子木质素被真菌的胞外酶分解成低分子芳香族化合物，然后土壤细菌将其完全降解为二氧化碳。由此可见，木质素的完全降解过程是真菌和细菌的共同作用。研究细菌的降解机制，一方面可以理解芳香族化合物在生态系中的碳素循环，另一方面可以为木质素的有效利用提供基因和酶工具，将可再生资源的木质素转化成高附加价值的工业产品。Sphingobium sp. SYK-6是1987年从造纸厂废水中以木质素中的联苯化合物(5，5’-脱氢联香草酸)作为唯一碳源分离出的木质素化合物降解菌。在长达25年以上的研究中我们阐明了一系列芳香族化合物的代谢途径，克隆了相关基因，2012年随着基因组测序的完成，整个降解功能的全貌展现出来。介绍内容:(1)基因组信息;(2)芳醚化合物代谢;(3)联苯化合物代谢;(4)阿魏酸代谢;(5)木质素化合物降解过程中四氢叶酸依赖型机制;(6)原儿茶酸4，5开环途径;(7)3-甲氧基没食子酸代谢的多样性;(8)应用研究。我们希望SYK-6 菌株成为一个让人们理解木质素化合物降解的模式菌株。最后结合课题组现在的研究课题展望了木质素化合物的降解研究的发展方向。

18 海洋病毒——海洋生态系统结构与功能的重要调控者

王慧 , 柏仕杰 , 蔡雯蔚 , 郑天凌

2009, 49(5):551-559.

[摘要](2643) [HTML](0) [PDF 368.61 K](3118)

摘要:
摘要：作为海洋生态系统中的重要成员，海洋病毒在调节海洋生态系统中的群落结构、种群数量、物质循环、生物间遗传物质的转移以及气候变化等方面起着重要的作用。本文概述了近年来对海洋病毒的研究进展，讨论了海洋病毒对海洋生态系统结构和功能的重要调控作用，并对海洋病毒的研究前景进行了展望。

19 单胃动物肠道微生物菌群与肠道免疫功能的相互作用

杨利娜 , 边高瑞 , 朱伟云

2014, 54(5):480-486. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.05.002

[摘要](2599) [HTML](0) [PDF 155.81 K](4060)

摘要:
摘要: 动物胃肠道栖息着大量的微生物，这些微生物及其代谢产物在营养、免疫等方面对宿主的健康有重要的意义。近年来研究发现肠道微生物与免疫系统间存在密切的交流和互作机制，尽管肠道共生菌具有定植抑制效应，但肠道微生物也可通过其特定组分刺激免疫细胞如Tregs细胞、Th17细胞的分化，肠道菌群的紊乱可能导致细菌移位、肠道屏障功能损伤，影响机体健康。宿主免疫系统可通过分泌多种免疫效应因子如MUC、sIgA、ITF、ＲegIIIγ、α-防御素等调节肠道微生物的分布和组成，调节肠道菌群的稳态。本文综述了单胃动物肠道微生物菌群的组成，深入探讨了肠道微生物菌群与动物肠道免疫功能之间的相互作用。

20 厌氧微生物降解多环芳烃研究进展

孙明明 , 滕应 , 骆永明

2012, 52(8):931-939.

[摘要](2544) [HTML](0) [PDF 730.78 K](4662)

摘要:
摘要:多环芳烃(PAHs)是一类普遍存在于环境介质中的难降解有机污染物，相对于好氧微生物降解PAHs的研究，厌氧微生物降解PAHs 的研究则相对较少。本文从厌氧微生物降解PAHs 的研究背景，厌氧降解微生物的特点和不同厌氧降解还原反应体系的角度综述了厌氧微生物降解PAHs的概况;结合厌氧微生物降解萘和菲转化途径的介绍，推断了其降解机制的内在原因;同时通过总结影响厌氧微生物降解PAHs的主要因素(包括:PAHs 的生物可利用性、外源营养物质的添加、外源电子受体的添加、特定厌氧降解菌的筛选强化和部分环境因素等)，指出了制约降解进程的潜在限制因子;并对厌氧微生物降解PAHs 研究目前存在的问题和未来的发展方向作了简述与展望。

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