微生物学报  2022, Vol. 62 Issue (10): 4008-4018   DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20220111.
http://dx.doi.org/10.13343/j.cnki.wsxb.20220111
中国科学院微生物研究所,中国微生物学会

文章信息

张洁琼, 沈俊涛, 莫洛菲, 马迎飞, 尤晓颜. 2022
ZHANG Jieqiong, SHEN Juntao, MO Luofei, MA Yingfei, YOU Xiaoyan.
一株铅黄肠球菌噬菌体的生物学特性和全基因组分析
Characterization of a novel phage specifically infecting Enterococcus casseliflavus
微生物学报, 62(10): 4008-4018
Acta Microbiologica Sinica, 62(10): 4008-4018

文章历史

收稿日期:2022-02-25
修回日期:2022-03-27
网络出版日期:2022-06-10
一株铅黄肠球菌噬菌体的生物学特性和全基因组分析
张洁琼1,2,3 , 沈俊涛2,3 , 莫洛菲2,3,4 , 马迎飞2,3 , 尤晓颜1     
1. 河南科技大学河南省食品微生物工程技术研究中心, 河南 洛阳 471023;
2. 中国科学院深圳先进技术研究院, 深圳合成生物学创新研究院, 中国科学院定量工程生物学重点实验室, 广东 深圳 518055;
3. 中国科学院深圳理工大学(筹), 合成生物学院, 广东 深圳 518055;
4. 中国科学院大学, 北京 100049
摘要[目的] 铅黄肠球菌是医源感染的机会致病菌,可引起危及生命的败血症、脑膜炎等,但针对其噬菌体的研究尚属空白。噬菌体作为细菌病毒,具有宿主特异性。本研究首次分离到可培养的铅黄肠球菌烈性噬菌体,对其基因组序列的分析和其他特征研究为进一步探讨噬菌体与宿主的作用机制及治疗应用提供参考。[方法] 噬菌体Ecf_virus_SZ01以健康人粪便中分离的铅黄肠球菌(DO55)作为宿主菌,分离自深圳市南山区未经处理的生活污水样本,利用透射电镜观察噬菌体形态并对其生物学特征和基因组特点进行研究。[结果] 透射电镜显示,噬菌体Ecf_virus_SZ01头部直径约为106 nm,尾部直径约为150 nm,尾长且无伸缩性尾鞘,属长尾噬菌体科;该噬菌体的最佳感染复数为0.01;一步生长曲线显示,潜伏期约为30 min,每个受感染细胞产生子代的平均数量为50 PFU/cell;抑菌曲线显示MOI=0.01时对宿主菌具有很好的抑制效果;宿主特异性强,不能实现跨属侵染;测序结果显示其基因组为dsDNA,长度为59 409 bp,GC含量为43.2%;该噬菌体共有102个开放阅读框,BLASTn比对显示该噬菌体与NCBI数据库中其他噬菌体相似性极低。[结论] 首次分离到宿主为铅黄肠球菌的噬菌体,具有潜伏期短、裂解能力强、宿主专一的特征,基因组与数据库中现有噬菌体相比十分新颖,并对其生物学特性和基因组进行了分析。
关键词铅黄肠球菌    噬菌体    生物学特性    基因组分析    比较基因组学    分类学    
Characterization of a novel phage specifically infecting Enterococcus casseliflavus
ZHANG Jieqiong1,2,3 , SHEN Juntao2,3 , MO Luofei2,3,4 , MA Yingfei2,3 , YOU Xiaoyan1     
1. Henan Engineering Research Center of Food Microbiology, Henan University of Science and Technology, Luoyang 471023, Henan, China;
2. CAS Key Laboratory of Quantitative Engineering Biology, Shenzhen Institute of Synthetic Biology, Shenzhen Institute of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen 518055, Guangdong, China;
3. Institute of Synthetic Biology, Shenzhen Institute of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen 518055, Guangdong, China;
4. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China
Abstract: [Objective] Enterococcus casseliflavus, an opportunistic pathogen, could cause life-threatening sepsis and meningitis. Up to now, little has been known about the phage specifically infecting E. casseliflavus. The isolation, genomic analysis, and characterization of the E. casseliflavus phage can provide a reference for exploring the mechanism of interaction between phage and host and further applying the phage in therapy. [Methods] The phage Ecf_virus_SZ01 was isolated from untreated domestic sewage in Nanshan district, Shenzhen. We employed transmission electron microscopy (TEM) to observe the morphology of Ecf_virus_SZ01 and then studied its biological and genomic characteristics. [Results] Ecf_virus_SZ01 had a non-contractile tail with the length of 150 nm and a head with the diameter of 106 nm, belonging to the Siphoviridae family. The optimal multiplicity of infection (MOI) of the phage was 0.01. The one-step growth curve showed that the phage had an incubation period of about 30 min and the burst size of 50 PFU/cell. Ecf_virus_SZ01 inhibited the growth of host bacteria. Furthermore, the genome of Ecf_virus_SZ01 was 59 409 bp in length, which had the GC content of 43.2% and 102 open reading frames. Blastn comparison showed that this phage had low sequence similarity with other phages deposited in the NCBI database. [Conclusion] In this study, for the first time, we reported a phage that could specifically infect and lyse E. casseliflavus. Both the genomic and phylogenetic analyses indicated the novelty of this phage.
Keywords: Enterococcus casseliflavus    phage    biological characteristics    genomic analysis    comparative genomics    taxonomy    

铅黄肠球菌(Enterococcus casseliflavu)是一种兼性厌氧的革兰氏阳性球菌,属肠球菌第二群,对万古霉素天然耐药,在自然界的土壤、植物和动物中都有分布,可在人类肠道中定殖[1]。铅黄肠球菌是机会致病菌,在免疫力低下人群体内可引发严重感染,如主动脉瓣心内膜炎[2],内源性眼内炎[1]、肝移植术后并发肾周血肿败血症[3]以及感染中枢神经系统的细菌性脑膜炎[4]等。肠球菌由于细胞壁坚厚,表现为多种抗生素固有耐药,在抗生素选择压力下可以通过基因突变或质粒接受外来基因获得耐药能力。在抗生素广泛应用的时代,耐药菌的不断衍生给临床治疗带来困难,噬菌体疗法作为抗生素替代性的治疗方法,引起相关的研究热潮。

噬菌体(phage)在自然界中广泛存在,能特异性地识别和裂解宿主菌,是一种来源于环境的天然抗菌剂,将其应用于细菌感染治疗已经有一百多年的研究历史[5]。在一定条件下,噬菌体疗法相比抗生素疗法具有独特的优势[6]:(1) 噬菌体的宿主特异性使其感染特定种属细菌,不会破坏其他菌群;(2) 噬菌体在自然界中数量极其丰富,因此在噬菌体治疗中可有多种选择;(3) 噬菌体可随着细菌的进化而进化,产生可感染耐药菌的新噬菌体。随着抗生素在感染治疗中的副作用日益严峻,针对耐药菌感染,噬菌体已然成为应对抗生素耐药性细菌感染多维策略的一部分[7]

在此之前,还未有铅黄肠球菌的噬菌体被分离到。本研究首次从环境中分离出铅黄肠球菌的烈性噬菌体,并对其生物学特性和基因组特征进行研究,为噬菌体应用于治疗铅黄肠球菌感染提供参考。

1 材料与方法 1.1 噬菌体的分离和纯化

实验所用菌株DO55由实验室前期从健康人类粪便中分离。噬菌体Ecf_virus_SZ01分离自深圳市南山区污水厂未经处理的生活污水样本。污水样本在10 000 r/min转速下离心10 min除去杂质,取上清并用0.22 μm滤膜过滤。取1 mL培养至对数期(OD600=0.5)的宿主菌DO55加入7 mL滤液和4 mL 3倍BHI新鲜液体培养基混匀,37、200 r/min条件下培养过夜。培养过夜的噬菌体富集液用离心机在12 000 r/min转速下离心5 min,取上清用0.22 μm滤膜进行过滤。滤液使用SM缓冲液进行梯度稀释,在每个稀释梯度下用100 μL滤液和400 μL宿主菌混合孵育,并用双层平板法测定噬菌体效价。噬菌体的纯化采用双层平板法,挑选单个噬菌斑进行培养,重复以上操作,3轮纯化将获得单一噬菌体,平板上的噬菌斑特征一致。噬菌体的裂解液和50%灭菌甘油1:1混合,‒80保存,新鲜裂解液置于4保存[8]

1.2 噬菌体最佳感染复数的测定

噬菌体最佳感染复数测定宿主细胞裂解子代噬菌体的数量[8],将噬菌体(3.5×108 PFU/mL)和培养至对数期的宿主菌(3×108 CFU/mL)按照0.001、0.01、0.1、1、10、100比例混合,37 200 r/min培养6 h,用双层平板法测定最终噬菌体滴度,效价最高的即为噬菌体的最佳感染复数(multiplicity of infection,MOI),MOI=噬菌体颗粒数/宿主细菌个数。

1.3 噬菌体一步生长曲线的测定

一步生长曲线测定[8]利用噬菌体的潜伏期时长和暴发量的大小表征。取1 mL培养至对数期的宿主菌,加入噬菌体裂解液使其MOI约等于0.01,混匀,37孵育30 min,10 000 r/min离心1 min,去上清,沉淀用10 mL新鲜BHI培养基进行重悬,37、200 r/min振荡培养。在0、10、20、30、45、60、75、90、120、150 min时间点取样。样品进行梯度稀释后,采用双层平板法37培养过夜,对噬菌斑计数,计算噬菌体效价,绘制一步生长曲线。

1.4 噬菌体抑菌曲线的测定

将过夜培养的宿主菌按5%接种量转接到10 mL新鲜BHI液体培养基中培养至对数期,与噬菌体裂解液按照不同感染复数(MOI为100、10、1、0、0.1、0.01)分别按比例混合均匀,37条件下振荡培养,每15 min测量1次OD600处的吸光值[8],共测量6 h。

1.5 噬菌体透射电镜观察

噬菌体的形态用透射电镜(transmission electron microscope,TEM)进行观察。选择效价约108 (PFU/mL)的噬菌体裂解液滴取10 μL覆于铜网碳膜,正面静置5 min后用滤纸吸走多余样本,再用2% (W/V)磷钨酸染色液10 μL滴于铜网正面负染1 min,将铜网放置在滤纸上自然干燥。使用JEM-F200场发射透射电镜观察噬菌体形态。

1.6 噬菌体基因组提取和测序

取噬菌体裂解液20 mL,加入PEG8000 (终浓度10%)和NaCl (终浓度1.0 mol/L)进行沉淀,4静置16 h,10 000 r/min离心20 min获得沉淀,用400 μL SM缓冲液(Tris-HCl/MgSO4/ NaCl/H2O,pH 7.5)对噬菌体沉淀进行重悬。重悬样品再加入8 U DNase I、20 U的RNase A、40 μL的10倍DNA缓冲液(生工生物工程(上海)股份有限公司)混匀,37温浴1 h进行酶消化。处理后的样本使用MiniBEST Viral RNA/DNA Extraction Kit Ver.5.0 (TaKaRa)试剂盒提取基因组。提取的基因组浓度使用Qubit荧光计(Thermo Fisher Scientific)进行荧光定量。

全基因组文库构建使用Nextera DNA Library Preparation Kits (Illumina)文库制备试剂盒,用Qubit进行文库浓度定量,并用Agilent 4150 TapeStation系统进行文库构建质量检验。文库样本使用Illumina MiSeq测序平台进行测序。测序结果使用软件SPAdes[9]进行拼接组装。

1.7 噬菌体基因组功能注释

用Prodigal v2.63软件[10]预测Ecf_virus_SZ01基因组上编码的开放阅读框,并使用Pfam (http://pfam.xfam.org/)数据库[11]对预测的开放阅读框进行注释,注释结果手动校正并分类,使用在线工具CGview SeverBETA (http://cgview.ca/)对基因组注释结果进行可视化[12]。利用在线网站RGI (Resistance Gene Identifier:https://card.mcmaster.ca/analyze/rgi)预测基因组上的抗性基因[13],采用在线网站tRNAscan-SE (http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/)进行了基因组上tRNA预测[14]

1.8 噬菌体比较基因组分析

参考美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)病毒数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/)对Ecf_virus_SZ01基因组进行BLASTn比对,比较其基因组序列相似性。使用软件MAUVE2.0对噬菌体基因组同源性进行分析,线段相连表示保守基因所在同源性区域[15]

1.9 噬菌体系统发育分析

通过BLASTp对Ecf_virus_SZ01的衣壳蛋白、门户蛋白和末端酶大亚基氨基酸序列进行同源性比对,筛选来自Siphoviridae家族的同源蛋白并利用MEGA 5.0软件构建系统进化树,分析噬菌体的进化趋势。氨基酸序列对齐方式选择ClustalW多重比对[16],建树方法采用邻接法并进行1 000次bootstrap检验。

2 结果与分析 2.1 噬菌体Ecf_virus_SZ01生物学特性

从深圳市南山区生活污水中分离到1株以铅黄肠球菌(DO55)为宿主菌的噬菌体,命名为Ecf_virus_SZ01。噬菌斑在BHI双层平板上呈现出圆形的透明斑块,边界清晰,直径平均为0.15 mm,无外部晕圈(图 1A)。噬菌体经2%磷钨酸染色后,透射电镜观察显示其形态整体为蝌蚪形,头部扁长(图 1B),直径约为106 nm,尾部长度约为150 nm,尾部较长,无可伸缩性尾鞘,属于长尾噬菌体科。

图 1 噬菌体Ecf_virus_SZ01生物学特性 Figure 1 The characteristics of phage Ecf_virus_SZ01. A: plaque morphology of phage; B: transmission electron microscopy (TEM) image of phage; C: growth inhibition curve of phage; D: one-step growth curve of phage. L: latent period; R: lytic period; P: stable period.

将噬菌体与宿主菌MOI (100、10、1、0.1、0.01)比例混合培养6 h,测定不同感染复数下的噬菌体效价,当感染复数MOI为0.01时,培养的噬菌体效价最高(表 1)。噬菌体一步生长曲线用来展示噬菌体在细胞中的生命周期,包括潜伏期、裂解期和稳定期。噬菌体和宿主菌以最佳感染复数0.01比例混合测定一步生长曲线(L:潜伏期,R:裂解期,P:稳定期),结果显示其潜伏期约为30 min,每个受感染细胞产生子代的平均数量为50 PFU/cell (图 1D);在实验时间内随着MOI增高,噬菌体对宿主菌的抑制作用依次增强,在MOI=100时宿主菌几乎不再生长(图 1C)。

表 1. 噬菌体最佳MOI测定 Table 1. Multiplicity of infection (MOI)
Number Bacterial concentration/ (CFU/mL) Phage concentration/(PFU/mL) Multiplicity of infection(MOI) 6 h titer/ (PFU/mL)
1 108 105 0.001 2.4×109
2 108 106 0.01 6.4×109
3 108 107 0.1 3.2×109
4 108 108 1 1.5×109
5 107 108 10 2.0×108

2.2 噬菌体Ecf_virus_SZ01基因组特征

噬菌体Ecf_virus_SZ01测序结果显示,基因组为线性双链DNA,基因组长度为59 409 bp,GC含量为43.2%。基因组核酸序列经BLASTn比对,与数据库中可培养的噬菌体基因组相似性均较低。在覆盖度2%情况下,核酸相似性在70%以上的噬菌体序列仅有4条,均是宿主为肠球菌的噬菌体分别为EfsWh_1 (MN871443.1)、EfsWh-1 (MH791415.1)、vB_EfaS_Ef7.1 (MK721194.1)与vB_EfaS_EF1c55 (MN103542.1),表明噬菌体Ecf_virus_SZ01基因组序列新颖性很高。Pradigal软件预测其基因组序列共编码102个开放阅读框,不含编码tRNA的基因,与任何已知的抗生素抗性基因或毒力基因没有显著的相似性,绝大部分基因转录方向为正向,有18个基因位于负链。

2.3 噬菌体Ecf_virus_SZ01功能注释

对噬菌体Ecf_virus_SZ01的基因组进行功能注释,经BLASTp比对只有34个开放阅读框(open reading frames,ORFs)编码已知功能蛋白,另外68个ORFs编码假设蛋白和未知功能蛋白。在线工具tRNAscan-SE预测其基因组上无tRNA存在,对68个未知的ORFs进行分类,其中46个为假设蛋白,22个编码未知功能的蛋白。34个已知功能的ORFs依据注释结果进行分类,可分为与噬菌体结构相关蛋白(9个ORFs)、包装蛋白(3个ORFs)、宿主裂解相关蛋白(3个ORFs)、噬菌体DNA复制和代谢相关蛋白(6个ORFs)以及其他与噬菌体和宿主生命活动有关的功能蛋白(13个ORFs)。这些蛋白互相配合,完成噬菌体复制、裂解宿主释放子代的过程(图 2)。

图 2 噬菌体Ecf_virus_SZ01基因组功能注释 Figure 2 Genome annotation of phage Ecf_virus_SZ01.

结构蛋白:在噬菌体结构相关蛋白中,ORF78和ORF80编码衣壳蛋白,ORF84–ORF91编码噬菌体尾部结构蛋白,分别为假定的尾部蛋白(ORF84)、尾部完成蛋白(ORF85)、尾管蛋白(ORF86)、尾巴组合伴侣蛋白(ORF87)、尾部远端蛋白(ORF90)、尾部卷尺蛋白(ORF89)为噬菌体尾部卷尺蛋白,决定噬菌体尾部长度,尾部组合伴侣蛋白(ORF91)是与噬菌体尾部组装有关的伴侣蛋白。

DNA包装:在噬菌体Ecf_virus_SZ01中与子代包装相关的蛋白有3个,分别为末端酶小亚基(ORF72)、末端酶大亚基(ORF76)、门户蛋白(ORF77),它是有尾dsDNA噬菌体衣壳组装的调配器。

宿主裂解相关蛋白:有3个与裂解相关的蛋白,分别为holin (ORF75)、endolysin (orf93)和细菌跨膜蛋白N端(ORF74),holi和endolysin这2个蛋白是噬菌体裂解宿主所必需的,endolysin降解细菌细胞壁,holin控制裂解噬菌体感染周期的长短,噬菌体裂解宿主菌释放子代过程是由holin- endolysin互相配合来完成,从而实现从内到外裂解宿主菌[17]

噬菌体DNA复制和代谢相关蛋白:DNA复制和修饰相关的蛋白有6个,包含2个DNA聚合酶(ORF13,ORF26)、2个复制解旋酶(ORF15,ORF16)、1个核酸外切酶(ORF30)、1个螺旋-转角-螺旋DNA结合结构域(ORF22),其中ORF22是转录因子中最普遍存在的基序之一,它是转录调控的基础[18];与噬菌体代谢相关的是3个蛋白,包含2个归巢核酸内切酶(ORF29,ORF65),它们参与DNA内含子的水平转移和基因表达的调控[19],1个脱氧核苷酸磷酸激酶(ORF35),它可以使5-hydroxymethyl- dCMP发生磷酸化,是子代噬菌体形成DNA基因组的重要一步。

其他相关蛋白:细菌表面蛋白(ORF81)是噬菌体识别细菌表面受体的蛋白,YLYS_BPPHV uncharacterized protein (ORF34)和调节蛋白(ORF40)调控噬菌体对宿主感染,UBA-like结构域(ORF96)为细胞凋亡的信号分子,类谷氧还原蛋白(ORF66)是噬菌体核糖核苷酸还原酶的还原剂,是许多病毒生命周期中的一种重要酶[20]。其余的一些蛋白可能来源于宿主,如脂蛋白(ORF7)与宿主代谢有关,BssS家族蛋白(ORF14)用来调控生物膜的形成,RuvC核酸酶(ORF33)编码在Cas9蛋白切割单链RNA区域,铁氧硫氧还蛋白还原酶(ORF70)则与核孔形成有关。

2.4 噬菌体Ecf_virus_SZ01比较基因组分析

将该噬菌体基因组与NCBI Virus数据库中序列完整且宿主来源为细菌的长尾噬菌体科噬菌体全基因组序列进行同源性比对。结果显示,该噬菌体与已知的噬菌体序列覆盖率为1%‒2%,覆盖率较低,且同源片段的相似性低于80%。将覆盖度在2%、同源片段相似性在70%以上的4株宿主是粪肠球菌的噬菌体的全基因组序列和噬菌体Ecf_virus_SZ01全基因组进一步用MAUVE2.0软件进行基因组同源序列分析,结果如图 3所示。每个噬菌体基因组都是水平排列,以中心黑线为基准线,以Ecf_virus_SZ01基因组为参考基因组,黑线以上为与参考基因组同向序列,黑线以下为反向互补序列,各个颜色局部共线块的共线区域(LCBs)代表不同的同源区域。从图 3整体来看,噬菌体Ecf_virus_SZ01与其他4株肠球菌噬菌体的基因组长度基本相同,但差异基因较多,大部分基因相似性均较低,仅有少部分基因具有同源关系且同源基因所在区域的位置、长度以及丰度均有较大不同,表明其新异性很高。噬菌体Ecf_virus_SZ01与4株肠球菌噬菌体在基因组结构分布上共存在5个同源区块,存在规律的模块基因分布,在进化过程中这些区域属于较为保守区域,编码蛋白质的功能较为一致。进一步研究其中比重最大的共线区域,此区域编码的功能蛋白主要包括噬菌体衣壳蛋白(ORF91)、尾部蛋白(ORF85)和末端酶大亚基(ORF76)等,为包装蛋白和结构蛋白所在模块,基因的大小和方向均有差异,且相似性也较低,证明该噬菌体为1株新的噬菌体。

图 3 噬菌体Ecf_virus_SZ01与近缘噬菌体基因组之间的同源性分析 Figure 3 Homology analysis between the genomes of phage Ecf_virus_SZ01 and its relatives.

2.5 噬菌体Ecf_virus_SZ01系统进化分析

BLASTn分析显示,Ecf_virus_SZ01基因组与数据库中目前已发表的噬菌体同源性较低,且经电镜观察其为长尾噬菌体科,为了明确进化关系,选择长尾噬菌体保守序列编码的衣壳蛋白(orf80)、门户蛋白(orf77)和末端酶大亚基(orf76)的氨基酸序列使用MEGA 5.0中的邻接法构建系统发育树(图 4)。

图 4 噬菌体Ecf_virus_SZ01进化关系分析 Figure 4 Phylogenetic relationships of phage Ecf_virus_SZ01. A: phylogenetic tree of the capsid protein; B: phylogenetic tree of the portal protein; C: phylogenetic tree of the terminase large subunit. The color part is the host source of phage, and the gray part represent the Siphoviridae family. Scale: the genetic distance. Branch number: the confidence level.

将挑选的蛋白序列在NCBI Virus数据库中进行BLAST,选择属于长尾噬菌体科的同源蛋白质序列。门户蛋白和末端酶大亚基的进化树显示噬菌体Ecf_virus_SZ01与肠球菌属噬菌体亲缘关系较近,衣壳蛋白、门户蛋白和末端酶大亚基的系统进化树均显示,虽然3个系统进化树存在一定差异,但噬菌体Ecf_virus_SZ01与分析中包含的其他噬菌体进化关系均较远,且图中所示噬菌体均为长尾噬菌体。基于这些结果认为,噬菌体Ecf_virus_SZ01应该属于有尾噬菌体目长尾噬菌体科的一个新的噬菌体。

3 讨论与结论

铅黄肠球菌作为老年人以及免疫力低下的患者医院和社区多种侵入性感染的感染源而被研究。相比于革兰氏阴性菌,治疗耐药革兰氏阳性球菌的选择范围更少,人类感染铅黄肠球菌后由于其固有的万古霉素耐药性,其治疗方式是需要解决的主要问题之一,也使得发展抗生素替代和补充治疗更为紧迫。自抗生素首次应用于临床以来,细菌对抗生素的耐药性一直以来都是研究人员的重大挑战。噬菌体用于人体治疗具有一百多年的历史,胃肠道、呼吸道、尿路感染以及伤口感染都有用噬菌体治疗的前例[21]

本研究中分离的铅黄肠球菌噬菌体Ecf_virus_SZ01与NCBI Virus数据库中宿主来源为粪肠球菌的噬菌体具有相似性,从核酸相似性水平来看,基因组覆盖率只有1%–2%,同源片段相似性低于80%,基因大小和方向均有差异,表明Ecf_virus_SZ01基因组新颖性很高;系统进化分析也显示噬菌体Ecf_virus_SZ01与其他宿主为肠球属细菌的噬菌体进化关系较远,基于这些结果认为噬菌体Ecf_virus_SZ01与长尾噬菌体科的其他噬菌体具有较低的同源性,应属于长尾噬菌体科新的分支。其最佳感染复数是0.01,一步生长曲线显示其具有较短的潜伏期和强的裂解能力。基因组测序显示其基因组长度为59 409 bp;102个ORFs中仅有34个ORFs编码已知功能的蛋白,大部分蛋白的功能是未知的,不携带已知的抗生素抗性基因和毒力因子。从环境中分离培养活性噬菌体颗粒是噬菌体治疗得以应用的重要一步,对分离噬菌体的生物学特性及其基因组进一步研究,能使我们更清楚地了解噬菌体作用于细菌的机理,为噬菌体治疗细菌感染打下坚实的基础。

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一株铅黄肠球菌噬菌体的生物学特性和全基因组分析
张洁琼 , 沈俊涛 , 莫洛菲 , 马迎飞 , 尤晓颜